이유
1. 원처분의 요지 처분청은 청구인이 도로교통법 제71조의14 규정에 의하여 경찰청장의 인가를 받아 1999.10.19. 설립된 신설법인으로서 2003.4.15. ㅇㅇ시 ㅇㅇ구 ㅇㅇㅇ동 ㅇ가 ㅇㅇ번지 토지 817.5㎡와 건축물 489.69㎡(이하 이 사건 부동산 이라 한다)를 취득하고 같은 해 4.17. 소유권이전등기를 하면서 일반세율로 등록세 등을 신고납부한 데 대하여 이 사건 부동산등기를 대도시내 법인설립 이후 5년 이내에 취득한 일체의 부동산등기로 보아 그 취득가액(1,900,000,000원)을 과세표준으로 지방세법 제138조 제1항의 세율을 적용하여 산출한 세액에서 이미 신고납부한 세액을 차감한 등록세 136,800,000원, 지방교육세 25,080,000원, 합계 161,880,000원(가산세 포함)을 2003.8.5. 부과 고지하였다. 2. 청구의 취지 및 이유 청구인은 당초 1986.7.23. 민법 제32조 의 규정에 의거 (사)ㅇㅇㅇ학원연합회로 설립되어 경찰청장의 지도·감독을 받고 있었으나, 자동차운전전문학원제도의 도입으로 설립근거법령이 민법에서 도로교통법으로 변경됨에 따라 그 명칭을 ㅇㅇㅇㅇ전문학원연합회로 변경하여 경찰청장의 인가를 받아 1999.10.19. 설립한 후 (사)ㅇㅇㅇ학원연합회의 업무와 잔여재산을 모두 승계 받았으므로 그 실질에 있어서는 동일법인이라 할 것임에도 단순히 청구인의 형식적인 설립등기일인 1999.10.19.을 설립일로 보아 이 사건 부동산등기를 대도시내에서 법인설립 이후 5년 이내에 취득한 부동산등기로 등록세 등을 중과세 하는 것은 부당하다고 주장 하고 있다. 3. 우리부의 판단 이 사건 심사청구의 다툼은 대도시내에서 법인설립 이후 5년 이내에 취득한 일체의 부동산등기에 해당되어 등록세 중과세대상인 지 여부에 있다 하겠다. 먼저 관계법령을 보면, 지방세법 제138조제1항에서 다음 각호의 1에 해당하는 등기를 하는 때에는 그 세율을 제131조 및 제137조에 규정한 당해 세율의 100분의 300으로 한다고 규정하면서 그 제3호에서 대도시내에서의 법인의 설립과 지점 또는 분사무소의 설치 및 대도시내로의 법인의 본점 주사무소 지점 또는 분사무소의 전입에 따른 부동산등기와 그 설립 설치 전입 이후의 부동산등기를 규정하고 있고, 같은 조제3항에서 제1항의 규정에 의한 등록세 중과세의 범위와 적용기준 기타 필요한 사항은 대통령령으로 정하고, 제1항제4호의 규정에 의한 공장의 범위와 적용기준은 행정자치부령으로 정한다고 규정하고 있으며, 지방세법시행령 제102조 제2항에서 법 제138조제1항제3호에서 법인의 설립과 지점 또는 분사무소의 설치 및 대도시내로의 법인의 본점 주사무소 지점 또는 분사무소의 전입에 따른 부동산등기 라 함은 당해 법인 또는 지점등이 그 설립 설치 전입(수도권의 경우 서울특별시외의 지역에서 서울특별시내로의 전입은 대도시내로의 전입으로 본다. 이하 이 조에서 같다)이전에 취득하는 일체의 부동산등기를 말하며, 그 설립 설치 전입이후의 부동산등기 라 함은 법인 또는 지점등이 설립 설치 전입이후 5년이내에 취득하는 업무용 비업무용 또는 사업용 비사업용을 불문한 일체의 부동산등기를 말하되 이 경우 일체의 부동산등기에는 공장의 신설 증설, 공장의 승계취득, 당해 대도시내에서의 공장의 이전 및 공장의 업종변경에 따르는 부동산취득등기를 포함하며, 지점등 이라 함은 행정자치부령이 정하는 사무소 또는 사업장을 말한다 고 규정하고 있다. 다음으로 청구인의 경우를 보면, 처분청은 대도시내에서 1999.10.4. 도로교통법에 의하여 설립된 청구인이 2003.4.15. 이 사건 부동산을 취득하고 같은 해 4.17. 소유권이전등기를 하면서 일반세율로 등록세 등을 신고납부한 데 대하여 이 사건 부동산등기를 대도시내 법인설립 이후 5년 이내에 취득한 일체의 부동산등기로 보아 등록세를 중과세 한 사실은 제출된 관계 증빙자료에 의하여 알 수 있으며, 이에 대하여 청구인은 1986.7.23. (사)ㅇㅇㅇ학원연합회로 설립되었으나, 설립근거법령이 민법에서 도로교통법으로 변경됨에 따라 그 명칭을 ㅇㅇㅇㅇ전문학원연합회로 변경하여 경찰청장의 인가를 받아 1999.10.19. 설립한 후 (사)ㅇㅇㅇ학원연합회의 업무와 잔여재산을 모두 승계 받았으므로 그 실질에 있어서는 동일법인이라 할 것임에도 형식적인 설립등기일(1999.10.19.)을 설립일로 보아 이 사건 부동산등기를 대도시내에서 법인설립 이후 5년 이내에 취득한 부동산등기로 등록세 등을 중과세 하는 것은 부당하다고 주장 하고 있다. 이에 관하여 보면, 청구인은 1999.10.4. 도로교통법 제71조의14 규정에 의한 경찰청장의 인가를 받아 1999.10.19. 대도시내에서 설립된 후 5년 이내인 2002.4.15. 이 사건 부동산을 취득하고 2002.4.17. 소유권 이전등기를 하게된 경위를 보면, 1995.1.5. 도로교통법의 개정으로 청구인의 설립근거 법령이 민법에서 도로교통법으로 변경됨에 따라 경찰청장은 1999.10.4. (사)ㅇㅇㅇ학원연합회의 업무를 청구인으로 명칭을 변경하여 승계 하도록 정관을 승인하였고, 잔여재산은 청구인에게 기부하도록 2002.9.3. 승인함에 따른 것임을 알 수 있다. 그리고 청구인의 감독관청인 경찰청장은 2003.9.18.자 질의회신에서 청구인과 (사)ㅇㅇㅇ학원연합회가 동일법인이라고 해석하고 있는 사실과 2002.4.10. 특정 비영리법인의 설립근거가 된 법령이 개정됨에 따라 비영리법인을 해산하고 동 법인과 정관상 고유목적사업 등이 동일한 다른 비영리법인을 설립하는 경우로서 해산하는 비영리법인의 직원을 포함한 모든 잔여재산을 주무부장관의 허가를 얻어 새로 설립하는 비영리법인에게 승계시키는 경우에는 증여세 과세대상에서 제외된다는 국세청장의 회신에 따라 2003.3.28. (사)ㅇㅇㅇ학원연합회의 사업자등록증의 명칭과 법인등록번호를 청구인으로 정정 교부받아 이 사건 부동산을 취득·등기한 사실 등을 종합하여 볼 때 결국 청구인과 (사)ㅇㅇㅇ학원연합회는 명칭만 다를 뿐 사실상으로는 동일법인으로 봄이 타당하다 하겠으므로 청구인을 대도시내의 신설법인으로 보아 등록세를 중과세한 처분청의 이 사건 부과처분은 잘못이라 할 것이다. 따라서 청구인의 주장은 이유가 있다고 인정되므로 지방세법 제77조 제1항의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다. 2004. 2. 23. 행 정 자 치 부 장 관