이유
1. 처분 개요 가. 처분청은 청구인이 2008.4.1. 취득한 OOO OOO OOO OOO OOO-O 토지 489㎡(이하 “이 건 토지”라 한다)에 대하여 지방세법(2010.3.31. 법률 제10221호로 전문 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제107조 제1항 및 제127조 제1항 제1호의 규정에 의거 종교단체가 그 사업에 직접 사용하고자 취득하는 부동산으로 보아 취득세 등을 비과세 하였다. 나. 그 후 처분청은 청구인이 이 건 토지를 정당한 사유없이 유예기간 (3년)내에 종교용도에 직접 사용하지 아니하였다고 보아 그 취득가액 OOO,OOO,OOO원을 과세표준으로 하고 지방세법 제112조 제1항 및 제131조 제1항의 세율을 적용하여 산출한 취득세 OOO원, 농어촌특별세 OOO원, 등록세 OOO원, 지방교육세 OOO원, 합계 21,104,800원을 2011.4.11. 청구인에게 부과고지 하였다. 다. 청구인은 이에 불복하여 2011.4.15. 이의신청을 거쳐 2011.8.19. 심판청구를 제기하였다. 2. 청구인 주장 및 처분청 의견 가. 청구인 주장 OOO에 소재하는 청구인의 교회(OO OOOO OOOO OO)가 OOO가 시행하는 OOO 택지개발예정지구에 포함되어 수용되게 됨에 따라 이 건 토지에 교회용 건축물을 신축하여 청구인의 교회를 이전하고자 이 건 토지를 취득 하였으나, 심판청구일 현재까지 OOOOOOOO가 OOO 교회의 건 축물과 그 부속토지를 수용하지 아니하여 청구인의 자금사정이 급격하게 악화 되어 유예기간 내 이 건 토지상에 교회용 건축물을 신축하지 못 한 것인바, 이는 지방세법 제107조 등에서 규정한 정당한 사유에 해당 되는 것이므로 처분청이 청구인에게 부과한 이 건 토지에 대한 취득세 등은 취소되어야 한다. 나. 처분청 의견 OOO 교회의 건축물과 부속토지에 대한 수용이 이루어지지 않음에 따라 청구인의 교회 운영이 매우 어려워져 이 건 토지 취득일부터 유예기간 내에 종교용 건축물을 신축하지 못하였다 하더라도, 청구인의 자금사정 등은 청구인의 내부 사정으로 정당한 사유에 해당되지 아니하고 이 건 토지에 건축물을 신축할 수 없도록 하는 법령의 제한이 존재하거나 청구인이 이 건 토지를 종교용도로 사용하기 위하여 정상 적인 노력을 다하였다고 볼 수도 없는 이상, 처분청이 청구인에게 이 건 토지에 대한 취득세 등을 부과 고지한 것은 적법하다. 3. 심리 및 판단 가. 쟁 점 청구인이 이 건 토지를 유예기간 내에 종교용도에 직접 사용하지 못한데 정당한 사유가 있다고 볼 수 있는지 여부 나. 관련법령 (1) 지방세법(2010.3.31. 법률 제10221호로 전문 개정되기 전의 것) 제107조【용도구분에 의한 비과세】다음 각호의 1에 해당하는 것(제112조 제2항의 규정에 의한 과세대상을 제외한다)에 대하여는 취득세를 부과하지 아니한다. 다만, 대통령령이 정하는 수익사업에 사용하는 경우와 취득일부터 1년(제1호의 경우에는 3년) 이내에 정당한 사유없이 그 용도에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 그 사용일부터 2년 이상 그 용도에 직접 사용하지 아니하고 매각하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여 취득세를 부과한다. 1. 제사ㆍ종교ㆍ자선ㆍ학술ㆍ기예 기타 공익사업을 목적으로 하는 대통령령으로 정하는 비영리사업자가 그 사업에 사용하기 위한 부동산의 취득 제127조【용도구분에 의한 비과세】① 다음 각호의 1에 해당하는 것(제112조 제2항의 규정에 의한 과세대상을 제외한다)에 대하여는 등록세를 부과하지 아니한다. 다만, 대통령령이 정하는 수익사업에 사용하는 경우와 등기ㆍ등록일부터 1년(제1호의 경우에는 3년) 이내에 정 당한 사유없이 그 용도에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 그 사용일 부터 2년 이상 그 용도에 직접 사용하지 아니하고 매각하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여 등록세를 부과한다. 1. 제사ㆍ종교ㆍ자선ㆍ학술ㆍ기예 기타 공익사업을 목적으로 하는 대통령령으로 정하는 비영리사업자가 그 사업에 사용하기 위한 부동산에 대한 등기 (2) 지방세법 시행령 (2010.9.20. 대통령령 제22395호로 전문 개정되기 이전의 것) 제79조【비영리사업자의 범위】① 법 제107조 제1호에서 “대통령령으로 정하는 비영리사업자”라 함은 다음 각 호의 자를 말한다. 1. 종교 및 제사를 목적으로 하는 단체 제94조【비영리사업자의 범위 등】① 법 제127조 제1항 제1호 본문에서 “대통령령으로 정하는 비영리사업자”라 함은 제79조의 규정에 의한 비영리사업자를 말한다. 다. 사실관계 및 판단 (1) 사실관계에 대하여 살펴본다. 청구인과 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 다음과 같은 사실을 알 수 있다. 가) 청구인은 재단법인 OOO에 소속된 교회로서, 2008.4.1. 이 건 토지를 취득하고 처분청으로부터 취득세 등을 비과세 받았다. 나) 국토해양부장관은 2008.12.31. OOO 교회가 소재한 OOO OOO OOO OO을 택지개발사업예정지구로 하는 택지개발계획을 승인OOO하였으며, OOOOOOOO OO OOO OOOO는 2009년 하반기부터 OO OO지구의 토지 등을 수용 (보상)할 예정임을「OOO택지개발지구 수용 대책위원회」등에 통지하였으나 심판청구일 현재 토지 수용 등은 이루어지지 않고 있다. 다) 청구인이 제출한 심리자료에 의하면 청구인은 이 건 부동산 등을 담보로 금융기관으로부터 OOO원을 차입하였고, 2008.2.12.부터 2011.2.27.까지 지급한 이자는 OOO원이다. 라) 처분청 세무담당 공무원이 2011.4.8. 이 건 부동산의 사용 현황 을 확인하고 작성한 출장보고서에는 이 건 토지의 유예기간 만료일(2011.3.11.) 현재 청구인이 이 건 토지를 나대지로 방치하고 있으므로 비과세한 취득세 등을 추징하여야 한다는 내용으로 기록되어 있다. (2) 쟁점에 대하여 살펴본다. 가) 지방세법 제107조 제1호 및 제127조 제1항 제1호에서 종교를 목적으로 하는 비영리사업자가 그 사업에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 취득세와 등록세를 비과세하되, 수익사업에 사용하는 경우와 취득일부터 3년 이내에 정당한 사유없이 그 용도에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 그 사용일부터 2년 이상 그 용도에 직접 사용하지 아니하고 매각하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여 취득세와 등록세를 부과한다고 규정하고 있다. 위 조항에서 규정한 “정당한 사유”라 함은 법령에 의한 금지ㆍ제한 등 법인이 마음대로 할 수 없는 외부적 사유는 물론 법인이 고유업무에 사용하기 위한 정상적인 노력을 다하였음에도 부득이 유예기간을 넘긴 내부적 사유도 포함된다 할 것이다(대법원 2004.7.8. 선고 2002두6668 판결). 나) 청구인은 OOO가 OOO 교회가 소재하는 OOO택지개발지구의 토지 수용을 연기함에 따라 토지 수용에 따른 보상금을 받지 못한 청구인의 자금 사정이 급격히 악화되어 이 건 토지에 교회용 건축물을 신축하지 못한 것이므로 이는 정당한 사유에 해당된다고 주장하고 있으나 다) 이 건 토지 상에 교회용 건축물을 신축하는데 법령 또는 행정관청의 제한 등이 있었다고 볼 수 없는 점, 청구인이 이 건 토지에 건축물을 신축하기 위하여 건축허가를 신청하거나 건축을 위한 준비 작업 등을 한 사실이 없는 것을 보아 청구인이 이 건 토지 상에 종교용 건축물을 신축하기 위하여 정상적인 노력을 다하였으나 그 시간이 부족하여 유예기간을 경과하였다고 볼 수 없는 점, 조세 감면 요건 가운데에 명백히 특혜 규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세 공평의 원칙에 부합하는 점 등을 종합하여 볼 때, 비록 OOO 교회의 토지 수용이 연기됨에 따라 청구인이 심각한 자금난을 겪게 되어 유예기간 내 이 건 토지 상에 종교용 건축물을 신축하지 못하였다고 하더라도 건축물을 신축하기 위한 자금 부족 등의 사유를 법령 또는 행정관청의 신축 제한 등과 같은 정당한 사유에 해당된다고 보기는 어렵다고 할 것이므로 처분청이 이 건 토지에 대하여 비과세한 취득세 등을 부과한 것은 달리 잘못이 없다고 판단된다. 4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 지방세기본법 제123조 제4항과 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.