이유
1. 사실
청구법인은 서울특별시 강서구 OO동 O OOO에서 학교법인을 영위하는 자로 61.3.11부터 67.5.12까지의 기간중 취득한 서울특별시 강서구 OO동 O OOOOO외 3필지의 임야 및 답 2,083.6평방미터(이하 “쟁점토지”라 한다)를 89.10.31 양도하고 실지거래가액으로 양도차익을 계산하여 90.5.29 쟁점토지의 특별부가세분 방위세 62,799,890원을 신고납부한 후 동 양도차익계산방법에 오류가 있었음을 확인하고 90.6.30 기준시가로 양도차익을 산정하여 계산된 방위세를 초과하여 납부한 50,199,329원을 환급하여 줄 것을 수정신고하였으나 처분청이 당초신고내용이 적법하다는 이유로 90.7.30 청구법인의 수정신고를 거부하자 청구법인은 이에 불복 90.9.26 심사청구를 거쳐 90.12.10 이 건 심판청구를 제기한 것이다.
2. 청구 주장
청구법인은 89.10.31 쟁점토지를 양도하고 90.5.29 실지거래가액(양도가액은 782,000,000원이고 취득가액은 환산가액인 63,158,120원)으로 양도차익을 산정하여 동 특별부가세분 방위세를 신고납부(법인특별부가세는
법인세법 제59조의3
제2항 제3호의 규정에 의거 전액 면제되었음)한 후 그 양도차익 계산상 오류가 있었음을 발견하고 90.6.30
법인세법 제59조의2
제3항 단서의 규정에 의거 기준시가로 양도차익을 산정하여 계산된 방위세를 초과하는 분에 대하여는 환급하여 줄 것을 수정신고하였으나 처분청이 당초 신고내용은 적법하다고 통지하였는 바, 동 거부처분은 부당하다는 주장이다.
3. 국세청장 의견
먼저 이 건 관련법 규정을 보면, 법인세법 부칙(74.12.21 법률 제2686호) 제13조에서 “제59조의2에 규정하는 토지등으로서 76.12.31 이전에 취득한 것은 77.1.1에 취득한 것으로 본다”고 규정하고 있고 동 부칙(74.12.31 대통령령 제7464호) 제7조에서 76.12.31 이전에 취득한 자산의 취득가액은 77.1.1 현재의 시가(시가를 알 수 없는 때에는 77.1.1 현재의 기준시가 이하 같다)에 의하여 평가한 가액을 장부가액으로 한다. 다만, 76.12.31 이전의 장부가액에 76.12.31 이전의 취득일로부터 76.12.31까지의 보유기간에 도매물가상승율을 곱하여 산출한 금액을 합산한 가액이 77.1.1 현재의 시가에 의하여 평가한 가액보다 많은 경우에는 그 많은 금액을 취득가액으로 한다“고 규정되어 있고
법인세법 제59조의2
제3항 단서에서 “다만, 양도가액과 취득가액이 불분명한 경우에는 대통령령이 정하는 바에 의하여 결정한 양도당시의 기준시가에 의한 금액을 각각 양도가액과 취득가액으로 한다”고 규정하고 있고
동법 시행령 제124조의 2
제6항에서 “법 제59조의2 제3항에 규정하는 기준시가는
소득세법 시행령 제115조
에 규정하는 기준시가에 의한다”고 규정하고 있고
소득세법 시행령 제115조
제1항 제1호(다)목 및
동법 시행규칙 제56조의5
제5항 제13호에서 “양도당시의 실지거래가액만 확인되는 경우의 취득가액은 「(양도당시의 실지거래가액)×(취득당시의 과세시가표준액)÷(양도당시의 과세시가표준액)에 의하여 산출하도록 규정하고 있는 바,
청구법인이 90.5.29 신고한대로 양도가액은 실지거래가액으로, 취득가액은 환산가액으로 하여 동 양도차익을 계산한 것은 정당하고 기준시가로 양도차익을 계산하여야 한다는 청구주장은 이유가 될 수 없다는 의견이다.
4. 쟁점
이 건 심판청구의 다툼은 법인이 76.12.31 이전에 취득하였다가 89.12.31 이전에 양도한 토지의 경우 그 양도차익을 기준시가로 계산할 수 있는지의 여부를 가리는 데 있다 할 것이다.
5. 심리 및 판단
먼저 이 건 특별부가세 과세표준금액을 계산함에 있어 쟁점토지의 양도가액과 취득가액의 산정이 적법한지의 여부에 대하여 살펴본다.
관계법령을 보면, 쟁점토지의 양도당시 적용되던
법인세법 제59조의2
(특별부가세 과세표준) 제3항 단서에서 「양도가액과 취득가액이 불분명한 경우에는 대통령령이 정하는 바에 의하여 결정한 양도당시의 기준시가에 의한 금액과 취득당시의 기준시가에 의한 금액을 각각 양도가액과 취득가액으로 한다」고 규정하면서
동법 시행령 제124조의2
제6항에서는 「법 제56조의2 제3항에서 규정하는 기준시가는
소득세법 시행령 제115조
에 규정하는 기준시가에 의한다」고 규정하고 있고, 법인세법 부칙(74.12.31 법률 제2686호) 제13조(토지등의 취득시기의 의제)에서 제59조의2에 규정하는 토지등으로서 76.12.31 이전에 취득한 것은 77.1.1에 취득한 것으로 본다”고 규정하고 있으며 동법 시행령 부칙(74.12.31 대통령령 제7464호) 제7조(양도자산 취득가액에 관한 적용례)에서 76.12.31 이전에 취득한 자산의 취득가액은 77.1.1 현재의 시가(시가를 알 수 없는 때에는 77.1.1 현재의 기준시가. 이하 같다)에 의하여 평가한 가액을 장부가액으로 한다. 다만, 76.12.31 이전의 장부가액에 76.12.31 이전에 취득일로부터 76.12.31까지의 보유기간에 도매물가상승율을 곱하여 산출한 금액을 합산한 가액이 77.1.1 현재의 시가에 의하여 평가한 가액보다 많은 경우에는 그 많은 금액을 취득가액으로 한다」고 규정하고 있어 76.12.31 이전 취득자산에 대하여는 특례규정을 두고 있다.
이 건 사실관계를 보면, 청구법인은 쟁점토지중 서울특별시 강서구 OO OOOOOO 답 609.6평방미터는 67.5.12 같은곳 OOOOOOO 답 576.5평방미터는 61.3.1 각각 취득한 것이고, 같은곳 OOOOOO 임야 897.17평방미터는 65.2.5 기부받은 재산으로 쟁점토지는 오래전에 취득하였고 비영리법인으로 비치기장하고 있는 장부상 취득가액에 대한 기표가 없으며, 그 재산목록만 비치하고 있어 그 실지 취득가액이 얼마이었는지는 확인되지 않고 있음에 대하여는 처분청과 청구법인간에 다툼이 없다.
살피건대, 쟁점토지의 양도가액 및 취득가액을 적법하게 산정하였는지에 대하여 보면, 취득시기가 76.12.31 이전인 쟁점토지의 취득가액은 전시한 법인세법 부칙(74.12.31 법률 제2686호) 제13조 및 동법 시행령 부칙(74.12.31 대통령령 제7464호) 제7조의 규정에 의하여 77.1.1 현재의 시가에 의하여 평가하여야 하나 그 시가를 알 수 없는 때에 해당되므로 77.1.1 현재의 기준시가로 산정하여야 할 것이며,
법인세법 제59조의2
제3항 단서에서 양도가액과 취득가액이 불분명한 경우에는 기준시가에 의한다고 규정하면서
동법 시행령 제124조의2
제6항에서 위의 기준시가는
소득세법 시행령 제115조
에 규정한 기준시가에 의한다고만 규정하고 있을뿐 법인세법과 동법 시행령 어디에도
소득세법 시행령 제170조
제4항 제1,2호(국가·지방자치단체와의 거래, 부동산투기거래)의 거래에 대한 양도차익계산방법을 규정한
소득세법 시행령 제170조
제1항 단서와 같은 조항(환산가액)이나 소득세법 시행령을 준용한다는 규정이 없으므로 특별부가세 과세표준계산방법을 규정한 위 법인세법 및 동법 시행령의 해석에 있어서는 비록 그 거래유형이
소득세법 시행령 제170조
제4항 제1,2호의 그것과 유사한 것이라 하더라도 조세법률주의의 원칙상 동법 시행령 동조 제1항 단서규정을 준용하거나 이를 유추적용할 수는 없다 할 것이다[동지 대법원판결: 88누6269(88.12.13)].
또한 대법원판례와 최근의 심판결정례에서도
법인세법 제59조의2
제3항에서 「양도가액과 취득가액이 불분명하여 기준시가에 의하는 경우」라 함은 양도가액과 취득가액이 모두 불분명한 경우뿐만 아니라 두 가액중 어느한쪽만이 불분명한 경우도 포함된다는 태도를 견제하여 왔음을 알 수 있는 바, 결국 76.12.31 이전에 취득한 자산의 경우 77.1.1 현재의 시가를 알 수 있다면 그 시가가 실지취득가액이 되므로 양도가액 역시 실지거래가액에 의하여 양도차익을 산정하여야 할 것이나 그 시가를 알 수 없다면 77.1.1 현재의 기준시가에 의하여 취득가액을 경정하여야 할 것이며 양도가액 역시 기준시가에 의하여야 한다고 해석하는 것이 위 관계법령, 부칙규정 및 판례의 취지등에 비추어 볼 때 타당하다 할 것이다[동지 대법원판례 86누(86.10.28), 86누671(87.10.26), 심판결정 88서1427(89.2.5), 88전1653(89.3.22)].
그렇다면 76.12.31 이전에 취득하고 77.1.1 현재의 시가를 알 수 없는 쟁점토지의 경우에는 취득가액을 77.1.1 현재의 기준시가로 하고 양도가액 역시 양도당시의 기준시가로 하여 양도차익을 경정하는 것이 적법타당하다고 판단된다[국심 90서156(90.4.16)외 다수 동지].
6. 결론
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있다고 인정되므로
국세기본법 제81조
및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.