이유
1. 원처분개요 청구법인은 경상남도 김해군 진례면 OO리 OOOOO에 본점을 두고 신발류 부품제조업을 영위하는 법인으로서, 91.6.28 2년이상 업무용으로 사용하던 같은면 OO리 OOOOO, O의 공장용지 2,782㎡와 공장건물 980㎡의 각 1/2(이하 “쟁점부동산”이라 한다)을 청구외 OO금속기술(주)에게 금 370,000,000에 양도하기로 계약체결하여 91.11.20 소유권이전하여 주었고, 92.3.30 법인세신고 및 특별부가세 면제신청을 함에 있어서 쟁점부동산 매각대금을 71,877,200원으로 하여 신고하였다. 처분청은 쟁점부동산의 매각대금의 실거래금액이 370,000,000원임을 확인하고 과소기장된 차액 298,122,800원을 익금가산 및 대표자 상여처분 등을 하는 한편, 특별부가세 면제신청서에 건물의 기재가 누락되었으므로 건물분에 대한 감면을 배제하여, 93.6.22 청구법인에게 91.1.1～91.12.31 사업년도분 법인세 72,350,534원 및 특별부가세 29,942,623원 합계 102,293,157원을 결정고지 하였다. 청구법인은 이에 불복하여 93.8.19 이의신청과 93.11.2 심사청구를 거쳐 94. 3.9 심판청구를 제기하였다. 2. 청구인주장 및 국세청장의견 가. 청구인주장 (1) 쟁점부동산의 매매조건은 매수인이 청구법인의 OO은행 OO지점의 부채 300,000,000원을 상환하기로 하였고, 91.11.22 조건대로 이행되었으며 나머지 70,000,000원도 부채에 대한 이자등으로 사용하여 대표이사인 OOO에게 쟁점부동산매각대금을 분여한 사실이 없으므로 대표자 상여처분은 부당하고 (2) ① 91년 사업년도의 단기차입금·외화장기차입금·장기차입금에 대한 실제 발생한 지급이자 177,434,779원중 73,433,268원만 비용처리된 것이므로 추가로 44,001,511원을 비용으로 인정해야 하고 ② 또한 87.4.20～90.12.31 회계년도의 총지급이자 133,828,532원을 해당사업년도에 손금으로 계상하지 아니하였으므로 이 역시 손금에 가산해야 한다는 것이다. (3) 특별부가세 감면신청서의 부표인 양도명세란에 토지만 기재한 것은 건물을 생략한 것이며, 쟁점부동산의 토지거래허가 및 검인계약서상의 매매금액 71,877,200원은 토지와 건물의 합계액으로서 이를 감면신청서에 기재한것이므로 건물에 대해서도 감면해야 한다는 것이다. 나. 국세청장의견 (1) 쟁점부동산 매각대금 37,000,000원중 은행부채 300,000,000을 매수인이 상환하기로 하였다는 청구법인의 주장은 청구법인의 장부에 의해 입증되지 아니하므로 과소기장된 부동산매각대금 298,122,800원을 “대표자상여”처분한 것은 정당하며, (2) 청구법인의 91사업년도의 결산서에 손금으로 계상된 지급이자 73,433,268원을 제외한 나머지는 당해사업년도에 확정된 지급이자가 아니므로 이를 추가로 손금가산할 수 없으며 (3) 청구법인이 특별부가세 감면신청을 함에 있어서 감면신청서의 양도자산명세에 토지만 기재하고 건물은 기재하지 아니하였으므로 건물에 대한 특별부가세 감면배제는 정당하다는 것이다. 3. 심리 및 판단 가. 쟁점 (1) 쟁점부동산을 370,000,000원에 양도하고 이를 기장함에 있어 71,877,200원으로 함으로써 과소계상된 부동산 매각차익 298,122,800원을 익금가산하고 귀속이 불분명한 것으로 보아 대표자 상여처분하였는 바, 이 대표자 상여처분이 정당한지 여부와 (2) 조사대상 사업년도인 ’91사업년도와 그 이전 사업년도에 발생한 지급이자 중 손금으로 계상하지 아니한 지급이자(’91사업년도-44,011,511원, ’91사업년도 이전분-133,828,532원)를 ’91사업년도의 손금으로 인정해 달라는 청구주장이 타당성, 그리고 (3) 2년이상 업무용으로 사용하던 쟁점부동산을 양도하고, 특별부가세를 감면신청함에 있어 양도자산명세서에 토지만 기재하고, 건물을 기재하지 아니하였다 하여 건물에 대해 감면배제한것이 정당한지 여부를 가리는데 있다. 나. 쟁점1에 관하여 (1) 관계법령 먼저 관계법령인 법인세법시행령 제94조의2 의 규정을 종합하면 익금에 산입한 금액이 사외에 유출된 것이 분명한 경우에는 그 귀속자에 따라 상여등으로 처분하되 귀속자가 불분명한 경우에는 대표자에 대한 상여로 처분하도록 규정되어 있다. (2) 다음 사실관계를 본다. 쟁점부동산의 매각대금은 370,000,000원이며, 이중에는 OO은행 OO지점에 대한 차입금 300,000,000원이 포함되어 있어 이를 매수자인 청구외 OO금속기술(주)가 인수하여 변제하기로 특약을 맺고, 그 계약내용대로 이행되어 실제 대금의 수수는 차입금을 공제한 나머지 70,000,000원만 결재된 사실이 매매계약서, 이행약정서, 등기부등본, OO은행 OO지점의 여신계좌 조회표와 당심에서 매수자에게 확인한 바 입증되고 있기는 하나, 이 차입금이 기채당시 회사에 입금되어 청구법인의 업무와 관련하여 사용되거나 자산을 취득한 사실이 불분명하므로 청구법인의 주장을 받아들이기 어렵다 할 것이다. 다. 쟁점(2)에 대하여 (1) 관계법령 먼저 관계법령인 법인세법 제17조 제1항의 규정에 의하면 손금과 익금의 귀속 사업년도는 그 금액이 확정된 날이 속하는 사업년도로 하되 다만 지급이자의 경우에는 그 금액이 발생한 사업년도의 손금에 산입할 수 있도록 규정되어 있다. (2) 청구법인은 91사업년도중 손금으로 계상하지 아니한 44,001,511원과 그 이전 사업년도에 발생한 지급이자 중 손금으로 계상하지 아니한 133,828,532원을 91사업년도의 소득금액 결정시 손금가산해야 한다는 주장이다. 그러나 지급이자에 대응하는 차입금이 청구법인의 업무와 관련하여 사용하였음이 불분명하고, ’91사업년도 이전분의 지급이자는 당해 사업년도에 발생한 것이 아니므로, 처분청에서 청구법인의 주장을 받아들이지 않는 것은 달리 잘못이 없는 것으로 인정된다. 라. 쟁점(3)에 대하여 (1) 관계법령을 본다. 조세감면규제법 제67조의13 및 동시행령 제55조의 11의 규정에 의하면, 법인이 다른 고정자산을 취득할 목적으로 2년이상 업무용으로 사용한 공장건물과 부속토지를 양도하고 면제신청을 하는 경우에 한해서 특별부가세를 면제하도록 규정되어 있다. (2) 사실관계를 본다. 청구법인은 쟁점부동산을 양도하고 92.3.30 특별부가세 감면신청(이하 “감면신청”이라 한다)을 함에 있어 양도가액을 실제보다 낮춘 71,877,200원으로 기재한 사실이 감면신청서에 의해 확인되고, 처분청은 청구법인이 감면신청시 양도자산명세서에 토지만을 기재하고 건물에 대해서는 기재한 바 없다하여 건물양도차익에 대한 특별부가세 29,942,623원을 감면배제하였다. 그러나 청구법인이 감면신청서 기재한 금액인 71,877,200원은 토지와 건물을 포함한 금액임이 토지거래허가신청서에 의해 확인되고, 여기에 따라 검인계약서가 작성 및 쟁점부동산의 소유권이전이 이루어진 사실이 등기부등본에 의해 확인되고 있어 실질적으로 토지와 건물 모두에 대해 감면신청 하였다고 보는 것이 타당할 것이고, 처분청처럼 단순히 형식적인 면만을 보아 판단할 것은 아니다.(국심 92서3738, 93.4.5, 대법원 89누7658, 90.7.24 등 같은 뜻임) 마. 따라서 이 건 심판청구는 청구주장이 일부 이유있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호 및 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.