이유
1. 원처분 개요 가. 청구인은 88.8.2 서울특별시 마포구 OO동 OOOOOOO 대지 129.6㎡를 취득하여 그 지상에 88.11.24 주택 및 점포 232.86㎡(지하1층, 지상3층이며, 이하 “쟁점주택”이라 한다)를 신축하였으며, 89.4.24 쟁점주택을 청구외 OOO에게 양도하였다. 나. 처분청은 국세청 전산자료에 의하여 청구인은 경기도 부천시 남구 OO동 O OOOOOO 주택 76.68㎡(이하 “부천시 소재 주택”이라 한다)를 81.8.6 취득하여 쟁점주택의 양도일 현재에도 소유하고 있으므로 1세대2주택으로 양도소득세 비과세대상이 아니며, 청구인이 쟁점주택을 양도하고 자산양도차익예정신고 또는 과세표준 확정신고를 한 사실이 없으므로 기준시가에 의하여 쟁점토지의 양도차익을 결정하고 92.12.3 청구인에게 89년도 귀속분 양도소득세 3,450,260원 및 동 방위세 345,020원을 부과하였다. 다. 청구인은 이에 불복하여 93.2.1 심사청구를 거쳐 93.4.24 심판청구를 제기하였다. 2. 청구주장 및 국세청장 의견 가. 청구인 주장 ① 청구인은 88.8.2 서울특별시 마포구 OO동 OOOOOOO 대지 129.6㎡를 취득하고 그 지상에 88.11.24 주택을 신축하여 89.4.24 양도하였는 바, 양도당시에 시행된 소득세법시행령 제15조 제1항 제1호를 보면, 무주택자가 단독주택을 신축하여 양도한 경우에는 양도소득세를 비과세하도록 규정되어 있으므로 쟁점주택의 양도는 1세대1주택의 양도에 해당되어 비과세 하여야 한다. ② 국세청장이 청구인은 부천시소재 주택을 81.8.6 취득하여 쟁점주택의 양도당시에도 소유하고 있다고 본 것은 부당하며, 부천시소재 주택은 83.4.8 양도되었음이 등기부등본에 의하여 확인되고, 또한 국세청장이 단독주택을 신축하여 양도한 경우 양도소득세가 비과세되는 구 소득세법시행령 제15조 제1항 제1호의 규정은 89.8.1 삭제되었고 쟁점주택은 89.11.24 양도되었으므로 양도소득세 과세는 정당하다고 본 것은 사실관계를 잘못 본 것으로 쟁점주택은 89.4.24 양도되었음이 등기부등본에 의하여 확인된다. 나. 국세청장 의견 국세청 전산자료에 의하면 청구인은 부천시소재 주택을 81.8.6 취득하여 쟁점주택의 양도시에도 소유하고 있으므로 1세대2주택일 뿐만 아니라, 쟁점주택의 양도시점이 89.11.24로서 소득세법시행령 제15조 제1항 제1호와 89.8.1 개정된 부칙 대통령령 제12767호에 의거 단독주택을 신축하여 양도한 경우는 89.8.1부터 1세대1주택의 범위에 해당되지 아니하므로 청구인의 주장은 이유없다. 3. 심리 및 판단 가. 쟁점 쟁점주택이 단독주택을 신축하여 양도하는 경우에 해당되어 1세대1주택으로 양도소득세가 비과세되는지 여부에 다툼이 있다. 나. 청구인이 쟁점주택을 양도한 당시에 부천시소재 주택을 소유하고 있었는지 여부 ① 국세청장은 쟁점주택의 양도시기를 89.11.24로 보아 단독주택을 신축하여 양도하는 경우에 양도소득세가 비과세되는 구 소득세법시행령 제15조 제1항 제1호의 규정은 89.8.1 삭제되었으므로 이 건 양도소득세 과세는 정당하다고 보았으나, 쟁점주택의 등기부등본을 보면 쟁점주택은 88.3.8 매매를 원인으로 88.4.25 청구외 OOO에게 소유권이 이전되었으며, 처분청의 이 건 양도소득세 결정결의서에도 쟁점주택의 양도일을 89.4.24로 보고 있는 점으로 보아 국세청장은 쟁점주택의 양도시기에 관한 사실관계를 오해하고 있는 것으로 보인다. ② 국세청장은 국세청 전산자료에 의하여 청구인은 부천시 소재 주택을 81.8.6 취득하여 쟁점주택의 양도당시에도 소유하고 있으므로 1세대2주택이라고 보았으나, 청구인이 제시한 부천시 소재 주택의 등기부등본을 보면, 부천시 소재 주택은 그 번지가 부천시 OO동 O OOOOOO에서 82.1.23 같은 동 O OOOOOOO로 변경되었고, 90.5.31 다시 같은 구 남구 OO동 OOOOOOO로 변경된 사실을 알 수 있고, 청구인은 부천시소재 주택을 81.8.6(원인: 81.8.6 매매)취득하여 83.4.9(원인: 83.4.8 매매) 청구외 OOO에게 양도한 사실이 나타나므로 청구인이 쟁점주택을 양도한 89.4.24에는 부천시 소재주택은 이미 83.4.9 양도되어 소유하고 있지 않는 것으로 확인된다. 다. 쟁점주택중 양도소득세가 비과세되는 주택과 주택의 부수토지 범위 ① 이 건 과세원인 발생당시에 시행된 소득세법 제5조 제6호 (자)목에서 “대통령령이 정하는 1세대1주택과 이에 부수되는 토지로서 건물이 정착된 면적에 지역별로 대통령령이 정하는 배율을 곱하여 산정한 면적 이내의 토지의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세를 부과하지 아니한다”고 규정되어 있고, 같은 법 시행령 제15조 제1항 제1호(89.8.1 삭제되기전의 것)에서 “1세대1주택이라 함은 거주자 및 그 배우자가 그들과 동일한 주소 또는 거소에서 생계를 같이하는 가족과 함께 구성하는 1세대가 국내에 1개의 주택을 소유하고 3년이상 거주하는 것으로 한다. 다만, 단독주택을 신축하여 양도하는 경우에는 그 거주기간의 제한을 받지 아니한다”고 규정되어 있으며, 같은 법 시행령 제15조 제3항과 제4항에서는 “주택의 일부에 점포등 다른 목적의 건물이 설치되어 있거나 동일지번상에 주택과 다른 목적의 건물이 설치되어 있는 경우에는 그 전부를 주택으로 본다. 다만, 주택의 면적이 주택이외의 면적보다 작거나 같을 때에는 주택부분 이외의 건물은 주택으로 보지 아니하며, 이 경우 주택에 부수되는 토지는 전체토지면적에 주택부분의 면적이 건물면적에서 차지하는 비율을 곱하여 계산한다”고 규정되어 있다. ② 쟁점주택의 건축물관리대장과 등기부등본을 보면, 청구인은 88.11.15 쟁점주택을 신축(소유권보존등기일은 88.11.24)하여 89.4.25 청구외 OOO에게 양도하였으며, 청구인이 쟁점주택을 신축하여 양도한 89.4.25에는 부천시 소재 주택은 이미 83.4.8 양도되었는 바, 양도당시에 시행된 소득세법시행령 제15조 제1항 제1호의 규정에 의하면, 이 건의 경우 청구인이 단독주택을 신축하여 양도하는 경우로 비과세대상이 되며, 단지, 쟁점주택의 건축물관리대장등을 보면 쟁점주택 전체 건축면적 232.86㎡중 주택의 면적은 113.86㎡이고 주택부분이외의 건물면적은 119㎡이므로 앞에서 본 소득세법시행령 제15조 제3항의 규정에 의하여 전체건축면적 232.86㎡중에서 주택의 면적 113.86㎡은 비과세 하여야 한다고 판단된다. 또한, 청구인이 소유하다 89.4.25 쟁점주택과 함께 양도한 토지 129.6㎡중에서 주택의 부수토지로서 양도소득세가 비과세되는 토지면적은 앞에서 본 소득세법시행령 제15조 제4항의 규정에 의하여 계산된 63.36㎡(전체 토지면적 129.6㎡×

)라고 판단된다. 라. 따라서 이 건 심판청구는 청구주장이 일부 이유있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.