이유
1. 원처분의 요지 처분청은 청구인 소유의 ○○도 ○○시 ○○동 ○○번지외 12필지 토지 128,436㎡(이하 “이 사건 토지”라 한다)에 대한 2004년도 종합토지세를 과세함에 있어서 1999.10.29. ○○산업단지에서 제외되었을 뿐만 아니라 나대지 상태로 방치하고 있고, 구 지방세법시행령(2005.1.5. 대통령령 제18669호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제195조의15제4항제5호에서 규정하고 있는 송전·변전시설에 직접 사용하고 있는 토지에 해당된다고 볼 수 없어 종합합산과세대상으로 보아 그 가액(6,879,847,290원)을 과세표준으로 구 지방세법(2005.1.5. 법률 제7332호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제234조의16제1항의 세율을 적용하여 산출한 종합토지세 87,390,140원, 도시계획세 17,113,520원, 지방교육세 118,794,400원, 농어촌특별세 12,969,870원, 합계 134,951,550원을 2004.10.10. 부과 고지하였다. 2. 청구의 취지 및 이유 청구인은 이 사건 토지는 발전소 준공후 ○○산업단지에서 제외되기는 하였으나 ○○산업단지로 지정받은 발전소 부지와 1구내로 구획이 확정되어 있고, 이 사건 토지에 냉각수 배수로 및 호안방파제가 설치되어 있는 등 발전사업용으로 사용되고 있을 뿐만 아니라, 장차 기존 회처리장이 포화상태가 될 경우 추가시설을 해야 할 토지로서, 발전소 운영상 필수설비인 회처리장으로서의 용도로 사용되어야 할 토지이므로, 단지 산업단지에서 제외되었다고 하여 종합합산과세대상으로 보아 종합토지세 등을 부과한 처분은 부당하다고 주장하고 있다. 3. 우리부의 판단 이 사건 심사청구의 다툼은 산업단지에서 제외된 토지에 대한 종합토지세를 과세함에 있어 종합합산세율을 적용한 것이 타당한 지 여부 에 있다 하겠다. 먼저 관계법령의 규정을 보면, 구 지방세법 제234조의15 제1항에서 종합토지세의 과세표준은 종합합산과세표준·별도합산과세표준 및 분리과세표준으로 구분한다고 규정하고 있고, 같은 조 제2항제1호 내지 제6호에서 종합합산과세표준은 과세기준일 현재 납세의무자가 소유하고 있는 전국의 모든 토지중 별도합산 또는 분리과세의 대상이 되는 건축물의 부속토지로서 대통령령이 정하는 건축물의 부속토지를 제외한 토지의 가액을 합한 금액으로 하되, 이 법 또는 관계법령의 규정에 의하여 종합토지세가 비과세 또는 면제되는 토지의 가액, 이 법 또는 다른 법령의 규정에 의하여 종합토지세가 경감되는 토지의 경감비율에 해당하는 토지가액, 공장용지·전·답·과수원 및 목장용지로서 대통령령이 정하는 토지의 가액, 산림의 보호육성을 위하여 필요한 임야 및 종중소유 임야로서 대통령령으로 정하는 임야의 가액, 제112조제2항의 규정에 의한 골프장(동조동항 본문 후단의 규정을 적용하지 아니한다)용 토지의 가액과 동조동항의 규정에 의한 별장·고급오락장용 토지로서 대통령령이 정하는 토지의 가액 및 제188조제1항제2호(1)의 규정에 의한 주택의 부속토지로서 대통령령이 정하는 기준면적을 초과하는 토지의 가액, 제3호 내지 제5호의 규정에 의한 토지와 유사한 토지 및 종합토지세를 분리과세하여야 할 상당한 이유가 있는 것으로서 대통령령으로 정하는 토지의 가액은 이를 합산하지 아니한다고 규정하고 있으며, 같은 조 제3항에서 별도합산과세표준은 과세기준일 현재 납세의무자가 소유하고 있는 전국의 모든 건축물의 부속토지중 대통령령으로 정하는 건축물의 부속토지의 가액을 합산한 금액으로 하되, 제2항제1호 및 제2호의 규정에 의한 토지의 가액은 이를 합산하지 아니한다고 규정하고 있고, 같은법시행령 제194조의14 제1항에서 법 제234조의15제2항 본문에서 “대통령령이 정하는 건축물의 부속토지”라 함은 건축물(법 제104조제4호의 규정에 의한 건축물과 행정자치부령으로 정하는 지상정착물을 말하며, 건축중인 경우와 과세기준일 현재 건물멸실등기를 한 날부터 6월이 경과하지 아니한 경우를 포함하되, 과세기준일 현재 건축기간이 경과하였거나 정당한 사유없이 6월 이상 공사가 중단된 경우를 제외한다. 이하 이 절에서 같다)중 다음 각호의 1에 해당하는 건축물을 제외한 건축물의 부속토지로서 건축물의 바닥면적(건물외의 시설물의 경우에는 그 수평투영면적을 말한다)에 제2항의 규정에 의한 용도지역별 적용배율을 곱하여 산정한 면적을 초과하지 아니하는 토지를 말한다고 규정하면서, 그 제1호 내지 제4호에서 공장구내의 건축물[특별시, 광역시(군지역을 제외한다), 시지역(읍·면지역을 제외한다)안에서는 산업입지및개발에관한법률에 의하여 지정된 산업단지 및 국토의계획및이용에관한법률에 의하여 지정된 공업지역안에 위치한 공장용 건축물에 한한다]과 법 제234조의15제2항제5호의 규정에 의한 토지안의 건축물, 그 제2호에서 주거용 건축물(1구의 건축물이 주거와 주거외의 용도에 겸용되는 경우에는 행정자치부령으로 정하는 기준에 의한다), 제1호 및 제2호외의 건축물로서 건축물의 시가표준액이 당해 부속토지의 시가표준액의 100분의 3에 미달하는 건축물, 제1호 및 제2호외의 건축물중 건축법등 관계법령의 규정에 의하여 허가 등을 받아야 할 건축물로서 허가 등을 받지 아니한 건축물 또는 사용승인을 받아야 할 건축물로서 사용승인을 받지 아니하고 사용 중인 건축물(임시사용승인을 받은 경우를 제외한다)이라고 규정하고 있으며, 같은 조 제2항에서 공업지역의 용도지역별 적용배율은 4배라고 규정하고 있고, 같은법시행령 제194조의16 제1항에서 법 제234조의15제3항에서 “대통령령으로 정하는 건축물의 부속토지의 가액”이라 함은 제194조의14제1항 및 제3항의 규정에 의한 토지의 가액을 말한다고 규정하고 있다. 다음으로 청구인의 경우를 보면, 청구인 소유의 이 사건 토지가 1995.4.24. ○○산업단지에 편입되었다가 1999.12.23. 발전소 준공 후 ○○산업단지에서 제외된 사실과 처분청은 이 사건 토지에 대하여 2004년도 정기분 종합토지세 등을 부과하면서 ○○산업단지에서 제외되었을 뿐만 아니라 나대지 상태로 방치하고 있어 송전·변전시설에 직접 사용되고 있는 토지에 해당된다고 볼 수 없다는 이유로 종합합산과세대상으로 보아 이 사건 종합토지세 등을 부과한 사실은 제출된 관계 증빙자료에 의하여 알 수 있다. 이에 대하여 청구인은 이 사건 토지는 발전소 부지와 1구내로 구획이 확정되어 있는 토지로서, 발전소 건축물 및 시설물의 바닥면적에 공업지역 용도지역별 적용배율(4배)을 곱하여 산정한 면적을 초과하지 아니하므로 별도합산과세대상이라 할 것임에도, 산업단지에서 제외되었다고 하여 종합합산과세대상으로 보아 이 사건 종합토지세 등을 부과한 처분은 부당하다고 주장하고 있으므로 이에 관하여 보면, 청구인의 경우 이 사건 토지는 당초 ○○국가산업단지에 포함되었다가, 1999.12.23. ○○국가산업단지 발전소 부지의 축소로 산업단지에서 제외되었음은 사실이나, ○○국가산업단지로 지정받은 발전소와 동일한 담장 및 울타리로 구획된 1구내의 토지로서 동토지의 지상에는 발전소 냉각수 배수로가 설치되어 있고, 동일 구내에 있는 발전소 건축물 및 시설물 등의 바닥면적에 공업지역 용도지역 적용배율 4배를 적용하더라도 용도지역 적용배율 이내의 토지에 해당되므로 구 지방세법 제234조의15 제3항 및 같은법시행령 제194조의16 제1항 규정에 의한 별도합산과세대상에 해당된다(같은 취지의 행정자치부 심사결정례 제2002-46호, 2002.1.28 ; 제2003-82호, 2003.4.28) 하겠으므로, 처분청의 이 사건 토지에 대한 종합토지세 등 부과처분은 종합합산과세대상에서 별도합산과세대상으로 변경되어야 할 부과처분으로서 구 지방세법 제234조의19 규정에 의한 세액조정절차를 거쳐 경정되어야 할 것이다. 따라서 청구인의 주장은 이유가 있다고 인정되므로 지방세법 제77조 제1항의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다. 2005. 5. 30. 행 정 자 치 부 장 관