이유
1. 원처분 개요 청구법인은 소매업(수퍼마킷) 및 부동산 임대업을 영위하는 법인으로 청구법인 소유 서울특별시 OO구 OO동 OOOOOO 대지 990.8㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)상에 지하4층 지상7층의 업무시설 및 근린생활시설 6,007.11㎡(이하 “쟁점건물”이라 하며 쟁점토지와 쟁점건물을 “쟁점부동산”이라 한다)를 신축하고자 91.1.5 건축허가를 얻어 91.12.31 현재 신축중에 있다. 처분청은 청구법인에 대한 91.1.1～91.12.31 사업년도의 법인세를 조사결정하면서 사업년도 종료일인 91.12.31현재 신축중인 쟁점부동산을 임대용 자산으로 판단하여 청구법인이 보유하고 있는 자산총액중 임대용에 공하고 있는 자산이 50/100이 넘는다 하여 청구법인의 주업을 부동산임대업으로 보아 임대보증금에 대한 간주임대료 220,983,443원을 익금에 산입하여 93.12.1 91.1.1～91.12.31 사업년도 법인세 112,965,090원을 결정고지하였다. 청구법인은 이에 불복하여 93.12.21 심사청구를 거쳐 94.3.5 심판청구를 제기하였다. 2. 청구주장 및 국세청장의견 청구법인은 처분청이 그 사용목적이 확정되지도 아니한 신축중인 쟁점부동산을 임대사업용 자산으로 보아 청구법인을 임대업을 주업으로 하는 법인으로 판단하여 임대보증금에 대한 간주익금을 계산하여 익금가산하였음은 부당하다는 주장이다. 국세청장은 쟁점부동산이 임대목적으로 신축하여 아직 완공이 되지 않았고, 임대계약 체결이나 임대보증금의 일부등을 받은 사실이 없더라도 그 목적에 비추어 임대에 사용된 자산으로 보아야 하므로 임대목적 신축중인 쟁점부동산은 법인세법시행령 제14조 제6항의 주업여부를 판정함에 있어 “임대사업에 사용된 자산”에 포함하는 것이므로 청구법인을 부동산임대업을 주업으로 하는 법인으로 판정하여 과세한 이 건 처분은 정당하다는 의견이다. 3. 심리 및 판단 가. 쟁점 청구법인을 부동산임대업을 주업으로 하는 법인으로 판정한 것이 정당한지를 가리는 데 있다. 나. 관련규정 법인세법 제9조 제5항과 같은법시행령 제14조 제1항, 제4항 및 제6항의 규정을 모아보면, 사업년도 종료일 현재 법인의 자산총액중 임대사업에 사용된 자산가액이 50/100이상인 법인은 「부동산임대업을 주업으로 하는 법인」으로 보도록 되어 있고, 이 경우 당해 법인은 부동산 또는 부동산상의 권리등을 대여하고 보증금·전세금 또는 이와 유사한 성질의 금액을 받은 경우에는 소정의 산식에 의하여 계산한 금액(이하“간주익금”이라한다)을 익금산입하도록 규정하고 있다. 다. 청구법인의 주업을 부동산임대업으로 볼 수 있는지 전시한 규정에 의하면 「부동산임대업을 주업으로 하는 법인」이라 함은 사업년도 종료일 현재 “자산총액중 「임대사업에 사용된 자산 총액」이 50/100 이상인 법인”이라고 규정하고 있고, 「임대사업에 사용된 자산」이라 함은 임대행위가 이루어진 자산으로 봄이 합당하고 임대행위가 이루어진 자산인지 여부의 판단은 그 보증금·전세금 또는 이와 유사한 성질의 금액을 받은 것인지에 따라 결정함이 타당하다 할 것이다. 이 건의 경우와 같이 신축중인 건물을 임대사업에 사용된 자산으로 볼 수 있는지 여부를 판단하기 위하여는 사전 임대계약금등 임대보증금의 수입이 있었는지 여부를 조사하여 확인된 부분에 한하여 임대사업에 사용된 자산으로 보아 주업판단의 자료로 활용하여야 할 것이나, 처분청의 이 건 관련 「조사서」 및 「청구에 대한 의견서」를 보면, 처분청은 쟁점부동산이 사무실 임대목적으로 설계되고 건축되고 있다고 보아 그 향후 사용용도에 따라 쟁점부동산 전체를 임대용자산으로 구분한 것으로 나타나는 반면, 청구법인이 쟁점건물이 준공되기전 쟁점부동산을 임대하고 계약금등 임대보증금을 수령한 사실을 조사하였는지 여부가 나타나지 아니하여 당심판소가 처분청에 “처분청이 청구법인을 상대로 이 건 법인세 조사시 91사업년도중 청구법인이 쟁점부동산을 임대하고 계약금등 임대보증금을 받았는지를 조사한 사실이 있는지와 조사하였다면 그 조사결과”를 질문한 바, 처분청은 “청구법인이 임대보증금을 받은 사실을 발견하지 못하였다”고 회신하고 있고 또한 달리 청구법인이 쟁점부동산을 사전 임대하고 임대보증금을 받은 사실이 확인되지도 아니하는점 등으로 보아 쟁점부동산은 임대사업에 사용된 자산으로 볼 수 없고, 따라서 청구법인이 부동산임대업을 주업으로 하는 법인인지 여부를 판단함에 있어 쟁점부동산가액 7,614,717,546원을 임대사업용에 사용된 자산가액에서 제외하고 계산하면 청구법인의 총자산가액 25,858,693,772원중 임대사업에 사용된 자산가액은 9,950,336,907원으로 자산총액중 임대사업에 사용된 자산가액의 점유비는 전시 법령에 규정하고 있는 기준인 100분의 50에 미달되는 100분의 38.4가 되어 청구법인은 부동산임대업을 주업으로 하는 법인이 아닌 것으로 판단된다. 라. 따라서 청구주장은 이유있다고 인정되므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.