이유
1. 원처분의 요지 처분청은 청구인이 경기도 ○○시 ○○동 1262-6번지에 본점을 두고 2003.6.27. 서울특별시 ○○ 구 ○○ 동 406-21번지외 8필지 토지 2,797㎡와 동 지상 건축물 10,985.11㎡(이하 “이 사건 부동산” 이라 한다)를 취득한 후 같은날 등록세 등 1,310,400,000원을 신고납부하였으나, 이 사건 부동산 건축물중 406.69㎡를 청구인의 대표이사 집무실, 임원실 , 본점 회계 부서 사무실(이하 동 부속토지를 포함하여 “이 사건 쟁점면적”이라 한다) 등으로 사용하면서 2006. 10. 12. 이 사건 부동산 소재지로 본점소재지를 이전함에 따라 이 사건 쟁점 면적에 대한 취득·등기를 지방세법 제138조제1항 제2호에서 규정하고 있는 대도시외의 법인이 대도시내로의 본점 전입에 따른 부동산등기로 보아, 이 사건 쟁점면적을 이 사건 부동산의 취득가격으로 안분한 1,347,602,120원에 지방세법 제138조 제1항의 중과세율을 적용하여 산출한 세액에서 기신고 납부한 세액을 차감한 등록세 99,186,190원 지방교육세 18,220,110원 합계 117,406,300원 (가산세 포함)을 2007. 2. 9. 부과 고지하였다. 2. 청구의 취지 및 이유 청구인은 1980. 9. 30. 경기도 ○○ 시 ○○ 구 ○○ 동 224-3번지를 본점으로 설립된 법인으로서 1983 .3. 19. 서울특별시 ○○ 구 ○○ 동 168-24번지에 서울지점을 설치한 후, 1993. 8. 11. 경기도 ○○ 시 ○○ 동 1262-6번지로 본점을 이전하고 1999. 2. 1. 서울특별시 ○○ 구 ○○ 1동 406-21번지로 서울 지점을 이전한 다음 2003. 6. 27. 이 사건 부동산을 취득 등기하였으므로 이 사건 부동산은 지점 설치일부터 5년이 경과한 후 취득하여 등록세 중과 대상이 아님에도 처분청이 2006. 10. 12. 이 사건 부동산으로 본점을 이전 하였다는 이유로 이 사건 쟁점 면적을 대도시내로의 본점 전입에 따른 부동산 등기로 보아 등록세를 중과한 것은 부당하다고 주장하며 이 사건 등록세 등의 취소를 구하고 있다. 3. 우리부의 판단 이 사건 심사청구의 다툼은 대도시내 지점의 설치일부터 5년이 경과한 후 부동산을 취득·등기하고 대도시외의 본점을 취득한 부동산내로 이전한 경우 이 부동산에 설치된 대표이사 집무실 등을 본점 전입에 따른 부동산 등기로 보아 등록세를 중과할 수 있는지 여부에 있다 하겠다. 먼저 관계법령을 보면 , 지방세법 제138조 제1항제3호에 규정한 대도시내에서의 법인의 설립과 지점 또는 분사무소의 설치 및 대도시내로의 법인의 본점·주사무소 ·지 점 또는 분사무소의 전입에 따른 부동산등기와 그 설립 ·설치 ·전입 이후의 부동산등기에 해당하는 등기를 하는 때에는 그 세율을 제131조 및 제137조에 규정한 당해 세율의 100분의 300으로 한다고 하고 있고, 같은법시행령 제102조 제2항에서 법 제138조제1항제3호에서 “법인의 설립과 지점 또는 분사무소의 설치 및 대도시내로의 법인의 본점·주사무소 ·지점 또는 분사무소의 전입에 따른 부동산등기”라 함은 당해 법인 또는 지점 등이 그 설립·설치·전입 이전에 취득하는 일체의 부동산등기를 말하며, “그 설립· 설치·전입 이후의 부동산 등기”라 함은 법인 또는 지점 등이 설립·설치·전입 이후 5년 이내에 취득 하는 업무용·비업무용 또는 사업용 ·비사업용을 불문한 일체의 부동산등기를 말한다고 규정하고 있다 다음으로 청구인의 경우를 보면, 청구인은 1980. 9. 30. 소방기구 및 기계 등의 제조 및 판매를 목적으로 경 기도 ○○ 시 ○○ 구 ○○ 동 224-3번지에서 (주) ○○ 으로 설립한 후 1983. 3. 19. 서울특별시 ○○ 구 ○○ 동 168-24 번지에 서울 지점 등기를 필하 고, 1993. 8. 11. 경기도 ○○ 시 ○○ 동 1262-6 번지로 본점을 이전한 후, 1999. 2. 1. 이 사건 부동산 소재지인 서울특별시 ○○ 구 ○○ 1동 406-21번지에 지점(서울 사무소)등기를 필하고 대표이사 집무실 등을 설치하였으며 2003. 6. 27에 이 사건 부동산을 취득한 후 2006. 10. 12. 이 사건 부동산 소재지로 본점을 이전한 것 은 제출된 관계 증빙 자료에서 확인 되고 있는 바, 이에 대하여 청구인은 지점 설치일로부터 5년이 경과한 2003. 6. 27 이 사건 부동산을 취득·등기하였으므로 등록세 중과 대상이 아님에도 처분청이 2006. 10.12 . 이 사건 부동산 소재지로 본점을 이전 하였다는 사유로 이 사건 쟁점 면적을 대도시내로의 본점 전입에 따른 부동산 등기로 보아 등록세를 중과한 것은 부당하다고 주장하고 있으나 지방세법 제138조 제1항제3호에서 규정하고 있는 “대도시내로의 법인의 본점전입에 따른 부동산등기”라 함은 대도시내로 본점을 이전하기 전에 취득한 일체의 부동산 등기를 말하는 것으로 반드시 그 부동산의 전부가 법인 또는 지점 등의 업무에 사용되어야 한다거나 취득 당시 그 부동산의 전부를 법인의 본점 또는 지점으로 사용할 의사가 있어야만 하는 것은 아니다(대법원 2001두3747, 2001.12.28. 판결)라고 할 것이므로 이 사건 쟁점면적을 제외한 이 사건 부동산의 대부분을 청구인의 지점 설치에 따른 부동산으로 사용되고 있다고 하더라도 이 사건 부동산에 대표이사 집무실, 임원실, 본점 회계 부서 사무실을 설치한 후 본사에서 파견된 임직원(홍 ○○ 이사 등)이 기획·회계업무 등을 처 리하고, 이 사건 부동산 취득을 위한 이사회 등을 개최하여 중요한 의사결정을 한 사실이 청구인의 이사회 의사록 등에서 입증되고 있음을 볼 때 이 사건 쟁점 면적은 본점을 지원하는 지점의 역할을 하는 것이 아니라 사실상 본점 역할을 하는 것이 므로 이 사건 쟁점 면적에 대한 부동산 취득 등기를 대도시 내로의 본점 전입에 따른 부동산 등기로 보아 처분청이 이 사건 부동산 취득가액에서 쟁점면적의 가액을 안분하여 등록세를 중과한 것은 잘못이 없다고 하겠다. 따라서 청구인의 주장은 이유가 없다고 인정되므로 지방세법 제77조 제1항의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다. 2007. 4. 30. 행 정 자 치 부 장 관