이유
1. 사실 청구법인은 미합중국내에 소재하는 OOO OOOO OOO와 87.6.18청구법인 45%, 위 외국법인 55% 비율로 출자하는 합작계약을 체결하여 한국 OOOO 조명주식회사를 설립하면서 당해합작투자법인에 현물출자하기 위하여 88.5.1을 재평가일로하여 청구법인의 부동산(건물)에 대하여 같은달 25 재평가신고를 하였고, 처분청이 같은해 7.11 재평가결정을 하였으나 그후 위 외국법인의 요청에 따라 현물출자대신 전액 현금출자를 하게 되었는바, 처분청은 이러한 청구법인의 자산재평가를 임의평가로 보아 재평가차액을 익금산입하였고, 또한 청구법인은 주주로서 사용인인 청구외 OOO, OOO이 임원으로 취임함에 따라 퇴직위로금으로 50,000,000원과 40,000,000원을 각각 지급하자 처분청은 퇴직금지급규정을 초과한 금액 32,029,884원과 22,311,790원을 각각 손금부인하고 상여로 처분하여 90.12.3 청구법인에게 88.1～12사업년도분 법인세 56,061,090원 및 동 방위세 11,398,020원을 과세하였으며, 청구법인은 이 건 심판청구에서 그 경정을 구한다. 2. 청구법인 주장 가). 외자도입법 제41조 제5항의 규정에 의하면 “제4항의 규정에 의하여 재평가한 출자의 목적물을 대한민국 법인이 제11조의 규정에 의한 기간내에 납입하지 아니한 때에는 자산재평가법에 의한 재평가를 하지 아니한 것으로 본다”라고 규정하고 있고, 자산재평가법 통칙 3-17...18의 규정에 의하면 “ 외자도입법 제41조 제4항의 규정에 의하여 자산을 재평가하고 재평가세를 납부하였으나 동조 5항의 규정에 의하여 외국인 투자가가 출자의 목적물을 납입하지 아니하므로서 재평가를 하지 아니한 것으로 보는 경우에는 납부한 재평가세를 환급한다”라고 규정함으로써 재평가법 제4조 제1항에 의한 일반재평가외에 특례규정에 의한 재평가는 그 목적물을 법이 정한 기한내에 납입하지 아니하거나 또는 외국인 투자자의 반대로 현물출자가 이루어지지 아니할 때는 재평가 자체는 없는 것으로 보아야 하며, 자산재평가법 또는 동법기본통칙 규정에 재평가등에 관한 정부의 결정이 있기전에는 재평가신고를 철회할 수 있으며 이 경우 납부한 재평가세는 환급한다는 규정은 있으나 임의평가증으로 본다는 규정은 없으므로 재평가차액을 임의평가증으로 보아 이를 익금산입한 것은 부당하다는 주장이며, 나). 청구법인의 사용인인 청구외 OOO, OOO이 임원으로 승진됨에 따라 현실적으로 퇴직한 것으로 보아 법인의 퇴직금 지급규정에서 정한 퇴직금외에 퇴직위로금으로 OOO에게 32,029,884원, OOO에게 23,311,790원을 각각 지급한 것을 특수관계자에게 지급한 퇴직위로금이라 하여 손금불산입하고 동인에 대한 상여로 처분하였으나, OOO과 OOO은 퇴직금 지급시 청구법인의 임원이 아닌 종업원이었으므로 청구법인과 특수관계가 성립될 수 없으며, 또한 이들이 퇴직당시 주주로서 청구법인의 발행주식 153,000주중 OOO 1,810주(지분비율 0.012%)와 OOO 2,310주(지분비율 0.014%)를 소유하고 있었으나 이는 청구법인이 종업원 지주제도를 도입하고 주식관리 규정에 따라 소유하게 된 것이므로 이들을 청구법인과의 특수관계로 보아 법인세법. 제20조 의 규정을 적용하여 부당행위계산을 적용함은 부당하며, 법인세법 제20조 의 규정에 의하면 “조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정되는 경우”라고 규정하고 있는 바, 청구법인의 규모, 재산상태 및 영업실적과 과세표준신고등을 감안할 때 종업원에게 퇴직금 규정을 초과하여 지급한 퇴직위로금을 조세의 부담을 부당하게 감소시킨 행위로 인정함은 부당하며, 특히 OOO은 근속기간이 11년 6월(76.4.1～87.9.17)이고, OOO은 근속기간이 11년 4월(77.1～88.4.30)이나 청구법인의 퇴직금 지급규정에 의하면 근로기준법을 준용하여 1년에 30일의 평균 급여분을 지급하게 되어 있어 장기근속자라 하더라도 누진제 적용을 할 수 없으므로 누진제를 규정하고 있는 타 회사의 규정을 참고로하여 그 산정액을 이사회 결의에 의하여 지급하였는바, 동 금액을 손금부인한 것은 위법부당하다는 주장이다. 3. 국세청장 의견 가). 자산재평가법 기본통칙 3-15...18(재평가 결정 효력이 상실된 경우 재평가세 및 재평가 차액의 처리)에서, “① 재평가일로부터 1년내에 해산 또는 폐업하거나, 재평가 자산을 양도함으로써 법 제18조 제1항 단서의 규정에 의하여 재평가를 아니한 것으로 보는 경우에도 법 제17조의 규정에 의하여 정부가 재평가액등을 결정한 때에는 재평가세를 환급하지 아니한다. ② 제1항의 규정에 의하여 재평가액등의 결정 효력이 상실된 경우의 재평가차액 상당액은 그 자산에 대한 임의평가증으로 본다”고 규정하고 있으며, 국세청 예규인 법인 22601-1175(90.5.30)에 의하면 “ 자산재평가법 제17조 의 규정에 의한 재평가액등에 관한 정부의 결정이 있은 후에도 재평가 신고를 철회할 수 없는 것임”라고 규정하고 있어서 관련 법규정을 모두어 보면, 재평가 신고를 한 후 정부의 결정이 있기 전에는 재평가신고를 철회할 수 있으나, 정부가 재평가액등을 결정한 때에는 재평가신고를 철회할 수 없고, 재평가액등의 결정효력이 상실된 경우의 재평가차액 상당액은 그 자산에 대한 임의평가증으로 보도록 규정하고 있음을 알 수 있다. 청구법인은 합작투자를 하기 위하여 청구법인 소유 건물을 자산재평가법에 의한 재평가하기로 결의한 사실이 이사회 의사록에 의하여 확인이 되고, 동 자산을 88.5.13 한국감정원에서 감정평가한 사실, 그리고 같은달 25 처분청에 재평가신고를 한 후 처분청이 같은해 7.11 재평가 결정을 하여 같은달 7.12 청구법인에게 동 결정내용을 통지한 사실이 관계기록에 의하여 확인이 되고 있고 이 부분에 다툼은 없다. 그렇다면 청구법인은 이 건 재평가신고를 철회할 수 없는 것이고, 재평가한 출자의 목적물을 납입하지 않은 경우는 자산재평가법에 의한 재평가를 하지 않은 것으로 보도록 외자도입법 제41조 제5항에서 규정하고 있으므로 처분청이 전시한 법규정에 의하여 청구법인의 장부 반영 여부에 관계없이 임의평가증한 것으로 보아 익금산입한 처분에 달리 잘못이 없으며, 나). 법인세법 제20조 (부당행위계산의 부인)에서 “정부는 대통령령이 정하는 바에 의하여 내국법인의 행위 또는 소득금액의 계산이 대통령령이 정하는 특수관계 있는 자와의 거래에 있어서 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 법인의 행위 또는 소득금액의 계산에 불구하고 그 법인의 각 사업년도의 소득금액을 계산할 수 있다”고 규정하고 있고, 동법시행령 제46조 (법인의 부당한 행위 또는 계산)제1항 제1호에서 특수관계 있는 자라 함은 출자자(법 제22조 제3항 제2호에 규정하는 소액주주를 제외한다)와 그 친족으로 규정하고 있다. 청구외 OOO은 청구법인의 주식 1,810주를 OOO은 2,310주를 각각 소유하고 있는 사실이 청구주장에서 밝힌 바 있으므로 퇴직자인 위 OOO과 OOO은 비상장 법인인 청구법인의 주주로서 특수관계에 있는 자임을 알 수 있다. 한편, 청구법인의 퇴직금 지급규정을 보면, 장기근속자의 퇴직금 지급율은 이사회에서 결정하는 것으로 규정되어 있을 뿐 장기근속의 기준이 명시되어 있지 않으며, OOO(재직기간 11년 5월)과 OOO(재직기간 11년 4월)의 퇴직금 지급건에 대한 이사회 의사록을 보면 퇴직금 지급율이나 산출근거도 없이 장기근속자인 OOO에게 50,000,000원, OOO에게 40,000,000원의 퇴직금을 지급하는 것으로 의결된 사실이 제출자료에 의하여 확인이 되고 있고, 88.10월 퇴직한 12년 7월 근속자인 청구외 OOO는 근로기준법에 의하여 산출한 13,573,474원, 또 같은시기에 퇴직한 11년 4월 근속자인 청구외 OOO는 근로기준법에 의하여 산출한 13,798,963원을 각각 지급한 사실이 퇴직소득 원천징수 영수증에 의하여 확인이 되고 있다. 제출된 청구법인의 퇴직금 지급규정은 장기근속의 기준이 명시되어 있지 않고, 이사회의 결의에서도 장기근속자의 퇴직금 지급율만을 정하도록 규정되어 있는데, 이 건 OOO과 OOO의 퇴직금 지급건은 금액을 명시하여 OOO에게 50,000,000원, OOO에게 40,000,000원을 지급하는 것으로 결정한 점과 같은 근속년수의 다른 종업원에게는 근로기준법에 근거하여 산출한 퇴직금만을 지급한 점, 그리고 위 OOO과 OOO은 퇴직후 청구법인의 대표이사로 선임된 점 등으로 볼 때, 이 건 퇴직위로금 지급액을 조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 본 처분에 달리 잘못이 있어 보이지 않는다. 따라서 처분청이 OOO에게 지급된 퇴직금 50,000,000원중 근로기준법에 의하여 산출한 17,970,116원을 차감한 32,029,884원, OOO에게 지급된 퇴직금 40,000,000원중 근로기준법에 의하여 산출한 17,688,210원을 차감한22,311,790원, 합계 54,341,674원을 손금부인하여 과세한 이 건 처분은 정당하다는 의견이다. 4. 쟁점 가). 합작투자법인에 현물출자하기 위하여 재평가하였으나 법 소정기간(2년)내에 이를 자본금으로 납입하지 아니한 경우, 당해 재평가차액의 처리와 나). 주주인 사용인에게 퇴직금지급규정외의 퇴직위로금을 지급한 경우, 당해퇴직위로금을 손금으로 용인할 수 있는지 여부를 가리는 데 그 쟁점이 있다. 5. 심리 및 판단 쟁점 가)에 대하여 : 먼저, 사실관계를 살펴보면, 청구법인이 미합중국 법인인 OOO OOOO OOO와 87.6.18 청구법인이 자본금의 45%, OOO OOOO OOO가 자본금의 55%를 출자하여 한국 OOO 조명주식회사를 설립하면서 당초 당해 합작투자법인에 현물출자하기 위하여 청구법인의 부동산(건물)을 88.5.1을 재평가일로하여 재평가하여 같은달 25, 처분청에 재평가신고를 하였고, 처분청이 같은해 7.11, 재평가결정을 한 사실, 그러나 그후 OOO OOOO OOO의 요청을 받아들여 당초 청구법인이 현물출자하기로 한 것을 전액현금 출자로 변경한 사실, 이에 따라 당초 88.7.31 건물계정과 재평가적립금 계정에 계상한 재평가차액 30,645,353원을 같은해 12.31 이를 취소하여 회계처리상으로는 자산재평가 자체는 없었던 것으로 처리한 사실, 그러나, 처분청은 위의 재평가차액중 30,645,000원을 임의평가증으로 보아 88.1～12사업년도의 소득금액계산상 익금에 산입한 사실을 관련 기록에 의하여 인정할 수 있으며, 이에 대하여는 다툼이 없다. 한편, 외자도입법 제11조 (출자의 목적물의 납입)와 제41조(다른 법률과의 관계)제4항·제5항, 자산재평가법 제4조 (재평가일) 및 제38조(재평가의 제한)규정을 종합하여 보면, 외국인 투자가와 합작하여 사업을 하는 내국법인은 당해출자의 목적물에 대하여 매월 1일을 재평가일로 하여 자산재평가법에 의한 재평가를 할 수 있으며, 재평가한 출자의 목적물을 외국인 투자인가를 받은 날로부터 2년내에 납입하지 아니한 때에는 동법에 의한 재평가를 하지 아니한 것으로 본다고 규정하고 있음을 알 수 있다. 그러므로, 이 건의 경우 청구법인이 법소정기간내에 당해출자의 목적물을 납입하지 아니하였으므로 당초부터 재평가를 하지 아니한 것으로 보는 것은 위 법조의 규정에 의하여 당연한 것이고, 다만, 당초의 재평가 차액의 처리가 문제되는 바, 만약 청구법인이 당해 재평가가액만큼 건물가액을 증가시켰다면 당해가액은 건물의 임의평가증으로 당해 각 사업년도의 익금에 산입하여야 하고, 따라서 당해 임의평가증분에 해당하는 감가상각비도 손금에 산입할 수 있으며, 당해 재평가 차액에 해당하는 재평가적립금은 없고 잉여금이 증가된 것으로 볼 수 있는 것인 데, 앞서 본 바와같이 청구법인은 재평가한 당해 출자의 목적물을 납입할 수 없게되자 재평가일이 속하는 당해 사업년도에 자산재평가차액에 해당하는 건물계정의 증액부분과 재평가적립금을 취소시키고 원래대로 장부가액을 환원시킨 사실이 있으므로, 이러한 경우에는 당초부터 재평가가 없는 것으로 보는 것은 물론 청구법인이 장부상 건물가액을 임의로 증액시킨 바도 없으므로 이를 임의평가증으로 하여 각 사업년도의 소득이 증가된 것으로 보아 법인세를 과세할 수는 없다 할 것이다. (법인세법 기본통칙 2-2-7...9, 국세청예규 법인 22601-1612, 88.6.8 참조), 쟁점 나)에 대하여 : 청구법인이 청구법인의 사용인인 청구외 OOO(무역부장)과 OOO(품질관리부장)이 청구법인과 청구외 OOO 조명주식회사의 대표이사로 각각 취임하게 됨으로써 이를 현실적인 퇴직으로 하여 88.4.29 이사회 결의에 의하여 퇴직위로금으로 50,000,000원과 40,000,000원을 각각 지급한 사실, 처분청이 이러한 퇴직위로금 지급이 “퇴직금은 퇴직하는 날로부터 최근 3개월간의 평균급여로 재직기간 1년에 대하여 30일로 계산한다”는 근로기준법에 기초한 청구법인의 퇴직급 규정 제3조 제1항에 위배되고, 또한 “장기근속자의 퇴직금 지급율은 이사회에서 결정한다”는 동 퇴직금 규정 제3조 제4항에도 해당하지 아니한다고 보아 그 초과분으로 OOO분 32,029,884원, OOO분 23,311,799원을 88.1～12사업년도의 소득금액계산상 손금부인한 사실을 인정 할 수 있고 이에 대하여는 다툼이 없다. 그런데, 처분청은 청구법인이 특수관계에 있는 위 두사람에게 다른 퇴직자와는 달리 퇴직위로금을 과다지급한 것이고, 따라서 청구법인이 조세부담을 부당하게 감소시킬 목적에서 그와 같이 지급한 것이므로 이 건 과세처분이 정당하다는 의견이고, 이에 대하여 청구법인은 78.9.1 주식관리 규정을 제정하여 종업원 지주제를 실시하였기 때문에 위 두사람이 주주가 되었지만, 주주라는 지위는 위 두사람에만 국한된 것이 아니고, 특히 위 두사람이 청구법인의 발전에 기여한 공로가 크기 때문에 그 포상조로 퇴직위로금을 이사회결의에 의하여 지급하고 대표이사로 선임한 것일 뿐 조세부담을 부당히 감소시킬 목적에서 퇴직위로금을 지급한 것이 아니라고 주장하는 바, 그 당부를 살펴보면, 청구법인과 청구법인의 주주인 위 두사람이 특수관계에 있고, 처분청의 과세이유에서 보는 바와 같이 다른 장기근속자의 경우에는 퇴직금 지급규정에 의한 퇴직금만을 지급하였음에도 대표이사등으로 취임하는 오직 위 두 사람에게만 퇴직금 규정에 관계없이 퇴직위로금을 과다하게 지급하였으므로, 동 퇴직금의 과다지급으로 인하여 청구법인의 소득금액이 감소되었고 결국 조세부담이 부당하게 감소되었으므로, 법인세법 제20조 (부당행위계산의 부인) 및 동법시행령(법인의 부당한 행위 또는 계산)제1항 제1호, 제2항 제9호의 규정에 의하여 그 초과지급분을 손금부인한 것은 적법하다고 판단되며, 부당행위계산 부인대상인지 여부를 떠나 과거의 공로로 다른 퇴직자보다 많은 퇴직위로금을 지급하였다면 그 퇴직금 지급규정을 초과하여 지급한 퇴직위로금은 잉여금처분 사항으로 보는 것이 기간손익계산의 입장에서도 합당하다 하겠다. 6. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구법인의 주장이 일부 이유있다고 인정되므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호, 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.