이유
1. 원처분의 요지 처분청은 청구인이 2001.12.21. ○○시 ○○구 ○○동 ○○번지 토지 1,226.5㎡와 건축물 3,837.84㎡(이하 “이 사건 부동산”이라 한다)를 취득한 데 대하여 지방세법 제107조 제1호 및 같은 법 제127조 제1항 제1호의 규정에 의하여 취득세 등을 비과세하였으나, 청구인이 이 사건 부동산을 취득한 후 2년이상 목적사업에 직접 사용하지 아니하고 매각하였으므로 그 취득가액(1,000,000,000원)을 과세표준으로 지방세법 제112조 제1항 및 제131조 제1항 제3호의 세율을 적용하여 산출한 취득세 24,000,000원, 농어촌특별세 2,200,000원, 등록세 36,000,000원, 지방교육세 6,600,000원, 합계 68,800,000원(가산세 포함)을 2002.5.10. 부과 고지하였다. 2. 청구의 취지 및 이유 청구인은 이 사건 부동산을 취득하여 소유권이전등기를 경료한 후 청구인의 기본재산으로 편입하기 위하여 ○○시장(이하 “주무관청”이라 한다)에게 승인신청을 하였으나, 이 사건 부동산에 등기된 담보권과 압류채무액이 89억원으로 감정평가액 38억원보다 많으므로 재산취득허가 요건에 흠이 있다하여 허가가 이루어지지 않음에 따라 이 사건 부동산에 등기된 담보권 등의 피담보채무액을 재산의 평가액 이하로 감소시킬 것을 전제로 재산취득허가를 받고자 채무변제계획서를 주무관청에 제출하였으나, 주무관청은 이 사건 부동산이 청구인 명의로 등기된 채로는 채무액이 감소되더라도 재산취득허가를 할 수 없으므로 반드시 소유권을 환원하여 원상회복을 한 후에 다시금 재산취득을 할 것을 지시(○○시 복지 65240-20082, 2002.1.18)함에 따라 이를 거부할 수 없었던 청구인으로서는 등기부상 소유권을 일단 출연자(대표이사 ○○○) 명의로 일시적으로 소유권을 이전하여 채무액을 상환한 후 기본재산 승인요건을 갖추어 다시 청구인에게 출연한 것으로서, 사회복지법인이 기본재산을 취득하는데 있어서 받아야 할 정관변경의 승인이나 담보제공 허가 등은 기본재산 취득의 효력발생 요건으로서 이를 결하게 되면 무효가 되므로 결국 청구인이 이 사건 부동산을 기본재산으로 취득하기 위한 당초의 매매계약은 당연무효이고, 이를 원인으로 하여 청구인의 대표이사인 ○○○ 에게 소유권이전등기가 이루어 진것도 무효이므로 취득세 부과대상이 될 수 없고, 주무관청의 원상회복 지시에 따라 기본재산으로 승인받기 위해서는 소유권을 이전할 수밖에 없는 정당한 사유가 있는데도 이미 비과세한 취득세 및 등록세를 추징한 처분은 부당하다고 주장하고 있다. 3. 우리부의 판단 이 사건 심사청구의 다툼은 사회복지법인이 취득한 부동산의 재산평가액이 등기된 피담보채무액 보다 적어 주무관청의 원상회복지시에 의하여 매각한 경우 추징사유에 해당하는 지 여부에 있다 하겠다. 먼저 관계법령을 보면, 지방세법 제107조 본문 및 제1호, 제127조 제1항 제1호, 같은법시행령 제79조 제1항 제3호에서 사회복지사업법의 규정에 의하여 설립된 사회복지법인이 그 사업에 사용하기 위하여 취득·등기하는 부동산(법 제112조 제2항의 규정에 의한 과세대상 제외)에 대하여는 취득세와 등록세를 비과세하지만 수익사업에 사용하는 경우와 취득(등기·등록)일로부터 3년 이내에 정당한 사유없이 그 용도에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 그 사용일로부터 2년이상 그 용도에 직접 사용하지 아니하고 매각하거나 다른 용도로 사용하는 경우에는 그 해당부분에 대하여 취득세와 등록세를 부과하도록 규정하고 있다. 다음으로 청구인의 경우를 보면, 청구인은 재가노인복지시설 지원사업 등을 목적사업으로 설립된 사회복지법인으로서 이 사건 부동산을 2001.12.21. 취득한 후 주무관청에 기본재산으로 승인신청을 하였으나, 주무관청은 재산평가액(3,805,227,600원)보다 피담보채무액(8,954,847,819원)이 많아 기본재산으로 편입할 수 없는 것으로 보아 청구인 명의로 되어 있는 이 사건 부동산의 원상회복지시에 따라 2002.1.9. 청구인의 대표이사인 ○○○ 에게 매각한 후 2002.5.6. 주무관청으로부터 정관변경인가를 얻어 2002.5.10. 이 사건 부동산을 청구인의 기본재산으로 재출연하여 청구인 명의로 소유권이전등기가 경료된 사실은 제출된 관계 증빙자료에서 알 수 있다. 이에 대하여 청구인은 이 사건 부동산을 취득한 후 사회복지법인의 기본재산으로 등록하기 위하여 주무관청에 승인신청을 하였으나, 재산평가액보다 등기된 담보물건의 피담보채무액이 많아 기본재산으로 편입할 수 없어 주무관청의 원상회복명령에 따라 이 사건 부동산을 청구인의 대표이사에게 형식상 소유권을 이전한 것으로서 이 사건 부동산이 기본재산으로 승인받지 못함에 따라 당초의 매매계약은 당연무효된 것이고 이를 원인으로 한 청구인의 소유권이전등기도 무효이므로 취득세 부과대상이 될 수 없고 주무관청의 원상회복 지시에 따라 소유권을 이전한 정당한 사유가 있다고 주장하고 있으므로 이에 대하여 보면, 지방세법 제107조 및 제127조에서 비영리사업자가 목적사업에 사용하기 위하여 부동산을 취득(등기)한 후 정당한 사유없이 그 용도에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 그 사용일로부터 2년이상 그 용도에 직접 사용하지 아니하고 매각하는 경우에는 취득세 등을 추징하도록 규정하고 있는 바, 청구인은 이 사건 부동산을 사회복지법인의 기본재산으로 취득하기에 앞서 해당 재산에 대한 부채현황 등 장애요인을 사전에 면밀히 검토하여 기본재산으로 등록가능한 지 여부를 판단하여 취득하여야 함에도 불구하고 이를 검토하지 아니하고 취득한 귀책사유가 있다할 것이고, 취득세는 거래단계마다 취득사실을 포착하여 그 취득행위 자체에 담세력을 인정하여 부과하는 조세로서 취득자가 완전한 내용의 소유권을 취득하는 가의 여부에 상관없이 소유권이전의 형식에 의한 부동산 취득의 모든 경우를 포함하는 것이라고 할 것(같은 취지의 대법원 판결 1995.9.15.선고 95누7970)이므로, 청구인이 이 사건 부동산을 2001.12.21. 취득한 후 2002.1.9. 청구인의 대표이사인 ○○○ 와 부동산매매계약서를 작성하고 매매를 원인으로 위 ○○○ 명의로 2002.1.22. 소유권이전등기가 경료된 사실을 볼 때 이 사건 부동산은 취득후 2년내에 매각한 것으로 이미 추징사유가 발생하였고, 설사 청구인에게 다시 소유권이 이전되었다고 하더라도 이미 발생된 추징사유가 소멸되는 것은 아니라고 할 것이며, 이 사건 부동산을 취득한 후 그 사용일로부터 2년이상 그 용도에 직접 사용하지 아니하고 매각하는 경우에는 정당한 사유의 유무에 불구하고 추징사유가 발생하는 것이므로 처분청이 이 사건 부동산에 대하여 이미 비과세한 취득세 등을 추징한 처분은 아무런 잘못이 없는 것이라 하겠다. 따라서 청구인의 주장은 이유가 없다고 인정되므로 지방세법 제77조제1항의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다. 2002. 9. 30. 행 정 자 치 부 장 관