이유
1. 원처분의 개요 청구법인은 서울특별시 중구 OO동 OO OOOOO에서 유가공제조업을 영위하는 법인으로, 청구법인은 69.6.19 체결된 “평택시범낙농목장의 설치와 운영에 관한 대한민국정부와 뉴질랜드 정부와의 협정”에 따라 경기도 평택시에 시범목장을 조성하여 운영하고 있다. 처분청은 청구법인이 92사업년도(92.1-12월)에 자기자본의 2배를 초과하여 차입금을 보유하고 있다하여 법인세법 제18조의3 제2항 제3호의 규정을 근거로 위 사업년도에 청구법인이 지급한 지급이자중 3,629,250,041원을 손금불산입하고 92.1.1～12.31 사업년도 법인세 49,203,380원과 93.1.1～12.31 사업년도 법인세 287,433,150원을 결정고지하였다. 청구법인은 이에 불복하여 94.8.17 심사청구를 거쳐 94.11.25 심판청구를 제기하였다. 2. 청구주장 및 국세청장의견 가. 청구주장 청구법인은 20년전 정부정책에 따라 시범목장을 설립하여 설립목적에 적합하게 운용하고 있을뿐, 투기목적으로 위 목장용 토지를 취득한 것이 아니고 이 시범목장용지는 낙농불모지에 정부의 낙농사업을 대행하기 위하여 농수산물 유통공사 투자회사로 설립된 목장용지로 농수산물유통공사가 이건 목장용지에 대하여 76.1.6자 약정을 원인으로 한 소유권이전등기 청구소송에 있어 청구법인이 매각하려고 하여도 임의로 매각할 수 없는 부동산이므로 법인세법 제18조의3 규정의 입법취지나 취득경위, 운용실태에 비추어 보더라도 이는 국세기본법 제18조 제1항 (세법의 해석, 적용에 있어서는 과세의 형평과 당해조항의 목적성에 비추어 납세자의 재산권이 부당히 침해되지 아니하도록 하여야 한다)의 규정에 의하여 취소됨이 타당하다. 나. 국세청장의견 청구법인의 경우 92사업년도 차입금이 자기자본의 2배를 초과한 사실에는 다툼이 없고, 법인세법 제18조의3 제2항의 규정이 이건의 경우와 같이 정부정책에 따라 정당하게 토지를 취득하였다 하여 동규정의 적용을 배제할 수 있는 규정도 없으므로 청구주장 이유없다. 3. 심리 및 판단 가. 쟁점 차입금과다법인에 대하여 법인세법 제18조의3 제2항 제3호의 규정을 적용하여 그 지급이자를 손금불산입한 처분의 당부를 가리는데 있다. 나. 관계법령 법인세법 제18조의3 제2항 제3호와 같은법시행령 제43조의2 제5항 및 제6항의 규정을 모두어 보면 차입금이 자기자본의 2배를 초과하는 법인이 임야·농경지·목장용부동산 등을 보유하는 경우에 각 사업년도에 지급한 차입금의 이자 중 일정산식에 의하여 계산한 금액은 각 사업년도의 소득금액계산상 손금에 산입하지 아니하도록 규정하고 있다. 다. 판단 이건의 경우에 있어서 청구법인은 이건 목장용지의 취득경위, 취득시기, 운용실태, 취득자금 및 법인세법 규정의 입법취지등을 고려하여 예외로 인정하여야 한다고 주장하나 ① 법인세법상 예외규정이 없을 뿐만 아니라 ② 정부가 90.12.31, 이건 제18조의3 제2항의 규정을 신설하면서 동부칙 제5조(지급이자 손금불산입에 관한 특례) 제1항에서 89.12.31 이전에 법 제18조의3 제2항 제3호의 규정에 의한 부동산을 취득한 법인에 대하여는 91.12.31까지는 당해부동산이 없는 것으로 본다고 유예기간을 설정하였으므로 92사업년도에 자기자본의 2배를 초과하여 차입금을 보유하고 있는 청구법인에 대하여 지급이자 손금불산입하고 과세한 처분에 잘못이 없다. 따라서 이 건 심판청구는 청구주장이 이유없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.