이유
1. 원처분 개요 청구법인은 57.12.16 청구법인의 전대표이사 OOO 명의로 취득한 서울특별시 성동구 OOOO동 OOOOO 외 2필지의 대지 5,256㎡ 및 동 지상공장건물 1,358.68㎡(이하 “쟁점부동산”이라 한다)를 공장으로 사용해 오다가 89.3.28 공장이전목적으로 양도하고 89사업년도분 법인세 신고시 조세감면규제법 제42조 제2항의 규정에 의거 특별부가세를 면제받은 바 있다. 처분청에서는, 쟁점부동산의 등기부상 소유자 명의가 청구외 OOO로 되어있는 데 이를 청구법인이 양도하였으므로 미등기양도토지등에 해당한다고 보아 법인세법 제59조의3 제5항의 규정에 의거 특별부가세 감면을 배제하고 동법 제59조의4 제1항 제1호의 규정에 의거 중과세율을 적용하여 91.11.16 89사업년도분 법인세 434,932,930원 및 동 방위세 50,336,560원을 부과하였다. 청구법인은 이에 불복하여 91.12.26 심사청구를 거쳐 92.4.7 심판청구를 제기하였다. 2. 청구주장 및 국세청장 의견 청구법인은 쟁점부동산을 57.12.26 매입하여 등기부상으로는 전대표이사 OOO 명의로 등기하였으나 장부상으로는 법인소유자산으로 계상하여 계속 공장으로 사용해 오던중 74.1.1 동 자산에 대한 자산재평가를 실시하여 자산재평가세를 납부한 사실도 있으며, 79년이후 계속되어온 정부의 공장이전 명령에 의하여 89.3.28 공장을 지방이전목적으로 양도하였는 데, 지금으로부터 35년전인 취득당시에는 부동산투기를 목적으로 부동산을 취득하지 않던 때이고 쟁점부동산이 청구법인의 장부상 회사재산으로 등재되어 있으며 단지 등기부상에는 전대표이사의 명의로 되어 있는 명의신탁자산이므로 쟁점부동산은 미등기양도토지등에 해당되지 않는다는 주장이다. 국세청장은, 청구법인이 법인설립일(56.2.18)이후 쟁점부동산을 취득(57.12.16)하면서 청구법인의 소득에서 취득대금을 지출하였는지의 여부와 취득한 년도에 법인소유자산으로 계상하였는지의 여부에 대한 증거를 제시하지 못하고 있고, 설령, 법인의 소득에서 취득자금을 지출하였다고 하더라도 개인인 OOO 명의로 취득한 사유를 밝히지 못하고 있으며, 만약 쟁점부동산이 명의신탁재산이라면 상속세법(제32조의2 )의 규정에 의거 증여의제 과세대상이 되고, 민법 제186조 에 의하면 부동산물권변동의 효력은 “등기”에 의하여 발생되는데 개인명의로 등기된 쟁점부동산을 법인소유라고 하는 것은 부동산소유권변동에 관한 민법의 법리를 오해한 주장으로 판단되므로 법인의 장부에는 계상되어 있으나 타인명의로 취득한 쟁점부동산을 법인명의로 등기하지 아니한 상태에서 양도한 경우에 대하여 미등기양도자산으로 보아(국세청 법인22601-831, 91.4.26), 중과세율을 적용하여 법인세를 추징한 당초처분이 타당하다는 의견이다. 3. 심리 및 판단 가. 쟁점 법인이 지방이전목적으로 양도한 전대표이사 명의 공장이 미등기양도토지등에 해당되는지의 여부에 다툼이 있다. 나. 관련규정 조세감면규제법 제42조 제2항의 규정에 의하면 “대도시안에서 공장시설을 갖추고 사업을 영위하는 내국인이 그 공장을 지방으로 이전하기 위하여 당해 공장대지와 건물을 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 대통령령이 정하는 바에 의하여 양도소득세 또는 특별부가세를 면제한다”고 되어있고, 법인세법 제59조의3 제5항의 규정에 의하면 “제59조의4 제4항에 규정하는 미등기양도토지등에 대하여는 이 법 기타 법률중 특별부가세의 비과세 및 감면에 관한 규정을 적용하지 아니한다”고 되어 있으며, 동법 제59조의4 제4항 본문의 규정에 의하면, “제1항 제1호에서 “미등기양도토지등”이라 함은 토지등을 취득한 내국법인이 그 토지등의 취득에 관한 등기를 하지 아니하고 양도하는 것을 말한다”고 되어 있고, 동조 제1항의 규정에 의하면 “법인의 토지등 양도에 대한 특별부가세는 제59조의2의 규정에 의한 과세표준금액에 다음 각호의 세율을 적용하여 계산한 금액을 그 세액으로 한다”고 되어 있으며, 그 제1호에는 “미등기양도토지등의 경우”에 대해 적용세율을 “과세표준금액의 100분의40”으로 하도록 규정하고 있다. 다. 미등기 양도토지등에 해당여부 쟁점부동산이 청구법인이 소유하는 자산에 해당되는지를 보면, 등기부상에는 소유자가 청구외 OOO 명의로 되어 있지만 그 성립이 진정한 것으로 보이는 청구법인의 고정자산 대장에는 취득당시부터 등재되어 있어 취득당시로부터 명의신탁하였던 것으로 보이고 청구법인의 74.4.30 자산재평가신고서와 74.9.17 성동세무서장이 청구법인에게 회보한 자산재평가세 과세표준금액결정통지서를 보면, 74년에 쟁점부동산을 포함한 청구법인소유 부동산에 대하여 자산재평가를 한 사실도 확인되므로 쟁점부동산은 청구법인소유자산으로서 명의신탁한 자산으로 판단된다(동지 법인세법기본통칙 1-2-9...3). 법인세법 제59조의3 제5항 및 동법 제59조의4 제1항등에서 미등기양도토지등에 대하여 특별부가세 감면을 배제하고 중과세율을 적용하는 취지는 부동산거래당사자가 조세의 포탈과 양도차익만을 노려 취득 및 양도사실이 공부상 나타나는 것을 피하기 위해 중간생략 등기등을 하는 것을 억제하려는 데 있는데, 청구법인의 소유인 쟁점부동산의 등기부상 소유자 명의가 청구외 OOO 명의로 되어 있는 것은 명의신탁에 해당된다 할 것이고, 명의신탁에 의한 소유권이전등기도 부동산등기임에는 틀림이 없으므로 이를 가지고 토지등의 취득에 관한 등기를 하지 아니한 경우에 해당한다고 볼 수는 없는 것으로 판단된다(동지, 대법원 89누 8057, 90.10.23, 87누787, 88.3.8, 86누914, 87.3.24, 86누232, 87.2.10, 85누310, 85.10. 등 다수, 국심 86중131, 86.4.3, 재무부 재산22601-991, 87.12.17). 라. 따라서 이 건 심판청구는 청구주장이 이유있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의거 주문과 같이 결정한다.