이유
1. 처분개요 가. 청구법인은 2011.12.30. OOO 내에 있는 경기도 OOO와 그 지상의 건축물 9,531.52㎡(이하 “이 건 건축물”이라 한다)를 주식회사 OOO로부터 취득하고, 2012.1.2. 이 건 토지와 건축물의 취득가격에 「지방세법」제11조 제1항의 세율을 적용하여 산출한 취득세 등을 <표 1>과 같이 신고납부 하였다. OOOOO OOOOO O O OOO OOOO OO OOO OOOO OO 나. 청구법인은 2012.5.14. 이 건 토지는 구「지방세특례제한법」(2011.12.31. 법률 제11138호로 일부개정되기 전의 것, 이하 같다) 제71조 제2항의 규정에 따른 물류사업용 부동산으로 취득세 등의 감면대상에 해당함을 이유로 이 건 토지의 취득세 등 OOO을 환급하여 줄 것을 요구하는 경정청구를 하였으나, 처분청은 2012.5.23. 청구법인의 경정청구를 거부하는 통지를 하였다. 다. 청구법인은 이에 불복하여 2012.6.15. 경기도지사에게 이의신청을 하여 2012.8.1. 기각통지를 받자 2012.10.26. 심판청구를 제기하였다. 2. 청구법인 주장 및 처분청 의견 가. 청구법인 주장 구 「지방세특례제한법 시행령」(2011.12.31. 대통령령 23484호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제33조에서 “물류단지 안에서 최초 취득하는 토지”를 취득세 감면대상으로 규정하고 있는데, 이는 “물류단지”라는 장소 내에서의 최초 취득을 규정하고 있을 뿐 물류단지조성 후의 최초 취득에 국한한다고 규정한 것은 아니라 할 것이고, “최초로 취득”의 의미는 법 제71조의 입법취지가 물류사업촉진을 위해 물류사업을 영위하고자 하는 자에게 감면혜택을 주고자 하는 것으로, 원시취득의 경우에 국한하는 것이 아니라 해당 물류단지안에서 물류사업을 영위하고자 하는 자의 입장에서 최초로 취득하는 토지라고 해석함이 타당하다 할 것이며, 행정안전부의 질의회신(지방세정팀-4356, 2007.11.2.)은 토지의 경우 감면요건에 해당함을 전제로 판단하고 있다고 사료되고, 행정자치부 질의회신(세정 13407-239, 2002.3.12.)과 지방세실무해설OOO에서는 취득자의 입장에서 최초로 취득하는 토지에 대하여 감면대상에 해당한다고 해석하고 있으므로, 이 건 토지는 「지방세특례제한법」제71조 제2항에 따른 취득세 등의 감면대상에 해당한다 할 것이고, 기 납부한 취득세 등 OOO은 환급되어야 한다. 나. 처분청 의견 이 건 토지의 등기부등본 및 이 건 건축물의 건축물 대장에 의하면, 주식회사 OOO가 2009.10.29. 주식회사 OOO로부터 이 건 토지를 취득하여 2010.6.10. 동 지상에 이 건 건축물의 사용승인을 받은 사실과 청구법인이 이 건 토지를 주식회사 OOO로부터 승계취득한 사실이 확인되고 있으므로 청구법인이 취득한 이 건 토지는 구 「지방세특례제한법 시행령」제31조 에서 취득세 감면대상으로 규정하고 있는 물류단지시설을 설치하기 위하여 물류단지 안에서 최초로 취득하는 토지에 해당하지 않는 것으로(조심 2009지574, 2009.12.14. 참조) 보는 것이 타당하다. 3. 심리 및 판단 가. 쟁 점 청구법인이 물류단지내의 창고용 건축물이 있는 토지를 취득한 경우 취득세 등의 감면대상에 해당하는지 여부 나. 사실관계 및 판단 (1) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 아래의 사실이 확인된다. (가) 법원행정처 등기정보중앙관리소가 2012.6.14. 발행한 청구법인의 등기부등본에 의하면 청구법인은 1991.2.11. 라면·청량음료·식염 및 조미식품 제조판매업 등을 목적사업으로 하여 설립된 법인으로 이 건 토지의 취득일 현재 본점소재지는 서울특별시 OOO으로 기재되어 있다. (나) 양도인 주식회사 OOO 양수인 청구법인간 2011.12.15. 체결된 영업양수도계약서에 의하면 본 계약은 주식회사 OOO가 영위하던 라면, 음료 등의 식품제조와 국내유통판매 및 해외수출업에 대한 영업양수도 및 그 영업과 관련된 부동산 소유권 이전을 목적으로 체결되었고, 이 계약에 따라 양도되는 부동산은 이 건 토지 및 건축물 등인 것으로 기재되어 있다. (다) 청구법인은 2011.12.30. 이 건 토지와 건축물을 취득한 후, 2012.1.2. <표 1>과 같이 그 취득가격에 「지방세법」제11조 제1항의 세율을 적용하여 산출한 취득세 등을 신고납부 하였다. (라) OOO가 2009.4.28. 발행한 물류단지 개발사업 준공인가필증에 의하면 물류단지개발사업시행자인 주식회사 OOO는 경기도 OOO에 OOO를 준공한 것으로 기재되어 있다. (마) 이 건 건축물의 일반건축물대장에 의하면 주식회사 OOO는 경기도 OOO 상에 철골구조의 물류창고용 건축물 9,531.52㎡를 신축하여 2010.6.10. 소유자 등록을 한 것으로 기재되어 있다. (바) 경기도보(제3708호, 2009.4.29. 발행), 이 건 부동산의 등기부등본 및 처분청이 제출한 취득세 등의 과세자료에 의하면, 이 건 토지는 2009.4.28. 주식회사 OOO가 취득하여 물류단지개발사업시행자가 취득하는 부동산으로 그 취득세 등을 감면받았고, 주식회사 OOO가 2009.10.29. 주식회사 OOO로부터 이 건 토지를 취득하여 물류사업을 영위하고자 하는 자가 물류단지안에서 최초로 취득하는 토지로 취득세 등을 감면받았으며, 주식회사 OOO는 2010.6.10. 이 건 토지상에 이 건 건축물을 신축하고 그 취득세 등을 감면받은 사실이 확인된다. (사) 청구법인은 2012.5.14. 이 건 토지는 구 「지방세특례제한법」 제71조 제2항의 규정에 따른 물류사업용 부동산으로 취득세 감면대상에 해당함을 이유로 이 건 토지의 취득세 등 OOO을 환급하여 줄 것을 요구하는 경정청구를 하였으나, 처분청은 2012.5.23. 청구법인의 경정청구를 거부하는 통지를 하였다. (2) 구 「지방세특례제한법」 제71조 제2항의 규정에 의하면 제1항에 따른 물류단지에서 물류사업을 직접 하려는 자가 취득하는 물류사업용 부동산에 대하여는 2012년 12월 31일까지 취득세를 면제하고, 과세기준일 현재 물류사업에 직접 사용하는 부동산에 대하여는 그 부동산을 취득한 날부터 5년간 재산세의 100분의 50을 경감토록 규정하고 있고, 같은 법 시행령 제33조의 규정에 의하면 법 제71조 제2항에서 "제1항에 따른 물류단지에서 물류사업을 직접 하려는 자가 취득하는 물류사업용 부동산"이란 「물류시설의 개발 및 운영에 관한 법률」 제2조 제7호에 따른 물류단지시설을 설치하기 위하여 물류단지 안에서 최초로 취득하는 토지와 그 토지취득일부터 5년 이내에 취득하는 사업용 토지 및 건축물(토지 취득일 전에 그 사용승인을 받아 신축한 건축물을 포함하며, 기존 건축물을 취득한 경우는 제외한다)을 말하는 것으로 규정하고 있다. (3) 위 사실관계 및 관련법령 등을 종합하여 쟁점사항에 대하여 살펴보면, 청구법인은 주식회사 OOO가 물류단지개발사업시행자인 주식회사 OOO로부터 광주도척물류단지내의 토지인 이 건 토지를 취득하고 그 지상에 창고용 건축물을 신축하여 창고로 사용중이었던 이 건 토지 및 건축물을 주식회사 한국야쿠르트로부터 취득하였음이 청구법인과 주식회사 OOO간 체결된 영업양수도계약서 등에 의해 확인되므로 청구법인은 물류단지시설을 설치하기 위하여 이 건 토지를 취득하였다기 보다는 이미 설치된 물류단지시설의 부속토지인 이 건 토지를 취득하였다고 보는 것이 타당하다. 따라서, 청구법인은 물류단지시설을 설치하기 위하여 이 건 토지를 취득한 것이 아니므로 이 건 토지는 취득세 등의 감면대상에 해당되지 않는 것으로 보는 것이 타당하고, 처분청이 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다. 4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「지방세기본법」제123조 제4항과 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.