이유
1. 처분개요 가. 처분청은 연료분사장치 제조업을 영위하는 청구법인이 주식회사에서 유한회사로 조직변경을 하면서 2007.12.7. 구「지방세법」(2007.12.14. 법률 제8694호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제137조 제1항 제1호의 세율(법인설립등기 1,000분의 4)을 적용하여 산출한 등록세 OOO, 지방교육세 OOO 합계 OOO을 신고하고, 2007.12.11. 이를 납부함에 따라 징수결정을 하였다. 나. 청구법인은 2012.7.23. 대법원 판결(2012.2.9. 선고, 2010두6731)에서 조직변경에 따른 설립등기의 등록세율이 매 1건당 OOO에 해당한다는 결정을 근거로 이미 신고·납부한 등록세 등에 대한 환급을 요청하는 경정청구를 하였으며, 처분청은 2012.7.27. 청구법인이 위 대법원 판결의 당사자가 아닌 점과 이미 신고·납부한 등록세는 위 판결 이전에 납세의무가 성립·확정된 것이라는 이유로 환급대상이 아니라고 통지를 하였다. 다. 청구법인은 이에 불복하여 2012.10.10. 심판청구를 제기하였다. 2. 청구법인 주장 및 처분청 의견 가. 청구법인 주장 청구법인은 주식회사의 유한회사로의 조직변경에 따른 설립등기시 등록세를 구 「지방세법」제137조 제1항 제6호의 세율OOO을 적용하여 신고하려고 하였으나, 처분청이 이를 거부하여 같은 조 같은 항 제1호의 세율(출자금액의 1,000분의 4)을 적용하여 등록세를 신고·납부한 것으로, 그 후 대법원 판결(2012.2.9. 선고, 대법원 2010두6731)에 근거하여 정당세액을 초과한 등록세 등의 과오납환부청구권의 시효가 진행 중에 있으므로 환급하여야 함에도 경정청구를 거부한 처분은 부당하다. 나. 처분청 의견 청구법인은 2007.12.7. 조직변경에 따른 법인등기에 대하여 등록세 등을 자진신고하고 2007.12.11. 동 세액을 납부한 사실이 제출된 자료에 의해 확인되므로, 위 부과처분에 대하여 이의가 있었다면 신고납부일부터 90일 이내에 불복청구를 했어야 함에도 약 4년 9개월이 경과한 2012.10.10. 경정청구 대상이라고 보아 심판청구를 제기한 것이므로, 이는 구 「지방세법」제72조 및 제74조 등의 규정에 의거 본안 심리대상이 아닌 것으로 판단된다. 3. 본안 심리에 앞서 이 건 심판청구가 적법하게 청구되었는지 살펴본다. 가. 「 지방세법」(2010.3.31. 법률 제10221호로 전부 개정되기 전의 것) 제72조 제1항에는 신고납부를 “처분”으로 규정하고 있고, 같은 법 제74조 제3항에서 이의신청을 거치지 아니하고 곧 바로 심판청구를 제기하려는 때에는 당해 처분이 있은 것을 안 날부터 90일 이내에 도세인 경우에는 조세심판원장에게 심판청구를 제기하도록 규정하고 있으며, 「지방세기본법」제51조 제1항에서 이 법 또는 지방세관계법에 따른 과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자로서 과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액이 「지방세법」에 따라 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과할 때에는 법정신고기한이 지난 후 3년(「지방세법」에 따른 결정 또는 경정이 있는 경우에는 이의신청, 심사청구 또는 심판청구 기간을 말한다) 이내에 최초 신고한 지방세의 과세표준 및 세액의 결정 또는 경정을 지방자치단체의 장에게 청구할 수 있도록 규정하면서, 동 법률 부칙(제10219호, 2010.3.31.) 제3조에서 제50조부터 제52조까지의 규정은 이 법 시행 후 최초로 제34조에 따른 납세의무가 성립하는 지방자치단체의 지방세(등록세의 경우 재산권 등 그 밖의 권리를 등기 또는 등록하는 때)부터 적용하도록 규정하고 있다. 나. 청구법인의 조직변경에 의한 등록세 등 신고·납부 내역을 보면, 2007.12.7. 주식회사에서 유한회사로의 조직변경에 의한 등록세 등을 신고하고, 2007.12.11. 이를 납부하였으며, 2007.12.13. 법인등기부상에 조직변경 등기를 하였다. 다. 청구법인은 2012.7.23. 처분청에 대법원 판결(대법원 2010두6731, 2012.2.9.) 및 조세심판원 결정(조심 2012지180, 2012.4.10.) 등을 이유로 2007년에 신고납부한 등록세에 대한 환급경정청구를 하였으며, 처분청은 2012.7.27. 경정이 불가함을 통지하였다. 라. 살피건대, 「지방세기본법」제51조 및 같은 법 부칙 제3조 규정에 따라 2011.1.1. 이후 납세의무가 성립하는 지방세부터 경정청구를 제기할 수 있도록 하였으며, 청구법인은 위 경정청구 제도가 도입되기 이전인 2007년에 등록세 등을 신고·납부하고 조직변경에 따른 등기를 하여 등록세 납세의무가 성립된 후인 2012.7.23. 처분청에 경정청구를 하였는바, 청구법인의 당초 등록세 신고·납부는 지방세 심판청구를 제기할 수 있는 불복청구 대상이 되는 처분에는 해당되나, 경정청구 대상에는 해당되지 아니한다 할 것이므로, 처분청이 청구법인의 경정청구에 대하여 2012.7.27. 경정이 불가함을 통지한 행위는 불복청구 대상이 되는 처분으로 볼 수 없다고 하겠다. 따라서, 청구법인은 등록세 신고·납부를 한 날부터 90일 이내에 심판청구를 제기하였어야 함에도 그 날부터 90일을 초과한 2012.10.10. 이 건 심판청구를 제기한 것이 되어 볼복청구기간 경과로 인한 부적법한 청구로 볼 수 있다 하겠으므로 본안심리 대상에 해당하지 아니하는 것으로 판단된다. 4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 부적법한 청구에 해당하므로 「지방세기본법」 제123조 제4항과 「국세기본법」 제81조 및 제65조 제1항 제1호에 의하여 주문과 같이 결정한다.