이유
1. 사실 청구법인은 부산직할시 부산진구 OOO동 OOOO에 소재하는 비영리공익법인(교회)으로, 1983.10.6 청구외 OOO교회(목사 OOO)에 50,000,000원을 대여하여 1983.12.30 에 2,000,000원, 1984.12.31 에 10,000,000원, 1985.8.10 에 2,000,000원 그리고 1985년중(일자미상)에 7,400,000원 합계 21,400,000원의 이자수입(이하 “쟁점이자수입”이라 한다)을 얻고 1985.10.10 에 원금을 변제받았는 바, 이에 대하여 처분청에서 쟁점이자수입전액을 과세표준으로 하여 1989.2.1 법인세 8,354,100원(1983사업년도분 879,000원, 1984사업년도분 4,030,000원, 1985사업년도분 3,445,100원) 및 동방위세 1,027,200원(1983사업년도분 96,000원, 1984사업년도분 480,000원, 1985사업년도분 451,200원)을 결정고지함에 따라 이에 불복하여 전심절차를 거쳐 1989.9.30 이 건 심판청구를 제기하였다. 2. 청구법인 주장 청구법인은 쟁점이자수입시 잡수입계정을 설정하여 구분경리하였고 그 전액을 교회의 고유목적사업에 사용하였는 바, 교회의 고유목적사업에 사용한 금액은 법인세법 제18조 (기부금의 손금불산입) 제1항의 지정기부금에 해당된다 할 것이므로 동금액은 각 사업년도 소득금액계산시 손금에 산입되어야 한다는 주장이다. 3. 국세청장 의견 이에 대하여 국세청장은, 청구법인은 쟁점이자수입과 관련하여 수익사업과 비영리사업의 구분경리를 이행하지 않았고, 쟁점이자수입을 교회의 고유목적사업에 사용하였음을 입증할 수 있는 제반증빙이 미비하여 그 사용내역이 불분명한 바, 지정기부금의 손금산입을 배제한 이 건 처분에는 잘못이 없다는 의견이다. 4. 쟁점 따라서 이 건 심판청구의 쟁점은 청구법인이 쟁점이자수입을 교회의 고유목적사업에 사용한 것으로 보고 동사용금액을 지정기부금으로 인정하여 각사업년도 소득금액계산시 이를 손금에 산입할 수 있는지의 여부를 가리는 데 있다 할 것이다. 5. 심리 및 판단 위 쟁점사항에 대해 살피건대, 먼저 법인세법 제3조 (실질과세)·제18조(기부금의 손금불산입) 제1항과 동법시행령 제42조 (지정기부금의 범위)·제42조의2(비영리공익법인의 범위)및 법인세 기본통칙 2-12-14...18(비영리공익법인의 지정기부금 손금산입특례)의 규정을 보면, 실질과세의 측면에서 종교의 보급·기타 교화를 목적으로 설립한 법인등 비영리공익법인이 종교의 보급·기타 교화를 목적으로 설립하여 주무관청에 등록된 단체에 종교의 보급·기타 교화를 위한 활동비로 지출하는 기부금은 지정기부금으로서 당해 사업년도 소득금액에 100분의60을 곱하여 산출한 금액을 한도로 하여 당해 사업년도의 소득금액계산에 있어서 이를 손금에 산입하되, 동지정기부금이 손금산입한도액을 초과하는 경우에도 그 초과금액은 법인세법 제18조의2 (접대비등의 손금불산입)의 규정에 의한 접대비에 미달하는 금액이 있는 경우 그 미달하는 금액의 범위안에서 이를 당해사업년도의 소득금액계산상 손금에 산입한다고 규정되어 있다. 다음으로 이 건 사실관계에 대해 살피건대, 재단법인 OOOOOOOO(OOO)총회유지재단(이사장 OOO)에서 발행한 소속증명서를 보면, 청구법인은 1965.8.16 민법 제32조 에 의하여 문화공보부장관으로부터 법인설립허가를 받은 위 재단에 소속된 교회인 것으로 되어 있고, 청구법인(교회)소속 목사(OOO)및 장로4인(OOO·OOO·OOO·OOO)이 연명으로 확인(각자 인감증명서 첨부)하여 제출한 1984회계년도(1983.12.1-1984.11.30)의 장부상 잡수입계정과 결산서, 1985회계년도(1984.12.1-1985.11.30)의 잡수입계정내역서와 결산서를 보면 1983사업년도(1983.1.1-1983.12.31)이자수입 2,000,000원과 1984사업년도 이자수입 10,000,000원 그리고 1985사업년도 이자수입 9,400,000원중 2,000,000원 합계 14,000,000원이 각종 현금과 함께 예배비·교육비·전도비·봉사비등으로 지출된 것으로 되어 있는 바, 청구법인의 수익사업에서 발생된 쟁점이자수입(21,400,000원)중 14,000,000원은 비영리공익법인인 청구법인의 고유목적사업을 위해 종교의 보급·기타 교화를 위한 활동비로 지출된 지정기부금으로 인정된다 하겠으므로 전시 법인세법 제18조 제1항 및 법인세 기본통칙 2-12-14.....18의 규정에 의한 손금산입한도액의 범위안에서 이를 당해 사업년도의 소득금액계산상 손금에 산입함이 타당하다고 판단된다. 따라서 처분청에서 쟁점이자수입에 대해 법인세를 부과함에 있어서 지정기부금의 손금산입을 배제한 이 건 처분은 잘못이라 할 것이다. 6. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구인의 주장이 일부 이유 있다고 인정되므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호·제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.