이유
1. 처분개요

가. 인천광역시장은 2016.7.12. ㈜A(이하 “A”라 한다)와 OOO주경기장 내 공유재산인 근린생활시설(1층부터 3층까지 건물면적 합계 30,007㎡, 부지면적 96,644㎡, 이하 “쟁점부동산”이라 한다) 대부계약(이하 “쟁점계약”이라 하고, 계약서는 “쟁점계약서”라 한다)을 체결하였고, 청구법인은 2018.2.1. 쟁점계약서 제16조에 따라 쟁점부동산 관리법인으로 설립 승인을 받은 후 인천광역시장에 쟁점부동산 대부료를 지급하고 2018년 제2기부터 2020년 제1기까지 매입세금계산서(공급가액 합계 OOO원, 이하 “쟁점매입세금계산서”라 한다)를 수취하였으며, 이에 대하여 매입세액을 공제하여 부가가치세를 신고하였다. 인천광역시장은 2022.9.21.부터 쟁점부동산 대부료에 대하여 공급받는 자를 A로 변경하여 A의 매입세금계산서를 발급하였다.

나. 한편, 처분청은 청구법인이 인천광역시장으로부터 수취한 쟁점매입세금계산서는 쟁점계약의 당사자가 청구법인이 아닌 A로 확인(인천광역시장은 2022.9.21.부터 쟁점부동산 대부료에 대하여 공급받는자를 A로 변경하여 매입세금계산서를 발급)되므로 쟁점매입세금계산서가 사실과 다르다고 보아 관련 매입세액을 불공제하여 2023.10.16. 청구법인에 부가가치세 2018년 제2기분 OOO원, 2019년 제1기분 OOO원, 2019년 제2기분 OOO원, 2020년 제1기분 OOO원 합계 OOO원(세금계산서 불성실가산세 및 부정과소신고가산세, 납부지연가산세 포함)을 각 경정ㆍ고지하였다.

＜표1＞ 처분청의 경정·고지내역

다. 청구법인은 이에 불복하여 2023.12.20. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

청구법인은 인천광역시장으로부터 쟁점부동산의 관리·운영을 승인받은 업체이므로 쟁점매입세금계산서는 사실과 다른 세금계산서에 해당하지 않고, 이를 사실과 다른 세금계산서로 본다 해도 청구법인은 선의의 거래 당사자에 해당하므로 이 건 처분은 부당하다.

(1) 인천광역시장은 2016.7.12. 쟁점부동산에 대하여 20년간 쟁점계약을 체결하였고, 청구법인은 인천광역시장과 A의 쟁점계약서 제16조 제6항에 따라 공유재산의 운영 및 관리효율화를 위하여 2018.2.1. 인천광역시장으로부터 이를 승인받아 설립된 관리법인으로 인천광역시는 쟁점부동산 대부료 등에 대하여 청구법인에 쟁점매입세금계산서를 발급하여오다가 인천광역시의 업무처리 담당자가 변경되자 쟁점계약의 당사자인 A로 쟁점매입세금계산서를 발급하여야 한다며 청구법인에 발행한 쟁점매입세금계산서 전체를 취소하였다.

(2) 쟁점계약의 제16조 제6항은 “공유재산의 체계적이고 효율적인 관리 및 운영을 위하여 별도의 관리법인을 설립할 수 있다. 다만 별도의 관리법인에게 공유재산에 대한 관리 및 업무를 위임할 경우에는 사전에 대부자의 승인을 받아야 한다”고 규정하고 있고, 청구법인은 위 조항에 따라 쟁점부동산 운영·관리법인으로 인천광역시장으로부터 승인을 받아 쟁점계약의 원 계약자인 A와 무관하게 청구법인이 쟁점매입세금계산서를 수취하고 대부료를 납부하여 오던 중 인천광역시 담당자가 사실관계를 오인하고 쟁점매입세금계산서를 취소한 사안임에도 처분청이 이를 사실과 다른 세금계산서로 보아 청구법인에게 부가가치세를 부과하였다.

(3) 청구법인은 인천광역시장으로부터 쟁점매입세금계산서를 수취하고 대부료 등을 지급하였는바 이는 청구법인의 매출에 대응하는 비용에 해당하여 수익비용대응원칙에 부합하고 실질과세원칙에도 부합한다.

(4) 인천광역시장은 쟁점계약의 당사자인 A로 쟁점매입세금계산서를 발급하여야 한다고 주장하나, 청구법인은 쟁점부동산의 관리법인으로 행정상 계약상 절차의 하자가 없었으므로 청구법인에 기 발급된 쟁점매입세금계산서를 취소할 사항이 아니고 상호협의를 통해 변경절차를 거쳐 변경일 이후분부터 변경된 업체로 세금계산서를 발행하면 될 문제임에도 인천광역시는 임의로 공급받는자를 변경하여 쟁점매입세금계산서를 일방적으로 취소하고 세금계산서를 재발행하였고, 처분청은 쟁점매입세금계산서가 관공서 발생분이라며 적정성 여부를 판단하지 아니한 채 사실과 다른 세금계산서로 보아 부가가치세를 과세한 것으로 청구법인은 선의의 당사자에 해당하여 청구법인에 부과된 부가가치세는 취소하는 것이 타당하다.

나. 처분청 의견

청구법인은 쟁점계약에 따라 쟁점부동산을 대부받은 자가 아니고, A로부터 쟁점계약을 승계한 사실이 확인되지도 않으므로 쟁점매입세금계산서는 사실과 다른 세금계산서에 해당한다.

(1) 청구법인은 인천광역시장으로부터 쟁점부동산의 관리법인으로 승인받았으므로 쟁점매입세금계산서의 수취가 정당하다고 주장하나, 쟁점계약서, 인천광역시의 공유재산 운영관리법인 설립 승인통보, 「공유재산 및 물품관리법」 등을 검토하여 본 바, 청구법인은 쟁점부동산을 대부받는 자가 아니라 대부받는 자의 공유재산 관리 및 운영업무를 수행하는 관리법인으로 확인되고, 대부계약의 승계 등에 대한 사실을 확인할 수 없어 쟁점매입세금계산서는 쟁점계약의 당사자인 A를 공급받는 자로 하여 발행되었어야 하므로 청구법인이 수취한 쟁점매입세금계산서는 사실과 다른 세금계산서에 해당한다.

(2) 또한 쟁점매입세금계산서를 발행한 이후 기간인 2020년 제2기부터 현재까지 쟁점계약의 당사자인 A에게 대부료 등에 대한 세금계산서가 발행되고 있는 것으로 확인되므로 쟁점매입세금계산서는 공급받는 자가 사실과 다르게 발행된 것으로 판단되고, 청구법인은 심판청구한 과세기간 외 2018년 제1기 부가가치세 경정·고지분에 대해서는 불복청구를 하지 아니하고 부가가치세를 완납하였는바, 청구법인은 A의 관리법인으로서 쟁점부동산의 관리 및 운영업무를 A를 대신하여 수행한 것으로 보이고, 쟁점계약이 A에서 청구법인으로 승계되었는지 불분명하므로 쟁점매입세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보아 한 이 건 처분은 타당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

① 쟁점매입세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보아 과세한 처분의 당부

② (예비적 청구) 청구법인이 선의의 거래당사자에 해당하는지 여부

나. 관련 법령

(1) 부가가치세법

제32조(세금계산서 등) ① 사업자가 재화 또는 용역을 공급(부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역의 공급은 제외한다)하는 경우에는 다음 각 호의 사항을 적은 계산서(이하 “세금계산서”라 한다)를 그 공급을 받는 자에게 발급하여야 한다.

1. 공급하는 사업자의 등록번호와 성명 또는 명칭

2. 공급받는 자의 등록번호. 다만, 공급받는 자가 사업자가 아니거나 등록한 사업자가 아닌 경우에는 대통령령으로 정하는 고유번호 또는 공급받는 자의 주민등록번호

3. 공급가액과 부가가치세액

4. 작성 연월일

제39조(공제하지 아니하는 매입세액) ① 제38조에도 불구하고 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

1. 제54조 제1항 및 제3항에 따라 매입처별 세금계산서합계표를 제출하지 아니한 경우의 매입세액 또는 제출한 매입처별 세금계산서합계표의 기재사항 중 거래처별 등록번호 또는 공급가액의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우 그 기재사항이 적히지 아니한 부분 또는 사실과 다르게 적힌 부분의 매입세액. 다만, 대통령령으로 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.

제60조(가산세) 사업자가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 해당 각 호에 따른 금액을 납부세액에 더하거나 환급세액에서 뺀다.

1. 재화 또는 용역을 공급하지 아니하고 세금계산서 또는 제46조제3항에 따른 신용카드매출전표등(이하 “세금계산서등”이라 한다)을 발급한 경우 : 그 세금계산서등에 적힌 공급가액의 3퍼센트

2. 재화 또는 용역을 공급받지 아니하고 세금계산서등을 발급받은 경우 : 그 세금계산서등에 적힌 공급가액의 3퍼센트

3. 재화 또는 용역을 공급하고 실제로 재화 또는 용역을 공급하는 자가 아닌 자 또는 실제로 재화 또는 용역을 공급받는 자가 아닌 자의 명의로 세금계산서등을 발급한 경우 : 그 공급가액의 2퍼센트

4. 재화 또는 용역을 공급받고 실제로 재화 또는 용역을 공급하는 자가 아닌 자의 명의로 세금계산서등을 발급받은 경우 : 그 공급가액의 2퍼센트

5. 재화 또는 용역을 공급하고 세금계산서등의 공급가액을 과다하게 기재한 경우 : 실제보다 과다하게 기재한 부분에 대한 공급가액의 2퍼센트

6. 재화 또는 용역을 공급받고 제5호가 적용되는 세금계산서등을 발급받은 경우 : 실제보다 과다하게 기재된 부분에 대한 공급가액의 2퍼센트

※ 기본통칙 57-103-1(명의 위장사업자와 거래한 선의의 사업자에 대한 경정)

사업자가 거래상대방의 사업자등록증을 확인하고 거래에 따른 세금계산서를 발급하거나 발급받은 경우, 거래상대방이 관계기관의 조사로 인하여 명의위장사업자로 판정되었다 하더라도 해당 사업자를 선의의 거래당사자로 볼 수 있을 때에는 경정 또는 「조세범처벌법」에 따른 불이익한 처분을 받지 아니한다.

(2) 국세기본법

제47조의3(과소신고ㆍ초과환급신고가산세) ① 납세의무자가 법정신고기한까지 세법에 따른 국세의 과세표준 신고(예정신고 및 중간신고를 포함하며, 「교육세법」 제9조에 따른 신고 중 금융ㆍ보험업자가 아닌 자의 신고와 「농어촌특별세법」에 따른 신고는 제외한다)를 한 경우로서 납부할 세액을 신고하여야 할 세액보다 적게 신고(이하 이 조 및 제48조에서 “과소신고”라 한다)하거나 환급받을 세액을 신고하여야 할 금액보다 많이 신고(이하 이 조 및 제48조에서 “초과신고”라 한다)한 경우에는 과소신고한 납부세액과 초과신고한 환급세액을 합한 금액(이 법 및 세법에 따른 가산세와 세법에 따라 가산하여 납부하여야 할 이자 상당 가산액이 있는 경우 그 금액은 제외하며, 이하 “과소신고납부세액등”이라 한다)에 다음 각 호의 구분에 따른 산출방법을 적용한 금액을 가산세로 한다.

1. 부정행위로 과소신고하거나 초과신고한 경우: 다음 각 목의 금액을 합한 금액

가. 부정행위로 인한 과소신고납부세액등의 100분의 40(역외거래에서 발생한 부정행위로 인한 경우에는 100분의 60)에 상당하는 금액

나. 과소신고납부세액등에서 부정행위로 인한 과소신고납부세액등을 뺀 금액의 100분의 10에 상당하는 금액

2. 제1호 외의 경우: 과소신고납부세액등의 100분의 10에 상당하는 금액

제48조(가산세 감면 등) ① 정부는 이 법 또는 세법에 따라 가산세를 부과하는 경우 그 부과의 원인이 되는 사유가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 해당 가산세를 부과하지 아니한다.

1. 제6조 제1항에 따른 기한 연장 사유에 해당하는 경우

2. 납세자가 의무를 이행하지 아니한 데에 정당한 사유가 있는 경우

3. 그 밖에 제1호 및 제2호와 유사한 경우로서 대통령령으로 정하는 경우

(3) 공유재산 및 물품관리법(2020.12.29. 법률 제17765호로 일부개정되기 전의 것)

제20조(사용ㆍ수익허가) ① 지방자치단체의 장은 행정재산에 대하여 그 목적 또는 용도에 장애가 되지 아니하는 범위에서 사용 또는 수익을 허가할 수 있다.

③ 제1항에 따라 사용ㆍ수익의 허가를 받은 자는 그 행정재산을 다른 자에게 사용ㆍ수익하게 하여서는 아니 된다. 다만, 제1항에 따라 사용ㆍ수익의 허가를 받은 자가 제7조 제2항 단서에 따른 기부자와 그 상속인 또는 그 밖의 포괄승계인인 경우에는 지방자치단체의 장의 승인을 받아 다른 자에게 사용ㆍ수익하게 할 수 있다.

④ 지방자치단체의 장은 제3항 단서에 따른 사용ㆍ수익이 그 목적 또는 용도에 장애가 되거나 행정재산의 원상(原狀) 회복에 어려움이 있다고 인정하는 경우에는 그 사용ㆍ수익을 승인하여서는 아니 된다.

제25조(사용ㆍ수익허가의 취소) ① 지방자치단체의 장은 제20조 제1항에 따라 행정재산의 사용ㆍ수익허가를 받은 자가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하면 그 허가를 취소할 수 있다.

1. 사용ㆍ수익의 허가를 받은 행정재산을 제20조 제3항을 위반하여 다른 사람에게 사용ㆍ수익하게 한 경우

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인과 처분청이 제시한 심리자료에 의하면 다음과 같은 사실이 확인된다.

(가) 인천광역시장과 A는 2016.7.12. OOO주경기장 내 공유재산인 쟁점부동산 대부계약을 체결하였고, 쟁점계약서 내용은 아래 ＜표2＞와 같다.

＜표2＞ 쟁점계약서 내용

(나) 인천광역시장은 2018.2.1. 아래 ＜표3＞과 같이 A 대표이사 B을 수신자로 하여 청구법인을 공유재산 운영 관리법인으로 설립하는 것을 승인하면서 쟁점부동산 관리업무를 성실히 수행하라는 내용의 공문을 발송하였다.

＜표3＞ 청구법인을 쟁점부동산 관리법인으로 설립 승인한 공문

(다) 인천광역시장은 2018년 제2기부터 2020년 제1기까지 쟁점부동산 대부료에 관하여 아래 ＜표4＞와 같이 청구법인에게 쟁점매입세금계산서를 발급하였고, 청구법인은 대부료 등을 청구법인의 명의 C은행 계좌(140-012-1****0)나 D은행 계좌(591901-01-5****5)에서 인천광역시 OOO주경기장 세입계좌(C 100030*****8)로 이체하였고 이를 매입세액으로 공제하여 부가가치세를 신고·납부하였는데, 인천광역시장은 2022.9.21.부터 쟁점부동산 대부료에 대하여 공급받는자를 A로 하여 매입세금계산서를 발급하였다.

＜표4＞ 쟁점매입세금계산서 현황

(라) 처분청의 경정결의서에 의하면 처분청은 쟁점매입세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보아 세금계산서 불성실 수취가산세(2%) 및 부정과소신고가산세(과소신고분 납부세액의 40%)를 포함하여 2018년 제2기부터 2020년 제1기까지 부가가치세 합계 OOO원을 경정·고지하였다.

(마) 청구법인은 쟁점세금계산서와 관련한 대부료 납부에 대하여 인천광역시장에게 보낸 공문과 이에 대하여 인천광역시장이 청구법인에게 회신한 대부료 납부 이행계획을 촉구하는 공문 등 자료를 제시하였다.

＜표5＞ 인천광역시장이 청구법인에 회신한 대부료 납부 이행계획 촉구 공문(2019.5.3.)

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법률 등을 종합하여 먼저 쟁점①에 대하여 살피건대, 청구법인은 쟁점계약에 따라 인천광역시장으로부터 쟁점부동산의 관리·운영을 승인받아 설립된 업체로 쟁점부동산을 관리하면서 대부료를 납부하였으므로 쟁점매입세금계산서는 사실과 다른 세금계산서에 해당하지 않는다고 주장하나,

「부가가치세법」제32조 및 제39조는 사업자가 재화 또는 용역을 공급하는 경우에는 공급받는 자의 등록번호를 적은 계산서를 그 공급을 받는 자에게 발급하여야 한다고 규정하고 있고, 제출한 매입처별 세금계산서합계표의 기재사항 중 거래처별 등록번호 또는 공급가액의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우 그 기재사항이 적히지 아니한 부분 또는 사실과 다르게 적힌 부분의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다고 규정하고 있다.

인천광역시장은 OOO주경기장 내 수익시설인 건물과 부지 등을 2016.7.12. A에게 20년간 대부하는 계약을 체결하여 쟁점부동산을 A에게 대부해오던 중 2018.2.1. 쟁점계약서에 따라 청구법인을 쟁점부동산 관리법인으로 설립하는 것을 승인하였고, 2018.6.27.부터 2020.3.15.까지의 기간 동안 청구법인을 공급받는 자로 하여 쟁점부동산 대부료 등에 대하여 쟁점매입세금계산서를 발급하였으나,

청구법인은 쟁점부동산을 대부받는 자인 쟁점계약의 당사자가 아니고, 쟁점계약서 제16조 제6항에 따라 A의 쟁점부동산 관리 및 운영업무를 대신 수행하는 관리법인으로 승인받은 것에 불과하므로 쟁점매입세금계산서는 쟁점계약의 당사자인 A를 공급받는 자로 하여 발행되는 것이 타당해 보이는 점, 인천광역시장은 2022.9.21. 이후 쟁점부동산 대부료에 대하여 A를 공급받는 자로 하여 세금계산서를 발급하고 있는 점 등에 비추어 처분청이 쟁점매입세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보아 청구법인에 한 이 건 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

다음으로 쟁점②에 대하여 살피건대, 쟁점매입세금계산서가 사실과 다른 세금계산서라고 하더라도 청구법인은 쟁점부동산의 관리법인으로 A와 행정상.계약상 절차의 하자가 없었고, 계약대로 실제 쟁점부동산을 관리하였으므로 청구법인을 선의의 거래당사자로 보아야 한다고 주장하나,

쟁점매입세금계산서는 청구법인 입장에서 인천광역시장으로부터 용역 등을 공급받은 사실이 없음에도 수취한 것이므로 이는 실물거래 없는 가공세금계산서에 해당하고,

인천광역시장과 A 사이의 쟁점계약에 따라 쟁점부동산 관리를 위하여 청구법인이 설립되었는바, 청구법인은 자신이 쟁점세금계산서 관련 용역 등을 공급받는 자인 당사자가 아니라는 사실 및 쟁점부동산의 단순 관리업무를 부여받았다는 사실을 알고 있었을 것으로 보이는 점 등에 비추어 청구주장을 받아들이기는 어렵다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」 제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.