이유
1. 원처분 개요 별지 기재의 청구인은 서울특별시 강동구 OO동 OOOOOOO외 3필지 대지 1,509㎡ 지상의 OO빌딩 건물 4950.28㎡(지상 6층, 지하 2층, 이하 “쟁점건물”이라고 한다)의 신축공사 도급계약을 ’94.3.24 청구외 OO산업(주)과 체결하고 ’94.12.17 부동산임대업의 사업자등록을 신청하였다. 그후 청구인은 ’94.12.30 OO산업(주)로부터 공급가액 1,200,000,000원(부가가치세 120,000,000원)의 세금계산서를 발급받아 ’95.1.25 처분청에 94년 2기 부가가치세 확정신고를 하고 부가가치세 118,127,260원을 환급받았다. 처분청은 95년 3월 부가가치세 환급자 현지확인조사를 실시한 결과 청구인이 사업자등록을 신청하기 이전인 ’94.8.25 OO산업(주)에서 청구인에게 500,000,000원의 1차기성금(이하 “쟁점기성금”이라 한다)청구를 한 사실이 있다는 이유로 쟁점기성금에 대한 부가가치세 50,000,000원(이하 “쟁점매입세액”이라고 한다)을 등록전매입세액으로 보아 ’95.4.18 청구인에게 94년도 2기분 부가가치세 55,000,000원을 결정고지하였다. 청구인은 이에 불복하여 ’95.6.17 심사청구를 거쳐 ’95.9.25 심판청구를 제기하였다. 2. 청구인주장 및 국세청장 의견 가. 청구인주장 청구인은 임대건물인 OO빌딩을 신축하면서 ’94.3.24 청구외 OO산업(주)과 공사기간을 ’94.4.1부터 ’95.8.30까지 도급금액 3,329,700,000원에 공사도급계약을 체결하고 ’94.12.17 처분청에 사업자등록을 신청하였으며, ’94.12.30 1,200,000,000원의 세금계산서를 수취하여 처분청에 ’95.1.25 부가가치세를 환급신고한 사실이 있다. 처분청은 1회 기성금과 관련된 매입세액 50,000,000원을 등록전매입세액이라 하여 매입세액불공제하여 본건 부가가치세를 부과하였으나, 청구인은 위 기성금청구서를 받은 사실도 없고 청구한 기성금을 결제한 사실도 없으므로 ’95.8.25을 공급시기로 보아 이와 관련된 매입세액을 불공제한 처분은 부당한 것이다. 나. 국세청장 의견 처분청의 결정관련서류에 의하면, 청구인은 임대목적으로 쟁점건물을 신축하기 위하여 OO산업(주)과 ’94.3.24 착공일을 ’94.4.1, 준공일을 ’95.5.30로 하기로 하고 도급금액 2,959,000,000원에 계약금 없이 기성부분급을 3회분할 지급하기로 하는 공사도급계약을 체결하였으며, OO산업(주)는 공사를 진행하여 ’94.8.25 1회기성금 500,000,000원을 청구인에게 신청하였으나, OO산업(주)는 세금계산서를 청구인이 사업자등록증을 교부받지 못하여 이 날 교부하지 못하고 청구인이 사업자등록증을 교부받은 이후인 ’94.12.30 위 1회 기성금 500,000,000원을 포함하여 1회 기성금 이후 기성금을 합한 1,200,000,000원의 세금계산서를 발행하였음이 확인된다. 한편, 청구인은 1회 기성금에 대한 청구서도 받지 못하였고 대금결재한 사실도 없다고 주장하고 오히려 ’94.8.26 현장소장 앞으로 부실시공을 완벽조치한 후 기성청구하라는 공문을 발송하였다고 주장하나, 처분청이 OO산업(주)로부터 받은 ’94.8.25 제1회 기성금청구서, 공사별공사경과 및 기성청구기록, 공사미수금계정 등을 보거나, 당청이 현장소장에게 전화 확인한 내용에 따르면 청구인은 현장소장에게 부실시공에 관한 공문접수한 사실도 없다는 점과, OO산업(주)의 공사기록에 의하면 관할구청인 강동구청에 ’94.6.15 및 ’94.7.1 굴도공사공정보고를 거쳐 ’94.7.22 중간검사신청을 하여 ’94.7.25 중간검사필증을 교부받은 후 ’94.8.25 제1회 기성금을 청구한 사실이 확인되는 것으로 볼 때, 청구주장은 신빙성이 없어 보인다. 위 사실내용과 “건설공사시에 완성도에 따라 기성고 대금을 수차에 걸쳐 지급받기로 했으나 그 지급일을 명시하지 아니한 경우에는 공사기성고가 결정되어 그 대금을 지급받을 수 있는 날을 그 공급시기로 본다”는 법 규정에 비추어 볼 때나 일반적인 기성고건설공사거래의 관행상으로 보았을 때도, 쟁점건물신축공사의 1차 기성고의 공급시기는 청구법인의 관할구청인 강동구청의 중간검사를 거쳐 중간검사필증을 교부받은 후 기성고를 결정하여 1회 기성금을 청구한 ’94.8.25로 봄이 타당하다고 보여지고, 청구인이 위 1회 기성금을 ’94.12.17 사업자등록신청한 후인 ’94.12.30 1회 기성금 이후 기성금에 포함하여 세금계산서를 수취한 쟁점매입세액은 등록전매입세액에 해당된다고 보여지는바, 처분청이 쟁점매입세액을 등록전매입세액으로 보아 매입세액불공제하여 부가가치세를 과세한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다. 3. 심리 및 판단 가. 쟁 점 쟁점매입세액을 등록전매입세액으로 보아 부가가치세를 부과한 처분의 당부를 가리는데 있다. 나. 관련 법령 부가가치세법 제9조 제2항에서 「용역이 공급되는 시기는 역무가 제공되거나 재화·시설물 또는 권리가 사용되는 때로한다」고 규정하고 있으며, 같은법 시행령 제22조 제2호에서는 「완성도기준지급·중간지급·장기할부 또는 기타 조건부로 용역을 공급하거나 그 공급단위를 구획할 수 없는 용역을 계속적으로 공급하는 경우에는 그 대가의 각 부분을 받기로 한때를 공급시기로 본다」고 규정하고 있다. 한편 사업자가 완성도기준지급 또는 중간지급조건부건설용역의 공급계약서상 특정내용에 따라 당해 건설용역에 대하여 검사를 거쳐 대가의 각부분의 지급이 확정되는 경우에는 검사후 대가의 지급이 확정되는 때를 그 공급시기로 보는 것이다(같은뜻 부가가치세법 기본통칙 2-3-9...9) 다. 사실관계 및 판단 청구인은 쟁점기성금의 공급시기를 세금계산서 발행일인 ’94.12.30로 보아야 한다고 주장하는 반면, 처분청은 사업자등록신청(’94.12.17)이전인 ’94.8.25로 보아야 한다고 주장하고 있는바 여기에 대하여 살펴보면, (1) 청구인과 OO산업(주)는 ’94.3.24 공사기간을 ’94.4.1-’95.5.30, 도급금액을 2,959,000,000원(부가가치세포함), 기성부분급의 기간 및 방법을 3회분할지급으로 하는 쟁점건물의 건설도급계약을 맺은 후 ’94.11.30 OO산업(주)의 설계변경 도면에 의한 공사비 추가확정의 요청에 의하여 도급금액을 3,329,700,000원(부가가치세포함)으로 하고 공사기한을 ’95.8.30로 연장한 사실이 공사도급계약서·OO산업(주)이 청구인에게 발송한 설계변경 도면에 의한 공사비 확정의 건 공문·설계변경내역서에 의하여 확인된다. (2) 청구인과 OO산업(주)의 건설도급계약서 상의 대금지급방법에 대한 약정을 보면 건설도급계약서상 기성부분급의 기간 및 방법에서는 단순히 ‘3회분할지급’으로 기재하고 있고 동 계약서 제17조에서는 「수급자는 기성부분급에 대한 검사를 요청할 수 있고 이때 도급자는 지체없이 검사를 하여야 하며 수급자는 검사결과와 공사가격 내역서의 단가에 의하여 산출한 기성금액을 청구할 수 있으며, 도급자는 계약서에 명시한 바에 따라 지급하여야 한다」고 규정하고 있어 완성도기준지급조건부 건설용역의 공급계약임을 알 수 있다. (3) OO산업(주)는 ’94.5.12 쟁점건물의 공사를 착공하였고, 청구인은 ’94.12.17 부동산임대업의 사업자등록을 신청(다툼없음)하였으며, ’94.12.30 OO산업(주)에서 청구인에게 공급가액 1,200,000,000원(부가세 120,000,000원)의 세금계산서를 발행하였으며 청구인은 ’95.1.25 94년 2기 부가가치세 확정신고(환급세액:118,127,260원)을 하였음이 쟁점건물의 건축물관리대장·세금계산서·부가가치세확정신고서에 의하여 확인된다. (4) 처분청은 쟁점건물의 신축공사와 관련하여 OO산업(주)로 부터 징취한 1차기성금청구서(기성금청구액:500,000,000원(부가세별도) 청구일: ’94.8.25)와 문서대장을 근거로 하여 위의 기성금청구액의 공급시기를 ’94.8.25 보아 매입세액불공제하였으나, 당 심판소에서 OO산업(주)에 쟁점기성금청구서의 작성경위를 조회한 바, “현장과는 관계없이 본사에 근무하는 관리과장이 기성금청구서를 작성하여 발송하도록 지시하여 이에따라 관리과장이 기성금청구서를 작성하였을 뿐 발송한 사실은 없다”고 회신하면서 그 근거 증빙으로 94년도 문서발송대장을 첨부하고 있다. 또한 처분청에서 징취한 문서대장은 문서발송대장이 아닌 인감관리대장이라고 회신하고 있다. (5) 6월말 결산법인인 OO산업(주)는 공사진행율에 의하여 ’94.6.30 823,870,263원의 수익을 계상하였고 ’94.12.30 496,129,737원의 수입금액을 계상하여 세금계산서 발행일인 ’94.12.30 현재 수익인식금액이 1,320,000,000원(부가가치세 포함)이어서 OO산업(주)에서 발행한 세금계산서 금액과 일치하고 있으며, OO산업(주)에 쟁점건물 신축공사대금으로 최초 입금된 금액은 ’94.12.30 100,000,000원임이 OO산업(주)의 공사미수금 명세서와 입금전표에 의하여 확인된다. (6) OO산업 대표이사 OOO은 쟁점건물신축공사에 대하여 기성부분급의 수령을 위한 기성부분검사를 청구인에게 구두 혹은 서면으로 요청한 사실이 없음을 확인하고 있고, 쟁점건물신축공사 현장소장인 OOO은 기성금 5억을 청구한 사실이 없다는 확인서를 제시하고 있다. 건설공사계약시 완성도에 따라 대금을 지급하기로 한 완성도 기준지급 건설용역의 공급시기는 당해 건설용역에 대하여 검사를 거쳐 대가의 각부분의 지급이 확정되는 경우에는 검사 후 대가의 지급이 확정되는때를 그 공급시기로 하는 것이며(같은뜻 부가가치세법 기본통칙 2-3-9...9) 그 대가의 지급이 확정되는 때라 함은 대가를 지급받을 수 있는 날인 도급자측 결재권자의 결재일인 것이라 할 것인바(같은뜻 국심87서1381, 국심 91서1578) 본건은 위의 사실관계에 비추어 쟁점기성금의 청구서가 도급자인 청구인에게 도달되고 청구인이 이를 승락하여 대금을 지급받을 수 있는 시기가 도래하였다고 볼 수는 없다고 보여지므로, 쟁점기성금의 공급시기는 ’94.8.25이 아닌 세금계산서가 발행된 ’94.12.30로 보는 것이 합당하다고 판단된다. 따라서 처분청이 쟁점기성금의 공급시기를 ’94.8.25로 보아 쟁점매입세액을 등록전매입세액으로 인정하여 본건 부가가치세를 부과한 처분은 사실조사를 소홀히 한 잘못이 있다고 판단된다. 라. 따라서 이건 심판청구의 심리결과 청구인의 주장이 이유 있다고 인정되므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다. < 별 지 >
청 구 인
주민등록 번호
주 소
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서울특별시 강동구 OO동
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경기도 가평군 외서면 OOO리 OOOOO
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