이유
1. 처분개요 청구법인은 승강기를 제작 판매하는 외국인투자 중소제조업체로서 93.8월 충청남도 당진군 당진읍 OO리 OOOOO소재에 신공장을 신축하고 경기도 부천시 원미구 OO동 OOOOOOO 구공장의 기계장치 생산설비 전부를 신공장으로 이전하여 93.9.1 신공장에서 사업을 개시하였으나 구공장의 토지와 건물이 즉시 매각되지 못하여 매각시까지 일부분씩 임대하다가 이전후 2년 이내인 95.7.31 매각하고 구공장의 양도에 따른 특별부가세를 조세감면규제법에 의거 면제신청을 하였다. 처분청은 이에 대하여 청구법인이 신공장으로 이전한 후 구공장을 증·개축하여 임대하다가 양도하였다고 하여 특별부가세의 면제를 배제하고 96.12.16 청구법인에게 94.12.1～95.11.30 사업년도분 법인세 96,346,750원을 결정고지하였다. 청구법인은 이에 불복하여 97.2.13 심사청구를 거쳐 97.5.27 심판청구를 하였다. 2. 청구인 주장 및 국세청장 의견 가. 청구인 주장 구조세감면규제법(93.12.31 법률제 4666호로 개정되기 전) 제42조 및 같은법시행령 제36조 제4항에서 대도시안에서 공장시설을 갖추고 사업을 영위하는 내국인이 그 공장을 지방으로 이전하여 사업을 개시한 날로부터 2년 이내에 대도시내 공장을 양도하는 경우 당해 공장의 양도에 대한 특별부가세를 면제하는 바, 청구법인은 구공장의 사업설비 전부를 신공장으로 이전하여 신공장에서 사업을 개시한 날로부터 2년 이내에 구공장을 양도하였으므로 면제요건을 갖추었음에도 구공장을 임대하다가 양도하였다고 하여 감면을 배제함은 부당하고 국세청장은 구공장의 건축물관리대장의 면적보다 실제 임대한 면적이 많은 것으로 보아 청구법인이 신공장으로 이전한 후에 증·개축하여 임대한 것이라 하여 감면을 배제함이 타당하다고 심사청구를 기각하였으나 이는 등기를 하지 못하였을 뿐 이전하기 전에 이미 증·개축이 이루어진 것임이 청구법인의 관련서류에 의하여 확인이 됨에도 감면을 배제함은 부당하다. 나. 국세청장 의견 (1) 청구법인은 조세감면규제법 규정에 의거 대도시안(부천시)의 청구법인 소유 구공장을 지방으로 이전하기 위하여 신공장(충남 당진)을 신축하여 사업을 개시한 날로부터 2년 이내에 구공장을 양도하고 구공장 양도에 따른 특별부가세에 대하여 적법하게 면제신청한 사실에 대하여는 처분청과 달리 다툼이 없다. (2) 다만, 청구법인은 구공장을 처분하려고 하였으나 원매자가 나타나지 않아 구공장 그대로 임대하였다고 하나, 처분청 의견에서 청구법인의 당초 구공장 건물의 총면적은 601.69㎡임이 건축물대장 및 등기부등본에 의거 확인이 되고 있는 반면, 청구법인이 임대하여 주고 있는 총면적은 5개업체에 1,244.9㎡로 공부상 공장면적보다 더 많이 임대하여 주었음을 알 수 있는 바, 청구법인의 구공장을 증·개축하지 아니하고 그대로 임대하여 주었다고 보기는 어렵고, 그 계약기간도 청구법인이 신공장을 신축한 이후부터 2년간〔OOOO(주) 등 계약기간 93.9.16～95.7.31〕으로 되어 있는 점 등으로 보아 구공장의 원매자가 없어서 임대한 것이 아니고 매매차익을 얻기 위하여 약 2년 동안 임대하여 준 것으로 보여진다. 위의 사실로 미루어 보아 청구법인의 대도시안의 구공장을 지방이전하기 위하여 신공장을 신축하여 사업을 개시한 후 2년 이내에 공장을 양도하고 적법하게 면제신청을 하였다고 하더라도 구공장을 지방으로 이전후 이전전의 구공장을 증·개축하여 임대하다 양도하는 경우에는 공장양도차익에 대한 특별부가세 등의 면제를 배제(같은뜻 : 조세감면규제법 통칙 2-12-10...42 제1항 제6호국세청 예규법인 46012-2226, 93.7.27외 다수)하도록 하고 있는 바, 처분청이 청구법인의 구공장의 양도에 따른 특별부가세 면제를 배제하여 과세한 당초 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다. 3. 심리 및 판단 가. 쟁점 대도시내 공장을 지방에 이전한 후 구공장을 임대하다가 양도한 경우에 특별부가세가 면제되는지 여부를 가리는데 있다. 나. 관련법령 구조세감면규제법(93.12.31 법률제 4666호로 개정되기전) 제42조 제2항에 “대도시안에서 공장시설을 갖추고 사업을 영위하는 내국인이 그 공장을 지방으로 이전하기 위하여 당해 공장대지와 건물을 양도함으로서 발생하는 소득에 대하여는 대통령령이 정하는 바에 의하여 양도소득세 또는 특별부가세를 면제한다”고 규정하고 같은법시행령 제36조 제3항 및 제4항에 공장의 이전을 완료하여 사업을 개시하고 구공장을 양도하는 경우에는 공장을 이전하여 사업을 개시한 날로부터 2년이내에 구공장을 양도한 경우에 한하여 법제 42조의 규정을 적용한다고 되어 있다. 또한 법인세법 제59조의 3 제5항에 “법 제59조의 4 제4항에 규정하는 미등기양도토지 등에 대하여 이 법 기타 법률 중 특별부가세의 비과세 및 감면에 관한 규정을 적용하지 아니한다”고 규정하고 있다. 다. 사실관계 및 판단 처분청은 청구법인이 신공장으로 이전한 후 구공장을 증·개축하여 임대하다 양도하였으므로 특별부가세 등의 면제를 배제하였고, 청구법인은 신공장으로 이전하기 전에 이미 증·개축하였다고 주장하면서 자산원장, 증·개축공사계약서 등을 제시하는 바 이에 대하여 살펴본다. (1) 청구법인은 승강기를 제작판매하는 외국인투자 중소제조업체로서 경기도 부천시 원미구 OO동 OOOOOOO(대지 1,031.7㎡, 건물 618.45㎡)에서 사업을 운영하다가 공장을 지방으로 이전하기 위하여 충청남도 당진군 당진읍 OO리 OOOOOOO에 93.8월 공장을 신축(대지 10,935,㎡, 건물 7,973.35㎡)하여 93.9.1 사업을 개시하였으며, 구공장은 신공장으로 이전 후 임대하다가 신공장 사업개시후 2년 이내인 95.7.31 양도하였음이 공장등록증과 사업자등록증 및 공장이전완료 보고서 등에 의해 확인되며 구공장의 건축물관리대장에 의하면 공장건물의 면적이 618.45㎡이고, 구공장의 임대차계약서에 의하면 임대한 건물면적이 1,244.9㎡로서 임대면적이 공부상면적보다 626.45㎡가 더 많음이 확인된다. (2) 청구법인이 신공장으로 이전하기 전에 이미 구공장이 증·개축된 것이라고 주장하면서 제시한 청구법인의 대차대조표와 자산원장 및 공사계약서에 의하면 89.11월에 2층 설계실, 식당 및 주방 등을 증축하였고(공사금액 5,500천원) 91.8월에 샤워장을 증축(공사금액 2,000천원)하였으며 92.3월에 화장실 및 창고 등을 증축하였으며(공사금액 7,300천원) 92.8월에 공장을 증·개축(공사금액 4,200천원)한 사실이 확인되어 신공장 이전 전에 증·개축을 하였다는 청구주장은 사실로 인정되므로 신공장으로 이전한 후 구공장을 증·개축하여 임대하다가 양도하였다고 하여 특별부가세등의 감면을 배제한 당초 처분은 부당하다고 판단된다. 다만 전시 관련법령에서와 같이 미등기 양도 토지등에 대하여는 특별부가세의 감면을 배제하는 것인 바 등기되지 아니한 건물 626.45㎡는 특별부가세의 감면이 배제되어야 한다고 판단된다. 따라서 이 건 심판청구는 청구주장이 이유 있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의거 주문과 같이 결정한다.