이유
1. 처분개요

가. 청구법인(대표자는 a이고, a는 청구법인의 발행주식 전부를 소유하고 있음)은 2011.12.30. 설립된 후 부동산개발업, 부동산 컨설팅 및 분양대행업 등을 영위하고 있다.

나. 청구법인은 2018.6.29. 경상남도 양산시 OOO 소재 지하 OOO층 및 지상 OOO층의 A 병원(총 21개 호실, 총 연면적 OOO, 의료시설 및 근린생활시설, 이하 “쟁점건물”이라 한다)을 신축한 후 15개 호실은 타인(7층은 b)에게 분양하고 나머지 6개 호실(401호, 501호, 601호, 801호, 901호 및 1001호, 이하 “출연부동산”이라 한다)은 의료법인 B의료재단(대표자는 a, 설립일은 2018. 10.16.이고, 이하 “B의료재단”이라 한다)에게 출연하면서 B의료재산이 그 부동산에 설정되어 있던 총 채무액 OOO원을 인수하는 조건으로 부담부증여를 하였다.

다. 청구법인은 2018.10.29. 출연부동산 중 부담부증여분에 대하여 B의료재단에게 (건물)공급가액 OOO원의 매출세금계산서를 발급하고, 쟁점건물 내 인테리어공사(이하 “쟁점공사”라 한다)와 관련한 공급가액 합계 OOO원의 매입세금계산서(이하 “쟁점세금계산서”라 한다)를 수취한 후, 이들을 포함하여 2018년 제2기 부가가치세 신고.납부를 하였다.

라. 인천지방국세청장(이하 “감사청”이라 한다)은 2023년 4월경 처분청에 대한 종합감사를 실시한 결과, 처분청이 2021.5.17.부터 2021.7.3.까지 청구법인의 2016～2019사업연도에 대한 법인세 조사 시 청구법인이 2018년경 B의료재단에게 출연부동산을 출연한 후 쟁점공사와 관련하여 지출한 인테리어 공사대금 OOO원[OOO원(이하 “쟁점①금액”이라 한다)은 비지정기부금 단체인 B의료재단에게 현금기부한 것으로, 나머지 OOO원(이하 “쟁점②금액”이라 하고, 쟁점①금액과 합하여 이하 “쟁점금액”이라 한다)은 쟁점건물의 7층에 대한 공사대금으로 청구법인의 사업과 직접 관련 없는 것으로 각각 보았음]을 손금불산입하고 기타사외유출로 소득처분하면서도,「부가가치세법」제39조 및 같은 법 시행령 제77조에 따라 관련 부가가치세 매입세액을 불공제하여 경정하지 아니한 것으로 확인하고 처분청에 감사결과 처분지시를 하였다.

마. 처분청은 이에 따라 쟁점금액과 관련한 부가가치세 매입세액을 불공제하여 2023.4.7. 청구법인에게 2018년 제2기 부가가치세 OOO 원[일반과소신고가산세 OOO원 및 납부불성실가산세 OOO원 합계 OOO원(이하 “쟁점가산세”라 한다) 포함]을 경정·고지하였다.

바. 청구법인은 이에 불복하여 2023.6.19. 이의신청을 거쳐 2023.10.31. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 청구법인은 2018년 6월경 C 등에게 쟁점공사에 대한 하도급을 주어 인테리어 공사를 시행하였고, 쟁점공사 중 일부는 B의료재단 개원 후에도 계속 진행되었는바, 청구법인이 쟁점공사와 관련하여 지출한 쟁점①금액은 청구법인이 사실상 B의료재단에게 출연한 것이나 그의 기본재산목록에 단순 누락되었을 뿐이므로 청구법인의 부가가치세 매입세액으로 공제하여야 한다.

(2) 쟁점②금액은 쟁점건물의 7층에 대한 공사대금으로 청구법인의 분양사업 등과 직접 관련된 것으로, B의료재단에게 현물출자한 출연부동산(층수)과는 관련이 없으므로, 청구법인의 부가가치세 매입세액으로 공제하여야 한다.

(3) 처분청은 2021년경 청구법인에 대한 법인세 조사 시 이 건 부가가치세에 대한 경정을 착오로 누락하였다가 감사청의 2023년 4월경 감사결과처분지시에 따라 단순 지연고지를 하였던 것인바, 쟁점가산세는 감면할 만한 정당한 사유에 해당하므로 취소하여야 한다.

나. 처분청 의견

(1) 쟁점공사는 청구법인이 2018.10.29. B의료재단에게 출연한 출연부동산과 별개로 시행되었고, 쟁점①금액은 B의료재단이 하도급업체에게 직접 지급하여야 할 인테리어 공사대금임에도 청구법인이 이를 대신하여 부담하고 쟁점세금계산서를 청구법인 명의로 수취하여 부가가치세 매입세액을 공제받은 것인바, 청구법인의 사업과 직접 관련 없이 지출된 쟁점①금액과 관련한 부가가치세 매입세액을 불공제하여 청구법인에게 부가가치세를 부과한 이 건 처분은 정당하다.

「부가가치세법」제38조 제1항 제1호 및 제39조 제1항 제4호는 당해 사업자의 과세사업과 관련하여 교부받은 세금계산서상 부가가치세 매입세액은 매출세액에서 공제할 수 있는 것이나, 자기 사업과 관련 없는 지출에 대한 매입세액은 공제하지 아니한다고 규정하고 있다.

청구법인과 B의료재단은 그 대표자가 모두 a로 특수관계에 있고, 청구법인이 출연부동산을 B의료재단에게 현물출연하면서 부담부증여분에 대한 매출세금계산서를 발급하였으나, 쟁점공사와 관련한 쟁점①금액에 대하여는 매출세금계산서를 발급(수정 포함)하거나 B의료재단의 현물출연받은 기본재산으로 신고하지도 않았다.

청구법인은 쟁점공사와 관련한 쟁점①금액을 하도급업체에게 직접지급할 하등의 이유가 없음에도 B의료재단을 대신하여 지급하고 매입세금계산서를 수취하였는바, 이는 청구법인이 자신의 사업과 관련 없는 쟁점공사의 대가인 쟁점①금액 상당액을 B의료재단에게 무상기증하는 한편 관련 부가가치세 매입세액을 부당하게 공제받고 쟁점건물의 공사원가를 부풀리기 위한 것이었다.

(2) 쟁점②금액은 하도급업체인 C 등의 쟁점건물 중 7층에 대한 인테리어 공사대금에 해당하나, 이와 관련한 공사 상세내역이 확인되지 않을 뿐더러, 해당 층은 청구법인이 쟁점공사 전인 2018년 5월경 b에게 분양한 것이고, 702호는 B의료재단이 2018년 11월경부터 2021년 7월경까지 b로부터 임차.사용한 것으로 나타나는바, 쟁점②금액은 청구법인의 사업과 직접 관련이 있다고 보기 어려우므로 관련 부가가치세 매입세액을 불공제하여 청구법인에게 부가가치세를 부과한 이 건 처분은 정당하다.

(3) 이 건 부과처분은「부가가치세법」제57조 제1항 제2호의 청구법인의 예정신고 또는 확정신고를 한 내용에 오류가 있거나 내용이 누락된 경우로 감사청의 감사결과처분지시에 따라 경정한 것이고, 청구법인이 자신의 사업과 직접 관련 없이 특수관계에 있는 B의료재단을 대신하여 쟁점금액을 지출하고 쟁점세금계산서를 수취한 후 관련 부가가치세 매입세액을 부당하게 공제받은 것인바, 이는「국세기본법」제48조 및 같은 법 시행령 제28조의 가산세를 감면할 만한 정당한 사유에 해당하지 않는다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

① 쟁점①금액은 청구법인이「부가가치세」제47조의 공익단체인 의료법인 B의료재단에게 현물출자한 자산과 직접 관련이 있는 인테리어 공사대금으로, 청구법인의 부가가치세 매입세액 공제대상이라는 청구주장의 당부

② 쟁점②금액은 청구법인의 사업과 관련 있는 인테리어 공사대금으로, 부가가치세 매입세액 공제대상이라는 청구주장의 당부

③ 이 건 처분은 2023년경 감사청의 감사결과 처분지시에 따른 것으로, 그 이전인 2021년경 처분청의 청구법인에 대한 법인세 조사 시 착오로 경정누락한 데에 따른 단순 지연고지분이므로 쟁점가산세는 정당한 사유가 있어 감면되어야 한다는 청구주장의 당부

나. 관련 법령

(1) 부가가치세법

제26조(재화 또는 용역의 공급에 대한 면세) ① 다음 각 호의 재화 또는 용역의 공급에 대하여는 부가가치세를 면제한다

20. 국가, 지방자치단체, 지방자치단체조합 또는 대통령령으로 정하는 공익단체에 무상으로 공급하는 재화 또는 용역

제38조(공제하는 매입세액) ① 매출세액에서 공제하는 매입세액은 다음 각 호의 금액을 말한다.

1. 사업자가 자기의 사업을 위하여 사용하였거나 사용할 목적으로 공급받은 재화 또는 용역에 대한 부가가치세액(제52조 제4항에 따라 납부한 부가가치세액을 포함한다)

제39조(공제하지 아니하는 매입세액) ① 제38조에도 불구하고 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

4. 사업과 직접 관련이 없는 지출로서 대통령령으로 정하는 것에 대한 매입세액

제47조(공익단체의 범위) ① 법 제26조 제1항 제20호에서 “대통령령으로 정하는 공익단체”란 주무관청의 허가 또는 인가를 받거나 주무관청에 등록된 단체로서「상속세 및 증여세법 시행령」제12조 각 호의 어느 하나에 해당하는 사업을 하는 단체를 말한다.

제57조(결정과 경정) ① 납세지 관할 세무서장, 납세지 관할 지방국세청장 또는 국세청장(이하 이 조에서 "납세지 관할 세무서장등"이라 한다)은 사업자가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에만 해당 예정신고기간 및 과세기간에 대한 부가가치세의 과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 조사하여 결정 또는 경정한다.

2. 예정신고 또는 확정신고를 한 내용에 오류가 있거나 내용이 누락된 경우

(2) 부가가치세법 시행령

제77조(사업과 직접 관련이 없는 지출) 법 제39조 제1항 제4호에 따른 사업과 직접 관련이 없는 지출의 범위는「소득세법 시행령」제78조 또는「법인세법 시행령」제48조, 제49조 제3항 및 제50조에서 정하는 바에 따른다.

(3) 법인세법

제27조(업무와 관련 없는 비용의 손금불산입) 내국법인이 지출한 비용 중 다음 각 호의 금액은 각 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입하지 아니한다.

1. 해당 법인의 업무와 직접 관련이 없다고 인정되는 자산으로서 대통령령으로 정하는 자산을 취득ㆍ관리함으로써 생기는 비용 등 대통령령으로 정하는 금액

2. 제1호 외에 해당 법인의 업무와 직접 관련이 없다고 인정되는 지출금액으로서 대통령령으로 정하는 금액

(4) 법인세법 시행령

제39조(공익성을 고려하여 정하는 기부금의 범위 등) ⑭ 기획재정부장관은 제16항에도 불구하고 종전의「법인세법 시행령」(대통령령 제28640호로 개정되기 전의 것을 말한다) 제36조 제1항 제1호 다목ㆍ라목 또는 아목에 따른 지정기부금단체등이 2021년 1월 1일부터 10월 12일까지 제1항 제1호 바목 후단에 따른 신청을 하지 않은 경우에도 기획재정부장관이 정하여 고시하는 바에 따라 해당 지정기부금단체등의 추천 신청을 받아 2023년 12월 31일까지 제1항 제1호 바목에 따른 지정ㆍ고시를 할 수 있다.

제49조(업무와 관련이 없는 자산의 범위 등) ① 법 제27조 제1호에서 "대통령령으로 정하는 자산"이란 다음 각호의 자산을 말한다.

1. 다음 각목의 1에 해당하는 부동산. 다만, 법령에 의하여 사용이 금지되거나 제한된 부동산,「자산유동화에 관한 법률」에 의한 유동화전문회사가 동법 제3조의 규정에 의하여 등록한 자산유동화계획에 따라 양도하는 부동산 등 기획재정부령이 정하는 부득이한 사유가 있는 부동산을 제외한다.

가. 법인의 업무에 직접 사용하지 아니하는 부동산. 다만, 기획재정부령이 정하는 기간(이하 이 조에서 "유예기간"이라 한다)이 경과하기 전까지의 기간 중에 있는 부동산을 제외한다.

나. 유예기간 중에 당해 법인의 업무에 직접 사용하지 아니하고 양도하는 부동산. 다만, 기획재정부령이 정하는 부동산매매업을 주업으로 영위하는 법인의 경우를 제외한다. (중략)

③ 법 제27조 제1호에서 "대통령령으로 정하는 금액"이란 제1항 각호의 자산을 취득ㆍ관리함으로써 생기는 비용, 유지비, 수선비 및 이와 관련되는 비용을 말한다.

제50조(업무와 관련이 없는 지출) ① 법 제27조 제2호에서 "대통령령으로 정하는 금액"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 지출금액을 말한다.

1. 해당 법인이 직접 사용하지 아니하고 다른 사람(주주등이 아닌 임원과 소액주주등인 임원 및 직원은 제외한다)이 주로 사용하고 있는 장소ㆍ건축물ㆍ물건 등의 유지비ㆍ관리비ㆍ사용료와 이와 관련되는 지출금. 다만, 법인이「대ㆍ중소기업 상생협력 촉진에 관한 법률」제35조에 따른 사업을 중소기업(제조업을 영위하는 자에 한한다)에 이양하기 위하여 무상으로 해당 중소기업에 대여하는 생산설비와 관련된 지출금 등은 제외한다.

2. 해당 법인의 주주등(소액주주등은 제외한다)이거나 출연자인 임원 또는 그 친족이 사용하고 있는 사택의 유지비ㆍ관리비ㆍ사용료와 이와 관련되는 지출금

3. 제49조 제1항 각 호의 어느 하나에 해당하는 자산을 취득하기 위하여 지출한 자금의 차입과 관련되는 비용

4. 해당 법인이 공여한「형법」또는「국제상거래에 있어서 외국공무원에 대한 뇌물방지법」에 따른 뇌물에 해당하는 금전 및 금전 외의 자산과 경제적 이익의 합계액

5.「노동조합 및 노동관계조정법」제24조 제2항 및 제4항을 위반하여 지급하는 급여

② 제1항 제1호 및 제2호에서 "소액주주등"이란 발행주식총수 또는 출자총액의 100분의 1에 미달하는 주식등을 소유한 주주등(해당 법인의 국가, 지방자치단체가 아닌 지배주주등의 특수관계인인 자는 제외하며, 이하 "소액주주등"이라 한다)을 말한다.

(5) 상속세 및 증여세법

제16조(공익법인등에 출연한 재산에 대한 상속세 과세가액 불산입) ① 상속재산 중 피상속인이나 상속인이 종교·자선·학술 관련 사업 등 공익성을 고려하여 대통령령으로 정하는 사업을 하는 자(이하 "공익법인등"이라 한다)에게 출연한 재산의 가액으로서 제67조에 따른 신고기한(법령상 또는 행정상의 사유로 공익법인등의 설립이 지연되는 등 대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있는 경우에는 그 사유가 없어진 날이 속하는 달의 말일부터 6개월까지를 말한다)까지 출연한 재산의 가액은 상속세 과세가액에 산입하지 아니한다.

(6) 상속세 및 증여세법 시행령

제12조(공익법인등의 범위) 법 제16조 제1항에서 "대통령령으로 정하는 사업을 하는 자"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사업을 하는 자(이하 "공익법인등"이라 한다)를 말한다. 다만, 제9호를 적용할 때 설립일부터 1년 이내에「법인세법 시행령」제39조 제1항 제1호 바목에 따른 공익법인등으로 고시된 경우에는 그 설립일부터 공익법인등에 해당하는 것으로 본다.

4. 「의료법」에 따른 의료법인이 운영하는 사업

(7) 국세기본법

제48조(가산세 감면 등) ① 정부는 이 법 또는 세법에 따라 가산세를 부과하는 경우 그 부과의 원인이 되는 사유가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 해당 가산세를 부과하지 아니한다.

1. 제6조에 따른 기한 연장 사유에 해당하는 경우

2. 납세자가 의무를 이행하지 아니한 데에 정당한 사유가 있는 경우

3. 그 밖에 제1호 및 제2호와 유사한 경우로서 대통령령으로 정하는 경우

(8) 국세기본법 시행령

제28조(가산세의 감면 등) ① 법 제48조 제1항 제3호에서 "대통령령으로 정하는 경우"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

1. 제10조에 따른 세법해석에 관한 질의·회신 등에 따라 신고·납부하였으나 이후 다른 과세처분을 하는 경우

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인 및 처분청이 제시한 심리자료 등에 의하면, 다음과 같은 사실들이 확인된다.

(가) 국세청 전산자료에 의하면, 청구법인은 2011.12.30. 설립된 후 부동산개발업 등을 영위하고 있고, 그 대표자 a는 청구법인의 총 발행주식수 5,000주(1주당 액면가 OOO원) 전부를 보유하고 있으며, 2018.10.16. 청구법인의 사업장 소재지(5층)에 B의료재단(자본금 약 OOO원)이 설립.운영되고 있는 것으로 나타난다.

(나) B의료재단의 기본재산목록에 의하면, 총 출연재산가액은 OOO원[기본재산가액 OOO원(집합건물)+보통재산가액 OOO원(현금, 의료장비 등)]이고, 기본재산에는 출연부동산[경상남도 양산시 OOO 집합건물 401호, 501호, 601호, 801호, 901호 및 1001호]이 기재되어 있다.

(다) 경상남도지사의 의료법인 설립허가 공문[경상남도청 식품의약과OOO]에 의하면, B의료재단이 청구법인으로부터 출연부동산을 출연받을 당시 승계받은 총 부채금액은 OOO원인 것으로 확인된다.

(라) 청구법인은 2018.10.29. B의료재단에게 출연부동산을 출연하면서 부담부증여분에 대한 (건물)공급가액 OOO원의 매출세금계산서를 발급한 것으로 나타난다.

(마) 청구법인의 2018사업연도 법인세 신고서 등에 의하면, 청구법인은 분양수입금액을 OOO원으로, 분양원가를 OOO원(쟁점금액 포함)으로, 법인세 산출세액을 OOO원 등으로 계산하였고, 기부금 명세서상 공익법인 출연(기부처 : B의료재단)에 따른 지정기부금을 OOO원으로 기재한 것으로 나타난다.

(바) 처분청의 청구법인에 대한 법인세 조사종결보고서에 의하면, 쟁점①금액은 분양원가가 아닌 비지정기부금으로, 쟁점②금액은 청구법인의 사업과 직접 관련 없이 지출된 것으로 각각 보아, 쟁점금액을 손금불산입하고 기타사외유출로 소득처분하는 내용으로 조사종결한 후 2018사업연도 법인세만을 경정한 것으로 나타난다.

(사) 청구법인의 대표자 a는 위 법인세 조사 당시 2021.6.30. “청구법인이 지출한 쟁점①금액(OOO원)은 B의료재단에 현물출자 당시 증여금액에 신고누락한 사실이 있습니다”라는 취지의 확인서(아래 참조)를 자필서명.제출하였다.

＜청구법인의 대표자 a의 확인서상 주요내용＞

본인은 청구법인의 대표자로서 2021.5.17.부터 2021.7.3. 기간 동안 처분청의 2016～2019사업연도 법인세 조사에 임하여 아래의 사실을 확인합니다.

1. 청구법인에서 지출한 쟁점공사 관련 쟁점①금액은 B의료재단 현물출자 당시 증여금액에 누락한 사실이 있습니다.

2.～3.(생략)

상기 사실이 틀림없음을 자필서명 확인합니다.

(아) 감사청의 처분청에 대한 감사결과처분지시 등에 의하면, 청구법인이 사업과 직접 관련 없이 수수한 쟁점세금계산서상 부가가치세 매입세액을 불공제하라는 내용 등이 기재되어 있는 것으로 나타난다.

(자) 국세청 전산자료에 의하면, B의료재단은「법인세법 시행령」에 따른 지정기부금단체로 지정.고시되지 아니한 것으로 확인된다.

(2) 청구법인은 다음과 같이 증빙 등을 제시하면서 이 건 처분이 부당하다고 항변한다.

(가) 청구법인은 쟁점세금계산서 수취에 대한 소명서를 제출하였는바, 주요내용은 다음과 같다.

○ 시행자인 청구법인에서 쟁점공사를 발주하고 대금지급 또한 법인계좌에서 지급한 것으로 계약당사자도 청구법인과 인테리어업체와 직접 체결하여 공사 전과정을 진행하였으며 B의료재단과는 무관함을 알려드립니다.

○ 쟁점공사가 1차적으로 완료되었지만, 인테리어공사의 성격상 사업개시일 이후에도 부분 변경과 추가공사 등 마무리 공사가 병원 개원 이후에도 계속 공사가 진행됨이 일반적인 것으로 특히 병원의 경우 의료법 규정 저촉 등으로 추가공사가 개원후에도 계속되어 공사가 마무리되어 당사자 간 합의에 의해 공사종료일을 용역제공 완료일로 보고 쟁점세금계산서를 수수하게 되었습니다.

○ 여러 가지 어려운 여건 속에서 겨우 공사를 마무리하였으나 쟁점공사가 마무리되지 않아 기본재산출연에 누락되어 법인세 추징까지 받게 되어 현재까지 고충이 이어지고 있습니다. 쟁점공사는 B의료법인과 무관하게 청구법인에서 진행했고, 대금지급까지 완료한 것으로 부가가치세 매입세액 공제는 정당하다고 주장하오니 선처바랍니다.

(나) 청구법인이 제시한 쟁점공사와 관련하여 하도급업체인 C 등과 체결한 하도급 계약서 및 수수한 쟁점세금계산서상 주요내용은 다음과 같다.

1) 청구법인은 2018.6.25. C과 쟁점공사에 대한 하도급계약(총 공사금액 OOO원, 부가가치세액 포함)을 체결하였고, 대금 지급조건은 2018.7.10. 계약금으로 총 공사금액의 40%를, 2018.7.30. 중도금으로 총 공사금액의 40%를, 2018.8.30. 잔금으로 총 공사금액의 20%를 각각 수수하는 것으로 약정하였으며, 2018.12.1. C으로부터 공급가액 OOO원의 매입세금계산서를 수취한 것으로 나타난다.

2) 청구법인은 2018.7.4. D과 쟁점공사(쟁점건물 내 4, 5, 6 층)에 대한 하도급계약(총 공사금액 OOO원, 부가가치세액 포함)을 체결하였고, 대금 지급조건은 2018.7.4. 계약금으로 OOO원을, 2018.7.19. 1차 중도금으로 OOO원을, 2018.8.6. 2차 중도금으로 OOO원을, 2018. 8.24. 3차 중도금으로 OOO원을, 2018.12.8. 잔금으로 OOO원을 각각 수수하는 것으로 약정하였으며, 2018.12. 7. D로부터 공급가액 OOO원의 매입세금계산서를 수취한 것으로 나타난다.

(3) 처분청이 제시한 ‘부가가치세법 기본통칙’ 38-06-6(국가.공익단체 등에 무상으로 공급하는 재화의 매입세액 공제)은 “자기의 사업과 관련하여 생산하거나 취득한 재화를 국가.지방자치단체 등에 무상으로 공급하는 경우 해당 재화의 매입세액은 매출세액에서 공제하나, 자기의 사업과 관련 없이 취득한 재화를 국가.지방자치단체 등에 무상으로 공급하는 경우 재화의 매입세액은 공제하지 아니한다”고 규정하고 있다.

(4) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다.

(가) 먼저 쟁점①에 대하여 살피건대, 청구법인은 쟁점공사에 대한 하도급계약을 체결하고 쟁점①금액을 직접 지급하였으며, 이를 B의료재단에 사실상 무상기증을 하였는바, 관련 부가가치세 매입세액을 공제하여야 한다고 주장하나,「부가가치세법」제39조 제1항은 “제38조에도 불구하고 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다”고 규정하면서 제4호에 “사업과 직접 관련이 없는 지출로서 대통령령으로 정하는 것에 대한 매입세액”을 규정하고 있고, ‘부가치세법 기본통칙’ 38-06-6에는 “자기의 사업과 관련하여 생산하거나 취득한 재화를 국가.지방자치단체 등에 무상으로 공급하는 경우 해당 재화의 매입세액은 매출세액에서 공제하나, 자기의 사업과 관련 없이 취득한 재화를 국가.지방자치단체 등에 무상으로 공급하는 경우 재화의 매입세액은 공제하지 아니한다”고 규정하고 있는 점, 청구법인이 2018.10.29. B의료재단에게 출연부동산을 출연한 이후인 2018. 12.1. 및 2018.12.7. 쟁점공사를 시행한 점, 쟁점공사에 대한 C과 체결한 하도급계약서상 공사장소(해당 층수)가 기재되어 있지 않고, D과 체결한 하도급계약서상 공사장소는 출연부동산의 일부 층(4～6층)만 기재되어 있는 점, 청구법인이 출연부동산을 B의료재단에게 현물출연하면서 부담부증여분에 대하여는 매출세금계산서를 발급하였으나, 쟁점①금액 상당액은 매출세금계산서를 발급(수정 포함)하거나 B의료재단의 현물출연받은 기본재산목록에 포함되어 있지 아니한 점, 청구법인과 B의료재단은 그 대표자가 모두 a로 특수관계에 있고 B의료재단은 관련 법령상 지정기부금단체로 지정.고시되지 아니한 점 등을 종합해 볼 때, 쟁점①금액을 부담하여야 할 주체는 출연부동산을 현물출자받은 B의료재단으로 보이고, 청구법인이 쟁점①금액 상당액을 직접 지출한 후 이를 비지정기부금단체인 B의료재단에게 무상기증하였다 하더라도 쟁점공사가 청구법인의 부동산개발 및 분양대행 등 사업과 직접 관련이 없는 점 등에 비추어, 청구주장을 받아들이기는 어렵다고 판단된다.

(나) 다음으로 쟁점②에 대하여 살피건대, 청구법인은 쟁점②금액이 쟁점건물 중 7층에 대한 공사대금으로 청구법인의 분양사업 등과 직접 관련되어 부가가치세 매입세액 공제대상이라고 주장하나, 쟁점②금액은 하도급업체인 C 등의 쟁점건물 중 7층에 대한 인테리어 공사대금에 해당하나, 이와 관련한 공사 상세내역이 확인되지 않고 청구법인은 청구주장을 뒷받침하는 입증자료를 달리 제시하지 못하는 점, 쟁점건물 중 7층은 청구법인의 쟁점공사 전인 2018년 5월경 b에게 이미 분양완료된 점, 쟁점건물 7층(702호)은 B의료재단이 2018년 11월경부터 2021년 7월경까지 b로부터 임차.사용한 곳으로 나타나는 점 등에 비추어, 청구주장을 받아들이기는 어렵다고 판단된다.

(다) 마지막으로 쟁점③에 대하여 살피건대, 청구법인은 처분청이 법인세 통합조사 당시가 아닌 감사청의 감사결과 처분지시에 따라 이 건 부가가치세 부과처분을 하였는바, 쟁점가산세와 관련하여 감면할 만한 정당한 사유가 존재한다고 주장하나, 세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 이유 없이 법에 규정된 신고, 납세 등 각종 의무를 위반한 경우에 개별 세법이 정하는 바에 따라 부과되는 행정상의 제재로서 납세자의 고의.과실은 고려되지 아니하고 납세의무자가 그 의무를 알지 못한 것이 무리가 아니었다고 할 수 있어 그를 정당시할 수 있는 사정이 있거나 그 의무의 이행을 당사자에게 기대하는 것이 무리라고 볼 만한 사정이 있을 때 등 그 의무해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있는 경우에만 그 부과를 면할 수 있다 할 것인 점(대법원 2015.8.27. 선고 2012두16084 판결, 대법원 2007.4.26. 선고 2003두4089 판결 등 참조), 청구법인이 자신의 사업과 직접 관련 없이 특수관계에 있는 B의료재단을 대신하여 쟁점금액을 지출하고 쟁점세금계산서를 수취한 후 관련 부가가치세 매입세액을 부당하게 공제받은 점, 이 건 부과처분은「부가가치세법」제57조 제1항 제2호의 청구법인의 예정신고 또는 확정신고를 한 내용에 오류가 있거나 내용이 누락된 경우로 감사청의 감사결과 처분지시에 따라 경정한 것인바 청구법인에게 이 건 납세의무의 해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있었다고 보기 어려운 점 등에 비추어, 청구주장을 받아들이기는 어렵다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로「국세기본법」제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.