이유
1. 처분개요

가. 청구인은 2015.7.9. 및 2019.1.30. 충청북도 진천군 OOO을 각 취득하였다.

나. 청구인은 2021.11.16. 및 2022.1.7. 주식회사 a(이하 “양수법인”이라 한다)에게 충청북도 진천군 OOO(3,077m2, 이하 “쟁점토지①”이라 한다) 및 같은 리 OOO(1,880m2, 이하 “쟁점토지②”라 하고, 쟁점토지①과 합하여 “쟁점토지”라 한다)를 각 양도(쟁점토지① : OOO원, 쟁점토지② : OOO원)하였다.

다. 청구인은 2021년.2022년 귀속 양도소득세 신고 당시 「조세특례제한법」제69조에 의한 자경농지에 대한 양도소득세 감면을 각 적용하여, 양도소득세 합계 OOO원(2021년 귀속분 OOO원, 2022년 귀속분 OOO원)을 신고.납부하였다.

라. 처분청은 2024.3.27.부터 2024.4.15.까지 청구인에 대한 세무조사(이하 “이 건 세무조사”라 한다)를 실시한 결과, 청구인이 양도소득세 감면한도를 적용받지 않기 위하여 과세기간을 달리하여 쟁점토지①.②를 각 양도한 것으로 보고, 실질과세 원칙에 의하여 이들을 하나의 거래로 보아 2024.7.4. 청구인에게 2022년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정.고지하였다.

마. 청구인은 이에 불복하여 2024.7.26. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

(1) 이 건 세무조사는 위법한 중복조사에 해당한다.

(가) 청구인은 2022.6.14. 양도소득세 해명자료 제출안내 공문에 대한 해명자료를 제출하였고, 2022.8.22. 종전 신고가 시인되어 절차가 종결되었음을 통지받았다.

(나) 양도소득세 해명자료 제출안내 공문에 기재된 과세자료 발생경위와 세무조사 결과통지서 상 결정사유는 동일하고, 아 건 세무조사 착수 당시 탈루사실을 입증할 만한 자료가 존재하지 않았다.

(다) 해명자료 제출일(2022.6.30.)부터 과세자료 처리일(2022.10.31.)까지는 충분한 내부검토기간(약 4달)이 있었고, 내부적으로 검토 및 재해명요구를 할 여유가 있었다.

(라) 청구인은 해명자료 제출안내 공문을 송달받고, 이에 따라 자료를 제출하였는데, 이로 인하여 세무조사에 버금가는 부담을 받게 되었다. 국세청 역시 해명안내문을 발송하고, 납세자가 해명자료를 제출한 후 과세 없이 종결한 건에 대하여 추후 동일한 내용의 세무조사를 다시 실시하는 것은 위법.중복조사에 해당한다는 보도참고자료를 발표하였다.

(2) 사적자치의 원칙, 조세심판원 선결정 및 신설된 「조세특례제한법」제133조 제2항의 취지 등을 고려할 때, 쟁점토지①과 쟁점토지②의 양도는 별개의 거래이다.

(가) 계약은 사적자치에 의해 자유로이 파기되거나, 그 내용이 변경될 수 있고, 청구인은 쟁점토지①.②를 개별적으로 양도하였으며, 해당 원인 등을 추정하는 것은 세법의 지나친 확대해석이다.

(나) 양수법인은 쟁점토지① 중 일부를 2021.12.9. b에게 양도하였는데, 처분청 의견에 의한 양도시기인 2022.1.7. 이전에 쟁점토지① 일부가 양도된 것이므로 처분청 의견에는 모순이 있다.

(다) 2024년부터 적용되는 「조세특례제한법」제133조 제2항의 취지는 과세관청의 무리한 실질과세 원칙의 적용을 제한하기 위한 것으로, 해당 규정의 취지에 따르는 경우에도 쟁점토지를 일괄 양도하였다고 볼 수 없다.

(3) 이 건 처분은 신의성실의 원칙에 반하고, 평등권 침해 소지가 있다.

(가) 「조세특례제한법」제133조 제2항의 규정은 농지의 양도소득세 감면과 관련하여 주로 적용되고 있고, 그 외의 거래에 대해서는 적용된 사례가 드문데, 농지의 감면에 대해서만 실질과세 원칙을 적용하여 규제하는 것은 타당하지 않다.

(나) 국세청이 발간한 ‘세금절약가이드 II’ 92p에서는 ‘두 건 이상의 부동산을 양도하는 경우 양도시기를 조절하면 세부담을 줄일 수 있다’고 홍보하고 있다.

나. 처분청 의견

(1) 처분청은 신고내용 검증 및 확인을 위한 과정에서 대금청산일 등의 추가 확인이 필요하여 잔금지급내역에 대해 소명을 받았는데, 이는 단순한 사실관계를 확인하기 위함이었고, 현장을 방문하거나 납세자와 접촉하여 질문조사권을 행사하는 등 세무조사로 오인할 만한 행위는 하지 않았다.

(2) 청구인은 쟁점토지를 일괄 양도하였다.

(가) 쟁점토지①의 소유권이전등기일과 쟁점토지②의 소유권이전등기일은 각각 2021.11.16. 및 2022.1.7.로 약 50일 차이가 날 뿐이다.

(나) 처분청은 이 건 세무조사에서 청구인이 2021.9.16. 충청북도 진천군청에 제출한 실거래가 신고내역을 확보하였는데, 이에는 청구인이 쟁점토지를 일괄 매도하는 계약을 체결한 다음 계약금을 수령하였고, 2021.11.7. 해당 계약을 해지한 사실이 나타난다. 이 때, 청구인은 계약해지에 따라 계약금 배액 반환이 확인되지 아니하고, 잔금만 추가로 수령하였다.

(다) 쟁점토지②의 매매계약서상 특약사항 제2조에 근저당권의 해제 관련 내용이 기재되어 있으나, 근저당권은 계약일인 2021.11.8. 이전인 2021.10.20. 해제되었다.

(라) 양수법인은 쟁점토지를 분양 목적으로 취득하여 근린생활시설 등 부지로 조성하기 위한 부지조성공사를 착공하였으므로, 용도나 목적을 구분하여 순차적으로 쟁점토지를 취득할 사유가 없었고, 개발행위허가 및 착공신청도 2022년 1월 일괄적으로 이루어졌다.

(3) 청구인 주장에 대한 기타 의견은 아래와 같다.

(가) 신설된 「조세특례제한법」제133조 제2항의 규정은 2024.1.1. 이후 양도분부터 적용되므로 해당 규정을 적용할 수는 없다.

(나) 실질과세 원칙은 조세부담의 공평이라는 헌법상 가치추구를 위한 것으로 거래의 법적 형식과 경제적 실질이 다른 경우, 형식과 관게없이 경제적 실질에 따라 과세하는 데 목적이 있는 것이므로, 청구인의 평등권을 침해한 것이 아니다.

(다) 청구인은 양수법인이 2021.12.9. 쟁점토지①의 일부를 제3자에게 양도하였으므로 쟁점토지①의 양도시기를 2022.1.7.로 본다면 취득.양도시기에 모순이 발생한다고 주장하나, 실질과세 원칙에 따라 자유롭게 세법상 양도시기를 적용하는 것이 가능하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

① 이 건 세무조사가 위법한지 여부

② 청구인이 쟁점토지를 일괄 양도한 것으로 보아 청구인에게 양도소득세를 부과한 처분의 당부

나. 관련 법률

(1) 국세기본법

제2조【정의】이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

21. “세무조사”란 국세의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하기 위하여 질문을 하거나 해당 장부ㆍ서류 또는 그 밖의 물건(이하 “장부등”이라 한다)을 검사ㆍ조사하거나 그 제출을 명하는 활동을 말한다.

제14조【실질과세】③ 제3자를 통한 간접적인 방법이나 둘 이상의 행위 또는 거래를 거치는 방법으로 이 법 또는 세법의 혜택을 부당하게 받기 위한 것으로 인정되는 경우에는 그 경제적 실질 내용에 따라 당사자가 직접 거래를 한 것으로 보거나 연속된 하나의 행위 또는 거래를 한 것으로 보아 이 법 또는 세법을 적용한다.

제15조【신의ㆍ성실】납세자가 그 의무를 이행할 때에는 신의에 따라 성실하게 하여야 한다. 세무공무원이 직무를 수행할 때에도 또한 같다.

제81조의4【세무조사권 남용 금지】① 세무공무원은 적정하고 공평한 과세를 실현하기 위하여 필요한 최소한의 범위에서 세무조사(「조세범 처벌절차법」에 따른 조세범칙조사를 포함한다. 이하 이 조에서 같다)를 하여야 하며, 다른 목적 등을 위하여 조사권을 남용해서는 아니 된다.

② 세무공무원은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우가 아니면 같은 세목 및 같은 과세기간에 대하여 재조사를 할 수 없다.

1. 조세탈루의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우

2. 거래상대방에 대한 조사가 필요한 경우

3. 2개 이상의 과세기간과 관련하여 잘못이 있는 경우

(2) 조세특례제한법(2023.12.31. 법률 제19936호로 개정되기 전의 것)

제69조【자경농지에 대한 양도소득세의 감면】① 농지 소재지에 거주하는 대통령령으로 정하는 거주자가 8년 이상[대통령령으로 정하는 경영이양 직접지불보조금의 지급대상이 되는 농지를 「한국농어촌공사 및 농지관리기금법」에 따른 한국농어촌공사 또는 농업을 주업으로 하는 법인으로서 대통령령으로 정하는 법인(이하 이 조에서 “농업법인”이라 한다)에 2023년 12월 31일까지 양도하는 경우에는 3년 이상] 대통령령으로 정하는 방법으로 직접 경작한 토지 중 대통령령으로 정하는 토지의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다. 다만, 해당 토지가 주거지역등에 편입되거나 「도시개발법」 또는 그 밖의 법률에 따라 환지처분 전에 농지 외의 토지로 환지예정지 지정을 받은 경우에는 주거지역등에 편입되거나, 환지예정지 지정을 받은 날까지 발생한 소득으로서 대통령령으로 정하는 소득에 대해서만 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다.

제133조【양도소득세 및 증여세 감면의 종합한도】① 개인이 제33조, 제43조, 제66조부터 제69조까지, 제69조의2부터 제69조의4까지, 제70조, 제77조, 제77조의2, 제77조의3, 제85조의10 또는 법률 제6538호 부칙 제29조에 따라 감면받을 양도소득세액의 합계액 중에서 다음 각 호의 금액 중 큰 금액은 감면하지 아니한다. 이 경우 감면받는 양도소득세액의 합계액은 자산양도의 순서에 따라 합산한다.

1. 제33조, 제43조, 제66조부터 제69조까지, 제69조의2부터 제69조의4까지, 제70조, 제77조, 제77조의2, 제77조의3, 제85조의10 또는 법률 제6538호 부칙 제29조에 따라 감면받을 양도소득세액의 합계액이 과세기간별로 1억원을 초과하는 경우에는 그 초과하는 부분에 상당하는 금액

(3) 조세특례제한법(2023.12.31. 법률 제19936호로 개정된 것)

제133조【양도소득세 및 증여세 감면의 종합한도】② 제1항 제1호를 적용할 때 토지를 분할(해당 토지의 일부를 양도한 날부터 소급하여 1년 이내에 토지를 분할한 경우를 말한다)하여 그 일부를 양도하거나 토지의 지분을 양도한 후 그 양도한 날로부터 2년 이내에 나머지 토지나 그 지분의 전부 또는 일부를 동일인이나 그 배우자에게 양도하는 경우에는 1개 과세기간에 해당 양도가 모두 이루어진 것으로 본다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 이 건 세무조사와 관련된 내용은 아래와 같다.

(가) 처분청은 2022.6.16. 청구인에게 양도소득세 해명자료 제출 안내문을 송달하였는데, 해당 안내문에 기재된 과세자료 발생 경위는 ‘귀하는 2021년 11월, 2022년 1월 주식회사 a에 토지를 양도하고 양도소득세를 신고하였으나 계약을 임의로 나누어 8년 자경 농지에 대한 세액감면 한도와 누진세율 회피한 혐의가 있음’으로 기재되어 있다.

(나) 청구인은 쟁점토지의 잔금 입금내역을 제출하였고, 청구인에 따르면, 청구인은 2022년 8월 처분청 담당자로부터 신고내역을 시인한다는 내용의 전화를 수신하였다고 주장한다.

(다) 처분청은 2024.2.20. 세무조사 대상자 선정 사유로 ‘「국세기본법」제81조의6 제3항 제4호의 규정에 따라 신고 내용에 탈루나 오류의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우에 해당’함을 들고 있다.

(라) 처분청이 제시한 조사대상 선정 검토표 등에 의하면, 처분청은 쟁점토지에 대한 계약이 해제된 후, 과세기간을 달리하여 계약이 다시 체결된 내역을 확인할 수 있었던 것으로 보이고, 청구인이 특별한 이유 없이 쟁점토지를 분할하여 계약일과 양도일을 달리하여 양도하고, 양도소득세 세율 및 양도소득세 감면한도를 늘려 양도소득세를 탈루한 혐의가 있다고 보아 이 건 세무조사를 한 것으로 나타난다.

(마) 청구인은 국세청 보도참고자료(2022.5.12.)를 제출하였는데, 해당 보도참고자료에는 해명자료를 요구하여 검토하고, 과세없이 종결한 내용에 대하여 다시 세무조사를 실시하는 것은 위법한 중복조사에 해당한다고 기재되어 있다.

(2) 쟁점토지에 대한 기본사항은 아래와 같다.

(가) 쟁점토지는 연접하여 있고, 2021.7.14. 아래 ＜표1＞과 같이 각 지번별로 분할되었으며, 지목은 전 또는 답이다.

＜표1＞ 쟁점토지 상세내역

(단위 : m2)

(나) 양수법인은 2021.12.9. 쟁점토지① 중 충청북도 진천군 OOO를 b에게 소유권이전하였다.

(다) 양수법인은 2022년 1월 쟁점토지 중 일부(충청북도 진천군 OOO)를 단독주택 부지 및 진입도로로 조성하기 위한 개발행위허가를 신청하였다.

(3) 쟁점토지의 양도와 관련된 내용은 아래와 같다.

(가) 청구인은 2021.9.16. 쟁점토지에 대한 매매계약을 체결하고, 쟁점토지를 OOO원에 양도하는 것으로 계약하였는데, 해당 계약은 2021.11.7. ‘매도인의 취소’ 사유로 해지되었다.

(나) 청구인은 2021.9.16. 양수법인으로부터 계약금 OOO원을 지급받았으나, 계약 해지에 따라 계약금을 반환한 내역은 확인되지 아니한다.

(다) 청구인은 양수법인과 쟁점토지①을 2021.10.15. 쟁점토지②를 2021.11.8. 각 양도하는 계약을 체결하였는데, 계약금은 계약 당시에 지급되었고, 쟁점토지②의 매매계약서상 특약사항 제2조에는 ‘등기부등본상 근저당권 및 지상권이 설정됨을 확인하였고, 청구인은 잔금날까지 근저당권 및 지상권을 말소하기로 한다’고 되어 있으며, 쟁점토지② 등에 대한 근저당권은 2021.10.20. 해지되어 말소되었다,

＜표2＞ 쟁점토지 매매계약 내역

(단위 : 백만원)

(4) 이상의 사실관계 및 관련 법률 등을 종합하여,

(가) 먼저 쟁점①에 대하여 살펴본다.

청구인은 이 건 세무조사가 신고 내용에 탈루나 오류의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료 없이 착수되었고, 해명자료 제출 안내 후 이루어진 중복세무조사에 해당한다고 주장한다.

그러나, 처분청은 쟁점토지에 대한 매매계약이 해제된 다음 동일한 매수인(양수법인)과 과세기간을 달리하여 계약이 체결되었음을 확인할 수 있었던 것으로 보이는 점, 청구인이 양도소득세 신고 당시 제출한 쟁점토지②의 매매계약서에는 ‘등기부등본상 근저당권 및 지상권이 설정됨을 확인하였고, 청구인은 잔금날까지 근저당권 및 지상권을 말소하기로 한다’고 되어 있으나, 계약 체결 당시 쟁점토지②에 대한 근저당권은 이미 말소되어 있었던 것으로 나타나는 점, 해명자료 제출 안내는 신고내용의 단순한 확인이나 이에 통상적으로 수반되는 질문에 불과하고, 포괄적인 질문조사권을 행사한 것이 아니어서 이를 세무조사로 볼 수 없는 점 등에 비추어, 청구주장은 받아들이기 어려운 것으로 판단된다.

(나) 다음으로 쟁점②에 대하여 살펴본다.

청구인은 쟁점토지①.②의 매매가 독립적인 별개의 거래라고 주장하나, 쟁점토지와 쟁점토지①.②의 각 거래는 거래 당사자와 양도가액이 일치하고, 계약일과 잔금일의 차이도 약 2개월에 불과한 점, 양수법인은 쟁점토지를 단독주택 부지로 개발하는 토지개발사업을 영위하면서 2022년 1월 개발행위허가를 일괄 신청하였는바, 달리 쟁점토지를 구분하여 순차적으로 취득할 사유가 확인되지 아니하는 점, 청구인 역시 매매계약을 해제한 사유를 객관적으로 제시하지 못하고 있고, 계약금 배액 반환도 확인되지 아니하는 점 등에 비추어, 청구인이 쟁점토지를 일괄 양도한 것으로 보아, 처분청이 청구인에게 양도소득세를 부과한 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.