각 사업연도 소득금액 계산시 고유목적사업준비금을 당초 법인세 신고시 세무조정계산서 등에 계상하지 아니한 고유목적사업준비금의 경우 그 이후 경정 등에 의하여 소득금액이 증가하였다 하더라도 손금에 산입할 수 없는 것임

이유

1. 처분개요 가. 청구법인은 부산광역시 서구 OOO에 소재한 학교사업 및 의료사업을 영위하는 「사립학교법」상 학교법인으로 「주식회사 등의 외부감사에 관한 법률」 제2조 제7호 및 제9조에 따른 감사인의 회계감사를 받는 비영리내국법인이다. 나. 부산지방국세청장은 2023.1.26.부터 2023.5.31.까지 청구법인에 대한 법인통합조사를 실시한 결과, 청구법인이 A 의료원 건물의 신축ㆍ리모델링을 목적으로 차입한 차입금의 지급이자를 2017.3.1.∼2022.2.28. 기간 동안 각 사업연도 손금에 산입한 사실 등을 확인하여 해당하는 금액을 손금불산입(해당 자산을 사용하는 때부터 감가상각비로 추인)하는 내용 등의 과세자료를 처분청에 통보하였고, 처분청은 이에 따라 2023.6.16. 청구법인에게 2019사업연도 법인세 OOO원을 경정ㆍ고지하였다. ＜표1＞ 건설자금이자 손금불산입 및 부과처분 내역 다. 청구법인은 이에 불복하여 2023.9.8. 심판청구를 제기하였다. 2. 청구법인 주장 및 처분청 의견 가. 청구법인 주장 (1) 세무조사 결과 자본적 지출(건설자금이자) 손금불산입 사유로 인하여 비영리법인의 소득금액이 증가한 경우, 증가한 고유목적사업준비금의 적립한도액 범위 내에서 고유목적사업준비금을 신고조정에 의하여 추가로 손금산입하여야 한다. (가) 청구법인은 외부회계감사를 받고 있는 학교법인으로 사학기관 재무ㆍ회계규칙 등에 따라 재무제표를 작성하고 있고, 수익사업과 부속병원의 재무제표는 각각 일반기업회계기준과 의료기관 회계기준 규칙에 준하여 작성하고 있으며, 고유목적사업전입액을 당기 비용으로 계상(결산조정)하고 해당 고유목적사업전입액이 고유목적사업준비금 손금산입 한도액에 미달하는 경우에는 그 미달액 만큼 세무조정계산서에 손금산입(신고조정)하고 있으나, 처분가능이익이 발생하지 아니하여 신고조정으로 손금산입한 고유목적사업준비금에 대하여 이익처분이 불가능하여 고유목적사업준비금을 적립하지 못하였다. (나) 「법인세법」 및 ‘법인세법 기본통칙’ 61-98…1 등에 따르면 고유목적사업준비금은 원칙적으로 결산조정사항이나, 외부회계감사를 받는 비영리내국법인의 경우 이익처분에 의하여 준비금을 적립할 것을 조건으로 신고조정이 허용되는 것(해당 사업연도에 처분가능이익이 없거나 부족한 경우 추후 적립도 가능)인바, 비록 청구법인이 지급이자 중 사업용 유형자산의 건설자금에 충당한 차입금의 이자를 손금산입하는 오류를 범하였으나, 세무조사 결과 이를 손금불산입하는 처분을 하였으므로 이에 따라 고유목적사업준비금의 손금산입 한도 증가액만큼 고유목적사업준비금을 추가로 설정하는 것이 올바른 세무조정이라 할 것이다. (다) 판례 등에 따라 확립된 법리에 따르더라도, 고유목적사업준비금을 결산조정 방식으로 손비를 계상하는 경우와 신고조정으로 손비로 계상하는 경우를 불문하고 세무조사 결과 등으로 고유목적사업준비금의 손금산입 한도액이 증가하는 경우, 증가한 손금산입 한도액의 범위까지는 손금을 인정하고 있는 것을 확인할 수 있다. 1) 먼저, 결산조정 방식으로 손비를 계상하는 경우는 결산서에 손비로 계상한 경우에 한하여 손금산입 한도액의 범위 내에서 손금을 인정하는바, 당초 손금산입 한도액의 범위를 초과하여 손금불산입으로 세무조정하고 있는 경우에 해당하면서, 이후 세무조사 결과 등으로 손금산입 한도액도 증가하는 경우에 증가한 손금산입 한도액의 범위 내에서 당초 세무조정에 의해 손금불산입한 금액을 손금에 산입할 수 있다.

ㅇ 기준-2021-법령해석법인-0132, 2021.10.12. 【회신】귀 과세기준자문 신청의 사실관계와 같이, 외부감사대상이 아닌 비영리내국법인이 고유목적사업준비금을 결산서에 손비로 계상하고 손금산입 한도초과액은 손금불산입으로 세무조정하고 있는 경우로서 과세관청의 세무조사 결과 해당 사업연도의 소득금액이 증가함에 따라 고유목적사업준비금의 손금산입 한도액도 증가하는 경우 증가한 손금산입 한도액의 범위 내에서 당초 세무조정에 의해 손금불산입한 금액을 손금에 산입할 수 있는 것임.

2) 다음으로 신고조정 방식으로 손비를 계상하는 경우에도 청구인이 제시한 선결정례와 같이 다수의 조세심판원 선결정례 및 법원의 판례가 세무조사의 결과 등으로 인하여 손금산입 한도액이 증가하는 경우에 증가한 손금산입 한도액의 범위까지는 추가로 손금산입이 가능한 것으로 해석하고 있는 것을 확인할 수 있다. ＜고유목적사업준비금 손금산입 한도액 범위 증액 경우 세무조정＞

결산	＜당초한도＞
	비용계상					비용계상 손不
신고	＜당초한도＞
	손금산입					별도조정X
결산 신고	＜당초한도＞
	비용계상	손금산입				별도조정X
	손비인정분

결산	＜당초한도＞						＜증액한도＞
	비용계상					손不 → 손入
신고	＜당초한도＞						＜증액한도＞
	손금산입					추가 손금산입
결산 신고	＜당초한도＞						＜증액한도＞
	비용계상	손금산입				추가 손금산입
	손비인정분

(라) 해당 사업연도에 처분가능이익이 없거나 부족하여 이익처분에 의해 고유목적사업준비금을 적립하지 못한 경우라도, 그 부족액은 다음 사업연도 ‘이후에’ 추가 적립하는 것을 조건으로 세무조정계산서에 고유목적사업준비금을 손금산입하는 것이 가능하다. 1) 고유목적사업준비금을 신고조정으로 손금에 산입하기 위해서는 당해 사업연도의 이익처분에 있어서 준비금의 적립을 전제로 하면서도, 당해 사업연도의 처분가능이익이 없는 경우에도 다음 사업연도 이후에 처분가능이익이 발생하는 때에 준비금 상당액을 적립하는 것을 조건으로 신고조정에 의한 손금산입을 허용하고 있는바(법인세법 기본통칙 61-98…1 제1호), 여기서 당해 사업연도의 이익처분에 있어서 그 준비금 상당액을 적립금으로 적립할 것을 요구하고 있는 취지는 준비금을 신고조정하는 경우 결산상 비용으로 처리하지 않은 상태이므로 결산조정을 한 경우보다 배당가능이익이 많게 되므로, 이러한 배당가능이익의 차이를 해소하기 위하여 잉여금을 처분하여 해당 준비금 상당액을 배당할 수 없는 적립금으로 적립하도록 하는 것(이러한 이익처분에 의한 준비금 적립은 자본항목의 계정대체에 불가함)이다. 2) 대법원도 위와 같은 뜻으로, ① 준비금 상당액을 적립금으로 적립할 것을 요구하고 있는 취지와 ② 당해 사업연도의 처분가능이익이 없는 경우 다음 사업연도 이후에 처분가능이익이 발생하는 때에 준비금 상당액을 적립하는 것을 조건으로 신고조정에 의한 손금 산입을 허용하는 이유에 대하여 아래와 같이 판시하고 있다.

＜대법원 2009.7.9. 선고 2007두1781 판결 주요내용＞ 준비금의 손금산입요건으로 당해 사업연도의 이익처분에 있어서 그 ① 준비금 상당액을 적립금으로 적립할 것을 요구하고 있는 취지는 손금에 산입한 준비금 상당액이 추후 익금에 산입될 때까지 배당 등을 통하여 사외로 유출되는 것을 방지하고자 하는 데에 있으므로, 비록 「법인세법」 제61조 제1항이 손금으로 계상한 준비금 상당액을 ‘당해’ 사업연도의 이익처분에 있어서 적립금으로 적립하도록 규정하고 있더라도, ② 당해 사업연도의 처분가능이익이 없거나 부족하여 적립하여야 할 금액에 미달하게 적립한 때에는 그 미달액 상당액이 배당 등을 통하여 사외로 유출될 여지가 없는 점, 조세특례제한법상 준비금의 손금산입제도는 납세자에게 조세를 영구히 면제하여 주는 것이 아니라 추후에 그 목적용도에 사용한 경우 준비금과 상계하거나 상계 후 잔액을 익금에 산입하여 일시적으로 과세를 이연하는 제도인 점 등에 비추어 보면, 어느 법인이 당해 사업연도의 처분가능이익이 없거나 부족하여 손금으로 계상한 준비금 상당액 전액을 적립금으로 적립할 수 없는 때에는 당해 사업연도의 처분가능이익을 한도로 적립할 수 있으며 이 경우 그 부족액은 다음 사업연도 이후에 추가로 적립할 것을 조건으로 손금산입을 허용하는 것이다

3) 위와 같은 법규정과 취지 등에 비추어 볼 때, 청구법인의 경우와 같이 누적결손으로 인하여 처분가능이익이 없는 경우에도 고유목적사업준비금 손금산입 한도의 범위 내에서 손금산입이 가능한 것이고, 이후 처분가능이익이 발생하는 때에 준비금 상당액을 적립하면 되는 것인바, 세무조사 당시 처분청이 신고조정에 의하여 손금산입하였지만 처분가능이익이 없어 적립하지 못한 금액에 대해서는 손금으로 인정하면서도 조사 결과로 증액된 소득금액에 대한 한도액 증가분에 대한 손금산입만을 허용하지 아니한 점에 비추어 처분청 역시 위와 같은 법리에 대해서는 이견이 없는 것으로 보인다. 4) 따라서 처분가능이익이 지속적으로 발생하지 않음에 따라 준비금을 적립하지 못한 경우에는 배당 등을 통하여 사외로 유출될 여지가 없으므로 고유목적사업준비금을 신고조정으로 손금에 산입하는 것이 가능한 것이고, 이후 최초로 처분가능이익이 발생하는 때에 신고조정에 의해 손금산입된 고유목적준비금의 잔액에 해당하는 금액 상당액을 이익처분에 의한 적립금으로 적립하면 되는 것이다. (2) 처분청 의견은 다음과 같은 이유로 부인되어야 한다. (가) 처분청이 제시한 조심 2019부4287, 2021.6.14.는 ‘매출누락 등’ 사유로 소득금액이 증액(사외유출)된 사례로서 매출누락 등으로 증액된 소득금액은 특수관계인에게 상여 및 기타소득으로 소득처분된 금액에 해당하고, 이는 고유목적사업준비금의 손금산입 한도액의 증가효과를 가져오는 소득금액 증액에 해당하지 아니하므로 추가 손금인정이 인정되지 아니한 것이다. (나) 현행 「법인세법 시행령」 제56조 제3항(2020.2.11. 대통령령 제30396호로 개정된 것부터)은 고유목적준비금 손금산입 한도액 산정의 기준이 되는 ‘수익사업에서 발생한 소득금액’의 범위를 규정하고 있는데, 해당 범위에서 특수관계인에게 상여 및 기타소득으로 소득처분된 금액은 제외하는 것으로 규정되어 있고(입법되기 전에도 과세관청은 유권해석 등을 통하여 해당 개정규정과 동일하게 해석하고 처리하여 왔음), 위 규정은 특수관계인에 대한 상여 및 기타소득으로 소득처분되어 사외유출된 소득에 대해서는 고유목적준비금 설정대상에서 제외함으로써 비영리법인 자산의 사적유용을 방지함과 동시에 매출 누락 등 위법ㆍ부당한 사유를 원인으로 하여 소득금액이 증가한 경우에는 고유목적사업준비금 제도의 혜택을 배제하고자 하는 목적에서 도입된 것이다. (다) 따라서 처분청이 제시한 조심 2019부4287, 2021.6.14. 선결정례는 이 사건과 같이 ‘자본적 지출 등’의 사유로 소득금액이 증액된 경우에는 그대로 적용될 수 없고, 나아가, ‘수익사업에서 발생한 소득금액’의 범위에 대한 「법인세법」의 입장에 비추어 볼 때도 청구법인의 사안은 위법ㆍ탈법적 요소가 전혀 없으므로 고유목적준비금 제도의 혜택을 그대로 적용할 필요가 있으며, 위 선결정례에서도 ‘매출누락 등’에 따른 처분청의 경정으로 인하여 증액된 소득에 대하여는 고유목적사업준비금으로 손금을 추가로 인정할 수 없다고 하면서도, ‘수선비로 계상한 자본적 지출액 관련 증액된 소득에 대해서는 추가로 준비금을 적립할 여지가 있다’고 설시한 것을 확인할 수 있다. 나. 처분청 의견 (1) 신고기간 이후 조사 등의 사유로 고유목적사업준비금의 한도가 증가하는 경우, 당초 신고 시 고유목적사업준비금으로 손금계상되지 않은 경정소득에 대하여 추가로 손금 인정하는 것은 불합리하다. (가) 청구법인의 고유목적사업준비금 적립 여부 1) 세무조사 결과 해당 사업연도의 소득금액이 증가함에 따라 고유목적사업준비금의 손금산입 한도액이 증가하고, 실제로 한도액보다 초과하여 적립한 고유목적사업준비금이 있는 경우에는 늘어난 한도액만큼 손금산입이 가능하지만, 청구법인의 경우 당초 한도액을 초과하여 고유목적사업준비금을 적립한 사실이 없으므로 세무조사 등에 따라 고유목적사업준비금 손금산입 한도액이 늘어났다고 하더라도 증가분을 추가로 손금산입할 수 없다. 2) 고유목적사업준비금의 적립 의무와 관련한 대법원 판결(대법원 2013.11.28. 선고 2013두15996 판결)을 보면, “구 「법인세법」제29조 제1항은 비영리내국법인이 소득이 발생하는 사업연도에 그 법인의 고유목적사업 등에 지출하기 위하여 고유목적사업준비금을 손금으로 계상한 경우에는 일정한 금액의 범위 내에서 손금에 산입한다고 규정하고 있고，같은 조 제2항은 비영리내국법인이 손금으로 계상한 고유목적사업준비금을 고유목적사업 등에 지출하는 경우에는 그 금액을 먼저 계상한 사업연도의 고유목적사업준비금으로부터 순차로 상계하되, 이 경우 직전 사업연도 종료일 현재의 고유목적사업준비금의 잔액을 초과하여 당해 사업연도의 고유목적사업 등에 지출한 금액이 있는 경우 그 금액은 이를 당해 사업 연도에 계상할 고유목적사업준비금에서 지출한 것으로 보아 제1항의 규정을 적용한다고 규정하고 있는바, 위와 같은 관계 규정의 내용 및 취지 등을 종합해 보면 비영리내국법인이 고유목적사업 등에 지출하기 위하여 고유목적사업준비금을 설정하여 이를 손금으로 계상하는 경우에는 일정한 범위 내의 금액을 당해 사업연도의 소득금액계산에 있어서 미리 손금으로 인정하되, 이 때 고유목적사업에 대한 지출 그 자체를 손금으로 인정하는 것이 아니라 그 재원이 되는 고유목적사업준비금의 설정을 일정한 한도의 범위 내에서 손금으로 인정하는 것이므로, 비영리내국법인이 아무리 고유목적사업 등에 금원을 지출하더라도 그 금원을 고유목적사업준비금으로 설정하지 않았다면 곧바로 손금에 산입할 수는 없다.”고 판시하였다. 3) 또한 조세심판원(조심 OOO, 2017.6.16.)은 당초 법인세 신고시 세무조정계산서 등에 고유목적사업준비금을 계상하지 아니한 법인이 법인세 경정결정 시 고유목적사업준비금 한도액 상당을 손금으로 산입하여 달라는 주장에 대하여 기각으로 결정하였다. (나) 준비금제도의 취지와 형평성 측면 1) 고유목적사업준비금은 조세정책적 목적을 달성하기 위하여 제한적으로 손금산입을 인정하는 예외 규정으로 실제로 고유목적사업 등에 지출이 이루어져야 한다는 전제로 해당하는 기간 동안의 과세이연인 점 등에 비추어 보더라도 세무조사 등으로 경정되는 소득금액에 대하여 준비금(손금)으로 추가 인정하게 된다면 정상적으로 신고ㆍ납부하는 납세자와의 형평성을 유지하기 어려워 준비금 제도가 유명무실하게 운영될 것이고, 입법취지에도 부합하지 않는 등 당초 신고 시 고유목적사업준비금으로 손금계상되지 않은 경정소득에 대하여 추가로 손금인정하는 것은 불합리한 것으로 보인다(조심 2019부4287, 2021.6.14. 같은 뜻임). (2) 청구법인 주장에 대한 반박 (가) 세무조사 시 소득금액의 증액이 된 경우 고유목적사업준비금의 손금산입 한도액이 증가한다고 해서 당초 설정하지 않은 고유목적사업준비금을 추가로 손금산입할 수 없다. 1) 고유목적사업준비금은 미확정채무로서 손금에 산입하지 않는 것이 원칙이나 일정한 조세정책상 목적을 달성하기 위하여 제한적으로 그 재원이 되는 고유목적사업준비금 설정을 일정한 한도의 범위 내에서 손금으로 인정하는 것으로 고유목적사업준비금의 한도액만큼 손금으로 인정해주는 것이 아니라 법령에 따라 당초 각 사업연도의 결산을 확정할 때 고유목적사업준비금 설정이 있는 경우 손금으로 인정하는 것이다. 2) 청구법인은 고유목적사업준비금의 손금산입 한도액 산정의 기준으로 제시한 「법인세법 시행령」 제56조 제3항 규정은 경정으로 소득금액 증액 시 추가로 손금산입 가능한 소득금액 범위에 대한 규정이 아니므로 이와 관련한 청구법인의 주장은 이유 없다. 3) 청구법인이 조심 2019부4287, 2021.6.14. 선결정례에서 자본적 지출액 관련 증액된 소득에 대해서는 추가로 준비금을 적립할 여지가 있다’고 설시하였다고 주장하나, 추가 준비금의 적립 여지와 관련한 판단이유를 살펴보면, 구「법인세법」 제29조 제2항에 따라 직전 사업연도 종료일 현재의 고유목적사업준비금 잔액을 초과하여 해당 사업연도의 고유목적사업에 지출한 금액이 있는 경우에는 추가 손금이 가능한바, 이를 이유로 재조사 결정이 이루어진 것으로 자본적 지출액 관련 증액된 소득에 대해서는 추가로 준비금을 적립하여야 한다는 결정이 아니며, 청구법인의 고유목적사업준비금 지출 및 잔액 현황을 살펴보면 구「법인세법」 제29조 제2항에 따르더라도 추가로 손금산입될 여지가 없다.

※ 구「법인세법」[제15222호, 2017.12.19.] 제29조 【고유목적사업준비금의 손금산입】② 비영리내국법인이 제1항에 따라 손금으로 계상한 고유목적사업준비금을 고유목적사업등에 지출하는 경우에는 그 금액을 먼저 계상한 사업연도의 고유목적사업준비금부터 차례로 상계(相計)하여야 한다. 이 경우 직전 사업연도 종료일 현재의 고유목적사업준비금의 잔액을 초과하여 해당 사업연도의 고유목적사업등에 지출한 금액이 있는 경우 그 금액은 그 사업연도에 계상할 고유목적사업준비금에서 지출한 것으로 보아 제1항을 적용한다. ※ 조심 2019부4287, 2021.6.14. 선결정례 판단의 이유 부분 중 처분청의 경정된 소득에 대하여 고목준비금(손금)으로 추가 인정되어야 한다는 청구주장은 받아들이기 어렵다고 판단된다. 다만, 청구법인의 자본적 지출액에 대한 주장과 관련하여 당초 신고된 소득금액대비 적립된 준비금이 부족한 경우「법인세법」제29조 제2항에 따라 추가 준비금 적립 여지가 있는바, 청구법인의 신고된 소득금액 내에서 신고조정하여 고목준비금으로 손금에 추가 산입할 금액이 있는지와 수선비로 계상한 자본적 지출액에 대한 즉시상각의제 적용여부 및 그 금액 등을 재조사하여 그 과세표준과 세액을 경정하는 것이 타당하다고 판단된다.

＜청구법인의 연도별 고유목적사업준비금 잔액 현황＞ (나) 고유목적사업준비금은 「법인세법」 제29조 제1항에 따라 각 사업연도의 결산을 확정할 때 고유목적사업준비금을 손금에 계상한 경우 손금산입이 가능하고, 경정으로 인하여 고유목적사업준비금 한도액이 증가하더라도 당초 손금으로 계상하지 않은 고유목적사업준비금은 추가로 손금산입이 불가하다. 조세심판원 선결정례, 대법원 판결 등은 일관되게 경정 등으로 고유목적사업준비금 설정 한도액이 증가한다고 하여도 당초 계상하지 않은 고유목적사업준비금을 추가로 설정하여 손금을 산입하는 것을 허용하고 있지 않는바, 경정으로 소득금액이 증가하는 경우 고유목적사업준비금을 추가로 설정하여 손금산입하는 것이 불가하나, 결산 시 손금산입한도를 초과하여 고유목적사업준비금을 설정한 경우에는 초과하여 설정한 금액 범위 내에서 추가 손금산입 가능한 것이다.

※ 기획재정부 법인세제과-586(2023.10.12.) (사실관계) ○ 보건복지부는 「감염병의 예방 및 관리에 관한 법률」 제70조에 따라 코로나19 전담병원 등에 손실보상금 지급 - 손실보상금은 직접 소요된 비용(직접비용)*과 해당 시설·장비 등을 원래 목적대로 사용하지 못한 비용(기회비용)**으로 구분 * 시설철거비, 폐기물처리비, 환자전원비 ** 미사용 병상 손실, 일반환자 감소 손실 등 (질의내용) ○ 새로운 세법해석으로 비영리 내국법인의 수익사업소득이 증가하는 경우 고유목적사업준비금 추가 설정(손금계상) 가능 여부 (답변내용) ○ 고유목적사업준비금은 「법인세법」제29조 제1항에 따라 비영리법인이 각 사업연도의 결산을 확정할 때 고유목적사업준비금을 손금에 계상한 경우 그 계상한 고유목적사업준비금을 같은 조 제1항 각호의 구분에 따른 금액의 합계액의 범위에서 손금에 산입하는 것입니다. 또한 같은 조 제2항에 따라 감사인의 회계감사를 받는 비영리내국법인은 고유목적사업준비금으로 적립한 경우 그 금액을 결산을 확정할 때 손비로 계상한 것으로 보는 것입니다.

(다) ‘법인세법 기본통칙’ 61-98…1【준비금등의 손금계상특례규정적용】은 신고조정에 의한 고유목적사업준비금 산입 시 손금 산입 요건 중 하나인 해당 사업연도의 이익처분에 관한 사항으로, 각 사업연도의 결산을 확정할 때 세무조정계산서에 계상하지 않은 고유목적사업준비금의 추가 손금산입을 허용한다는 취지의 규정이 아니다. (라) 이 건 세무조사 당시에 청구법인이 처분가능이익이 지속적으로 발생하지 않음에 따라 이익처분에 의한 고유목적사업준비금 상당액을 적립하지 않았음에도 신고조정으로 손금산입한 금액에 대하여 부인하지 아니한 것은 당초 결산을 확정할 때 세무조정계산서상 손금산입한 금원에 대하여 인정한 것으로 해당 사업연도 이후에 이익처분을 조건으로 추가 손금산입 세무조정을 인정한 것은 아니다. (마) 고유목적사업준비금의 손금산입과 관련하여 결산조정에 의하든 신고조정에 의하든 당초 결산 시 손비로 계상하지 않은 금액은 추가로 손금산입이 되지 않는다. 1) 청구법인도 결산조정 방식으로 손비를 계상하는 경우 결산서에 손비로 계상하는 경우에 한하여 손금산입한도액의 범위 내에서 손금을 인정하는 것으로서 고유목적사업준비금을 결산서 상 손비로 설정한 사실이 없으면 아무리 한도액이 증가한다고 하여도 손금에 추가로 산입할 수 없는 것을 인정하고 있다. 2) 「법인세법」 제29조 제2항은 신고조정에 의하여 고유목적사업준비금을 손금산입하는 경우 고유목적사업준비금을 같은 법 제60조 제2항 제2호에 따른 ①세무조정계산서에 계상하고 ②그 금액 상당액을 해당 사업연도의 이익처분을 할 때 고유목적사업준비금으로 적립한 경우에는 그 금액을 결산을 확정할 때 손비로 계상한 것으로 본다고 규정하고 있는바, 신고조정에 의하여 손금산입 시 결산 당시 고유목적사업준비금으로 세무조정계산서에 계상하지 않은 것은 결산조정에 의하여 결산서에 손비로 계상하지 않은 것과 동일하므로 손금산입 한도범위가 증가한다 하더라도 추가로 손금산입할 수 없다고 보는 것이 타당하다. 3) 고유목적사업준비금은 원칙적으로 결산조정에 의하여 손금산입하여야 하나, 외부 회계감사를 받는 법인에 한하여 예외적으로 신고조정에 의한 손금산입을 허용한 사유는 일반적인 회계적인 관점에서 고유목적사업준비금은 부채의 정의에 부합하지 않아 회계감사 시 마찰을 빚는 경우가 많아 이를 해결하기 위해 신고조정을 허용한 것인바, 고유목적사업준비금을 손금산입하는 방식(신고조정 또는 결산조정)에 따라 손금산입의 가능 여부가 달라질 이유가 없다. 3. 심리 및 판단 가. 쟁점 세무조사 결과 자본적 지출 손금불산입 사유로 인하여 비영리법인의 소득금액이 증가한 경우, 증가한 고유목적사업준비금의 적립한도액 범위 내에서 고유목적사업준비금을 신고조정에 의하여 추가로 손금산입하여야 한다는 청구주장의 당부 나. 관련 법령 (1) 법인세법 제29조(비영리내국법인의 고유목적사업준비금의 손금산입) ① 비영리내국법인(법인으로 보는 단체의 경우에는 대통령령으로 정하는 단체만 해당한다. 이하 이 조에서 같다)이 각 사업연도의 결산을 확정할 때 그 법인의 고유목적사업이나 제24조 제3항 제1호에 따른 일반기부금(이하 이 조에서 "고유목적사업등"이라 한다)에 지출하기 위하여 고유목적사업준비금을 손비로 계상한 경우에는 다음 각 호의 구분에 따른 금액의 합계액(제2호에 따른 수익사업에서 결손금이 발생한 경우에는 제1호 각 목의 금액의 합계액에서 그 결손금 상당액을 차감한 금액을 말한다)의 범위에서 그 계상한 고유목적사업준비금을 해당 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입한다. 1. 다음 각 목의 금액 가. 「소득세법」 제16조 제1항 각 호(같은 항 제11호에 따른 비영업대금의 이익은 제외한다)에 따른 이자소득의 금액 나. 「소득세법」 제17조 제1항 각 호에 따른 배당소득의 금액. 다만, 「상속세 및 증여세법」 제16조 또는 제48조에 따라 상속세 과세가액 또는 증여세 과세가액에 산입되거나 증여세가 부과되는 주식등으로부터 발생한 배당소득의 금액은 제외한다. 다. 특별법에 따라 설립된 비영리내국법인이 해당 법률에 따른 복지사업으로서 그 회원이나 조합원에게 대출한 융자금에서 발생한 이자금액 2. 그 밖의 수익사업에서 발생한 소득에 100분의 50(「공익법인의 설립ㆍ운영에 관한 법률」에 따라 설립된 법인으로서 고유목적사업등에 대한 지출액 중 100분의 50 이상의 금액을 장학금으로 지출하는 법인의 경우에는 100분의 80)을 곱하여 산출한 금액 ② 제1항을 적용할 때 「주식회사 등의 외부감사에 관한 법률」 제2조 제7호 및 제9조에 따른 감사인의 회계감사를 받는 비영리내국법인이 고유목적사업준비금을 제60조 제2항 제2호에 따른 세무조정계산서에 계상하고 그 금액 상당액을 해당 사업연도의 이익처분을 할 때 고유목적사업준비금으로 적립한 경우에는 그 금액을 결산을 확정할 때 손비로 계상한 것으로 본다. ③ 제1항에 따라 고유목적사업준비금을 손금에 산입한 비영리내국법인이 고유목적사업등에 지출한 금액이 있는 경우에는 그 금액을 먼저 계상한 사업연도의 고유목적사업준비금부터 차례로 상계(相計)하여야 한다. 이 경우 고유목적사업등에 지출한 금액이 직전 사업연도 종료일 현재의 고유목적사업준비금의 잔액을 초과한 경우 초과하는 금액은 그 사업연도에 계상할 고유목적사업준비금에서 지출한 것으로 본다. ④ 제1항에 따라 고유목적사업준비금을 손금에 산입한 비영리내국법인이 사업에 관한 모든 권리와 의무를 다른 비영리내국법인에 포괄적으로 양도하고 해산하는 경우에는 해산등기일 현재의 고유목적사업준비금 잔액은 그 다른 비영리내국법인이 승계할 수 있다. ⑤ 제1항에 따라 손금에 산입한 고유목적사업준비금의 잔액이 있는 비영리내국법인이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하게 된 경우 그 잔액(제5호의 경우에는 고유목적사업등이 아닌 용도에 사용한 금액을 말하며, 이하 이 조에서 같다)은 해당 사유가 발생한 날이 속하는 사업연도의 소득금액을 계산할 때 익금에 산입한다. 1. 해산한 경우(제4항에 따라 고유목적사업준비금을 승계한 경우는 제외한다) 2. 고유목적사업을 전부 폐지한 경우 3. 법인으로 보는 단체가 「국세기본법」 제13조 제3항에 따라 승인이 취소되거나 거주자로 변경된 경우 4. 고유목적사업준비금을 손금에 산입한 사업연도의 종료일 이후 5년이 되는 날까지 고유목적사업등에 사용하지 아니한 경우(5년 내에 사용하지 아니한 잔액으로 한정한다) 5. 고유목적사업준비금을 고유목적사업등이 아닌 용도에 사용한 경우 ⑥ 제1항에 따라 손금에 산입한 고유목적사업준비금의 잔액이 있는 비영리내국법인은 고유목적사업준비금을 손금에 산입한 사업연도의 종료일 이후 5년 이내에 그 잔액 중 일부를 감소시켜 익금에 산입할 수 있다. 이 경우 먼저 손금에 산입한 사업연도의 잔액부터 차례로 감소시킨 것으로 본다. ⑦ 제5항 제4호·제5호 및 제6항에 따라 고유목적사업준비금의 잔액을 익금에 산입하는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 이자상당액을 해당 사업연도의 법인세에 더하여 납부하여야 한다. ⑧ 제1항은 이 법이나 다른 법률에 따라 감면 등을 적용받는 경우 등 대통령령으로 정하는 경우에는 적용하지 아니한다. ⑨ 제1항을 적용하려는 비영리내국법인은 대통령령으로 정하는 바에 따라 해당 준비금의 계상 및 지출에 관한 명세서를 비치·보관하고 이를 납세지 관할 세무서장에게 제출하여야 한다. ⑩ 제1항부터 제5항까지의 규정에 따른 고유목적사업의 범위 및 승계, 수익사업에서 발생한 소득의 계산 등에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 제60조(과세표준 등의 신고) ① 납세의무가 있는 내국법인은 각 사업연도의 종료일이 속하는 달의 말일부터 3개월(제60조의2제1항 본문에 따라 내국법인이 성실신고확인서를 제출하는 경우에는 4개월로 한다) 이내에 대통령령으로 정하는 바에 따라 그 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 납세지 관할 세무서장에게 신고하여야 한다. ② 제1항에 따른 신고를 할 때에는 그 신고서에 다음 각 호의 서류를 첨부하여야 한다. 1. 기업회계기준을 준용하여 작성한 개별 내국법인의 재무상태표·포괄손익계산서 및 이익잉여금처분계산서(또는 결손금처리계산서) 2. 대통령령으로 정하는 바에 따라 작성한 세무조정계산서(이하 “세무조정계산서”라 한다) 3. 그 밖에 대통령령으로 정하는 서류 제61조(준비금의 손금 계상 특례) ① 내국법인이 「조세특례제한법」에 따른 준비금을 세무조정계산서에 계상하고 그 금액 상당액을 해당 사업연도의 이익처분을 할 때 그 준비금으로 적립한 경우에는 그 금액을 결산을 확정할 때 손비로 계상한 것으로 보아 해당 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입한다. ② 제1항에 따른 준비금의 손금산입 및 그 금액의 처리에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. (2) 법인세법 시행령 제56조(고유목적사업준비금의 손금산입) ③ 법 제29조 제1항 제2호에 따른 수익사업에서 발생한 소득은 해당 사업연도의 수익사업에서 발생한 소득금액(고유목적사업준비금과 법 제24조 제2항 제1호에 따른 기부금을 손금에 산입하기 전의 소득금액에서 법 제66조 제2항에 따른 경정으로 증가된 소득금액 중 제106조에 따라 해당 법인의 특수관계인에게 상여 및 기타소득으로 처분된 금액은 제외한다)에서 법 제29조 제1항 제1호에 따른 금액, 법 제13조 제1항 제1호에 따른 결손금(같은 항 각 호 외의 부분 단서에 따라 각 사업연도 소득의 100분의 80을 이월결손금 공제한도로 적용받는 법인은 공제한도 적용으로 인해 공제받지 못하고 이월된 결손금을 차감한 금액을 말한다) 및 법 제24조 제2항 제1호에 따른 기부금을 뺀 금액으로 한다. ⑨ 법 제29조 제1항의 규정을 적용받고자 하는 비영리내국법인은 법 제60조의 규정에 의한 신고와 함께 기획재정부령이 정하는 고유목적사업준비금조정명세서를 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다. (3) 조세특례제한법 제74조(고유목적사업준비금의 손금산입특례) ① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 법인에 대해서는 2025년 12월 31일 이전에 끝나는 사업연도까지 「법인세법」 제29조를 적용하는 경우 같은 조 제1항 제2호에도 불구하고 해당 법인의 수익사업(이 항 제4호 및 제5호의 경우에는 해당 사업과 해당 사업 시설에서 그 시설을 이용하는 자를 대상으로 하는 수익사업만 해당하고, 제6호의 체육단체의 경우에는 국가대표의 활동과 관련된 수익사업만 해당한다)에서 발생한 소득을 고유목적사업준비금으로 손금에 산입할 수 있다. 1. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 법인 가. 「사립학교법」에 따른 학교법인 다. 사실관계 및 판단 (1) 처분청과 청구법인이 제출한 심리자료에서 아래와 같은 사실이 확인된다. (가) 청구법인은 1947년 설립된 학교법인으로 의료원, 장례식장, 요양병원, 평생교육원 등을 운영하고 있고, 수입금액은 아래 ＜표2＞와 같으며, 「조세특례제한법」 제74조에 따라 수익사업에서 발생한 소득 전액을 고유목적사업준비금으로 손금산입하고 있는 것으로 나타난다. ＜표2＞ 청구법인 수입금액 현황 (나) 청구법인의 법인세 신고내역은 아래 ＜표3＞과 같다. ＜표3＞ 청구법인의 법인세 신고내역 (다) 청구법인의 고유목적사업준비금 손금산입 내역 등을 보면, 청구법인은 「주식회사 등의 외부감사에 의한 법률」 제2조 제7호 및 제9조에 따른 감사인의 회계감사를 받는 비영리 내국법인으로 재무제표 및 손익계산서 작성 시 의료기관 회계기준 준칙에 따라 고유목적사업전입액을 당기 비용으로 손비계상하고, 세무조정으로 인한 소득금액을 추가로 손비계상하고 있으나, 청구법인이 신고조정으로 손금산입한 금액에 대하여 재무상태표 및 이익잉여금처분계산서 상 이익처분에 의하여 고유목적사업준비금으로 설정한 내역은 확인되지 않고, 청구법인의 이사회 결의 내역 등에서도 신고조정에 의한 손금산입 상당액을 이익처분에 의하여 준비금으로 적립하거나 차후 적립하기로 의결한 사실이 확인되지 않는다. ＜표4＞ 청구법인의 고유목적사업준비금 손금산입 내역 (라) 청구법인이 2013사업연도～2022사업연도 기간 동안 법인세 신고 시 제출한 고유목적사업준비금 조정명세서상 손금산입한도액 및 사용액은 아래 ＜표5＞와 같다. ＜표5＞ 고유목적사업준비금 사용내역 (마) 청구법인의 2013사업연도～2022사업연도 기간 동안 손익계산서 및 이익잉여금처분계산서 내역은 아래 ＜표6＞과 같은바, 결산조정에 의한 고유목적준비금전입액(영업외비용) 차감전 수익은 OOO원이고 고유목적사업준비금전입액은 OOO원으로 나타난다. ＜표6＞ 청구법인의 손익계산서 및 이익잉여금처분계산서 내역 (바) 조사청은 2023년 3월경 이 사건 쟁점 등과 관련하여 국세청장에게 과세자문을 신청하였고, 국세청장은 2023.5.17. 이 사건 쟁점의 경우 ‘기존의 세법해석 사례가 있는 사항’에 해당하여 반려한다고 회신하였으며, 청구법인은 국세청장이 기존 세법해석 사례로 제시한 기준-2021-법령해석법인-0132, 2021.10.12. 국세청 행정해석과 관련하여 해당 행정해석의 대상법인은 외부감사대상이 아닌 비영리내국법인으로 결산조정에 의한 방법으로 고유목적사업준비금을 설정하고 있으므로 외부감사대상 비영리내국법인인 청구법인과는 사실관계과 달라 이 사건에 원용할 수 없다는 주장이다. (사) 처분청이 경정으로 소득금액이 증가하는 경우 추가 손금산입 가능한 사례로 제시한 고유목적사업준비금 재계산 사례는 다음과 같다. (2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구법인은 자본적 지출 손금불산입 사유로 인하여 비영리법인의 소득금액이 증가한 경우, 증가한 고유목적사업준비금의 적립한도액 범위 내에서 신고조정에 의하여 추가로 고유목적사업준비금의 손금산입을 허용하여야 한다고 주장하나, 「법인세법」제29조 제1항은 “비영리내국법인이 각 사업연도의 결산을 확정할 때 그 법인의 고유목적사업이나 지정기부금에 지출하기 위하여 고유목적사업준비금을 손비로 계상한 경우에는 다음 각 호의 구분에 따른 금액의 합계액의 범위에서 그 계상한 고유목적사업준비금을 해당 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입한다.”라고 규정하고 있고, 같은 조 제2항은 “제1항을 적용할 때「주식회사 등의 외부감사에 관한 법률」에 따른 감사인의 회계감사를 받는 비영리내국법인이 고유목적사업준비금을 세무조정계산서에 계상하고 그 금액 상당액을 해당 사업연도의 이익처분을 할 때 고유목적사업준비금으로 적립한 경우에는 그 금액을 결산을 확정할 때 손비로 계상한 것으로 본다.”라고 규정하고 있으며, 같은 법 제61조 제1항은 “내국법인이「조세특례제한법」에 따른 준비금을 세무조정계산서에 계상하고 그 금액 상당액을 해당 사업연도의 이익처분을 할 때 그 준비금으로 적립한 경우에는 그 금액을 결산을 확정할 때 손비로 계상한 것으로 보아 해당 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입한다.”라고 규정하고 있는바, 「주식회사의 외부감사에 관한 법률」에 따라 감사인의 회계감사를 받는 비영리내국법인이 특례규정에 따른「법인세법」제29조의 고유목적사업준비금을 세무조정계산서에 계상한 경우로서 그 금액 상당액이 해당 사업연도의 이익처분에 의해 고유목적사업준비금으로 적립되어 있는 경우에는 그 금액을 손비로 계상한 것으로 보는 것이나, 당초 법인세 신고시 세무조정계산서 등에 계상하지 아니한 고유목적사업준비금의 경우 그 이후 경정 등에 의하여 소득금액이 증가하였다 하더라도 손금에 산입할 수 없는 것으로 보이는 점, 청구법인의 경우 신고조정에 의한 손금산입 상당액을 이사회 결의를 통한 이익처분에 의하여 준비금으로 적립하거나 차후 적립하기로 의결한 사실 없이 신고조정만으로 고유목적사업준비금을 추가로 적립한 것으로 나타나는 점 등에 비추어 청구주장을 받아들이기 어렵다고 판단된다. 4. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.