이유
1. 처분개요 청구인은 서울특별시 마포구 OO동 OOOOO 공장용지 381㎡ 및 건물 368㎡(자동차정비공장으로 이하 “구공장”라 한다)를 69.7.1부터 5년이상 가동하다가 89.12.31 폐업하고 89.12.11 청구인을 대표이사로 하여 설립된 OOOOO(주)(이하 “청구외법인”이라 한다)에 90.1.3 구공장사업을 포괄양도하는 방법으로 법인전환하여 90.4.14 서울특별시 마포구 OO동 OOOOO 공장용지 2,082.7㎡ 및 건물 1,400㎡(이하 “신공장”이라 한다)에서 청구외법인이 사업을 개시하여 가동하던중 92.3.6 청구인이 구공장을 양도하고 92.4.1 청구외법인으로부터 동 법인의 사업용 자산과 부채를 포괄양수하여 같은 날 청구인이 신공장에서 사업을 개시하여 심판청구일 현재까지 신공장을 가동하고 있다. 청구인은 93.5.29 구공장양도에 따른 양도소득세과세표준 확정신고시 조세감면규제법(93.12.31 개정되기 전의 것) 제67조의12(5년 이상 계속 가동한 공장의 이전에 대한 양도소득세 면제) 제1항 및 제88조의2(양도소득세 감면의 종합한도)의 규정에 의하여 산출세액중 300,000,000원을 감면세액으로 하여 신고하였으나, 처분청은 청구인이 신고한 감면세액을 배제하고 94.4.16 청구인에게 92년도분 양도소득세 563,788,330원을 결정고지하였다가 94.4.30 동 세액을 329,581,830원으로 감액하였는바, 청구인은 94.12.14 당심판소에 심판청구를 제기하여 당심판소에서는 95.6.12 조세감면규제법 제67조의12 및 동법 시행령 제55조의10 규정에 의하여 구공장 양도에 따른 양도소득세를 감면하도록 하는 결정을 하였고, 처분청은 이에따라 95.11.22 구공장 양도에 따른 양도소득세를 317,501,980원으로 감액결정하였다. 청구인은 95.11.22자 경정처분에 불복하여 96.1.19 심사청구를 거쳐 96.5.1 심판청구를 제기하였다. 2. 청구주장 및 국세청장 의견 가. 청구 주장 청구인이 신공장에서 사업을 개시한 92년도의 장부가액으로 신공장가액을 산정하여 구공장 양도에 따른 감면세액을 계산하는 것이 원칙적으로 타당하고, 설령 청구외법인이 신공장에서 사업을 개시한 90년 당시의 장부가액으로 신공장가액을 산정하여야 할지라도 신공장대지와 건물의 장부가액이 없으므로 실지취득가액을 기준으로 신공장가액을 산정하여야 하고, 만약 실지취득가액의 신빙성을 인정할 수 없다면 신공장 대지와 건물의 기준시가에 의하여 신공장가액을 산정하여 구공장 양도에 따른 감면세액을 계산하여야 한다. 나. 국세청장 의견 청구인은 신공장 대지는 78～86년 사이, 신공장 건물은 90년에 취득하여 이를 각각 청구외법인에 임대하고 있었는바, 이와같이 임대에 제공한 대지와 건물은 신공장가액에 산정될 수 없는 것이므로 처분청이 신공장 대지와 건물을 제외하고 신공장가액을 산정하여 구공장 양도에 따른 감면세액을 계산한 것은 잘못이 없다. 3. 심리 및 판단 가. 쟁점 이 건 심판청구의 다툼은 신공장가액의 평가시점이 언제인지 여부와 신공장의 장부가액이 없는 경우 어떠한 기준에 의하여 신공장을 평가하여야 하는지 여부를 가리는데 있다. 나. 관계법령 (1) 조세감면규제법 제67조의 12 (93.12.31 개정되기 전의 것) 제1항에서 「개인이 5년이상 계속하여 가동한 공장을 이전할 목적으로 대통령령이 정하는 범위안의 토지등을 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 대통령령이 정하는 바에 의하여 양도소득세를 면제한다」고 규정하고 있고, 동법 시행령 제55조의10 제1항은 「법 제67조의12 제1항의 규정에 의하여 면제하는 세액은 면제대상소득에 대한 산출세액에 신공장의 가액이 구공장의 가액에서 차지하는 비율(100분의 100을 초과하는 때에는 100분의 100으로 한다)을 곱하여 계산한 금액으로 한다. 이 경우 구공장의 가액은 구공장의 토지·건물 및 기계장치의 양도가액(양도하지 아니한 자산이 있는 경우에는 장부가액을 말한다)으로, 신공장의 가액은 그 공장시설의 이전비용과 토지·건물 및 기계장치의 장부가액의 합계액으로 한다」고 규정하고 있으며, 동조 제3항은 법 제67조의12 제1항의 규정에 의하여 양도소득세를 면제받고자 하는 자는 구공장의 양도일이 속하는 연도의 과세표준신고와 함께 재무부령이 정하는 세액면제신청서에 구공장을 양도하기 전에 공장을 이전하는 경우에는 재무부령이 정하는 이전완료보고서와 사업자등록증사본, 구공장을 양도한 후에 공장을 이전하는경우에는 재무부령이 정하는 이전계획서를 제출하도록 규정하고 있으며, 동조 제4항은 「구공장을 양도하기 전에 공장을 이전하는 경우에는 공장을 이전하여 사업을 개시한 날로부터 2년이내에 구공장을 양도한 때에 한하여 제1항의 규정을 적용한다」고 규정하고 있고, 동조 제5항은 「제3항 제2호의 경우에 있어서 공장을 신설하는 때에는 구공장의 양도일로부터 3년이내에 준공하여 사업을 개시하여야 하며, 기존공장을 취득하는 때에는 구공장의 양도일부터 1년이내에 공장을 취득하여 사업을 개시하여야 한다」고 규정하고 있고, 동조 제6항은 「구공장 또는 신공장의 대지가 재무부령이 정하는 공장입지기준면적을 초과하는 경우에는 그 초과하는 부분에 대하여는 제1항 내지 제5항 및 제67조의12의 규정을 적용하지 아니한다」고 규정하고 있다. (2) 한편, 동법 제67조의12 제2항에서 「제1항의 규정에 의하여 양도소득세를 면제받은 개인이 다음 각호의 1에 해당하는 때에는 대통령령이 정하는 방법에 의하여 계산한 세액을 추징한다. 다만, 대통령령이 정하는 부득이한 사유가 있는 경우에는 그러하지 아니하다」고 규정하면서 그 제1호에 「대통령령이 정하는 바에 의하여 공장을 이전하여 사업을 개시하지 아니한 때」, 제2호에 「새로이 이전한 공장에서 사업을 개시한 후 2년이내에 당해 사업을 폐업한 때」를 규정하고 있으며, 동법 시행령 제55조의10 제8항에서 「법 제67조의12 제2항 단서에서 “대통령령이 정하는 부득이한 사유”라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 경우를 말한다」고 하면서 그 제2호에 “법인전환 또는 중소기업사업전환”을 들고 있다. 다. 신공장가액의 평가시점이 언제인지에 대하여 (1) 전시 관련법령에 의하면 5년이상 계속하여 가동한 공장의 이전에 대하여 양도소득세를 감면받기 위하여는 ①구공장을 5년이상 계속하여 가동할 것 ②구공장의 양도일이 속하는 과세연도의 과세표준신고와 함께 재무부령이 정하는 세액면제신청서에 구공장 양도전에 공장을 이전하는 경우에는 이전완료보고서 및 사업자등록증사본, 구공장 양도후에 공장을 이전하는 경우에는 이전계획서를 제출할 것 ③재무부령이 정하는 공장입지기준면적을 초과하지 아니할 것 ④구공장을 양도전에 공장을 이전하는 경우 신공장 사업개시일로부터 2년이내에 구공장을 양도할 것 ⑤구공장 양도후에 공장을 이전하는 경우 구공장 양도일부터 3년이내에 신공장을 준공하여 사업을 개시하고 기존공장을 취득하는 때에는 구공장 양도일부터 1년이내에 신공장을 취득하여 사업을 개시할 것등의 요건을 갖추어야 한다. 위와같은 요건을 갖춘 경우 면제대상소득에 대한 산출세액에 신공장의 가액이 구공장의 가액에서 차지하는 비율을 곱하여 계산한 금액을 면제하되, 이 경우 구공장의 가액은 구공장의 토지·건물 및 기계장치의 양도가액(미양도 자산은 장부가액), 신공장의 가액은 그 공장시설의 이전비용과 토지·건물 및 기계장치의 장부가액의 합계액으로 하도록 하고 있다. (2) 이건의 경우 앞에서 열거한 5가지 요건을 전부 갖추고 있어 구 공장 양도에 대한 양도소득세가 감면대상이 되는 것에 대하여는 청구인과 처분청간에 다툼이 없다.(당초 청구인과 처분청은 ①의 요건과 ④의 요건 충족여부에 대하여 다투었으나 95.6.12 국심94서6074 심판사건에서 ①의 요건과 ④의 요건을 충족하고 있는 것으로 결정되었음) 다만, 구공장 양도에 따른 양도소득세 감면세액을 계산함에 있어 구공장가액이 1,906,836,975원임에 대하여는 다툼이 없으나, 신공장가액이 얼마인지에 대하여 다툼이 있다. (3) 청구인은 신공장가액의 평가시점을 청구인이 신공장에서 사업을 개시한 92년으로 보아 그 당시의 청구인 장부가액에 의하여 신공장가액을 산정할 것을 주장하면서, 만약 청구외법인이 신공장에서 사업을 개시한 90년을 평가 시점으로 본다면 장부가액이 없으므로 신공장의 실지취득가액 내지는 기준시가에 의하여 신공장가액을 산정할 것을 주장하고 있다. 반면, 처분청은 청구외법인이 신공장에서 사업을 개시한 90년을 신공장가액의 평가시점으로 보면서, 신공장 대지와 건물에 대한 청구외법인의 장부가액이 없으므로 그 가액을 영(0)으로 하고 장부에 기장되어 있는 기계장치 등의 가액만으로 신공장가액을 산정하였음이 이건 과세자료에 의하여 확인된다. (4) 살피건대, 국심94서6074 심판사건(95.6.12)에서 청구인이 가동하던 구공장사업을 법인으로 전환하여 신공장에서 사업을 개시한 것을 공장이전으로 본 취지는 이러한 경우에 구공장 양도에 대한 양도소득세 감면을 배제한다고 할 경우 개인이 법인으로 전환하지 아니하면 구공장 양도에 대한 양도소득세를 감면받을 수 있을 터인데도 개인이 법인으로 전환함으로써 양도소득세를 감면받지 못하는 불합리한 결과가 초래되는바, 이는 개인이 법인으로 전환하는 경우 조세특례사항을 적용하여 개인의 법인전환을 유도하는 조세감면규제법 제45조 규정과 구공장 양도에 대한 양도소득세를 면제받은 개인이 법인으로 전환함으로써 부득이하게 공장을 이전하여 사업을 개시하지 아니하거나 2년내에 폐업한 때에는 면제받은 양도소득세를 추징하지 아니하도록 한 조세감면규제법 제67조의12 제2항 및 동법 시행령 제55조의 10 제8항 규정의 입법취지에 반하기 때문에 세법 전체적인 차원에서 각 조항간의 조화있는 해석이 요구되기 때문이었다고 판단된다. 즉, 우리나라 법체계상 개인이외에 법인을 별개의 인격체로 인정하면서 서로 다른 법률적 취급을 하고 있는 점에 비추어 볼때, 법인이 신공장을 가동한 것을 청구인이 가동한 것과 동일시할 수는 없는 것이고 다만, 청구인이 법인으로 전환한 경우에는 청구인이 신공장을 가동할 수 없는 부득이한 사유에 해당하므로 조세감면규제법 제45조 와 동법 제67조의12 제2항 및 동법 시행령 제55조의10 제8항 규정의 입법취지에 비추어 예외적으로 감면대상인 공장이전에 해당한다고 판단한 것이라 하겠다. (5) 위와같은 심판취지와 청구인이 92.3.6 구공장을 양도한 후 92.4.1 청구외법인의 신공장사업을 포괄양수하여 심판청구일 현재까지 4년이상이나 신공장을 가동하고 있는 사실등을 종합하여 보건대, 청구외법인이 90.4.14～92.4.1 동안 신공장을 가동한 것은 청구인이 구공장사업을 신공장으로 이전하는 과정에서 법인으로 전환함에 따른 일시적인 것이고 궁극적으로는 청구인이 가동한 구공장이 92.4.1 신공장으로 이전되었다고 볼 수 있으므로 신공장가액은 청구외 법인이 신공장에서 사업을 개시한 90.4.14 당시 법인의 장부가액에 의할 것이 아니라 청구인이 청구외 법인의 신공장사업을 포괄양수하여 신공장에서 사업을 개시한 92.4.1 당시 청구인의 장부가액에 의하여 계산하는 것이 조세감면규제법 제67조의 12 규정의 입법취지에 보다 부합하는 해석이라고 하겠다. (6) 한편, 청구인이 제출한 92년도 신공장의 장부가액은 3,763,442,696원으로 구공장의 양도가액 1,906,836,975원을 초과하므로 면제대상소득에 대한 산출세액 전체가 감면되어야 할 것이나, 조세감면규제법 제88조의2 에서 양도소득세 감면의 종합한도를 300,000,000원으로 정하고 있으므로 300,000,000원을 감면하여야 할 것으로 판단된다. 라. 신공장의 장부가액이 없는 경우 어떠한 기준에 의하여 신공장을 평가하여야 할 것인지 여부에 대하여는 심리실익이 없으므로 심리를 생략한다. 마. 이 건 심판청구는 청구주장이 이유있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.