이유
1. 과세처분 개요 청구인 OOO·OOO은 인천직할시 남동구 OO동 OOOO 잡종지 3,540㎡와 같은동 OOOOO 임야 93㎡(이하 “제1토지”라 한다)를 227,705,000원에 공동(각 2분의 1지분)으로 취득하여 87.12.30 398,500,000원에 매도하는 등 공동소유의 합계 5필지의 토지를 87년중에 매도하였으며, 청구인 OOO은 자기 단독 소유의 경기도 부천시 OO동 OOOOOO 공장용지 937.4㎡(이하 “제2토지”라 한다)를 87.1.15 매도하였고, 청구인 OOO은 자기 단독 소유의 같은시 OO동 OOOOOO 공장용지 964.4㎡(이하 “제3토지”라 한다)를 87.10.21 매도하는 등 2필지의 토지를 단독으로 매도하였다. 각 처분청은 제1토지에 대하여 당초 매도가액 398,500,000원에 소득표준율(부동산매매업 34.4%)을 적용하여 매매차익을 산정한 것을 감사원의 시정지시에 따라 실지 매입가액인 227,705,000원을 공제하여 매매차익을 산정 하였고, 제2토지와 제3토지에 대하여는 당초 건물 신축판매업의 소득표준율(24.7%)을 적용하여 매매차익을 산정한 것을 같은 시정지시에 따라 부동산매매업의 소득표준율(34.4%)을 적용하여 매매차익을 산정하여 92.4.2, 87년 과세기간분으로 청구인 OOO에게 종합소득세 34,821,720원 및 동 방위세 6,965,440원을, 청구인 OOO에게 종합소득세 33,522,330원 및 동 방위세 6,706,190원을 각각 과세하였다. 청구인들은 이에 불복하여 각 각 심사청구를 거쳐 92.7.16 이 건 심판청구를 하였다. 2. 청구인 주장 및 국세청장 의견 가. 청구인 주장 ① 87년중에 양도한 부동산중 제1토지에 대하여 각 처분청이 그 실지 취득가액을 조사하여 이를 양도가액에서 차감하여 소득금액을 산출하였으나, 청구인들이 장부와 증빙서류를 비치하고 있지 아니하므로 다른 대부분의 부동산과 마찬가지로 소득표준율을 적용하여 추계소득을 산출하여야 한다고 주장하고, ② 청구인 OOO이 제2토지인 공장용지와 그 지상공장건물을 개축하여 양도하였고, 청구인 OOO이 제3토지인 공장용지와 그 지상공장건물을 개축하여 양도하였으므로 이들 제2토지와 제3토지에 대하여는 건물신축판매업 소득표준율을 적용하여야 한다고 주장한다. 나. 국세청장 의견 부동산 매매업자의 경우 토지등 매매차익은 매매가액에서 취득당시에 소요된 필요경비에 상당하는 금액을 증빙서류등에 의하여 공제한 다음 매매차익을 계산할 수 있을 때에는 이에 의하는 것이 원칙이므로 이 부분 소득표준율을 적용하여 계산하여야 한다는 청구인의 주장은 받아들이기 어려우며, 청구인 OOO의 경우 등기상 청구인이 취득·양도한 내용이 등기되어 있지 아니하고 일부 증축이 있으나 부속건물(변소)에 불과하는 등 청구인들이 건물을 신축하여 양도한 사실을 인정할 수 없다는 의견이다. 3. 심리 및 판단 이 건 심판청구는 부동산매매업의 소득금액을 계산함에 있어서 개별부동산에 대하여 소득표준율에 의하거나 실지 취득가액에 의하여 소득금액을 산출할 수 있는지 여부(쟁점1)와 공장용지의 양도에 대하여 기존 공장의 개축으로 인정하여 건물 신축판매에의 소득표준율을 적용할 수 있는지 여부(쟁점2)를 가리는 데 그 쟁점이 있다. 가. 쟁점1에 대하여 : 소득세법 제92조 제1항에서 “부동산 매매업자의 토지등 매매차익은 그 매매가액에서 제45조의 규정에 의한 필요경비를 공제한 금액으로 한다”고 규정하고, 동법시행령 제141조 (토지등 매매차익의 계산) 제1항 제1호에서 토지등 매매차익은 제94조(양도자산의 필요경비)에 규정하는 양도자산의 필요경비에 상당하는 금액을 그 매매가액에서 공제한 금액으로 하도록 규정하고 있으며, 제142조 제1항 제1호에서는 부동산 매매업자가 매매차익 예정신고시 제출한 증빙서류 또는 비치 기장한 장부와 증빙서류에 의하여 제141조의 규정에 의한 토지등 매매차익을 계산할 수 있을 때에는 그에 의하여 조사결정한다고 규정하고, 그 제2호에서는 제169조(추계조사 결정) 제1항 각호에 해당하는 경우에는 토지등 매매차익은 제141조의 규정에 불구하고 매매가액에 소득표준율을 곱하여 계산한 금액으로 한다고 규정하고 있다. 이러한 규정의 취지는 부동산 매매업자의 경우 그 매매차익을 계산함에 있어서 양도소득의 경우와 마찬가지로 개별 부동산별로 실지의 매매차익을 계산하는 것을 원칙으로 하되, 다만 그와 같이 할 수 없는 경우에만 매매가액에 소득표준율을 적용하도록 하여 부동산매매업에 의한 매매차익이 같은 부동산의 양도로 인한 양도소득의 경우와 큰 차이가 없도록 유사하게 규정하고 있는 것이다. 그리고 제2, 제3토지를 포함한 3필지 토지의 경우 청구인들 2인의 공동소유가 아닌 각 각의 단독소유이고, 제1토지등 다른 토지와는 그 소재지도 다르며, 이에 비하여 제1토지의 경우 그 취득 및 양도를 청구인 2인이 공동으로 하고 있어 공동사업에 공하여진 별개의 재고자산으로 인정되고, 따라서, 사업장별로 소득금액의 조사방법을 달리할 수 있는 점에 비추어 볼 때에도 청구인들의 주장은 이유없다. 나. 쟁점2에 대하여 : 청구인들은 각자의 소유토지인 제2토지와 제3토지에 각각 공장건물을 신축하여 양도하였다고 주장하는 바, 제2토지의 경우 그 지상건물이 등기상 청구인 OOO의 소유로 되어 있지 아니하며, 또한 위 2필지상에는 각각의 건물이 개축되어 있거나 일부 증축된 부속건물(변소)이 있는 것으로 등기되어 있음이 확인된다. 그러나, 이러한 사실은 기존건물의 개축 또는 보수를 나타낼 뿐 새로운 건물의 신축으로 보기 어려우며, 더우기 청구인들은 공장건물을 신축한 사실을 입증할 수 있는 도급계약서 또는 공사원가명세서(직영공사의 경우) 및 증빙, 건축물허가 및 준공관계서류등 관련 증빙을 제시하지 못하고 있다. 따라서, 청구인들이 각자의 소유토지에 공장건물을 신축하여 양도한 사실을 인정할 수 없으므로 건축신축판매업의 소득표준율을 적용하지 아니하고 부동산매매업의 소득표준율을 적용한 것은 정당하다. 다. 이 건 심판청구는 이를 심리한 결과 청구인들의 주장이 모두 이유 없다고 판단되므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.