이유
1. 처분개요 처분청은 경상남도 OO시 회원구 OO동 OOOOO에 사업장을 두고 낚시 용구등을 제조하여 전량 수출하는 OOOOOOOO 주식회사(이하 “청구법인”이라 한다)의 92사업년도(91.10.1 - 92.9.30)의 법인세등을 조사한 바, 청구법인이 이 건 조사당시 비치 기장하고 있던 매입매출장, 매입처원장, 원재료수불부 등의 제 기장이 제대로 되어 있지 아니하고, 관계회사 등의 장부와 비교한 결과 충원재료 매입액중에서 159,058,710원(OOOOO 원재료 매입액중 10,987,026원, OOOO 원재료 매입액중 54,715,616원, 수입원재료 매입액중 93,356,068원)을 손금에 과다계상 하였고, 이 건 법인세 신고시에는 159,058,710원이 아닌 154,706,690원을 손금산입한 것으로 신고한 사실이 있다 하여 이를 손금불산입하고 95.3.2 청구법인에게 92사업년도 법인세 69,563,970원을 경정고지 하였다. 청구법인은 이에 불복하여 95.4.28 심사청구를 거쳐 95.7.3 심판청구를 제기하였다. 2. 청구법인 주장 및 국세청장 의견 가. 청구법인 주장 청구법인은 OOOOO 주식회사(이하 “OOOOO”라 한다), OOOO 주식회사(이하 “OOOO”이라 한다) 등으로부터 구입한 재료비를 실제거래 내용대로 기장하고 적법하게 신고하였음에도 이 건 조사당시 경리관계 직원등의 교체로 경리업무에 밝지 않은 대표이사가 제대로 거래내역을 확인하지 아니하고 과다계상하였다고 확인하여 준 것에 불과하므로 처분청이 위 회사의 장부와 단순비교하여 과다계상된 것으로 본 것은 부당하며, 특히 수입원재료는 OO은행과 OO은행을 통하여 신용장을 개설하고 대금을 결제한 사실이 명백함에도 수입원재료 매입액중 대부분을 가공매입으로 보아 이 건 법인세를 부과한 처분은 부당하다. 나. 국세청장 의견 처분청이 이 건 조사시 청구법인의 제장부 및 증빙서류가 불비하여 원재료 공급처인 OOOOO, OOOO에 출장하여 원재료 매입을 대사한 바, 65,702,642원이 과다계상 되었음이 확인되었으며, 청구법인이 수입원재료라고 주장하는 카본시트의 매입액 111,182,269원중 93,356,068원은 솔리드 팁등의 부재료비로서 이미 부품계정에 계상되어 원재료비에 계상할 금액이 아님에도 원재료계정에 다시 계상하였고, 또한 위 사실을 청구법인의 대표이사 OOO과 전무이사 OOO이 확인하였을 뿐만 아니라 처분청이 이 건 조사후 결정전 조사내용통지를 보내어 95.2.20까지 해명자료를 제출할 것을 요구하였으나 아무런 해명자료도 제출한 사실이 없음에 비추어 볼 때, 청구법인 주장은 사실이 아닌 것으로 판단된다. 3. 심리 및 판단 가. 이 건 심판청구의 다툼은 처분청이 청구법인의 법인세 조사시 적출된 92사업년도 원재료매입액중 154,706,690원이 가공매입이 있었다 하여 전시한 법인세를 부과한 처분의 당부를 가리는데 있는 바, 여기에서는 청구법인이 법인세 신고시 조정된 원재료 가공매입액 154,706,690원이 아닌 조정전의 OOOOO(주), OOOO(주) 및 수입원재료 매입액중 가공매입된 것으로 본 159,058,710원에 대해서만 심리하고자 한다. 나. 법인세법 제32조 제2항에서 정부는 법 제26조(과세표준의 신고)의 규정에 의한 신고를 한 내국법인이 신고내용에 오류 또는 탈루가 있는 경우에는 당해법인의 각사업년도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 경정한다라고 규정하고 있다. 다. 청구법인이 OOOOO로부터 매입한 재료 매입액중에서 가공매입이 있었는지 여부를 본다. (1) 처분청은 청구법인의 장부상 원재료 매입가액은 467,399,228원인 반면, 청구법인의 거래상대방인 OOOOO의 공급가액은 456,412,202원으로 되어 있으므로 그 차액인 10,987,026원을 청구법인이 과다계상한 가공원가로 보았다. 이에 대하여 청구법인은 청구법인이 92사업년도에 OOOOO로부터 당초 원재료 매입액은 467,399,228원이고, 부재료 매입액은 11,280,600원이므로, 위 기간동안 청구법인의 실제 재료매입은 원재료매입액과 부재료매입액을 합산한 478,679,828원이고, 다만 처분청이 본 OOOOO의 매출가액 456,412,202원과 위 매입가액과의 차이는 청구법인이 낚시 용구등을 제조하여 전량 수출하므로 당초 일반세금계산서에 의하여 거래되었던 것을 내국신용장이 개설됨으로 인하여 당초 거래를 취소하고 영세율 세금계산서를 수정교부하면서 관세상당액과 에누리 등으로 인하여 22,282,626원이 감소된 것이고, 따라서 당초 매입가액에서 감소된 금액을 차감하면 처분청이 본 OOOOO의 매출가액과 동일하므로 청구법인이 OOOOO로부터 92사업년도에 매입한 재료비중 가공매입이 있었다는 처분청의 처분은 잘못이라고 주장하면서 세금계산서, 관련장부등을 제출하고 있다. (2) 청구법인이 제시한 증빙자료를 보면, 첫째, OOOOO가 청구법인에게 공급하고 밀양세무서에 신고한 세금계산서에 의하면, OOOOO는 청구법인에게 91.10.1부터 92.9.30까지 총 478,664,228원을 공급한 것으로 되어 있으므로, 이는 청구법인이 당초 매입한 장부상 원재료 매입액과 부재료 매입액을 합한 금액인 478,679,828원과는 15,600원의 계수차이만 있을 뿐 거의 일치하고 있는 점으로 보아 청구법인이 주장하는 바와 같이 당초 매입액은 원재료매입액과 부재료매입액을 합산한 가액이 당기에 매입한 수정전의 당초 매입가액이라 할 것이므로 이 점에 있어서 청구법인의 주장은 사실인 것으로 판단된다. 둘째, 당초 매입가액에서 내국신용장 개설로 인하여 영세율의 적용을 받아 당초 거래에서 관세상당액과 에누리 등으로 당초 매입가액에서 수정된 가액이 처분청이 확인한 OOOOO의 매출가액과 동일하다는 청구주장에 대하여 보면, 청구법인이 OOOOO로부터 매입하고 OO세무서에 신고한 세금계산서에는 92사업년도 동안 일반세금계산서로 거래된 매입가액은 313,213,710원이며, 이 기간동안 내국신용장 개설로 인하여 취소된 금액은 338,526,910원(91년 9월 거래분 36,921,200원 포함)이고, 취소되면서 영세율이 적용된 매입가액은 316,259,284원(당초 거래가액보다 22,282,626원이 감소)이며, 당초부터 영세율이 적용된 매입가액은 165,466,118원이므로, 일반 세금계산서에 의한 매입가액과 영세율에 의하여 매입한 매입가액을 더한 다음 취소된 매입가액을 차감하여 합산하면 456,412,202원이 되는 바, 이는 처분청이 본 OOOOO의 공급가액 456,412,202원과 일치하고 있다. 셋째, 위 세금계산서상의 거래내역과 청구법인의 원재료장부상의 기장 내역 및 부재료 장부상의 기장내역이 거래일자, 품목, 금액등에 있어서 일치하고 있다. (3) 그러하다면 청구법인의 92사업년도 기간중에 OOOOO로부터 매입한 재료는 원재료뿐만 아니라 부재료도 있으므로 비록 OOOOO의 매출 및 수금현황표에는 이를 구분하지 아니하여 청구법인의 장부상의 기장과 다소 다르다 할지라도 구체적인 거래내역, 거래일자, 품목이 일치하고, 위 재료를 거래하면서 적법하게 세금계산서를 교부하고 이를 관할 세무서에 신고한 사실이 인정되므로 청구법인이 주장하는 바와 같이 청구법인의 재료매입액은 원재료매입액과 부재료매입액을 합산한 가액에서 내국신용장 개설로 인하여 당초 거래를 취소하고 영세율을 적용함으로 수정된 금액을 차감하면 처분청이 확인한 OOOOO의 매출가액과 일치한다. 라. 청구법인이 OOOO으로부터 매입한 원재료 매입액중에서 가공매입이 있었는지 여부를 본다. (1) 처분청은 청구법인의 원재료 매입가액은 1,306,676,147원인 반면에, 거래상대방인 OOOO의 공급가액은 1,251,960,531원이므로 그 차액인 54,715,616원을 청구법인이 과다계상한 가공원가로 보았다. 이에 대하여 청구법인은 청구법인이 92사업년도에 OOOO으로부터 당초 원재료 매입액은 1,306,676,147원이며, 부재료 매입액은 14,424,200원이므로, 위 기간동안 청구법인의 실제 재료매입액은 원재료매입액과 부재료매입액을 합산한 1,321,100,347원이고, 다만 처분청이 본 OOOO의 매출가액 1,251,960,535원과 위 매입가액과의 차이는 내국신용장 개설로 인하여 당초 거래를 취소하고 영세율 세금계산서를 수정교부하면서 관세상당액과 에누리 등으로 인하여 69,139,812원이 감소된 것이고, 따라서 당초 매입가액에서 감소된 금액을 차감하면 처분청이 본 OOOO의 매출가액과 동일하므로 청구법인이 OOOO으로부터 92사업년도에 매입한 재료비중 가공매입이 있었다는 처분청의 처분은 부당하다고 주장하면서 관련장부, 세금계산서등을 제출하고 있다. (2) 청구법인이 제시한 증빙자료를 보면, 첫째, OOOO이 청구법인에게 매출하고 밀양세무서에 신고한 세금계산서에 의하면, OOOO은 청구법인의 매입가액은 1,321,100,347원이고 OOOO의 공급가액은 1,321,10,343원이며, 그 차액은 3원에 불과하므로 청구법인과 OOOO과의 당초 거래내역이 서로 일치하므로 이 점에 있어서 청구법인 주장은 사실인 것으로 판단된다. 둘째, 당초 매입가액과 OOOO의 매출가액이 차이가 나는 것은 당초 일반세금계산서에 의하여 거래된 매입가액에서 내국신용장 개설로 인하여 영세율의 적용을 받아 당초 거래가액에서 관세상당액과 에누리에 의하여 감소된 가액을 차감하면 처분청이 본 OOOO의 매출가액과 동일하다는 주장에 대하여 보면, 청구법인이 OOOO으로부터 매입하고 OO세무서에 신고한 세금계산서에는 OOOO이 청구법인과 거래하면서 일반 세금계산서에 의한 매입가액은 904,722,910원이고, 이 중 내국신용장 개설로 인하여 취소된 매입가액은 752,131,290원(91년 9월 거래분 25,011,220원 포함)이며, 취소되면서 영세율이 적용된 매입가액은 682,991,478원(당초 거래가액보다 69,139,812원 감소)이고, 당초부터 영세율이 적용된 매입가액은 416,377,437원이므로, 일반세금계산서에 의한 매입가액에서 취소된 매입가액을 차감한 후 영세율 적용 매입가액을 더하여 합산하면 위 기간동안의 실제 매입가액은 1,251,960,535원이 되어 처분청이 본 OOOO의 공급가액 1,251,960,535원과 일치한다. 셋째, OOOO으로부터 교부 받은 위 세금계산서상의 거래내역과 청구법인의 장부상의 기장 내역이 거래일자, 품목, 금액등에 있어서 일치하고 있다. (3) 위에서 살펴 본 바와 같이 청구법인이 92사업년도 기간중에 OOOO으로부터 매입한 재료는 원재료 뿐만 아니라 부재료도 있으므로 비록 OOOO의 매출 및 수금현황표에는 이를 구분하지 아니하여 청구법인의 장부상의 기장과 다소 다르다 할지라도 구체적인 거래내역, 거래일자, 거래품목 등이 일치하고, 당초 매입가액에서 내국신용장 개설로 인하여 감소된 금액을 차감하면 청구법인의 장부상의 원재료매입액과 부재료 매입액을 합산한 금액과 OOOO의 매출가액이 일치하고 있다. 마. 청구법인이 매입한 수입원재료중에서 가공매입이 있는지에 대하여 본다. 처분청은 청구법인의 수입원재료 매입액 111,182,269원중 17,826,201원만이 확인되고 나머지 93,356,068원은 타계정에 계상되어 있거나 확인되지 아니하는 것이라 하여 이를 과다계상된 가공경비로 인정하였다. 이에 대하여 청구법인은 수입원재료는 OO은행과 OO은행을 통하여 신용장을 개설하고 이들 은행을 통하여 거래대금을 결제한 사실이 확인되고 있고, 처분청이 타 계정에 중복 계상된 것으로 본 원재료는 가공되지 아니한 상태로 수입된 원재료를 타 회사에 외주가공으로 이관 한 것이므로 수입원재료와는 다른 것이라고 주장하면서 관련장부 및 대금 지급관련 증빙을 제출하고 있다. 대금결제내역에 대하여 보면, OO은행 OOOO부에서 확인한 수입원 재료 대금결제액은 97,137,161원이고, OO은행 OO지점장이 확인한 수입원재료 대금결제액은 14,045,108원이며, 이를 합산하면 111,182,269원이 되므로 청구법인의 장부상 매입가액과 동일하고, 타 계정에 중복 기장된 수입원재료가 있는지에 대하여 보면, 청구법인의 장부에 의하면 코르크 핸들이 부품계정이 기장된 사실이 있으나 이는 미가공 상태로 수입된 원재료를 가공하기 위하여 OO산업사에 외주로 나간 것이며, 이러한 사실은 OO산업사의 대표이사가 수수된 세금계산서를 첨부하여 확인하고 있으며, 타 계정에 기장된 코르크 핸들, 솔리드 팁등은 수입원재료 매입내역과 거래일자, 금액, 수량등이 다른 성질의 것으로 제 장부에 의하여 확인되고 있다. 위의 사실을 모아 보면, 당초 거래총액에 있어서 청구법인의 장부상 매입액과 거래상대방인 OOOOO, OOOO의 공급가액이 일치하고, 그 후 내국신용장 거래로 인하여 당초 일반거래 세금계산서에 의한 거래를 취소하고 영세율 적용 세금계산서를 교부하면서 수정된 매입가액 또한 관련 세금계산서에 의하여 확인되므로, 처분청이 내국신용장 개설로 인하여 수정된 거래내역을 확인하지 아니하고 당초 거래내역과 OOOO의 공급내역을 단순비교하여 청구법인이 OOOO으로부터 매입한 원재료 매입액중에서 과다계상된 가공원가가 있는 것으로 본 것은 잘못이며, 수입원재료중 타계정에 중복계상되지도 아니할 뿐만 아니라 수입대금 결제내역이 확인되고 있으며, 더욱이 청구법인의 92사업년도 법인세 신고시 결산된 원재료 매입내역에는 청구법인이 92사업년도에 매입한 수정전의 원재료 매입액(부재료 매입액 포함)은 1,937,209,194원이고, 외주이관 및 영세율 적용으로 인한 수정후의 매입액은 1,568,499,355원이며, 여기에다 원재료 매입 부대비용인 3,560,596원을 더하면 당기 총 원재료 매입액은 1,572,059,951원이 되어 일부 계수상의 차이를 제외하면 청구법인의 장부상 원재료 매입액과 일치하므로 처분청이 이러한 사실을 확인하지 아니하고 원재료입액중 154,706,690원의 가공매입이 있다고 본 당초 처분은 사실조사 미진의 잘못이 있다 하겠다.