이유
1. 원처분 개요 청구인 소유의 인천직할시 북구 OO동 OOOOOOO 답 외 3필지 2,239.5평(이하 “갑부동산”이라 한다)이 90.7～91.5 인천직할시등에 수용당하였으며 청구인은 인천직할시 북구 OO동 OOOO 대지 273.3㎡ 및 건물 809.95㎡(이하 “을부동산”이라 한다)를 90.7.16 양도하였다. 처분청은 갑부동산의 수용과 을부동산의 양도를 모두 부동산매매업으로 보아 92.2.15자로 90년 귀속 종합소득세 221,973,110원과 동 방위세 36,632,910원, 91년 귀속 종합소득세 15,249,100원 및 90년 2기 부가가치세 58,778,210원 합계 332,633,330원을 고지하였다. 청구인은 이에 불복하여 전심절차를 거쳐 92.5.14 심판청구를 하였다. 2. 청구주장 및 국세청장 의견 가. 청구주장 (1) 갑부동산은 인천직할시등에 공공용지로 수용당한 것이므로 부동산매매업으로 볼 수 없고 조세감면규제법 제57조 에 의해 양도소득세가 비과세되어야 하고, 을부동산의 양도역시 부동산매매업으로 볼 수 없다. (2) 을부동산은 목용탕업 및 임대업에 공하다가 청구외 OOO에게 포괄양도한 것이므로 부가가치세법상 재화의 양도에 해당하지 않고 설사 부가가치세를 과세한다 하더라도 과세특례적용을 받아 온 사업이었으므로 과세특례세율인 2%의 세율을 적용해야 하며, 처분청이 거래상대방의 일방적인 진술만을 믿고 토지의 취득가액을 17,483,000원으로 하여 매매차익을 OO함은 부당하다. 나. 국세청장 의견 (1) 갑부동산과 을부동산은 청구인이 86년부터 91년까지 40여건의 부동산을 양도한 것으로 볼 때 당초 처분청이 부동산매매업으로 본 처분은 타당하다. (2) 을부동산의 양도는 부동산매매업에 해당하므로 포괄양수도로 볼 수 없고, 또한 부동산매매업에 대한 사업자등록이 없었으므로 일반과세자의 세율인 10%를 적용한 처분은 타당하며, 토지의 취득가액 17,493,000원은 거래상대방으로부터 확인한 것이므로 이를 근거로 매매차익을 OO한 당초 처분역시 정당하다. 3. 심리 및 판단 가. 쟁점 (1) 갑부동산의 수용과 을부동산의 양도를 부동산매매업으로 본 처분이 정당한 것인지 여부 (2) 을부동산의 양도가 부가가치세법상 사업의 양도에 해당하는지 및 사업의 양도가 아닌 경우 과세특례세율을 적용할 수 있는지 여부와 을부동산중 토지의 취득가액을 17,483,000원으로 하여 매매차익을 OO한 처분이 정당한지 여부를 가리는 데 다툼이 있다. 나. 쟁점 (1)에 대하여 본다. 관련법규정을 보면, 소득세법 제20조 제1항에서는 「사업소득은 당해 연도에 발생한 다음 각호의 소득으로 한다」라고 규정하면서 그 제3호에서 「부동산매매업」을 열거하고 있고, 조세감면규제법 제57조 (공공사업용 토지등에 대한 양도소득세등 감면) 제1항 제2호에서는 토지수용법 기타 법률에 의한 수용으로 인하여 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세를 면제하도록 규정하고 있다. 부동산매매업으로 본 처분의 정당성 여부를 보면, 청구인은 인천직할시 북구 OO동 OOOOOOO 소재 답 570.5평을 91.1.23 취득한 후, 90.7.9 인천직할시에서 이를 수용하였고, 경기도 부천시 중구 OO동 OOOOO 소재 답 644평을 88.1.30일 취득한 후 90.3.15 부천시에서 이를 수용하였으며, 전라남도 여천시 OO동 O OOOOOO 소재 임야 660평 및 같은 곳 OOOOOO 소재 전 365.1평 88.2.6 및 88.2.15 취득한 후 91.5.16 한국수자원공사에서 이를 수용하였고, 인천직할시 북구 OO동 OOOO 소재 대지 297.3㎡를 89.5.25 취득하여 89.11.19 같은 곳 지상에 건물 809.95㎡를 신축하여 목욕탕업 및 부동산임대업을 영위하다가 90.7.16 양도하였으며, 86년 1기중 OO시 OO동 OOOOOO의 부동산 외 2건의 부동산을 취득하고 수원시 권선구 OO동 OOO의 부동산 외 2건의 부동산을 양도하는등 86년도부터 91년도까지 40건의 부동산을 양도함으로써 계속적·반복적으로 부동산을 취득 및 양도하여 왔음이 처분청의 조사자료등 관련자료에서 확인된다. 부동산의 양도가 양도소득에 해당하느냐 부동산매매업으로 사업소득에 해당하느냐의 여부는 부동산의 거래회수, 계속성·반복성의 유무, 취득 및 양도의 원인, 거래의 태양등으로 비추어 보아 위 관련법령의 규정에 해당하는지의 여부를 판단하여야 할 것인 바, 청구인은 갑부동산과 을부동산의 취득목적을 밝히지 못하고 있는 바 비록 갑부동산이 수용에 의하여 양도되었고 을부동산이 일시적으로 목욕탕업 임대업에 공하여졌다 하더라도 청구인의 부동산 취득 및 양도가 계속적·반복적으로 행하여져 온 위 사실로 볼 때 처분청이 갑부동산의 수용과 을부동산의 양도를 부동산매매업으로 본 당초처분은 정당한 것으로 판단된다. 다. 쟁점 (2)에 대하여 본다. 관련법규정을 보면, 부가가치세법 제6조 (재화의 공급) 제6항에서는 「재화를 담보로서 제공하는 것과 사업을 양도하는 것은 재화의 공급으로 보지 아니한다」라고 규정하고 있고, 같은 법시행령 제17조(담보제공과 사업양도) 제2항에서는 「법 제6조 제6항에 규정하는 사업의 양도는 사업장별로 그 사업에 관한 모든 권리(미수금에 관한 것을 제외한다)와 의무(미지급금에 관한 것을 제외한다)를 포괄적으로 승계시키는 것으로 한다」고 규정하고 있다. 한편 소득세법 제94조 (토지등의 매매차익의 결정) 및 같은법 시행령 제142조 (토지등 매매차익과 세액의 조사·결정 및 통지)를 종합하여 보면 토지등 매매차익의 OO은 실지거래가액에 의함을 원칙으로 하되 그 취득가액이 불분명한 경우에는 소득표준율을 곱하여 산출하도록 하고 있으며, 실지 거래가액을 확인할 수 없는 때에는 소득세법시행령 제115조 에 규정한 기준시가를 매매가액으로 하도록 규정하고 있다. 먼저 포괄양수도에 해당하는지 및 과세특례세율을 적용할 수 있는지 여부를 보면, 청구인은 을부동산 거래이외에도 수회에 걸쳐 부동산을 신축판매한 바 있고, 을부동산을 89.11.19 신축하여 불과 8개월만인 90.7.16 단기 양도한 점으로 볼 때 청구인의 을부동산 취득목적은 목욕탕업 및 임대가 아니라 매매하기위함이라고 인정되므로, 처분청이 을부동산의 양도에 대하여 사업의 양도로 인정하지 아니한 처분은 잘못이 없다. 또한 을부동산은 매매가 이루어질 때까지 일시적으로 임대등에 공하고 있었을 뿐 그 실지는 부동산매매업의 재고자산에 불과하므로 을부동산의 양도에 관하여 과세특례세율을 적용해야 한다는 청구주장도 이유없는 것으로 판단된다. 다음으로 을부동산의 매매차익OO의 적법성여부를 보면, 처분청은 다툼이 없는 을부동산의 양도가액 545,000,000원을 기준으로 을부동산중 건물의 실지거래가액을 지방세법에 의한 과세시가표준액에 따라 안분하여 273,838,305원(부가가치세 포함 가액)을 산출하는 한편, 건물의 취득가액은 불분명하다 하여 소득표준율에 의해 206,200,244원으로 OO하고, 토지의 양도가액은 안분한 금액 225,947,681원으로 하고 그 취득가액은 거래상대방이 확인해 준 17,493,000원으로 하여 을부동산의 매매차익을 OO했음을 알 수 있다. 처분청이 당초 조사한 바에 의하여 청구인이 을부동산중 토지를 150,000,000원에 취득한 것으로 조사되어 있고, 그 후 거래상대방이 진술한 취득가액 17,493,000원은 국세청기준시가(37,701,142원) 및 검인계약서상 기재금액(17,550,000원)과 비교해 볼 때, 청구인이 실지로 취득한 가액으로 보기 어렵고, 더구나 처분청이 을부동산의 양도가액 545,000,000원을 기준으로 토지 및 건물가액을 과세시가표준액에 따라 안분후 그 취득가액을 OO함에 있어 토지는 실가로, 건물은 소득표준율에 의한 추계방식으로 하여 각각 매매차익을 OO한 것은 단일의 과세목적물에 실지조사와 추계조사를 혼합하여 과세표준액을 정한 것으로 이는 처분청이 매매차익OO에 관한 관계법리를 오해한 것으로 보인다(대법원 89누5508, 90.1.23 및 국세청 소득 22601-2058, 91.11.1 같은 뜻임). 따라서 이 건의 경우 소득세법시행령 제142조 제1항 및 제2항의 규정에 의하여 을부동산의 매매가액은 실지확인된 양도가액 545,000,000원에서 건물분 부가가치세를 공제한 금액으로 하고 그 매매차익은 위 매매가액에 소득표준율을 곱하여 OO한 금액으로 추계결정하는 것이 합리적인 것으로 판단된다. 이 건 심판청구는 청구주장이 일부 이유있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호, 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.