이유
1. 처분개요 청구법인은 65.12.31 설립되어 경기도 고양시 소재 공장에서 “콘크리트 조립 구조 및 철강보강제품”을 생산하여 왔으나 공장 소재 시청인 고양시청으로부터 공장이전 명령을 받자 90.4.25～90.9.13 기간에 경기도 용인군 원삼면 OO리 O OO외 25O지(이하 “쟁점토지”라 한다)를 취득하여 공장을 신축하려고 하였으나, 공장신축을 위한 제반절차(수도권 정비 실무위원회 심의 및 용도지역 변경)를 경유하는 데 시간이 걸려 91.9.13까지 건물착공을 하지 못한 사실이 있다. 처분청은 청구법인이 쟁점토지 취득 후 법인세법 시행규칙 제18조 제3항 제1호에서 규정한 일정한 기간(1년)이 경과할 때까지 건축물을 착공하지 아니하였다하여 취득시점부터 비업무용부동산으로 판정하여 90사업년도(1.1～12.31)지급이자 123,490,453원을 손금불산입하여 산출세액 37,047,166원을 91사업년도의 추가납부세액으로 하고, 91사업년도의 지급이자 231,899,304원을 손금불산입하여 93.4.16에 청구인에게 91사업년도분 법인세 100,032,040원을 과세하였다. 청구법인은 이에 불복하여 93.6.14 이의신청, 93.7.23 심사청구를 거쳐 93.11.12에 심판청구를 하였다. 2. 청구인 주장 및 국세청장 의견 가. 청구인 주장 쟁점토지는 전시한 고양시 소재 능곡공장이 관할 지방자치단체의 이전명령으로 공장신축을 목적으로 취득하였으나, 쟁점토지에 공장을 신축하기 위해서는 수도권정비계획법 시행령 제2조 제2항 라목에 의하여 심의를 거쳐 승인을 받아 용도지역변경(자연권보전지역에서 개발촉진지역내 공업용지구)이 이루어져야 건축허가가 가능하므로 제반절차를 밟는 데 시간이 걸린 기간은 유예기간에서 제외되어야 마땅하므로 쟁점토지를 비업부용부동산으로 판정하여 지급이자를 손금불산입한 처분은 부당하다고 주장한다. 나. 국세청장 의견 청구법인이 공장신축을 하기 위한 준비작업에 걸린 기간은 법령의 규정에 의한 취득후의 유예기간에 영향을 주지 않는다 할 것이고, 쟁점토지 취득 후 1년이 경과한 91.9.13까지 건축착공 신고를 하지 아니한 쟁점토지를 비업무용부동산으로 판정하여 지급이자를 손금불산입하고 전시한 법인세를 과세한 처분은 정당하다. 3. 심리 및 판단 가. 쟁점 청구법인이 취득한 쟁점토지를 비업무용부동산으로 판정하고 지급이자를 손금불산입하여 과세한 처분의 당부를 다투는 데 있다. 나. 관련법령 (1) 법인세법 제18조의 3 제1항에서 「다음 각호의 1에 해당하는 자산을 취득하거나 보유하고 있는 내국법인에 대하여는 각 사업년도에 지급한 차입금의 이자 중 대통령령이 정하는 바에 의하여 계산한 금액(차입금중 당해 자산가액에 상당하는 금액의 이자를 한도로 한다)은 각 사업년도의 소득금액계산상 이를 손금에 산입하지 아니한다.(90.12.31개정)」고 규정하면서 제1호에서 “당해 법인의 업무와 직접 관련이 없거나 부동산의 이용실태등으로 보아 지가상승으로 인한 이익을 취득하기 위하여 보유하는 것이라고 인정되는 부동산으로서 대통령령이 정하는 것”을 규정하고 있다. (2) 같은 법 시행령 제43조의 2 제1항에서 「법 제18조의 3 제1항 제1호에서 “대통령령이 정하는 것”이라 함은 다음 각 호의 1에 해당하는 부동산(이하 “비업무용부동산 등”이라 한다)을 말한다.(90.12.31개정)」고 규정하면, 제1호에서 “부동산 취득후 일정한 기간이 경과한 때가지 법인의 업무에 직접 사용하지 아니하는 부동산”을 규정하고 있다. (3) 같은 법 시행규칙 제18조 제3항에서 「영 제43조의 2 제1항 및 동조 제3항에서 “비업무용부동산등”이라 함은 다음 각 호의 1에 해당하는 부동산을 말한다.(91.2.28개정)」고 규정하면서, 제1호에서 “부동산을 취득한 후 6월( 지방세법 시행령 제84조의 4 제1항에 규정된 공장용부지의 경우에는 2년, 기타 건축물 또는 시설물이 없는 토지의 경우에는 1년)이 경과된 부동산으로서 당해법인의 업무에 직접 사용하지 아니하는 부동산”(90.4.4개정)을 규정하고 있고 제4항에서 “제3항의 규정에 불구하고 비업무용부동산으로 보지 아니 하는 경우”를 규정하고 있다. 또한 동조 제6항에서 「제3항 제1호 및 제12호의 규정을 적용함에 있어서 토지를 취득하여 업무용으로 사용하기 위하여 건설에 착공한 때(착공일이 불분명한 경우에는 착공신고서 제출일을 기준으로 한다)에는 당해 토지(제3항 각 호의 규정에 의한 일정면적을 초과하는 토지를 제외한다)를 업무에 직접 사용한 것으로 본다. 이 경우 정당한 사유없이 건설을 중단한 경우에는 중단한 기간동안에는 비업무용부동산으로 본다.(90.4.4개정)」고 규정하고 있고, 동조 제7항에서는 「제3항 제1호 및 제12호 단서의 규정에 의한 기한내에 당해부동산을 업무에 직접 사용하지 아니한 경우에는 당해 부동산을 취득한 날부터 비업무용부동산으로 본다. 이 경우 제3항 제1호 및 제12호 단서의 규정에 의한 기한이 경과된 날이 속하는 사업년도 이전 사업년도의 지급이자 및 令 제30조 1호의 규정에 의한 유지·관리비를 산입하지 아니 하는 때에는 다음 각 호의 방법에 의하여 계산하여 증가하는 세액 중 하나를 선택하여 동 세액을 제3항 제1호 및 제12호 단서의 규정에 의한 기한이 경과된 날이 속하는 사업년도의 법인세에 가산하여 납부한다.(90.4.4 신설)」라고 규정하고 있다. (4) 한편, 지방세법 제84조의 4 제1항에서 법인의 비업무용토지를 “법인이 토지를 취득한 날로부터 1년(내무부장관이 상공부장관과 협의하여 정하는 공장용부지는 2년)이내에 정당한 사유없이 그 법인의 고유업무에 직접 사용하지 아니하는 토지”로 규정하고 있다. 다. 쟁점토지를 비업무용부동산으로 볼 수 있는가 여부 (1) 쟁점토지가 관할 지방자치단체에 의한 공장이전 명령으로 새로운 공장을 신축할 목적으로 취득했으며, 지방세법 제84조의 4 제1항에서 규정한 공장용부지에 속하지 아니 한다는 점에 대해서는 처분청과 청구법인은 다툼이 없다. 다만, 청구법인은 쟁점토지를 취득한 후 현실적으로 공장을 신축하는 데는 제반절차를 밟아야 하며, 제반절차(수도권정비실무위원회 심의 및 용도지역변경등)를 경유하는 데 걸리는 기간이 법인세법 시행령 제18조 제3항 제1호에서 규정하고 있는 “1년”으로는 불가능하므로 경유기간을 감안하여야 한다고 주장하고 있어 이를 살펴본다.

89. 4. 3

90. 4.25

～ 9.13

고양시로부터 공장이전 명령을 받음

쟁점토지 취득(지목: 임야, 전·답)

(2) 청구법인이 쟁점토지를 취득한 후 공사를 추진한 내용을 살펴보면,

90. 6.27

90.11. 3

91. 9.13

91.10.14

92. 1. 3

92.12.31

건설부장관에게 공장건설에 대한 지원요청(용도지역변경)

수도권정비 실무위원회 심의안건제출(청구법인→경기도지사)

경기도고시 제351호로 경지·산림보전지역에서 개발촉진지역

으로 고시하고 동일자로 관보게재

개발행위 착공신고

건축허가(신축)

건물준공

(3) 쟁점토지는 청구법인이 취득할 당시 경기지역·산림보전지역내 전·답 및 임야로서 취득시 이미 콘크리트 공장설치를 할 수 없는 제한이 있었으며, 공장을 설치하기 위해서는 수도권정비계획법에 의한 심의를 거쳐 승인이 날 경우 국토이용관리법에 의한 용도지역변경(개발촉진지역내의 시설용지지구로)이 되어야만 건축허가가 가능한 토지였음이 관련자료에 의해서 확인된다. (4) 쟁점토지는 법인세법 시행규칙 제18조 제4항에서 규정하고 있는 “제3항의 규정에 불구하고 비업무용부동산으로 보지 아니 하는 경우”의 어디에도 해당하지 아니하므로, 동 시행규칙 제18조 제3항 제1호 및 같은 조 제6항에 의하여 “쟁점토지 취득 후 1년 내에 업무용으로 사용하기 위한 건설에 착공”하여야 하며, 그러하지 아니한 경우에는 같은 조 제7항에 의하여 “당해부동산을 취득한 날부터 비업무용부동산으로 보도록”되어 있는 바, 쟁점토지 취득 후 1년이 되는 91.9.13까지 공장신축을 위한 실제적인 착공이라고 볼 수 있는 행위가 없이 91.10.14에 착공신고를 하였음이 관련자료에 의해 확인되므로 청구인이 쟁점토지 취득 후 공장신축을 위한 심의 등 제반절차를 경유하는 데 시간이 걸려 유예기간을 불가피하게 경과했으므로 이를 감안해야 한다는 주장은 이유없다고 판단된다(국심 92서 2555, 92.10.20 같은 뜻임) 라. 따라서 처분청이 이 건 쟁점토지를 관련법령에 따라 취득당시부터 비업무용부동산으로 판정하고 지급이자를 손금불산입한 처분은 정당하다고 판단된다. 이 건 심판청구는 청구주장이 이유없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.