이유
1. 원처분의 개요 청구법인은 주택건설등록업체로서 충북 중원군 상모면 OO리 OOO 및 OOOO에 국민주택규모이하의 연립주택 형태의 건축물(이하 “이 건 건축물”이라 함)을 신축·분양하였다. 처분청은 동 건축물을 국민주택이 아닌 것으로 보아, 청구법인이 국민주택규모 이하의 주택을 건설하기로 하고 동 지번 토지를 매입할 당시에 양도소득세 면제신청을 하여 면제받은 바 있는 세액 7,872,010원을 91.8.16 자로 추정하고, 동일자로 90.1기 부가가치세 13,992,860원과 90.2기 부가가치세 15,178,420원을 부과고지하였다. 또한 이 건 건축물을 주택이 아닌 것으로 보아 91.8.16 자로 특별부가세분 법인세 18,340,620원 및 동 방위세 3,144,100원을 부과고지하였다. 청구법인은 이에 불복하여 전심절차를 거쳐 92.1.7 자로 이 건 심판청구를 제기하였다. 2. 청구주장 및 국세청장 의견 조세감면규제법 기본통칙 2-16-5...62의 규정에서 국민주택의 범위에 상시거주용이 아닌 임시주거용주택을 제외하고 있는 바, 처분청에서는 이 규정을 적용하여 이 건 건축물을 국민주택으로 보지 않으나, 청구법인은 이 건 건축물을 일반주거지역에 상시주거용 연립주택으로 허가 및 준공검사를 받아 신축한 것이며 콘도등으로 허가를 받아 신축한 것이 아니며, 이 건 건축물 매입자들이 매입이후에 상시주거용에 사용하지 않고 주말주택등 임시주거용으로 사용한다 하여 국민주택이 아닌 것으로 보아 당초 면제한 양도소득세를 추징하고 부가가치세를 부과하는 것은 주택건설사업자의 책임이 없는 부분에 대하여도 당해 주택건설 사업자가 불이익을 받게되는 결과를 초래하므로 이 부분 과세처분은 부당하고, 법인세법에서는 주택을 신축·판매하는 경우에 일정범위내의 토지와 건축물을 특별부가세 과세대상에서 제외하고 있는 바, 이 규정에서 신축주택으로만 규정하고 있을 뿐 상시주거용주택만 특별부가세 과세대상에서 제외한다는 규정이 없으므로 특별부가세 과세처분도 부당하다고 청구법인은 주장한다. 이에 대하여 국세청장은 ① 이 건 건축물이 OOO OO지역내에 위치하고 있는 바, 동 지역에는 상인과 현지농민 소수인이 상시 거주하고 있어 지역주민을 상대로 상시거주용 주택을 신축하였다는 것은 현실적으로 타당하지 않고, ② 분양자의 주소를 보면, 대부분 서울 거주자로 확인되고 있을 뿐 아니라 ③ 분양사무실도 서울시 OO동에 있어 주말주택으로 분양하고 있음이 분양사무실 현장사진에서 확인되고 있고, ④ 이 건 건축물 현장에 비치된 차량출입일지를 보더라도 주말에만 이용되는 주말주택임이 확인되어 처분청의 당초처분은 정당하다는 의견이다. 3. 심리 및 판단 1) 당초 면제된 양도소득세의 추징과 부가가치세의 부과에 대하여 당시 조세감면규제법 제62조 제1항 및 제2항에 의하면, 내국인이 토지를 주택건설등록업자등 실수요자에게 국민주택의 건설용지로 양도하는 경우에는 양도소득세등을 면제하나, 당해 실수요자가 국민주택을 건설하지 아니한 경우에는 면제된 세액을 법인세 등에 가산하여 징수함을 규정하고 있다. 또한 동법 제74조 제1항 제1호는 국민주택의 공급에 대하여는 부가가치세를 면제함을 명시하고 있다. 국민주택을 세대당 주거전용면적이 85㎡이하인 상시주거용 주택으로 한정하고 별장·콘도미니엄·주말농장등 임시주거주택은 제외하도록 하여 각종 조세감면의 혜택을 상시주거용 주택에 한정시키고 서민의 주거생활안정과 관련이 적은 임시주거주택은 조세감면의 혜택에서 제외하는 것이 타당하다 할 것이다(조세감면규제법 기본통칙 2-16-5...62 동지) 청구법인은 연립주택 형태의 이 건 건축물 3개동 57세대를 신축하여 90사업년도중 20세대를 분양하였고, 세대당 주거전용면적은 85㎡이하인 것으로 나타나며, 청구법인은 이 건 건축물을 매입자들이 매입이후 상시주거용에 사용하지 아니하고 주말주택으로 사용하여 주택건설사업자의 책임이 아니라고 주장한다. 그러나 처분청의 조사에 의하면, ① 이 건 건축물은 OOOOO지역내에 위치하고 있으며, 동 지역에는 상인과 현지농민 소수인이 거주하고 있는 바, 동 건물은 농민에게는 부적합하고 현지 상가지역에 주택도 남아도는 상태이어서 현지주민을 상대로 분양할 의도이었다는 것은 현실적으로 타당하지 않고, ② 이 건 건축물의 분양사무실도 서울시 OO동에 위치하며 분양사무실 정면에 「OOOO 타운」으로 분양하고 있음을 나타내고 있고, 일자가 확인되지 아니하나 OO일보상 분양광고에도 주말주택으로 분양한다는 것을 명시하였으며, ③ 주택공급에 관한 규칙 제4조 제3항에 의하면 수도권지역의 거주자도 주거이전을 목적으로 부산이외 지역의 주택을 공급받을 수 있으나 이 경우 입주시 주민등록을 이전해야 하는 바, 현재까지 분양자 중에서 주민등록이 이 지역으로 이전된 사람은 1인뿐이며, 나머지는 모두 서울·경기지역의 거주자로 확인되고, ④ 이 건 건축물 현장에 비치된 차량출입일지에 의하여 확인된 바에 의하면, 주말에 차량의 출입이 급증하고 차량의 번호도 서울·경기지역의 번호인 것으로 나타난다. 따라서 청구법인이 세법상 각종 감면의 혜택을 부여하는 상시주거용 국민주택을 건축하여 분양하였다기 보다는 수도권 중산층을 대상으로 분양당시부터 임시주거용 주말주택으로 분양한 것으로 보이며, 면제된 양도소득세를 추징하고 부가가치세 면제를 배제한 처분청의 당초처분은 타당하다 할 것이다. 2) 특별부가세 부과에 대하여 법인세법 제59조의2 및 동법시행령 제124조의3 제5항에서는 주택의 신축·판매는 특별부가세 과세에서 제외함을 명시하고 있다. 주택을 정의함에 있어서 주택건설촉진법등 세법이외의 다른 법률에서 주택의 범위를 상시주거용 주택에 한정시키고 있지는 아니하다. 그러나 전시 1)에서 본 바와같은 이유로 세법상 1세대1주택에 대한 양도소득세 비과세라든가 법인의 주택신축판매에 대한 특별부가세 제외등의 혜택은 상시거주용주택에 한정시키고 국민의 주거생활안정과 관련이 적은 주말주택 혹은 별장등의 임시주거용 주택에 대하여는 비과세등의 혜택을 제외시키는 것이 타당한 것으로 판단된다. (동지: 국세청 예규 재산 01254-3975, 89.10.31, 법인 22601-30, 88. 1. 8.) 그러므로 이 건 건축물 양도에 따른 양도차익에 대하여 특별부가세분 법인세를 부과한 처분청의 당초처분은 정당하다 할 것이다. 따라서 이 건 심판청구는 청구주장이 이유없다고 인정되므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.