이유
1. 원처분의 요지 처분청은 청구인이 2002.12.7. 경상남도 ○○시 ○○동 421번지외 6필지상에 청구 ○○아파트 56,224.81㎡(이하 “이 사건 아파트”라고 한다.)를 신축취득한 후 취득세 등을 신고 납부하였으나, 그 후 세무조사결과 법인장부의 분양 선수금 계정상 보증사가 공사 타절로 기분양자에게 대위변제한 금액(환급금)과 분양 선수금(환급 이행금)사이에 발생한 차액을 건설자금에 충당한 금액의 이자로 보아 그 건설자금이자 757,498,312원(이하 “이 사건 건설자금이자”라고 한다)을 과세표준으로 지방세법 제112조 제1항 및 같은 법 제131조제1항 등의 세율을 적용하여 산출한 취득세 18,179,950원, 농어촌특별세 1,666,480원, 등록세 7,271,970원, 지방교육세 1,333,180원, 합계 28,451,580원(가산세 포함)을 2006.9.8. 부과고지하였다. 2. 청구의 취지 및 이유 청구인은, 지방세법 시행령 제82조 3제1항에서 취득세과세표준이 되는 취득가격에 건설자금이자는 2000.12.31. 개정 전에는 법인세법 제16조 제11호의 규정에 의한 건설자금이자로 되어 있는 것을 현행법령에서는 단지 건설자금이자로만 되어 있는 것에 미루어 기업회계기준 제7호에서 자본화할 수 있는 금융비용으로 자금의 차입과 관련하여 발생하는 이자비용과 이와 유사한 비용을 말하는 것이라고 할 수 있다고 하면서, 이 사건 건설자금이자는 이 사건 아파트 건설공사를 부도로 인하여 공사가 중단된 후 법정관리인가를 받아 공사를 재개함과 동시에 기분양자들과 분양계약을 해지함에 따라 기분양자들에게 선수 분양대금을 반환하는데 발생한 된 것으로서, 이는 청구인과 기분양자사이에의 쟁송결과 법원조정권고에 의하여 지급된 피해보상비적인 성격이 있으므로 분양과 관련된 비용이지 취득세 과세표준에 산입되는 자본화할 수 있는 금융비용이 아니라고 주장하고 있다. 3. 우리부의 판단 이 사건 심사청구의 다툼은 환불된 분양선수금 원금외 법원의 조정에 의하여 별도의 금액이 지급된 경우 취득세 과세표준에 해당되는지 여부에 있다 하겠다. 먼저 관계법령의 규정을 살펴보면, 지방세법 시행령 제82조의3 제1항에서 취득세의 과세표준이 되는 취득가격은 과세대상물건의 취득의 시기를 기준으로 그 이전에 당해 물건을 취득하기 위하여 거래상대방 또는 제3자에게 지급하였거나 지급하여야 할 일체의 비용[소개수수료, 설계비, 연체료, 할부이자 및 건설자금에 충당한 금액의 이자등 취득에 소요된 직접·간접비용(부가가치세를 제외한다)을 포함하되, 법인이 아닌 자가 취득하는 경우에는 연체료 및 할부이자를 제외한다]을 말한다고 하고 있고, 지방세법 시행령(2000.12.29. 대통령령 제1705호로 개정되기 전의 것) 제82조의3제1항에서 취득세의 과세표준이 되는 취득가격은 과세대상물건의 취득의 시기를 기준으로 그 이전에 당해 물건을 취득하기 위하여 거래상대방 또는 제3자에게 지급하였거나 지급하여야 할 일체의 비용[소개수수료, 설계비, 연체료, 할부이자 및 법인세법 제16조 제11호의 규정에 의한 건설자금에 충당한 금액의 이자등 취득에 소요된 직접·간접비용(부가가치세를 제외한다)을 포함하되, 법인이 아닌 자가 취득하는 경우에는 연체료 및 할부이자를 제외한다]을 말한다고 하고 있으며, 법인세법 제28조 제1항( 구법인세법 제16조 등)에서 그 제3호의 대통령령이 정하는 건설자금에 충당한 차입금의 이자는 내국법인의 각 사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 손금에 산입하지 아니한다고 하고, 같은 법시행령 제52조제1항에서 법 제28조제1항제3호에서 "대통령령이 정하는 건설자금에 충당한 차입금의 이자"라 함은 그 명목여하에 불구하고 사업용 고정자산의 매입·제작 또는 건설(이하 이 조에서 "건설 등"이라 한다)에 소요되는 차입금(고정자산의 건설 등에 소요된 지의 여부가 분명하지 아니한 차입금을 제외한다)에 대한 지급이자 또는 이와 유사한 성질의 지출금을 말한다고 규정하고 있다. 다음으로 청구인의 경우를 살펴보면, 1997.6월 청구인은 이 사건 아파트를 분양완료하였으나, 1997.12월 청구인은 IMF시 부도로 인하여 이 사건 아파트 건설공사를 중단하였고, 1997.7월 청구인은 관할법원으로부터 법정관리인가를 받았으며, 1999.11월 청구인은 이 사건 아파트 건설공사를 재개하였고, 2000.11.30. 청구인의 부도로 이 사건 아파트 건설공사가 타절되자 보증사인 대한주택보증(주)이 분양자들에게 반환할 선수 분양대금 166억원을 대위변제하였으며, 2002.5월 대한주택보증(주)에서 이 사건 아파트에 대하여 재분양하였고, 2002.12.7. 청구인은 이 사건 아파트를 지분 71.26%로 관련 조합과 공동으로 취득하였으며, 2006.9.8. 관할관청(경상남도)에서 이 사건 아파트에 대한 법인세무조사를 실시한 바, 관련 장부에서 공사금액은 1997년도에 2,600백만원 및 1998년도 2,042백만원 및 1999년도 618백만원 및 2000년도 3,741백만원 및 2001년도 6,764백만원 및 2002년도 24,322백만원으로 총 40,087,612,934원이 계상되었고, 그 중 비과세대상분(국민주택 규모이하 분)은 11,702,740,101원, 과세대상분은 28,384,872,833원으로 각각 확인되었으며, 세부항목별로 2002년도 분양선수금 계정(쟁점이 되는 계정과목)상 환급이행금과 환급금과의 차액 1,263,176,673원을 확인하였고, 추징과세 산출내역(757,498,312원)은 총공사비중 청구인에 해당하는 지분액(71.26%) 20,227,060,381원에서 기신고 과세표준액 19,469,562,069원을 차감한 것으로 확인한 사실을 제출된 관계 증빙자료를 통해 알 수 있다. 이에 대하여 청구인은 이 사건 건설자금이자는 이 사건 아파트 건설공사를 부도로 인하여 타절되자 기분양자들과 분양계약을 해지함에 따라 기분양자들에게 선수 분양대금을 반환하는데 발생한 된 것으로서 피해 보상비적인 성격이 있으므로 건설자금이자가 아니라고 주장하여 이를 보면, 지방세법 제111조 제5항제3호, 같은 법시행령 제82조의2제1항제2호 규정에 의하면, 법인이 작성한 원장·보조장·출납전표·결산서와 같은 법인장부에 의하여 과세대상 물건에 대한 사실상의 취득가격이 입증되는 경우에는 취득자의 신고와 관계없이 그 사실상의 취득가격을 취득세 과세표준으로 정하도록 규정하고 있고, 한편, 사실상의 취득가격의 범위에 관하여 규정하고 있는 지방세법시행령 제82조의3 제1항에서 취득가격은 과세대상 물건의 취득의 시기를 기준으로 그 이전에 당해 물건을 취득하기 위하여 거래상대방 또는 제3자에게 지급하였거나 지급하여야 할 일체의 비용을 말한다고 규정하고 있는 데, 여기서 말하는 '취득가격'에는 과세대상 물건의 취득 시기 이전에 지급원인이 발생 또는 확정된 것으로서 당해 물건 자체의 가격은 물론 그 이외에 실제로 당해 물건 자체의 가격으로 지급되었다고 볼 수 있거나 그에 준하는 취득절차비용도 간접비용으로서 이에 포함된다 할 것이나, 다만 그것이 과세대상 물건이 아닌 다른 물건이나 권리에 관하여 지급된 것이라면 이는 '취득가격'에 포함되지 아니한다 할 것(대법원 1996.1.26. 선고 95누4155 판결 참조)이고, 이런 취지에서 통상적으로 건축물신축공사에 있어서 공사원가(취득가액)로 산정하는 비용은 사업타당성 검토비용 및 법령상 이행하여야 할 환경·교통평가 등의 용역비·설계비 및 지상 토지상 지장물 등과 관련된 철거비이주비 등 보상비 등과 같이 공사시행 전에 이루어진 직·간접적인 부대비용과 시공과 관련하여 소요되는 제비용 및 기타 분양수수료 등이 공사와 관련하여 발생한 직·간접적인 비용일체라고 할 수 있는 바, 청구인의 경우, 구체적으로 사실관계를 입증할 만한 자료가 보이지 아니하여 처분청에서 2006.9월 세무조사한 내역에 따르면, 2002.12월 청구인은 이 사건 아파트를 지분 71.26%로 관련 조합과 공동으로 취득하면서 공사금액을 19,469,562,069원하여 관련 세액을 신고납부하였으며, 1997년도에서 2002년도까지 총 소요된 공사금액은 40,087백만원으로, 이중 비과세 대상분은 11,703백만원으로, 과세대상분은 28,385백만원으로 각각 확인되고 있어서 청구인 지분 공사금액은 20,227,060,381원(과세대상분의 71.26%)으로 되어 있고, 2002년도 분양선수금 계정상 환급이행금과 환급금과의 차액 1,263,176,673원이 확인되고 있는 것을 볼 때, 이 사건 건설자금이자는 청구인의 법인장부상 이 사건 아파트 공사와 관련되어 기장되어 있으므로 그 시공기간중 당해 공사에 소요된 제비용에 포함된다고 하겠고, 한편, 이 사건 건설자금이자가 분양자의 피해 보상금조로 지급된 것이므로 이는 이 사건 아파트 건설공사를 하다가 부도가 난 후 위 분양대금을 이자와 함께 반환한 것이므로 이는 이 사건 아파트 건설자금이자로 보는 것이 합리적이라고 할 것이며, 설령, 이 사건 건설자금이자는 보상금으로 본다하더라도 이러한 보상금은 이 사건 아파트 건설공사와 관련없이 발생한 비용으로 보기는, 교회건물 이주보상금 및 주민이주비 등 보상금은 이 사건 제1,2토지를 취득함에 있어서 회계처리상 건설가계정 등 자산계정으로 하지 않고 영업권 등 비용계정으로 하였다하더라도 매매대금에 내재된 금액이 아니라고 하기에는 합리성이 없다고 할 것(지방세심사청구결정 제2006-405호, 2006.9.25. 및 제2005-227호, 2005.7.25. 등)에 비추어, 청구인의 주장은 합리성이 없다 할 것이어서 처분청에서 이 사건 등록세를 부과한 처분은 잘못이 없다고 하겠다. 따라서 청구인의 주장은 이유가 없다고 인정되므로 지방세법 제77조 제1항의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.