이유
1. 원처분 개요 청구인과 청구외 3인(OOO, OOO, OOO)은 전라북도 군산시 OO동 OOOOO 답 1,478㎡, 동소 OOOOO 답 1,937㎡, 동소 OOOOO 답 1,246㎡ 합계 3필지 4,661㎡(환지권리면적 2,626.9㎡, 이하 “쟁점토지”라 하고 이중 청구인 지분은 3/10임)를 1984.1.25 상속받아 1991.12.31 청구외 한국전기통신공사 전북사업본부에 공공사업용 [동(東) 군산전화국 건설용] 토지로 양도하였으며, 쟁점토지를 매수한 공공사업의 시행자인 청구외 한국전기통신공사 전북사업본부는 조세감면규제법 제57조 제1항 제1호 및 동법시행령 제47조 제2항에 의하여 청구인의 쟁점토지 양도소득에 대한 양도소득세 감면신청서(감면신청세액 16,368,816원)를 1992.1.8 처분청에 제출하였다. 청구인은 쟁점토지의 양도에 대한 자산양도차익예정신고납부를 함에 있어 기준시가를 적용하여 계산한 양도소득세 산출세액 32,737,633원에서 예정신고납부세액공제 1,636,881원과 50%에 상당하는 감면세액 16,368,816원을 공제한 나머지 잔액 14,731,930원을 1992.1.31(10,031,930원) 및 1992.2.28(분납세액 4,700,000원) 자진납부 하였다. 처분청은 청구인의 쟁점토지 양도에 대하여 당초에는 청구인의 신고내용대로 50% 감면처리 하여 양도소득세를 결정하였으나, 쟁점토지를 매수한 청구외 한국전기통신공사가 조세감면규제법 제57조 제1항 제1호의 규정에 의한 공공사업시행자에 해당되지 아니하고 또 건설부장관의 사업인정을 받지 아니한 것으로 보아 동법 제57조 제1항 제1호의 감면적용을 배제하고 양도소득과세표준과 세액을 경정하여 1994.1.3 청구인에게 청구인의 지분에 대한 1991년도 귀속분 양도소득세 18,005,690원을 추징 고지하였다. 청구인은 이에 불복, 1994.2.24 이의신청을 하여 1994.3.21 그 결정서를 받고 다시 1994.5.20 심사청구를 하여 1994.6.28 심사결정서를 받은후 1994.8.23 심판청구를 하였다. 2. 청구주장 및 국세청장 의견 가. 청구주장 (1) 처분청은 청구외 한국전기통신공사를 조세감면규제법 제57조 제1항 제1호의 공공사업시행자로 보지 아니하였으나 공공용지의 취득 및 손실보상에 관한 특례법 제2조 제2호 및 제3호의 규정과 토지수용법 제3조 제2호의 규정을 문리해석할때 청구외 한국전기통신공사가 공공사업시행자에 해당됨이 분명하다 하겠고 이는 국세청장도 심사결정에서 분명히 인정하고 있는 바이므로 처분청이 이를 공공사업시행자에 해당되지 아니하는 것으로 보았음은 사실판단을 그르쳤거나 관련 법규정의 해석을 오해 한 것으로서 부당하다 하겠으며, 또 처분청과 국세청장은 청구외 한국전기통신공사가 공공사업시행자에 해당된다 하더라도 토지수용법 제14조 의 규정에 의하여 건설부장관으로부터 사업인정을 받지 아니 하였으므로 조세감면규제법 제57조 제1항 제1호의 감면대상이 아니라고 하였으나 청구인이 청구외 한국전기통신공사에 질의하고 건설부장관 및 한국전기통신공사에 재질의하여 회신받은 각 내용과 국세청 예규(재산01254-2835, 1986.9.16)의 종합적인 결론에 의하면 공공사업용토지로 공공사업시행자에게 양도한 토지이기만 하면 건설부장관의 사업인정을 받았는지 여부에 관계없이 조세감면규제법 제57조 제1항 제1호의 감면적용대상이라 할 것이고, 또 실질적으로도 사업인정을 받은 토지이므로 조세감면규제법 제57조 의 감면을 배제한 처분은 부당하다. (2) 또한 1991.12.31 양도한 쟁점토지는 소득세법 부칙(1991.12.27 법률 제4451호) 제19조 제2항에서 정한 “제57조 제1항 각호의 1에 해당하는 소득중 1992.12.31 이전에 토지수용법, 기타법률에 의하여 사업인정고시된 사업지역안에 있는 토지의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대하여는 제57조 제1항 및 제66조의3의 개정규정에 불구하고 양도소득세 또는 특별부가세를 면제한다”는 규정에 해당되는 바, 자산양도차익예정신고납부시 기납부한 세액 14,731,936원에 대하여도 감면을 적용하여 환급함이 타당하다. 나. 국세청장 의견 조세감면규제법 제57조 제1항 제1호에서 “공공용지의 취득 및 손실보상에 관한 특례법이 적용되는 공공사업에 필요한 토지 등을 당해 공공사업의 시행자에게 양도함으로써 발생하는 소득”에 대하여는 양도소득세의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면토록 규정하고 있고, 공공용지의 취득 및 손실보상에 관한 특례법 제2조의 2 에서는 공공사업의 범위를 토지수용법 제3조 의 규정에 의하여 토지 등을 수용 또는 사용할 수 있는 사업을 말하는 것으로 규정하고 있으며, 토지수용법 제3조 제2호에서는 “법률 또는 법률의 위임에 의하여 발하는 명령에 의하여 시설하는 철도 ...... 전기, 통신에 관한 사업”으로 규정되어 있으므로 처분청에서 쟁점토지의 양수자인 청구외 한국전기통신공사 전북사업본부를 공공사업시행자로 보지 아니한 것은 타당하지 아니하다고 할 것이다. 그러나 공공사업시행자라고 하더라도 토지수용법 제14조 의 규정에 “기업자가 토지를 수용 또는 사용하고자 할 때에는 대통령령이 정하는 바에 의하여 건설부장관의 사업인정을 받아야 한다.”라고 규정하고 있으므로 조세감면규제법 제57조 제1항 제1호의 규정에 의하여 감면을 받고자 하는 경우 기업자인 청구외 한국전기통신공사 전북사업본부는 쟁점토지를 사용하기 전 법 소정의 절차에 따라 건설부장관의 사업인정 고시를 받았어야 함에도 동 사업인정고시를 받은 사실이 없다. 따라서 청구인이 양도한 쟁점토지는 조세감면요건을 결하고 있는 것으로 보아야 할 것이며 이러한 감면요건을 결하고 있는 토지의 양도에 대하여 청구인이 감면을 적용하여 신고한 것은 잘못이므로 처분청이 동 감면을 배제하여 경정함으로써 본건 추징고지한 처분은 잘못이 없다. 3. 심리 및 판단 이 사건의 다툼은 청구(1) : 쟁점토지의 양도소득이 조세감면규제법 제57조 제1항 제1호의 규정에 의한 양도소득세 감면대상인지 여부와 청구(2) : (감면대상인 경우) 적법한 감면세액은 얼마인지(50% 감면대상인지, 100% 감면대상인지)에 있다 하겠다. 가. 청구(1)에 대하여 본다. 먼저 관련 법규정을 보면 1) 조세감면규제법 제57조 (공공사업용 토지 등에 대한 양도소득세등 감면) 제1항(1990.12.31 개정) 및 제4항에서 「① 다음 각호의 1에 해당하는 토지 또는 건물(이하 “토지 등”이라 한다)의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대하여는 양도소득 또는 특별부가세의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면한다. 다만, 제2호에 해당하거나 대통령령이 정하는 대규모의 택지개발사업 또는 댐 건설사업등(이하 “대규모개발사업”이라 한다)에 필요한 토지 등으로서 당해 토지등이 속한 지구에 대한 사업인정고시일(대규모개발사업의 경우에는 양도일)부터 소급하여 5년 이전에 취득한 것의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세 또는 특별부가세의 100분의 70에 상당하는 세액을 감면한다. 1. 공공용지의 취득 및 손실보상에 관한 특례법이 적용되는 공공사업에 필요한 토지 등을 당해 공공사업의 시행자에게 양도함으로써 발생하는 소득 2. 토지수용법 기타 법률에 의한 수용으로 인하여 발생하는 소득 ④ 제1항 제1호의 규정은 대통령령이 정하는 바에 의하여 당해 공공사업의 시행자가 감면신청을 하는 경우에 한하여 이를 적용한다.」고 규정하고 있고, 동법 부칙(1990.12.31, 법률 제4285호) 제14조(양도소득세등의 면제에 관한 적용례)에서 「제57조 제1항 제2호에 해당하거나 대규모개발사업에 필요한 토지 등을 1991.12.31 이전에 양도하는 경우에는 제57조 제1항 및 제60조 제1항의 개정규정과 제66조의 3의 개정규정에 불구하고 양도소득세 또는 특별부가세를 면제한다.」고 규정하고 있으며, 2) 공공용지의 취득 및 손실보상에 관한 특례법 제2조 제2호ㆍ제3호 및 제3조에서 「제2조 (용어의 정의) 이 법에서 사용하는 용어의 정의는 다음과 같다. 2. “공공사업”이라 함은 토지수용법 제3조 의 규정에 의하여 토지 등을 수용 또는 사용 할 수 있는 사업(토지구획정리사업ㆍ재개발사업 및 농지개량사업을 포함한다)을 말한다. 3. “사업시행자”라 함은 공공사업을 수행하는 자(그 위임에 의하여 토지 등의 취득 또는 사용에 관한 업무를 행하는 자를 포함한다)를 말한다. 제3조 (손실보상의 원칙) : ① 공공사업을 위한 토지 등의 취득 또는 사용으로 인하여 토지 등의 소유자가 입은 손실은 사업시행자가 이를 보상하여야 한다. 다만, 사업시행자가 국가ㆍ지방자치단체ㆍ한국토지개발공사 기타 대통령령이 정하는 정부투자기관 및 공공단체인 경우로서 토지 등의 소유자가 원하는 때에는 당해 사업시행 자가 발행하는 채권으로 지급할 수 있다.」고 규정하고 있고, 동법시행령 제2조 제1항 제18호에서 「제2조 (채권을 발행할 수 있는 사업시행자) : ① 법 제3조 제2항 단서에서 “대통령령이 정하는 정부투자기관 및 공공단체”라 함은 다음 각호의 기관 및 단체를 말한다. 8. 한국전기통신공사법에 의한 한국전기통신공사」로 규정하고 있으며, 3) 토지수용법 제3조 (공익사업) 제2호에서 「토지를 수용 또는 사용할 수 있는 사업은 다음 각호의 1에 해당하는 사업이어야 한다. 2. 법률 또는 법률의 위임에 의하여 발하는 명령에 의하여 시설하는 철도, 궤도, 도로, ......, 전기통신, 방송, 가스, 측후, 항공 및 항로표지에 관한 사업」으로 규정하고 있다. 다음으로 사실관계를 보면, 1) 쟁점토지는 청구인이 청구외 한국전기통신공사에 양도하여 한국전기통신공사의 동(東)군산전화국 건설용지로 사용되었음이 관계기록에 의하여 확인되며, 2) 쟁점토지의 양도시기가 1991.12.31인 사실과 청구외 한국통신공사가 조세감면규제법 제57조 제4항과 동법시행령 제47조 제2항에 의하여 처분청에 세액 감면신청서를 제출한 사실에 있어서는 처분청과 청구인간에 다툼이 없다. 살피건대, 처분청은 쟁점토지의 양도에 대하여, 그 매수인인 청구외 한국통신공사가 공공사업시행자에 해당되지 아니하고, 또 건설부장관의 사업인정고시를 받지 아니하였으므로, 조세감면규제법 제57조 제1항 제1호의 감면대상이 아니라고 주장하나 1) 조세감면규제법 제57조 제1항 제1호와 공공용지의 취득 및 손실보상에 관한 특례법 제2조 제2호ㆍ제3호, 제3조 및 동 특례법시행령 제2조 제1항 제8호에 의하면 청구외 한국전기통신공사는 공공사업시행자로 규정되어 있고, 한편 쟁점토지를 매수한 청구외 한국전기통신공사는 동 토지에 공공용지의 취득 및 손실보상에 관한 특례법 제2조 제2호에서 정한 공공사업인 동군산전화국을 건설하였음이 확인되며, 2) 토지수용법 제14조 에서 「기업자가 토지를 수용 또는 사용하고자 할 때에는 대통령령이 정하는 바에 의하여 건설부장관의 사업인정을 받아야 한다.」고 규정하고 있는 바, 사업인정은 기업자가 토지를 수용 또는 사용하고자 할 때 대통령령이 정하는 바에 의하여 건설부장관의 사업인정을 받아야 하는 것으로서 수용에 있어서는 반드시 거쳐야 하는 절차이지만, 쟁점토지의 양도는 토지수용법의 적용을 받은 것이 아니라 공공용지의 취득 및 손실보상에 관한 특례법의 적용을 받아 양도한 것이므로 기본적으로 토지수용법의 적용대상이 아니고, 한편 동 특례법 제2조 제2호에서 “공공사업”을 토지수용법 제3조 의 규정에 의하여 토지등을 수용 또는 사용할 수 있는 사업으로 규정한 것은 토지수용법 제3조 (공익사업)에서 규정하고 있는 사업의종류(범위)를 지칭한 것이지 토지수용법의 다른 조항에서 규정하고 있는 토지수용의 제반절차까지를 포함한 것은 아니므로 공공용지의 취득 및 손실보상에 관한 특례법이 적용되는 공공사업시행자에게 쟁점토지를 양도한 것이 확인된 이상, 토지수용법 제14조 의 규정에 의거 건설부장관으로부터 사업인정을 받았는지 여부에 따라 쟁점토지에 대한 조세감면규제법 제57조 제1항 제1호의 적용 여부가 달라지는 것은 아니라 할 것이다. 따라서 이상의 내용을 종합해 볼 때 쟁점토지의 양도소득은 공공용지의 취득 및 손실보상에 관한 특례법이 적용되는 공공사업에 필요한 토지를 당해 공공사업의 시행자에게 양도함으로써 발생하는 소득으로서 조세감면규제법 제57조 제1항 제1호의 규정에 의한 양도소득세의 감면대상에 해당된다고 인정된다. 그렇다면 쟁점토지의 양도소득에 대하여 청구인이 조세감면규제법 제57조 제1항 제1호의 규정을 적용, 양도소득세의 50%에 상당하는 세액은 감면으로 신고하고 나머지 세액에 대하여만 자진신고납부한 것은 적법한 반면, 이와달리 동 감면을 배제하고 본건 추징고지한 처분은 부당한 것으로 판단된다. 나. 청구(2)에 대하여 본다. 청구인은 쟁점토지의 양도에 대하여 스스로 50%의 감면대상으로 신고납부하였던 사실에 불구하고 조세감면규제법 부칙(1991.12.27 법률 제4451호) 제19조 제2항의 규정을 이유로 당해 양도소득세가 전액(100%) 면제되어야 한다고 주장하는 바, 관련 법규정을 보면 1) 조세감면규제법 부칙(1991.12.27 법률 제4451호) 제1조ㆍ제2조ㆍ제12조ㆍ제19조 제2항에서 「제1조(시행일) : 이 법은 공포한 날부터 시행한다. 제2조(일반적적용례) : 이 법중 소득세 및 법인세에 관한 개정규정은 이법 시행후 최초로 개시하는 과세년도분부터 적용한다. 제19조(양도소득세등 감면에 관한 특례) : ② 제57조 제1항 각호의 1에 해당하는 토지 등을 1992.12.31까지 양도하는 경우에는 제57조 제1항 및 제66조의 3의 개정규정에 불구하고 양도소득세 또는 특별부가세를 면제한다.」고 규정하고 있고, 2) 조세감면규제법 부칙(1990.12.31 법률 제4285호) 제1조ㆍ제2조ㆍ제14조에서 「제1조(시행일) 이 법은 1991.1.1부터 시행한다. 제2조(일반적적용례) 이 법중 소득세 및 법인세에 관한 개정규정은 이법 시행후 최초로 개시하는 과세년도분부터 적용한다. 제14조(양도소득세 등의 면제에 관한 적용례) : 제57조 제1항 제2호에 해당하거나 대규모 개발사업에 필요한 토지 등을 1991.12.31 이전에 양도하는 경우에는 제57조 제1항 및 제60조 제1항의 개정규정과 제66조의 3의 개정규정에 불구하고 양도소득세 또는 특별부가세를 면제한다.」고 규정하고 있다. 살피건대, 조세감면규제법의 1991.12.27 부칙규정은 1992.1.1이후 양도하는 분부터 적용하게 되어 있으므로 양도일이 1991.12.31인 쟁점토지에 적용될 수 없고, 한편 쟁점토지의 양도당시(1991.12.31) 적용되던 조세감면규제법의 1990.12.31 부칙(1990.12.31 법률 제4285호) 제14조 (양도소득세등의 면제에 관한 적용례)에서 「제57조 제1항 제2호에 해당하거나 대규모개발사업에 필요한 토지등을 1991.12.31 이전에 양도하는 경우에는 제57조 제1항 및 제60조 제1항의 개정규정과 제66조의 3의 개정규정에 불구하고 양도소득세 또는 특별부가세를 면제한다」고 규정되어 있으나, 쟁점토지는 수용(제57조 제1항 제2호)되거나 대규모 개발사업( 조세감면규제법시행규칙 제18조 )에 관련된 경우가 아니므로 위 조세감면규제법의 1990.12.31 부칙 제14조의 특례규정 적용대상에도 해당되지 아니한다. 그렇다면 1991.12.31 양도한 쟁점토지의 양도소득은 앞의 청구(1)에 대한 심리에서 본 바와같이 1990.12.31 개정된 조세감면규제법 제57조 제1항 제1호에 의한 감면대상인 한편, 동법 부칙(1990.12.31 법률 제485호) 제14조 및 동법 부칙(1991.12.27 법률 제4551호) 제19조 제2항의 규정이 적용되지 아니하므로 당해 양도소득세의 100분의 50에 상당하는 세액만 감면대상인 바, 이와달리 전액(100%) 감면을 주장하며 기 자진신고납부한 세액부분에 대하여도 환급을 구하는 청구주장은 이유없는 것으로 판단된다. 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장(1)은 이유있고, 청구주장(2)는 이유없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호ㆍ제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.