이유
1. 처분개요 가. 처분청은 청구인이 2013.12.5. OOO을 2015.5.18. 청구인에게 부과·고지하였다. 나. 청구인은 이에 불복하여 2015.6.24. 이의신청을 거쳐 2015.11.25. 심판청구를 제기하였다. 2. 청구인 주장 및 처분청 의견 가. 청구인 주장 대법원 2011.1.27. 선고 OOO 판결에 의하면 주식발행법인 입장에서 취득세가 비과세 또는 감면되는 경우에 과점주주의 간주 취득세도 비과세 또는 감면하여야 한다고 판시하고 있는바, 이 건 법인이 소유한 취득세 과세대상물건 중 OOO제46조 규정에 따라 취득세 등의 면제대상이므로 청구인이 쟁점부동산을 간주 취득함에 따른 취득세 등도 감면되어야 한다. 나. 처분청 의견 청구인은 이 건 법인의 주식을 취득하여 과점주주가 되었으므로 이 건 법인이 소유한 부동산 등을 취득한 것으로 간주되어 취득세 납세의무가 성립하였고, 청구인이 쟁점부동산을 「지방세특례제한법」제46조 및 같은 법 시행령 제23조에 따른 기업부설연구소용에 직접 사용하기 위하여 취득한 것으로 볼 수 없어 위 조항의 감면요건을 충족한 것으로 볼 수 없다 할 것이므로 청구인이 쟁점부동산을 간주 취득함에 따른 취득세 등을 감면하여야 한다는 청구인의 주장을 받아들이기 어렵다. 3. 심리 및 판단 가. 쟁 점 이 건 법인이 쟁점부동산의 취득세를 감면받았으므로 청구인 의 과점주주 취득세도 감면되어야 한다는 청구주장의 당부 나. 관련 법령 : <별지> 기재 다. 사실관계 및 판단 (1) 청구인과 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 다음과 같은 사실이 나타난다. (가) 청구인은 2013.12.5. 이 건 법인의 발행주식 140,000주 중 72,800주(52%)를 취득하여 최초로 이 건 법인의 과점주주가 되었다. (나) 처분청은 청구인이 2013.12.5. 이 건 법인의 주식을 취득하여 최초로 과점주주가 되었으나, 과점주주 취득세 등을 신고·납부하지 아니한 것으로 보아 2015.5.18. 청구인에게 취득세 OOO을 부과·고지하였다. (다) 쟁점부동산의 등기사항전부증명서에는 쟁점부동산 중 토지의 소유권은 2007.12.30. 매매를 원인으로 2008.2.28. 이 건 법인의 명의로 이전등기되었고, 쟁점부동산 중 건물의 소유권은 1999.12.28. OOO명의로 이전등기되었으며, 2007.12.30. 매매를 원인으로 2008.2.28. 이 건 법인 명의로 이전등기된 것으로 기재되어 있다. (라) 이 건 법인은 2014.10.27. 쟁점부동산을 연구소 면적으로 하여 OOO에게 기업부설연구소 신고서를 제출하였다. (마) OOO을 소재지로 하여 기업부설연구소의 인정을 받은 것으로 나타나고, 2013.6.20. 유효기간을 2015.6.12.까지 연장한 것으로 나타난다. (2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구인은 이 건 법인이 쟁점부동산에 대한 취득세 등을 감면받았으므로 청구인의 과점주주 취득세 등도 감면되어야 한다고 주장하나, 「지방세법」제7조 제5항에서 법인의 주식 또는 지분을 취득함으로써 「지방세기본법」 제47조 제2호에 따른 과점주주가 되었을 때에는 그 과점주주가 해당 법인의 부동산등을 취득한 것으로 본다고 규정하고 있을 뿐, 해당 법인이 부동산 등의 취득세를 감면받은 경우 해당 법인의 주식을 취득하여 과점주주가 됨에 따른 과점주주 취득세도 감면한다고 규정하고 있지 아니하고, 해당 법인이 부동산 등을 취득함에 따른 취득세 납세의무와 해당 법인의 주식을 취득하여 과점주주가 됨에 따른 과점주주 취득세 납세의무는 각각 별개의 납세의무이므로 해당 법인이 부동산을 취득하여 취득세를 감면받았다 하더라도 해당 법인의 과점주주가 됨에 따른 취득세에 대한 별도의 감면규정이 없는 한 과점주주 취득세도 감면된다고 보기 어렵다 할 것인바, 청구인은 2013.12.5. 이 건 법인의 주식 52%를 취득하여 과점주주가 되었으므로 2013.12.5. 이 건 법인이 소유한 취득세 과세대상물건의 일부를 취득한 것으로 의제되어 과점주주 취득세 납세의무가 성립한 점, 청구인이 취득한 것으로 의제되는 쟁점부동산을 기업부설연구소용으로 직접 사용하는 것이 아니므로 청구인의 과점주주 취득세는 「지방세특례제한법」 제46조 에 따른 감면요건을 충족한 것으로 보기 어렵고, 「지방세특례제한법」 등 지방세 관련 법령에 청구인의 과점주주 취득세를 감면할 근거 조항이 없는 점, 청구인이 인용한 판례는 과점주주가 부동산 등을 간주취득함에 따른 과점주주 취득세도 「지방세법」 또는 기타 법령에서 정한 비과세 또는 감면요건을 충족하면 비과세 또는 감면된다는 취지의 것이므로 해당 법인이 부동산 등을 취득하여 취득세를 비과세 또는 감면받았다 하여 해당 법인의 과점주주가 됨에 따른 과점주주 취득세도 당연히 비과세 또는 감면된다고 판결한 것이 아닌 점(조심 2013지0929, 2014.1.6., 같은 뜻임) 등에 비추어, 청구인의 과점주주 취득세는 「지방세특례제한법」 등 지방세 관련 법령에 감면할 근거가 없어 감면대상이 아닌 것으로 보이므로 처분청이 청구인에게 이 건 과점주주 취득세 등을 과세한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다. 4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「지방세기본법」 제123조 제4항, 「국세기본법」 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.