이유
1. 원처분개요 청구인은 1988.9.22 강원도 춘천시 OO동 OOOOO 소재 유치원부지 500.1㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)를 OOOO공사로부터 분양받아 1991.4.1 이를 양도하였으며, 1992.6.1 양도소득세과세표준확정신고를 하였다. 처분청은 청구인이 신고한 실지거래가액이 확인되지 않는다 하여 기준시가로 양도차익을 산정하여 1996.3.16 청구인에게 1991년 귀속분 양도소득세 65,627,300원을 결정고지하였다. 청구인은 이에 불복하여 1996.4.9 이의신청과 1996.7.6 심사청구를 거쳐 1996.11.7 심판청구를 하였다. 2. 청구주장 및 국세청장 의견 가. 청구주장 청구인은 1988.7.19 쟁점토지를 OOOO공사로부터 45,000,000원에 분양받아 1988.8.15 친지인 청구외 OOO에게 46,000,000원에 양도하는 계약을 체결하고 1988.8.31 잔금을 청산 받았으며, OOOO공사의 분양대금중 중도금과 잔금은 매수자인 청구외 OOO이 납부하였으나 OOOO공사의 공부정리가 지연되었을 뿐 아니라 분양계약서상 유치원건물 신축준공 후 OOOO공사의 승인을 얻어 양도하도록 되어 있어 부득이 1991.4.4 매매에 따른 소유권이전등기를 경료하고 1992.6.1 양도소득세과세표준확정신고를 하면서 1991.2.28 쟁점토지를 취득하여 1991.4.1 양도한 것으로 사실과 다르게 신고하였는바, 청구인이 쟁점토지를 1988.8.31 실제로 양도한 사실은 검인계약서 등 관련증빙자료에 의하여 확인되고 있음에도 불구하고 처분청이 이를 인정하지 아니하고 1988.9.22 취득하여 1991.4.1 양도한 것으로 보아 기준시가에 의하여 과세한 처분은 부당하다. 나. 국세청장 의견 청구인은 1989.7.27 청구인 명의로 건축허가를 받아 1990.1.10 쟁점토지상에 유치원건물을 신축준공하여 보존등기를 한 후 1990.12.27 청구외 OOO에게 소유권이전등기를 하여 주었고, 1988.8.15 작성된 각서상의 잔금지급약정일은 1988.8.31로 되어 있는 반면, 1991.3.29 작성된 검인계약서상의 잔금지급약정일과 청구인이 1992.6.1 신고한 양도소득세과세표준확정신고서상의 양도일은 1991.4.1로 되어 있어 실제 잔금을 청산한 날이 분명하지 아니하므로 쟁점토지의 양도일은 소유권이전등기접수일인 1991.4.4로 보아야 하며, 청구인은 쟁점토지의 실지양도가액이 46,000,000원이라고 주장만 할 뿐 이를 입증할 만한 객관적인 증빙을 제시하지 못하고 있어 청구인이 신고한 실지양도가액은 그 신빙성을 인정하기 어렵다 할 것으로서 처분청이 기준시가로 양도차익을 산정하여 과세한 처분은 정당하다. 3. 심리 및 판단 가. 쟁점 청구주장 양도시기와 실지거래가액을 부인하고 소유권이전등기접수일을 양도시기로 하여 기준시가에 의하여 과세한 처분의 당부에 다툼이 있다. 나. 관련법령 양도당시 시행된 구 소득세법(1994.12.22 법률 제4803호로 개정되기 전의 것) 제27조 및 같은 법 시행령 제53조 제1항 제1호에 의하면, 자산의 양도차익을 계산함에 있어서 그 취득시기 및 양도시기는 당해 자산의 대금을 청산한 날을 원칙으로 하고 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우에는 매매계약서에 기재된 잔금지급약정일로 하며 잔금지급약정일이 확인되지 아니하거나 매매계약서에 기재된 잔금지급약정일로 부터 등기접수일까지의 기간이 1월을 초과하는 경우에는 등기부·등록부 또는 명부등에 기재된 등기접수일로 하도록 규정하고 있으며, 한편, 소득세법 제96조 제1호(1995.12.29 법률 제5031호로 개정된 것)와 같은 법 제97조 제1항 제1호 가목(1995.12.29 법률 제5031호로 개정된 것)에 의하면 토지·건물의 양도차익을 계산함에 있어서 양도가액과 취득가액은 당해 자산의 양도 및 취득당시의 기준시가에 의함이 원칙이고, 예외적으로 대통령 령이 정하는 경우에만 실지거래가액에 의하도록 규정하고 있으며, 같은 법 시행령 제166조 제4항에서 양도가액과 취득가액을 실지거래가액에 의할 수 있는 경 우를 규정하면서 그 제3호(1995.12.30 개정된 것)에「양도자가 양도소득세과세표준 및 세액의 결정일 이내에 증빙서류를 갖추어 양도당시 및 취득당시의 실지거래가액을 납세지 관할세무서장에게 신고하는 경우」를 열 거 하고 있다. 한편, 같은 법 시행령 부칙(1995.12.30) 제1조에서 동 개정령은 1996.1.1부터 시행토록 규정하고 있고, 제8조 제2항에서는 제166조의 개정규정은 개정령 시행후 양도소득금액을 결정하는 것부터 적용토록 규정하고 있다. 다. 사실관계 및 판단 (1) 쟁점토지의 등기부등본에 의하면 청구인은 쟁점토지를 1991.2.28 취득(등기원인 1988.7.19 매매)하여 1991.4.4 청구외 OOO에게 양도(등기원인 1991.3.29 매매)하였고, 청구인이 1992.6.1 신고한 양도소득세과세표준확정신고서에 의하면 청구인은 1991.2.28 쟁점토지를 45,000,000원에 취득하여 1991.4.1 이를 46,000,000원에 양도한 것으로 되어 있으며, 처분청의 과세자료에 의하면 청구인이 확정신고한 취득 및 양도시기와 실지거래가액이 확인되지 않는다 하여 청구인이 쟁점토지를 1988.9.22(OOOO공사 분양대금 잔금청산일) 취득하여 1991.4.1 양도한 것으로 보아 기준시가에 의하여 과세하였음이 확인되고 있다. (2) 청구인은 1988.7.19 OOOO공사로부터 쟁점토지를 분양받아 1988.8.31 청구외 OOO에게 양도하였으나, OOOO공사의 분양조건 및 지적정리지연으로 부득이 1991.4.4에 소유권이전등기를 경료한 것이라고 주장하고 있는 바, 이에 대하여 살펴보면, (가) 청구인과 OOOO공사간에 1988.7.19 체결된 복리시설용지분양계약서에 의하면, 쟁점토지의 분양가액은 45,000,000원으로서 계약금 9,000,000원은 계약당일, 중도금 13,500,000원은 1988.8.22, 잔금 22,500,000원은 OOOO공사가 지정한 날짜에 납부하도록 되어 있고, 동 계약서 제5조에 쟁점토지의 소유권이전은 용지대금을 완납하고 지정용도의 시설물 건립완공후 공부정리가 완료된 때에 이행하기로 되어 있으며, 그 제9조에 매수자인 을(청구인)은 지정된 용도의 시설물을 건립완공한 후 갑(OOOO공사)이 승인할 경우에만 용지의 매매계약에 따른 권리의무를 타인에게 처분하도록 되어 있다. (나) OOOO공사의 환지확정지정서에 의하면 쟁점토지는 종전의 춘천시 OO동 OOOOOO(임야 2,975㎡)에서 환지되었고, 종전토지인 춘천시 OO동 OOOOOO의 임야대장에 의하면 1987.11.25 토지구획정리 시행 신고된 후 1990.12.24 공부 폐쇄되었으며, 쟁점토지의 등기부등본에 의하면 토지구획정리 환지되어 1991.1.15 환지등기가 경료된 것으로 확인되고 있어 설사 1991.1.15 이전에 양도된 사실이 있다 하더라도 소유권이전등기는 불가능하였던 것으로 판단된다. (다) 쟁점토지상에 신축된 유치원건물의 건축허가신청서(1989.6.22)에 의하면 건축주를 청구인 명의로 하여 연면적 1,038.39㎡(지하 1층, 지상 3층)를 신축하는 것으로 되어 있고, 동 건물의 건축물대장 및 등기부등본에 의하면 동 건물은 1989.7.27 착공하여 1990.1.10 준공된 후 1990.12.27 소유권보존과 동시에 같은 날 청구외 OOO 명의로 소유권이전등기 경료되었음이 확인되고 있다. 이에 대하여 청구인은 위에서 살펴본 바와 같이 토지매수자인 청구외 OOO의 명의로 소유권이전등기가 불가능하여 부득이 공부상 소유자인 청구인의 명의를 빌려 건축허가신청을 한 것일 뿐 사실상의 건축주는 쟁점토지의 매수자인 청구외 OOO이라고 주장하며 OOO 명의의 사업자등록증 및 유치원건물 신축에 따른 공사비 지급관련서류 등 관련증빙을 제시하고 있다. (라) 청구인 제시 유치원사업에 대한 청구외 OOO의 사업자등록증에 의하면 청구외 OOO은 1990.1.25 쟁점토지 소재지를 사업장으로 하여 사업을 개시한 것으로 되어 있고, 건물신축 당시 청구외 OOO이 기록하였다는 신축관련 소요비용내역을 보면 총 신축공사비용은 199,968,700원이 소요된 것으로 되어 있으며, 청구인은 이중 14건 52,512,078원에 대한 영수증 및 간이세금계산서 등을 제시하고 있는 바, 위 소요비용내역과 영수증상의 지급일자와 지급금액이 일부 일치하고 있을 뿐 아니라 청구외 OOO과 그의 남편 청구외 OOO 등이 영수증 및 간이세금계산서의 수취자로 되어 있다. (마) 한편, 청구인은 쟁점토지를 1988.8.31 청구외 OOO에게 46,000,000원에 양도하였다고 주장하면서 매매사실에 대한 매매당사자간의 각서사본만 제시하고 있을 뿐 당시의 매매계약서 및 대금지급사실을 확인할 수 있는 금융자료등 객관성 있는 증빙은 제시하지 못하고 있다. (3) 위 사실을 종합하여 볼 때, 쟁점토지는 OOOO공사의 분양조건에 의하여 유치원건물을 신축 준공함은 물론 공부정리가 완료된 후 OOOO공사의 승인을 얻어 양도하도록 되어 있고, 토지구획정리사업으로 인하여 1991.1.15 환지등기가 경료됨으로써 그 이전에는 매매에 따른 소유권이전등기를 할 수 없었으므로 설사 청구인이 쟁점토지를 1991.1.15 환지등기 이전에 양도하였다 하더라도 소유권이전등기를 경료하는 것은 불가능하였던 것으로 인정된다 할 것이고, 쟁점토지상의 유치원건물은 청구인 명의로 1990.1.10 준공된 후 1990.12.27 소유권보존과 동시에 청구외 OOO에게 양도되었는 바, 청구외 OOO이 쟁점토지를 사업장으로 하여 1990.1.25 사업자등록(유치원)을 하였고, 건물의 신축비용 일부를 청구외 OOO이 지급한 사실이 인정되고 있으며, 건물의 취득은 그 부지와 함께 이루어지는 것이 일반적이라는 사실에 비추어 볼 때 매수자가 부지소유권의 취득 없이 이 건 유치원건물과 같은 대규모건물을 취득하였다고 보기는 어렵다 할 것으로서 쟁점토지는 등기부상의 소유권이전등기접수일(1991.4.4)과는 달리 최소한 유치원건물의 소유권이전등기접수일인 1990.12.27 이전에 청구외 OOO에게 양도된 것으로 보는 것이 합리적이라고 판단된다. (4) 따라서, 청구인이 사실과 다르게 신고하였다는 양도소득세과세표준확정신고서에 양도시기로 기재된 1991.4.1을 쟁점토지의 양도시기로 보아 기준시가로 과세한 처분은 사실조사를 소홀히 한 처분이라고 판단되며, 양도시기 및 양도가액에 대한 청구주장 또한 객관적으로 확인되지 않고 있어 이를 전적으로 받아들이기는 어렵다 할 것으로서 쟁점토지의 양도시기 및 양도가액에 대하여 처분청이 이를 다시 조사하여 과세함이 타당하다고 판단된다. 라. 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유있다고 인정되므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호 및 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.