이유
1. 처분개요 가. 청구법인은 1976.3.4. 개업하여 서울특별시 OOO OOO O OOO-OO에서 부엌가구 제조업 등을 영위하고 있는 바, 2008.3.25. 주식회사 OOO에게 ‘레이저와 전자빔 공법’, ‘기체레이저와 전자빔을 이용한 유해가스 정화방법·장치’와 관련한 특허권 및 영업권 등(이하 “공급자산”이라 한다)을 공급대가 OOO원에 양도한 것으로 하여 부가가치세 및 법인세 등을 신고하였다. 나. 처분청은 청구법인에 대하여 세무조사를 실시한 결과 청구법인의 대표이사인 박OOO가 OOO원 상당(이하 “쟁점금액”이라 한다)을 별도로 수령한 사실을 확인하고, 공급자산의 실제 공급대가는 쟁점금액을 포함한 OOO원(=신고금액 OOO원 + 쟁점금액)으로 보아 청구법인이 쟁점금액을 신고누락한 것으로 하여 이를 익금산입 및 박OOO에 대한 상여로 소득처분하여 2012.1.6. 청구법인에게 2008년 제1기 부가가치세OOO원, 2008사업연도 법인세 OOO원, 2008년 귀속분 OOO원 및 2009년 귀속분 OOO원의 소득금액변동통지를 하였다. 다. 청구법인은 이에 불복하여 2012.3.26. 심판청구를 제기하였다. 2. 청구법인 주장 및 처분청 의견 가. 청구법인 주장 쟁점금액은 박OOO가 청구법인과 별개로 개인적으로 이OOO의 대표자)로부터 공급자산과 관련된 불법행위로 인한 보상금 명목으로 수령한 것이고, 동 금액의 출처가 OOO가 아닌 이OOO의 개인자금인 점, 청구법인이 당초 신고한 OOO원은 금액상 충분한 보상으로 볼 수 있는 점 및 박OOO는 청구법인에게 OOO원 상당의 부동산을 무상증여한 사실이 있는 반면 청구법인의 매출금액을 임의로 가져갈 이유가 전혀 없는 점 등을 볼 때 쟁점금액을 청구법인에게 귀속되는 매출금액으로 보아 과세한 처분은 부당하다. 나. 처분청 의견 공급자산과 관련한 소송은 모두 청구법인이 제기한 반면, 박OOO 명의로 피해보상 관련 소송을 제기한 사실이 없고 합의서 등 보상과 관련한 일체의 서류를 제출하지 못하는 점, 쟁점금액 중 일부 금액은 OOO 등의 자금으로 이OOO의 개인자금이 아닌 것으로 나타나는 점, 청구법인은 당초 소송과정에서 피해보상금 OOO원 외에 특허권의 명의등록 변경을 청구한 사실을 볼 때 당초 신고한 OOO원이 적정한 보상금액으로 보기 어려운 측면이 있는 점 및 쟁점금액에 대하여 이OOO가 대여금이라 주장하며 반환요구를 하자 박OOO는 차입사실이 없다고 통보하였음에도 수원지방검찰청 안산지청에서 참고인 진술시 차용금이라고 진술하는 등 그 진술내용에 일관성이 없고 쌍방의 진술이 엇갈리는 점 등을 볼 때 청구주장은 이유없다. 3. 심리 및 판단 가. 쟁 점 쟁점금액을 청구법인에게 귀속되는 매출금액으로 보아 과세한 처분의 당부 나. 사실관계 및 판단 (1) 처분청의 법인세 범칙조사 종결보고서(2011년 11월), 청구법인과 OOO가 작성한 연구개발 합의계약서(1998.7.28.), 세부합의서(1999.1.20.), 청구법인의 소송대리인(법무법인 광장)이 작성한 소장(서울중앙지방법원 2007가합19407, 접수 2007.3.9.), 청구법인과 OOO가 작성한 합의서(2008.2.26.), 법적분쟁 종결합의서 및 양도양수계약서(2008.3.17.), 부동산가압류 신청서(서울중앙지방법원 접수 2011.4.6.), 서울중앙지방검찰청의 불기소이유통지서(2012형제9542호, 2012.4.16.), 서울고등검찰청의 항소기각이유고지서(2012고불항제5288호, 2012.7.13.) 등을 포함한 심리자료에 의하면, 아래 사실들이 각각 확인된다. (가) 청구법인의 대표이사인 박OOO가 1997년경 고향후배인 이OOO의 대표자)로부터 매연저감장치개발 및 산업환경 유해가스 제거를 위한 환경산업을 제안받고, 청구법인과 OOO이 공급자산과 관련하여 체결한 연구개발 합의계약 내역은 아래와 같다. 1) 청구법인과 OOO는 1998.7.28. 레이저와 전자빔 공법을 이용하여 산업설비에서 배출되는 유해가스를 저감 및 정화 등을 할 수 있는 기계·전기적 장치(LEGR)들을 연구 개발하여 이를 실용화하는 사업을 공동으로 진행하기로 약정(OOO는 연구개발을, 청구법인은 생산·판매·홍보를 각각 담당하고 관련 지적소유권은 청구법인에게 귀속하기로 함)하였다. 2) 청구법인은 1998.8.6. OOO가 보유하고 있는 OOO의 지적소유권을 양수하고OOO을 이용한OOO를 우선적으로 개발하기로 약정하였다. 3) 청구법인은 1999.1.20. OOO가 개발하고 있던 OOO에 대한 기술도 양수하기로 약정하였다. (나) 청구법인은 2006년 12월 OOO 및 이OOO를 채무자로, 손해배상청구권 OOO원으로 하여 OOO(액면가 OOO원)와 이OOO(액면가OOO원)가 보유하고 있는 주식회사 OOO의 주식에 대한 가압류신청을 하였다. (다) 청구법인이 2007.3.9. OOO 및 이OOO를 상대로 제기한 특허권 명의변경등록 등 청구의 소(서울중앙지방법원 2007가합19407) 주요 내용은 아래와 같다. (라) 청구법인과 OOO, 이OOO는 2008.2.26., 2008.3.17. 청구법인은 OOO에게 공급자산을 양도하고 OOO 등을 상대로 제기한 위 특허권 명의변경등록 등 청구의 소 등 8개 법적분쟁을 종결하기로 하는 한편, OOO는 청구법인이 국내 및 해외전역에 있어 OOO 관련 OOO의 재조 및 판매를 포함한 모든 사업을 독점적으로 영위하는 것을 허용하고 청구법인에게 양수도 금액으로 2008.2.26. OOO원, 2008.3.25. OOO원, 합계 OOO원(부가가치세를 포함할 경우 OOO원)을 지급하기로 하는 내용의 법적분쟁 종결합의 및 양도양수계약을 체결하였으며, 청구법인은 2008.3.17. 위 특허권 명의변경등록 등 청구의 소 등을 취하하였다. (마) 청구법인은 OOO로부터 2008.2.26. OOO원, 2008.3.17. OOO원 합계 OOO원을 타행환송금(무통장)을 통하여 지급받았고, 박 OO 는 2008.2.25. 자기앞수표 합계 OOO원을 직접 수령하 면서 이OOO로부터 주식회사 OOO 주식 10만주(OOO원 상당)를 담보로 제공받았는데 중개자인 이OOO를 통하여 2008.9.8. OOO원, 2009.6.11. OOO원을 수수하고 위 담보주식을 반환하였고, 2009.7.31. 주식회사 OOO 주식 36,000주를 받아 이를 매각하여 OOO원을 지급받아 합계 OOO원(쟁점금액)을 수령하였다. (바) 이OOO는 2011.3.22. 박OOO에게 별도로 OOO원을 대여한 사실이 있으니 동 금원을 반환하여 줄 것을 통고하는 취지의 내용증명을 발송하였고, 2011.4.6. 박OOO를 채무자로, 대여금 OOO원을 청구채권으로 하여 서울특별시OOO 대 327㎡에 대한 가압류신청을 하였다. (사) 처분청은 쟁점금액 매출누락행위에 대하여 청구법인 및 박OOO를 특정범죄가중처벌등에관한법률위반(조세) 혐의로 고발(2012형제9542호)하였고, 이에 서울중앙지방검찰청은 공급자산의 양도대금이 OOO원인지가 관건이나 박OOO는 실제 양도대금은 OOO원이고 그 외 OOO원(쟁점금액)은 이OOO의 배신행위 등에 대하여 보상금조로 개인적으로 받은 것이라고 일관되게 주장하고, 이OOO 또한 실제 양도대금은 OOO원이고 그 외 쟁점금액은 차용금이라고 일관되게 주장하고 있으므로 처분청이 주장하는 쟁점금액은 양도금액과 관계없이 단지 보상금인지 아니면 차용금이냐라는 박OOO의 진술로 명백히 확인되었으며, 2008.3.17. 작성된 양도양수계약서는 공급자산을 양도하고 양도대금 OOO원(부가가치세 포함)을 정확히 기재한 계약서이기 때문에 다운계약서가 아니라는 것이 확인되며, 달리 박OOO의 주장을 반증할 증거도 없다는 이유를 들어 2012.4.16. 불기소처분[혐의없음(범죄인정안됨)]을 하였으며, 서울고등검찰청은 처분청의 위 불기소처분에 대한 항고 (2012 고불항 제5288호) 에 대하여 일건 기록을 세밀히 검토한 결과 동 항고는 이유없다는 사유를 들어 2012.6.8. 항고기각결정을 하였다. (2) 청구법인이 제출한 부동산증여(검인)계약서(2011.3.2.)에는 박OOO가 2011.3.2. 청구법인에게 서울특별시 OOO 대 580.4㎡ 및 그 지상 3층 근린생활시설을 증여(단, 동 부동산에 대한 임대보증금 합계 OOO원은 수증인이 수증하는 조건)하기로 하는 증여계약을 체결한 것으로 기재되어 있다. (3) 살피건대, 처분청은 박OOO가 수령한 쟁점금액은 공급자산의 양도대가로 지급된 금액이므로 청구법인의 매출금액으로 보아야 한다는 의견이나, 앞에서 살펴본 분쟁종결 합의서 및 양도양수계약서 등에 의하면 청구법인은 OOO원에 공급자산을 양도하기로 합의한 것으로 되어 있고 달리 동 계약서 등의 기재내용이 사실과 다른 허위계약서라고 의심할 만한 정황이 보이지 아니한 점 등을 볼 때, 쟁점금액을 청구법인의 매출금액으로 보기는 어렵다 하겠다. 따라서, 쟁점금액에 대하여 박OOO 개인에 대한 과세여부는 별론으로 하더라도 이를 청구법인이 신고누락한 매출금액으로 보아 과세한 이 건 처분은 잘못이 있다고 판단된다. 4. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유있으므로 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.