이유
1. 처분개요 가. 청구법인은 주식회사 OOOOOOOO(이하 “OOOOOOOO”이라 한다)로부터 2008.1.31. 5,017만원 및 2008.2.29. 3,742만원, 합계 8,759만원 상당의 기초화공약품을 매입하고 매입세금계산서(이 하 “쟁점세금계산서”라 한다)를 수취하여 부가가치세 매입세액공제를 하고 법인세 손금에 산입하여 부가가치세 및 법인세를 신고하였다. 나. 처분청은 OO세무서장이 통보한 자료상거래 확정자료에 의해 쟁점세금계산서를 실물거래 없이 수취한 세금계산서로 보아 부가가치세 매입세액을 불공제하고 법인세 손금불산입하여 2009.9.16. 청구법인에게 2008년 제1기 부가가치세 14,197,910원 및 2008사업연도 법인세 13,934,430원을 경정·고지하였다. 다. 청구법인은 법인세 경정에 불복하여 2009.10.12. 이의신청을 거쳐 2010.1.13. 심판청구를 제기하였다. 2. 청구법인 주장 및 처분청 의견 가. 청구법인 주장 기초화공약품은 유통구조의 특성상 상품은 생산자에서 수요자에게 직접 전달되고 판매대금과 세금계산서만 수수하는 형태로 거래되는 바, 상품판매과정, 수주현황, 매입세금계산서, 원시장부 및 거래원장 등에 의해 실물 거래를 하였고, 다른 대부분의 관련 매입자료의 경우 위장자료로 보아 부가가치세만 과세하면서 쟁점세금계산서에 대하여는 유통과정에 대한 조사 없이 가공자료로 보아 법인세를 경정한 처분은 부당하다. 나. 처분청 의견 OOOOOOOO은 OO세무서 조사결과 자료상으로 확정되어 고발된 법인으로 2009.1.1. 폐업한 상태로서 다른 위장자료와는 거래시기가 다르고, 쟁점세금계산서 과세기간인 2008년 제1기에는 매출·매입의 가공비율이 96.6%에 이르며, 청구법인도 OO지방국세청 조사에 의해 2008.6. 가공매출 등의 혐의로 검찰에 고발된 이력이 있는 법인으로 당해 거래를 입증할 객관적인 대금지급 증빙이 없으므로 가공거래로 보아 한 법인세 손금불산입 처분은 정당하다. 3. 심리 및 판단 가. 쟁 점 가공세금계산서로 보아 손금불산입하여 법인세를 과세한 처분의 당부 나. 사실관계 및 판단 (1) 「법인세법」제4조 제2항을 보면 법인세의 과세소득이 되는 금액의 계산에 관한 규정은 소득, 수익 등의 명칭이나 형식에 불구하고 그 실질내용에 따라 이를 적용하도록 규정되어 있다. (2) OOOOOOOO에 대한 OO세무서조사공무원의 조사복명서 및 전말서 등을 보면, 총대리점 주식회사 OOOOOO(이하 “OOOOOO”이라 한다)의 대표 송OO은 사업상 우월적 지위를 이용하여 중간판매점인 OOOOOOOO(대표 신OO)에게 세금계산서를 발행·교부하였고, OOOOOOOO은 청구법인에게 부가가치 없이 그대로 교부한 것으로 OOOOOOOO 대표 신OO이 전말서 및 확인서에 의해 진술하였고, OOOOOOOO은 2009.1.1. 폐업된 상태로서 2008년 제1기 매출(5억1,000만원)·매입(4억9,300만원)의 가공비율이 96.6%에 이르는 법인으로 당해 거래를 입증할 수 있는 대금증빙 등 객관적인 증빙자료를 제시하지 못함에 따라 금융조사 등의 결과 등을 바탕으로 OOOOOOOO을 자료상으로 확정하여 고발하고 쟁점세금계산서 관련거래를 가공거래로 확정한 것으로 나타난다. (3) 처분청은 청구법인이 제시한 수주현황, 장부 및 거래처 원장 등은 임의적으로 작성가능한 서류이며, 장부상 2008.1.31. 및 2008.2.29. OOOOOOOO과의 거래는 모두 현금결제한 것으로 나타나나, 당해 거래를 입증할 수 있는 객관적인 대금지급증빙이 없고, OO지방국세청과 OO세무서의 조사 당시 당해 거래형태를 인정하여 위장거래로 인정하였다는 청구주장은 이 건 과세기간(2008년 제1기) 이전(2006.1.1.～2007.12.31.) 거래이므로 연관성이 없다는 의견이다. (4) 청구법인은 청구법인이 취급하는 화공약품은 유통단위가 크고 위험물이 많아 유통구조상 각 판매상은 자체 물류창고를 보유하고 있지 아니하여 생산자로부터 최종수요자에게 직접 전달되었으나, 최종소비자에 납품권이 있는 청구법인이 공급한 것이고, OO세무서장은 OOOOOOOO을 조사하면서 청구법인에게 소명기회를 주지 않았으며, 처분청은 OO세무서장이 통보한 아래 <표>의 OOOOOOOO 자료 내역 3억2,704만원 중 2007년도분 2억3,945만원에 대하여 실물거래에 따른 필요경비(법인세)는 인정하고 부가가가치세 매입세액에 대하여만 위장거래로 보아 매입세액 불공제 처분하였으나, 나머지 8,759만원(쟁점세금계산서 가액)에 대하여는 상품실물의 유통과정을 조사하지 않고 자료통보내용 및 대금결제내역만을 근거로 실질매입 내용 및 필요경비를 모두 부인하였다며 , 수주현황표, 거래처 원시장부, 거래처원장, 상품판매과정요 약도 등을 제시하였 다. OOOOOOOOO OOOOOOOO OO O O OO OO OO (OO O OO) (5) OOOOOO이 OOOOOOOO에 세금계산서를 교부하고 OOOOOOOO이 OOOO주식회사에 교부한 세금계산서에 대하여 처분청이 이를 위장세금계산서로 보아 OOOOOO에 부가가 치세 가산세를 부과한데 대한 OOOOOO의 청구에 대하여 우리 원은 처분청 의견대로 당 해 세금계산서를 위장세금계산서로 결정(OOOOOOOOOOO, OOOOOOOOOOO)한 바 있다. (6) 위 사실관계를 종합하여 보면, 처분청은 OO세무서장이 통보한 자료의 3억2,704만원 중 2007년 제2기분 2억3,944만원에 대하여는 이를 위장세금계산서로 보아 부가가치세만 추징하고, 같은 자료 중 2008년 제1기분(쟁점세금계산서)에 대하여는 이를 가공세금계산서로 보아 부가가치세와 법인세를 과세한 점에서 일관성이 없어 보이는 점, 우리 원도 OOOOOO이 OOOOOOOO에 교부한 세금계산서를 위장세금계산서로 보아 결정(OOOOOOOOOOO, OOOOOOOOOOO) 한 바 있으며, 그 밖에 거래양태와 거래관행으로 보아 청구법인이 쟁점세금계산서를 수수한 2008년 제1기에도 종전과 동일한 방식으로 거래하였을 것으로 보이는 점 등에 비추어 청구법인이 상품실물은 OOOOOO로부터 받아 매출처에 판매하고 세금계산서만 OOOOOOOO로부터 교부받은 것으로 보인다. 따라서 쟁점세금계산서를 가공세금계산서 보아 청구법인에게 법인세를 과세한 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다. 4. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.