이유
1. 사실 청구인은 서울특별시 관악구 OO동 OOOOOOOOO에 주소를 둔 사람으로 같은시 OO동 OOOOOOOOOO 소재 대지 150.7평방미터 동지상 건물 66.12평방미터(이하 “종전주택”이라 한다)를 89.7.6 개인으로부터 취득하여 위 종전주택을 철거하고 동지상에 새로운 주택 247.32평방미터(이하 “쟁점주택”이라 한다)을 89.11.30 신축한 후 89.12.1 개인에게 양도한 바, 처분청은 쟁점부동산의 매매가액에 토지, 건물의 가액이 구분계상되어 있지않다는 이유로 토지의 양도가액은 양도시 관인계약서상의 매매가액 160,000,000원을 기준시가로 안분한 가액 114,715,483원을 양도가액으로 하고, 동토지의 취득가액은 취득시 관인계약서상 매매가액 90,000,000원으로 하고, 건물(신축)에 대하여 신축가액(비용)알 수 없는 이유로 취득, 양도시 공히 기준시가에 의하여 자산 양도차익 계산하여 89귀속분 양도소득세 15,584,660원 및 동 방위세 3,116,920원을 91.3.16 결정고지한데 대하여 청구인은 이에 불복하여 91.5.4 심사청구를 거쳐 91.7.8 이 건 심판 청구를 제기하기에 이르렀다. 2. 청구인 주장 청구인은 서울 관악구 OO동 OOOOOOOO 소재 대지 150.7평방미터 지상건물을 89.7.6 전 소유자 OOO으로부터 136,800,000원에 취득하여 지상건물을 철거하고 새로운 주택을 신축(89.11.30)한 후 89.12.1 청구외 OOO에게 210,000,000원에 양도한데 대하여 처분청은 1년이내의 단기양도라 하여 실지거래가액에 의하여 양도소득세를 결정함에 있어 건물에 대하여는 취득에 대한 증빙이 없으므로 기준시가에 의하여 양도차익을 결정하고, 토지에 대하여는 부동산 등기시 첨부된 취득시 관인계약서상의 매매가액 90,000,000원을 취득가액으로 하고, 양도가액은 160,000,000원을 실지거래가액으로 보아 기준시가에 따라 토지가액을 안분계산한 가액을 양도가액으로 보아 토지 양도차익을 결정한 바, 청구인은 실지거래가액이 취득가액 136,800,000원, 양도가액 210,000,000원이므로 동 실지거래가액을 기준으로 양도차익을 결정하던지 아니면 양도 및 취득가액 하나만 사실로 확인되면 소득세법시행령 제170조 제1항의 규정에 의거 다른 하나는 환산가액에 의거 양도차익을 결정하던지, 설령 청구인 주장의 실지거래가액이 신빙성이 없는 것으로 본다면 처분청이 결정한 관인계약서상의 매매가액도 사실상의 실지거래가액이 아니므로 이 건 실지거래가액을 확인할 수 없는 경우에 해당되어 양도 및 취득가액을 모두 기준시가에 의하여 결정하여야 한다는 주장이다. 3. 국세청장 의견 이 건 청구인이 89.7.6 토지와 건물을 취득하여 동 지상건물을 철거한 후에 새로운 건물을 신축(89.11.30)하여 89.12.11 양도한 것으로 “부동산을 취득한 후 1년이내 양도한 경우”에 해당되어 청구인이 소유권이전등기시 제출한 관인계약서에 의하여 양도가액 160,000,000원, 취득가액 90,000,000원의 실지거래가액이 확인되어 위 확인된 실지거래가액을 기준으로 결정(건물은 신축건물이므로 신축시의 실지거래가액이 확인되지 않아 기준시가에 의하고 토지는 위 확인된 실지거래가액을 토지건물의 기준시가에 의하여 안분계산 결정함)한 것으로서 이에 대하여 청구인은 취득가액 136,800,000원 양도가액 210,000,000원이라고 주장하며 양도 및 취득시의 매매계약서 양도시 거래상대방의 확인서를 제시하는 바, 청구인은 청구주장 취득 및 양도가액을 입증할 수 있는 금융자료의 증빙을 제시하지 못하고 있고 취득시 가액은 거래상대방에 의한 확인된 가액도 아니어서 이 건 청구주장의 실지거래가액은 신빙성이 있는 것으로 받아들이기 어렵고 청구인이 제출한 관인계약서에 의하여 확인된 실지거래가액을 기준으로 결정한 당초 처분은 달리 잘못이 없다는 의견이다. 4. 쟁점 청구주장 실지거래가액 인정할 것인지 아니면 기준시가로 과세함이 타당한지 여부를 가리는데 그 쟁점이 있다 하겠다. 5. 심리 및 판단 우선, 이 건 과세경위를 보면 청구인이 종전주택을 89.7.6 개인으로부터 취득하여 이를 철거한 후 89.11.30 새로운 쟁점주택을 신축·준공하여 89.12.1 개인에게 양도한 바, 처분청은 1년이내의 단기거래로 실지거래가액에 의하여 과세하여야 하나, 건물에 대하여는 신축시 건축비가 확인되지 않으므로 그 취득 및 양도가액을 공히 기준시가에 의하여 자산양도차익 계산하고, 토지의 양도가액에 대하여는 부동산 등기시 첨부된 관인계약서상의 쟁점주택의 토지 및 건물의 양도가액 160,000,000원을 기준시가에 의하여 안분한 가액(114,715,483원)을 토지가액으로 하고, 동 토지의 취득가액은 등기시 첨부된 관인계약서상의 종전주택의 토지 및 건물 취득가액인 90,000,000원을 토지가액으로 하여 자산양도차익 산정하고 이 건 양도소득세를 고지한 사실을 처분청의 과세기록에 의하여 알 수 있다. 이에 대하여 청구인은 1) 문제의 쟁점주택을 실제는 토지건물 구분없이 89.7.6 개인으로부터 136,800,000원에 취득하여 89.12.1 개인에게 210,000,000원에 양도한 것이 사실이므로 실지거래가액에 의하여 과세하든지 2) 위의 청구인 주장 실지거래가액 중 어느 하나의 가액이 사실로 판단되면 그 가액은 실지거래가액에 의하여 다른 하나의 가액은 환산가액에 의하여 과세하든지 3) 위 실지거래가액이 신빙성이 없다고 본다면 청구인이 등기시 첨부한 관인계약서상의 취득 및 양도가액도 사실과 다른 것이므로 이 건 기준시가에 의하여 과세함이 타당하다는 주장이다. 우선 이 건 관련 소득세법 관계규정을 보면, 소득세법 제23조 제4항 및 같은법 제45조 제1항은 대통령령이 정하는 경우를 제외하고는 양도 및 취득가액을 기준시가에 의하여 계산하도록 규정하고 있으며, 같은법시행령 제170조 (89.8.1 개정) 제4항 제2호에서 부동산을 취득한 후 1년이내에 양도한 거래등에 있어서 실지거래가액이 확인되는 경우에는 실지거래가액에 의하도록 하고 있고, 같은법시행령 제170조 제1항에서는 “법 제23조 제2항에 규정하는 양도차익을 결정함에 있어서 양도 또는 취득가액중 어느 하나를 실지거래가액에 의하여 결정하는 때에는 다른하나도 실지거래가액에 의하여 결정하고, 어느하나를 기준시가에 의하여 결정하는 때에는 다른하나도 기준시가에 의하여 결정하여야 한다. 다만, 제4항 제2호의 경우로서 양도가액 또는 취득가액중 어느 하나의 실지거래가액을 확인할 수 없는 때에는, 실지거래가액을 확인할 수 있는 것은 실지거래가액에 의하고, 실지거래가액을 확인할 수 없는 다른 하나는 제115조 제1항 제1호 (다)목의 규정에 의한 기준시가에 의하여 결정하여야 한다”라고 규정하고 있으며, 위 같은령 제115조(90.5.1 개정되기 전의 것) 제1항 제1호(다)목의 규정에 의한 기준시가는 양도 또는 취득당시의 실지거래가액에 인근지역의 지가상승율을 감안하여 재무부령으로 정하는 방법에 따라 환산한 가액으로 하도록 되어있고, 같은법 시행규칙 제56조의 5 제5항에서는 그 환산하는 산식을 규정하고 있다. 다음, 처분청의 과세근거가 타당한지를 보면 쟁점주택의 양도가액중 토지의 양도가액은 등기시 제출된 관인계약서상의 양도가액 160,000,000원을 기준시가에 의하여 안분한 가액 114,715,483원[관인계약서상 양도가액(160,000,000원)×양도시 토지기준시가(56,386,966원/양도시 토지·건물 기준시가(78,645,766원)=114,715,483원]으로 하고, 토지의 취득가액은 취득시 관인계약서상의 매매가액(토지·건물 포함) 90,000,000원으로 하여 양도차익 결정하고, 건물의 가액은 양도 및 취득당시의 기준시가에 의하여 이 건 과세한 사실을 확인할 수 있는 바, 이는 전시 법규정을 보아 적정한 양도차익계산 방법이라 볼 수 없다 할 것이다. 그렇다면, 청구주장 실지거래가액을 인정할 수 있는지 여부를 보면, 먼저, 취득가액에 대하여 본다. 청구인은 종전주택의 취득가액이 136,800,000원임을 입증하는 거증자료로 매매계약서, 중개인 OO부동산 대표 OOO의 거래사실확인서등을 제시하고 있으나, 매매계약서의 상태로 보아 최근에 작성된 듯 하고 매매대금 지급관계 금융자료가 없을 뿐만 아니라 쟁점주택 양도가액에 비하여 상대적으로 그 가액이 높아 그 신빙성이 없는 것으로 보여지고, 또 처분청이 채택한 취득가액 90,000,000원은 청구인이 쟁점토지 소유권이전등기를 위하여 사후에 작성한 관인계약서상의 취득가액으로 이를 입증할 매매대금 수수관계자료, 매매당사자의 확인서등의 거증자료의 제시가 없어 이를 채택하기는 어렵다 할 것이다. 다음, 양도가액에 대하여 본다. 양도가액 210,000,000원은 매매계약서 상태, 매매당시 인근부동산 매매실례가액(부동산 Bank 자료), 양수인 OOO의 거래상대방 확인서 입회인 OOO의 확인서에 의하면 그 신빙성이 있어 보여진다 할 것이다. 반면, 처분청이 채택한 양도가액 160,000,000원은 당시 인근지가, 부동산 시세등을 감안하면 그 신빙성이 있어 보이지 아니한다 할 것이다. 따라서 이 건의 경우, 쟁점주택의 취득가액(신축비용등)을 확인할 수 없어 토지, 건물가액이 구분되지 않으나 총 양도가액은 210,000,000원임이 확인되고, 취득가액이 불분명한 1년 이내의 단기거래에 해당되어 토지·건물의 총 양도가액은 실지거래가액 210,000,000원으로 하고 취득가액은 전시 소득세법시행령 제170조 제1항 단서 및 동법 시행규칙 제56조의 5 제5항 제1호의 규정에 의하여 환산가액으로 하여 자산양도차익 계산하여 과세함이 타당한 것으로 판단된다. 6. 결론 이건 심판청구는 심리결과 청구인의 주장이 이유있다고 인정되므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.