이유
1. 처분개요

가. 청구법인은 2007.3.29. OOO복합레저단지 조성사업의 개발 및 실시계획에 따라 주택건설, 상업업무시설, 관광시설 등을 건축 및 운영하거나 관련되는 토지를 이전·처분하는 내용의 복합레저단지를 개발하는 사업(이하 “이 건 개발사업”이라 한다)을 추진하기 위하여 설립되었고, 2008.6.3. OOO(이하 OOO라 한다)와 함께 이 건 개발사업의 공동사업시행자로 지정되어 OOO일원에 2,729,347㎡를 개발하고, 그 중 1,097,319.3㎡를 취득하기로 하였다.

나. 청구법인은 이 건 개발사업 부지의 기반시설공사가 완료됨에 따라 2012.3.15.과 2012.4.12. 및 2012.11.15. OOO외 11필지 토지 171,203㎡와 같은 동 OOO외 1필지 토지 55,938㎡ 및 같은 동 OOO토지 11,000㎡(면적 합계 238,141㎡, 이하 “쟁점토지”라 한다)를 OOO로부터 각각 유상으로 취득한 후, 아래 <표1>과 같이 취득가액을 OOO과 OOO및 OOO으로 하고

「조세특례제한법」제121조의2

제1항 제2의3호에 따라 외국인투자기업이 신고한 사업을 위하여 취득하는 부동산에 대한 외국인투자비율(47.9% 및 38.54%)을 감면하여 산출한 취득세 등 OOO과 OOO 및 OOO을 각각 신고·납부하였으며, 과세표준에서 제외할 금액을 추가로 신고하는 경정청구를 하자, 처분청은 2012.7.27. 취득세 등 OOO을 감액경정하였다.

<표1> 쟁점토지에 대한 취득세 등의 신고 내역

(단위 : 원)

다. 처분청은 쟁점토지를 법인장부상 취득가격이 증명되는 경우의 취득으로 보아 아래 <표2>와 같이 법인장부에서 확인되는 ‘건설중인

자산’의 장부가액OOO과 기

신고한 가액OOO

의 차액

OOO을 과소신고한 것으로 보고 2016.8.10. 청구법인에게 이를 과세표준으로 하여 산정한 취득세 등 합계 OOO(이하 “이 건 취득세 등”이라 한다)을 부과·고지하였다.

<표2> 쟁점토지에 대한 취득세 등의 추징 과세표준 내역

(단위 : 원)

라. 청구법인은 이에 불복하여 2016.11.4. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

청구법인은 이 건 개발사업의 시행자로서 ① 이주비와 지장물 보상금 및 가이주단지 조성공사비(합계 OOO이하 “이 건 이주비”라 한다)와 ② 쟁점토지의 취득을 위한 제반 비용에 대한 부가가치세(OOO이하 “이 건 부가가치세”라 한다) 및 ③ 쟁점토지의 취득세 등(OOO이하 “쟁점취득세 등”이라 한다) 합계 OOO(이하 “이 건 비용”이라 한다) 등을 ‘건설중인자산’으로 계상하였으며, 2012년 개발사업 부지의 기반시설공사가 완료됨에 따라 쟁점토지를 취득하고

「지방세법」제10조

제5항 및 같은 법 시행령 제18조 제1항 및 제2항에 따라 OOO에 지출하거나 지출할 금액 중 취득물건과는 별개의 권리에 관한 보상 성격으로 지급된 이 건 이주비와 이 건 부가가치세 및 쟁점취득세 등을 쟁점토지의 취득가액에서 제외하여 취득세 등을 신고하였으나, 처분청은 취득일 현재까지 청구법인이 장부에 건설중인자산으로 집계한 모든 토지 관련 지출액 중 쟁점토지의 취득면적비율에 해당하는 부분을 쟁점토지의 취득세 과세표준으로 산정하여 추가세액을 고지하였는바, 이 건 이주비는

「지방세법 시행령」제18조

에 따라 취득물건과는 별개의 권리에 관한 보상 성격으로 지급되는 비용으로 취득가액에서 제외하도록 규정하고 있고, 부가가치세 및 취득세도 취득가격에서 제외하는 것이 타당하므로 아래 <표3>과 같이 이 건 비용 중 쟁점토지의 취득면적 비율에 해당하는 OOO(이하 “쟁점비용”이라 한다)을 과세표준에 포함한 것은 부당하여 그에 대한 취득세 등 OOO을 감액·경정하여야 한다.

<표3> 감액·경정대상 과세표준

(단위 : 원)

나. 처분청 의견

「지방세법」에서 취득세의 과세표준은 일반적으로 시가표준액에 의하나, 법인장부에 의하여 취득가액이 입증되는 경우에는 그 장부상 가액을 사실상의 취득가액으로 보아 이에 의하도록 하고 있는데, 이와 같이 법인의 경우에 개인과는 달리 장부상 가액에 의하도록 규정한 것은 법인은 객관화된 조직체로서 일반적으로 거래가액을 조작할 염려가 없어 그 장부상 가액의 신빙성이 인정된다는 이유에 있으므로 특별히 그 취득가액을 조작하였다고 인정되지 아니하는 한 그 장부상의 가액은 실제의 취득가액을 나타내는 것이라 할 것으로(조심 2014지799, 2016.8.25., 같은 뜻임), 만일, 청구법인의 장부에서

「지방세법 시행령」제18조

제2항에서 규정하는 취득가격에 포함하지 아니하는 부가가치세 등이 청구법인의 장부에서 확인되는 사항이면 과세관청에서 환급할 사항이나, 그러한 증빙이 확인되지 않는다면 쟁점비용을 취득가격에서 제외하기는 어렵다 할 것인바, 쟁점토지를 2012.3.15., 2012.4.12., 2012.11.15. OOO로부터 매매로 유상취득하면서 취득세를 자진신고·납부한 취득신고가액은 쟁점토지의 기반조성공사 및 자본화 비용 등에 이주비, 지장물보상금 등의 금액을 차감한 가액을 근거로 하여 OOO에서 조성한 토지 중 총가처분 토지면적에서 청구법인으로 이전할 대상토지의 비율로 안분하여 과세표준으로 산정한 것으로 이러한 방식의 과세표준 산정은 토지의 원시취득을 원인으로 한 취득유형에 해당하는 산정방식으로, 청구법인은 OOO와 토지공급계약을 체결하고 쟁점토지를 유상취득하였으므로 청구법인의 장부가액을 근거로 취득세 과세표준을 산정하는 것이 지방세 관련 법령 등에 비춰볼 때 타당하다 하겠으므로 청구법인의 법인장부에서 확인되는 쟁점토지의 취득가액에서 기 신고·납부한 신고가액과의 차액분인 OOO을 과세표준으로 하여 이 건 취득세 등을 부과한 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

① OOO가 지급한 이 건 이주비를 쟁점토지의 취득세 과세표준에서 제외하여야 한다는 청구주장의 당부

② 청구법인이 지급한 이 건 부가가치세와 쟁점취득세를 쟁점토지의 취득세 과세표준에서 제외하여야 한다는 청구주장의 당부

나. 관련 법령

(1) 지방세법(2013.1.1. 법률 제11617호로 개정되기 전의 것)

제10조(과세표준) ① 취득세의 과세표준은 취득 당시의 가액으로 한다. 다만, 연부(年賦)로 취득하는 경우에는 연부금액(매회 사실상 지급되는 금액을 말하며, 취득금액에 포함되는 계약보증금을 포함한다. 이하 이 절에서 같다)으로 한다.

② 제1항에 따른 취득 당시의 가액은 취득자가 신고한 가액으로 한다. 다만, 신고 또는 신고가액의 표시가 없거나 그 신고가액이 제4조에서 정하는 시가표준액보다 적을 때에는 그 시가표준액으로 한다.

⑤ 다음 각 호의 취득에 대하여는 제2항 단서 및 제3항 후단에도 불구하고 사실상의 취득가격 또는 연부금액을 과세표준으로 한다.

1. 국가, 지방자치단체 또는 지방자치단체조합으로부터의 취득

2. 외국으로부터의 수입에 의한 취득

3. 판결문·법인장부 중 대통령령으로 정하는 것에 따라 취득가격이 증명되는 취득

4. 공매방법에 의한 취득

5. 「공인중개사의 업무 및 부동산 거래신고에 관한 법률」 제27조에 따른 신고서를 제출하여 같은 법 제28조에 따라 검증이 이루어진 취득

(2) 지방세법 시행령(2013.1.1. 대통령령 제24296호로 개정되기 전의 것)

제18조(취득가격의 범위 등) ① 법 제10조 제5항 제1호부터 제4호까지의 규정에 따른 취득가격 또는 연부금액은 취득시기를 기준으로 그 이전에 해당 물건을 취득하기 위하여 거래 상대방 또는 제3자에게 지급하였거나 지급하여야 할 직접비용과 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 간접비용의 합계액으로 한다. 다만, 취득대금을 일시급 등으로 지급하여 일정액을 할인받은 경우에는 그 할인된 금액으로 한다.

1. 건설자금에 충당한 차입금의 이자 또는 이와 유사한 금융비용

2. 할부 또는 연부(年賦) 계약에 따른 이자 상당액 및 연체료. 다만, 법인이 아닌 자가 취득하는 경우는 취득가격에서 제외한다.

3. 「농지법」에 따른 농지보전부담금, 「산지관리법」에 따른 대체산림자원조성비 등 관계 법령에 따라 의무적으로 부담하는 비용

4. 취득에 필요한 용역을 제공받은 대가로 지급하는 용역비·수수료

5. 취득대금 외에 당사자의 약정에 따른 취득자 조건 부담액과 채무인수액

6. 부동산을 취득하는 경우

「주택법」 제68조

에 따라 매입한 국민주택채권을 해당 부동산의 취득 이전에 양도함으로써 발생하는 매각차손. 이 경우 행정안전부령으로 정하는 금융회사 등(이하 이 조에서 "금융회사등"이라 한다) 외의 자에게 양도한 경우에는 동일한 날에 금융회사등에 양도하였을 경우 발생하는 매각차손을 한도로 한다.

7. 제1호부터 제6호까지의 비용에 준하는 비용

② 제1항에도 불구하고 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 비용은 취득가격에 포함하지 아니한다.

1. 취득하는 물건의 판매를 위한 광고선전비 등의 판매비용과 그와 관련한 부대비용

2. 「전기사업법」, 「도시가스사업법」, 「집단에너지사업법」, 그 밖의 법률에 따라 전기·가스·열 등을 이용하는 자가 분담하는 비용

3. 이주비, 지장물 보상금 등 취득물건과는 별개의 권리에 관한 보상 성격으로 지급되는 비용

4. 부가가치세

(3) 경제자유구역의 지정 및 운영에 관한 특별법

제13조(토지수용) ① 개발사업시행자는 개발사업을 시행하기 위하여 필요한 경우에는 「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」 제3조에 따른 토지·물건 및 권리(이하 "토지등"이라 한다)를 수용(사용을 포함한다. 이하 같다)할 수 있다.

② 제10조에 따른 실시계획 승인의 고시가 있는 때에는 「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」 제20조 및 제22조에 따른 사업인정 및 사업인정의 고시가 있는 것으로 보며, 재결(裁決)의 신청은 같은 법 제23조 및 제28조에도 불구하고 실시계획에서 정하는 사업시행기간에 하여야 한다. 다만, 경제자유구역개발계획에 수용할 토지등의 세목이 포함되어 있는 경우에는 제4조제8항에 따른 경제자유구역개발계획의 고시를 「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」 제20조 및 제22조에 따른 사업인정 및 사업인정의 고시로 보며, 해당 토지등에 대한 재결의 신청은 경제자유구역개발계획에서 정하는 기간 내에 하여야 한다.

③ 제1항에 따른 토지등의 수용에 관한 재결의 관할 토지수용위원회는 중앙토지수용위원회로 한다.

④ 제1항에 따른 토지등의 수용에 관하여 이 법에 특별한 규정이 있는 경우를 제외하고는 「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」을 준용한다.

(4) 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률

제78조(이주대책의 수립 등) ① 사업시행자는 공익사업의 시행으로 인하여 주거용 건축물을 제공함에 따라 생활의 근거를 상실하게 되는 자(이하 "이주대책대상자"라 한다)를 위하여 대통령령으로 정하는 바에 따라 이주대책을 수립·실시하거나 이주정착금을 지급하여야 한다.

② 사업시행자는 제1항에 따라 이주대책을 수립하려면 미리 관할 지방자치단체의 장과 협의하여야 한다.

③ 국가나 지방자치단체는 이주대책의 실시에 따른 주택지의 조성 및 주택의 건설에 대하여는 「주택도시기금법」에 따른 주택도시기금을 우선적으로 지원하여야 한다.

④ 이주대책의 내용에는 이주정착지(이주대책의 실시로 건설하는 주택단지를 포함한다)에 대한 도로, 급수시설, 배수시설, 그 밖의 공공시설 등 통상적인 수준의 생활기본시설이 포함되어야 하며, 이에 필요한 비용은 사업시행자가 부담한다. 다만, 행정청이 아닌 사업시행자가 이주대책을 수립·실시하는 경우에 지방자치단체는 비용의 일부를 보조할 수 있다.

⑤ 주거용 건물의 거주자에 대하여는 주거 이전에 필요한 비용과 가재도구 등 동산의 운반에 필요한 비용을 산정하여 보상하여야 한다.

⑥ 공익사업의 시행으로 인하여 영위하던 농업·어업을 계속할 수 없게 되어 다른 지역으로 이주하는 농민·어민이 받을 보상금이 없거나 그 총액이 국토교통부령으로 정하는 금액에 미치지 못하는 경우에는 그 금액 또는 그 차액을 보상하여야 한다.

⑦ 사업시행자는 해당 공익사업이 시행되는 지역에 거주하고 있는

「국민기초생활 보장법」 제2조

제1호·제11호에 따른 수급권자 및 차상위계층이 취업을 희망하는 경우에는 그 공익사업과 관련된 업무에 우선적으로 고용할 수 있으며, 이들의 취업 알선을 위하여 노력하여야 한다.

⑧ 제4항에 따른 생활기본시설에 필요한 비용의 기준은 대통령령으로 정한다.

⑨ 제5항 및 제6항에 따른 보상에 대하여는 국토교통부령으로 정하는 기준에 따른다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료를 보면, 다음과 같은 사실을 알 수 있다.

(가) 청구법인은 2007.3.28. 부동산의 취득·사용 운영 및 관리, 건축물 건설·분양 및 운영·관리사업, 부동산의 분양사업, 부동산 개발사업, 개발이익의 재투자사업 등 OOO북합레저단지 조성사업의 활성화를 위해 필요한 제반 사업, 기타 OOO복합레저단지 조성사업의 수행을 위하여 필요한 사업 등을 목적사업으로 설립되었다.

(나) 청구법인이 「경제자유구역의 지정 및 운영에 관한 법률」에 따라 재정경제부장관의 승인을 받은 OOO복합레저단지 조성사업의 개발계획 및 실시계획에 따라 개발대상토지의 가처분용지를 매수하여 개발사업을 수행하기 위한 목적으로 2007.6.11. OOO와 체결한 ‘토지공급계약’의 주요내용은 다음과 같다.

(다) 이 건 개발사업에 대한 개발계획 및 실시계획 변경승인 고시(2008.6.3. 지식경제부 고시 제2008-58호) 내용을 보면, 사업시행자가 당초 OOO에서 OOO및 청구법인〔구 OOO〕로 변경되었다.

(라) 쟁점토지의 ‘등기사항전부증명서’를 보면, OOO가 2011.11.21. 소유권보존등기를 한 후, 청구법인에게 2011.12.28. ‘매매’를 원인으로 하여 2012.3.15.과 2012.4.13. 및 2012.11.15. 각 소유권이전등기가 된 것으로 나타난다.

(마) 처분청이 제출한 청구법인의 2012년도 ‘손익계산서’에 의하면, 쟁점토지에 대한 당기 용지매입액이 OOO으로 기재되어 있는바, 그 내역은 아래 <표4>와 같다.

<표4> 쟁점토지에 대한 당기 용지매입액 내역

(단위 : 원)

(바) OOO는 이 건 개발사업에 따른 쟁점토지의 선지출비용에 대하여 청구법인에게 지급요청을 하였고, 선지출비용에는 용지비, 조성비, 이주비(주거이전비 및 이사비 등) 등으로 구성되어 있으며, 당해 이주비는 OOO가 이주 대상자에게 직접 지급한 것으로 나타난다.

(사) 처분청은 2016.8.10. 청구법인이 기 신고·납부한 취득신고가액과 법인장부가액(건설중인자산)과의 차액분에 대한 이 건 취득세 등 합계 OOO을 청구법인에게 부과·고지하였으며, 그 세부내역은 아래 <표5>와 같다.

<표5> 이 건 취득세 등 내역

(단위 : 원)

(아) 청구법인이 쟁점토지의 법인장부가액(건설중인자산) 중 이 건 취득세 등의 과세표준에서 제외되어야 할 금액이라고 주장하는 이건 비용 중 쟁점비용과 감액·경정세액OOO을 그 취득일자별로 정리하면 아래 <표6·7>과 같이 나타난다.

<표6> 과세표준에서 제외되어야 할 쟁점비용 내역

(단위 : 원)

<표7> 감액·경정세액 내역

(단위 : 원)

(자)

청구법인이 제출한 ‘건설중인자산’ 원장 내역 중 이 건 비용(이 건 이주비, 이 건 부가가치세 및 쟁점취득세 등)에 대한 법인장부의 계상 내역은 다음과 같다.

1) 이 건 개발사업에 따른 총 사업비는 아래 <표8>과 같다.

<표8> 이 건 개발사업에 따른 총 사업비

(단위 : 원)

2) 위 총 사업비 중 청구법인이 취득할 개발사업 용지는 전체 토지의 약 73%에 해당하며, 동 비율 및 할증금액(토지공급계약서상 토지조성원가의 120%)을 고려하여 이 건 이주비를 이주비, 가아주단지공사비 및 이주대책비로 각각 안분한 금액은 아래 <표9>와 같다.

<표9> 이주비, 가아주단지공사비 및 이주대책비

(단위: 원)

3) 쟁점토지의 취득을 위한 제반 비용에 대한 이 건 부가가치세로서 매입세액 불공제분은 아래 <표10>과 같다.

<표10> 이 건 부가가치세 내역(쟁점토지 관련 매입세액 불공제분)

(단위 : 원)

4) 쟁점토지의 취득에 따라 지급한 쟁점취득세 등은 아래 <표11>과 같다.

<표11> 쟁점취득세 등의 내역

(단위 : 원)

주) 쟁점토지의 취득시기에 대한 자문료 등 합계 : OOO

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다.

(가) 먼저 쟁점①에 대하여 살피건대, 청구법인이 OOO와 2011.12.28. 체결한 쟁점토지에 대한 부동산매매계약과 토지등기사항증명서 등에서 OOO가 이 건 개발사업과 관련한 수용 및 보상업무를 직접 수행하면서 이 건 이주비를 지급하였고, OOO가 쟁점토지에 대하여 소유권 보존등기를 한 후 청구법인이 매매를 원인으로 소유권을 이전받은 사실 등에 비추어 청구법인이 쟁점토지를 OOO로부터 유상으로 승계취득한 것으로 보는 것이 타당하다 하겠으므로 처분청이 쟁점토지의 취득가격에 이 건 이주비를 포함하여 이 건 취득세 등을 부과한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

(나) 다음으로 쟁점②에 대하여 살피건대,

「지방세법 시행령」제18조

제1항 및 제2항에서 과세물건의 취득가격은 취득시기를 기준으로 그 이전에 해당 물건을 취득하기 위하여 거래 상대방 또는 제3자에게 지급하였거나 지급하여야 할 직접비용과 그 간접비용의 합계액으로 하되, 부가가치세 등에 대하여는 취득가격에서 제외하도록 규정하고 있는바, 청구법인이 쟁점토지의 취득을 위하여 지급한 간접비용에 해당하는 부가가치세를 취득가격에서 제외하는 것이 타당하다 하겠으나, 청구법인이 제출한 <표10>의 이 건 부가가치세 내역만으로는 쟁점토지의 취득을 위하여 지출한 자문료 등이 포함되었는지 명확히 확인되지 아니하므로 처분청이 이를 재사하여 그 과세표준 및 세액을 경정하는 것이 타당하다 할 것이고, 쟁점토지의 취득에 따라 처분청에 납부한 취득세는 취득 후에 발생한 비용이라 취득가격에 해당하지 아니한다 하겠는바, <표11>의 쟁점취득세 등 합계 OOO중 쟁점토지의 취득시기에 대한 자문료 합계 OOO을 제외한 금액인 OOO은 과세표준에서 제외하는 것이 타당하다고 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로

「지방세기본법」 제96조

제4항과

「국세기본법」 제81조

, 제65조 제1항 제2호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.