이유
1. 사 실

청구인은 서울시 중구 OOO동 OOOOO에 주소를 둔 사람으로서 인천시 남구 OO동 OOOOOOO 소재 대지 36,213평방미터가 88.5.10 청구외 OOO으로부터 매매를 원인으로 하여 청구인명의로 소유권이전등기된 후 이를 4필지로 분할(도시계획에 의해 분할된 것임)하여 별지 ①②토지는 89.2.16 청구외 OOO(주식회사 OO의 대표이사)에게 31,600,000원에 양도하고 별지③④토지는 89.3.17 청구외 주식회사 OO(이하 “청구외법인”이라 한다)에 2,127,603,000원에 양도한 후 89.4 양도가액은 실지거래가액으로 하고 취득가액은 환산하여 자산양도차익예정신고 및 납부를 한 사실이 있는 바,

처분청은 위 양도가 단기 및 법인과의 거래라고 하여 실지취득가액을 조사하여 90.10.16 청구인에게 양도소득세 48,812,001원(③④토지에 대한 양도소득세는 감면된 것임) 및 동 방위세 256,597,228원을 부과하자 청구인은 이에 불복하여 전심절차를 거쳐 91.5.13 이 건 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장

청구(가): 별지 ①②③ 토지에 대하여는 청구인이 중도금 및 잔금을 받기전에 소유권이전등기를 해주었으나 그 상태에서 양수인에게 부도가 발생하였고 그에 따라 청구인은 90.1.30 양수인을 상대로 서울민사지방법원에 소유권이전등기말소청구소송(90가합OOOO호)을 제기하여 승소함으로써 위 소유권이전등기가 말소되었으므로 위 토지에 대하여는 「양도」라는 과세요건이 소멸하였다고 보아야 하며,

청구(나): 처분청이 별지 ①②③④토지의 양도차익을 계산함에 있어 양도가액은 실지거래가액인 2,159,203,000원으로 하고 취득가액은 매도증서(89.10.1 검인계약서제도 시행전의 것임)에 기재된 내무부과세시가표준액인 615,621,000원 [36,213㎡×17,000원(169등급의 1㎡당 가액)]으로 함은 부당하다는 주장이다.

3. 국세청장 의견

청구인 주장대로 청구인이 별지토지를 양도하고 그 잔금을 수령하지 않았다 하더라도 별지토지는 89.2.16 및 동년 3.17 청구외 OOO 및 청구외 법인명의로 그 소유권이전등기가 경료되었으므로 소유권이전등기가 경료된 시점을 양도시기로 보아 양도소득세를 과세한 처분은 정당하고, 당초의 매매계약의 취소를 원인으로 하여 소유권이전등기가 말소된 사실과 그 확정판결여부가 확인되지 아니한 상태에서 당초의 매매계약이 무효라는 주장은 받아들일 수 없으며(국세청 심사청구시는 소송계류중이었음), 처분청이 인정한 취득가액 615,621,000원은 청구인 스스로 확인한 금액이므로 이를 실지취득가액으로 보아야 한다는 의견이다.

4. 쟁 점

이 건 심판청구의 다툼은

가. ①②③ 토지에 대하여 「양도」라는 과세요건이 소멸한 것으로 볼 수 있는지의 여부와

나. ①②③④ 토지의 취득가액 615,621,000원이 실지거래가액인지의 여부를 가리는 데 있다 하겠다.

5. 심리 및 판단

(1) 쟁점 “가”에 대하여:

먼저 관련법규정을 보면,

소득세법 제4조

제3항은 「“양도”라 함은 자산에 대한 등기 또는 등록에 관계없이 매매·교환·법인에 대한 현물출자등으로 인하여 그 자산이 유상으로 사실상 이전되는 경우를 말한다(이하생략)」라고 규정하고 있고, 소득세기본통칙 1-1-14...4(자산의 양도로 보지 않는 경우) 제2항은 「매매원인무효의 소에 의하여 그 매매사실이 원인무효로 판시되어 환원될 경우에는 양도로 보지 아니한다」라고 규정하고 있다.

다음으로 이 건 사실관계를 보면, 청구인이 88.6.22 청구외 OOO 및 청구외법인과 쟁점토지에 대한 매매계약을 체결하고 그 중도금일부와 잔금을 받지 못한 상태에서 89.2.16 및 89.3.17 위 OOO 및 법인에게 각 각 소유권이전등기를 해 주었으나 그 상태에서 청구외법인에 부도가 발생, 위 중도금 및 잔금을 받을 수 없게 되자 청구인이 89.12.16 서울민사지방법원에 이들을 상대로 소유권이전등기말소청구의 소(90가합OOOO)를 제기(④토지에 대하여는 90.8.25 소취하)하여 90.10.25 승소하였고 91년 고등법원에 항소중 이들이 소송을 포기함으로써 위 승소판결이 확정되자 이를 원인으로 하여 91.6.5 청구외OOO의 ①②토지 및 청구외법인의 ③토지에 대한 소유권이 등기가 말소되었음을 알 수 있는 바,

청구인이 주장하는 바와 같이 ①②③ 토지에 「양도」라는 과세요건이 소멸하였는지의 여부를 살펴보면,

①②토지의 경우, 청구외 OOO명의의 소유권이전등기에 대하여만 그 말소 등기가 경료되었을뿐 청구외OOO으로부터 취득한 그 다음 양수자들 예컨대, 청구외 OOO의 명의로 된 소유권이전등기는 말소되지 않아 청구인명의로의 환원등기가 이루어지지 않았을뿐 아니라 청구외 OOO가 91.5.31 ①②토지(공부상 도로임)를 증여를 원인으로 인천시에 기부채납하였음을 등기부등본에 의해 확인할 수 있는 바, ①②토지의 소유권이 청구인에게 있음을 청구외 OOO등과 다투지 아니하고, 나아가 청구인이 청구외 OOO의 인천시에 대한 ①②토지의 기부채납을 합의하였음을 볼때 ①②토지에 대한 중도금 및 잔금에 관하여는 청구인과 청구외 OOO간에 내부적정산관계가 이루어졌다고 볼 수 밖에 없으므로 청구외 OOO에 대한 소유권이전등기말소만으로 ①②토지에 대해 「양도」라는 과세요건이 완전하게 소멸하였다고는 볼 수 없고,

③의 토지의 경우, 소득세 기본통칙 1-1-14-4에는 매매원인무효의 소만이 규정되어 있어 이 건 양도계약(법률행위의 일종) 당시에는 무효 또는 취소의 사유가 존재하지 아니하여 일견 「양도」라는 과세요건이 소멸하지 않은 것으로 볼 수도 있겠으나 매수인의 잔금지급불이행이라는 사유에 의한 법정해제권이 발생하여 90.1.30 서울민사지방법원에 제기한 소유권이전등기말소청구의 소에 의해 적법하게 청구인에게 소유권이 환원되었으므로 「양도」라는 과세요건이 소멸하였다고 볼 수 밖에 없어 ①②토지와는 달리 ③토지에 대하여는 양도소득세를 과세할 수 없다고 판단된다.

(2) 쟁점“나”에 대하여:

먼저 이 건 양도당시 시행된 관계법령을 보면,

소득세법 제23조

제4항 및

동법 제45조

제1항 제1호에 의하면 양도가액과 취득가액은 양도 또는 취득당시의 기준시가에 의하되 대통령령이 정하는 경우에는 실지거래가액에 의하도록 규정하고 있고

동법시행령 제170조

제4항 제1호는 위 대통령령이 정하는 경우의 하나로서 「국가·지방자치단체·기타법인과의 거래에 있어서 양도 또는 취득당시의 실지거래가액이 확인된 경우」를, 그 제2호는 「국세청장이 지역에 따라 정하는 일정규모이상의 거래 기타부동산투기의 억제를 위하여 필요하다고 인정되어 국세청장이 지정하는 거래에 있어서 양도 또는 취득당시의 실지거래가액을 확인할 수 있는 경우」를 각 각 규정하고 있고, 재산제세조사사무처리규정 제72조 제3항 제5호는 위 제2호의 국세청장이 지정하는 거래의 하나로서 「부동산을 취득하여 1년이내 양도하는 때」를 규정하고 있다.

다음으로 사실관계를 보면, 청구인이 ①②③④토지에 대해 89.2.16 및 89.3.17 청구외 OOO 및 청구외법인에게 그 소유권이전등기를 각 각 경료한데 대하여 처분청은 위 거래가 단기거래 및 법인과의 거래에 해당한다 하여 90.7 청구인으로부터 ①②③④ 토지를 615,621,000원에 취득하였다는 확인서를 받아 그 금액을 취득가액으로 하여 90.10.16 양도소득세를 부과하자 청구인은 위 금액은 내무부과세시가표준액으로서 약 한달간 계속된 세무조사를 하루속히 끝내고 싶은 심정에서 매도증서상의 기재금액인 615,621,000원에 취득하였다고 진술하였을 뿐이므로 위 금액은 실지취득가액이 아니라고 주장한다.

처분청이 쟁점토지의 취득가액으로 인정한 615,621,000원이 실지취득가액인지의 여부를 살펴보면,

첫째, 쟁점토지는 취득당시 그 등급이 162등급이었고, ㎡당 가액이 17,000원이었으므로 이 가액에 쟁점토지면적(36,213㎡)을 곱한 가액 즉, 쟁점토지의 취득당시 내무부 과세시가표준액은 615,621,000원이 되며, 처분청이 청구인의 확인서를 근거로 하여 쟁점토지의 취득가액으로 인정한 가액도 615,621,000원으로 위의 내무부 과세시가표준액과 동일함을 알 수 있고,

둘째, 청구인등이 84.10.5 OO공사(OOOO은행의 대리인)와 쟁점토지에 대해 매수계약할 당시(당초 쟁점토지는 청구인과 청구외 OOO등 4인이 OO공사와 매수 계약한 토지중의 일부였으나 그 후 그 소유권이 OOO에게 이전되었다가 다시 청구인에게 이전되었음)와 처분청이 청구인으로부터 그 취득가액을 확인할 당시(88.5.10)의 쟁점토지의 과세시가표준액을 서로 비교해 보면, OO공사와 매수계약할 당시의 과세시가표준액이 ㎡당 12,000원(토지등급 162등급)이었음에 비해 위 확인할 당시의 과세시가표준액은 ㎡당 17,000원으로서 그간 141%가 상승하였음에 반해 처분청이 청구인으로부터 확인하여 취득가액으로 인정한 가액(㎡당 17,000원으로 총취득가액 615,621,000원 상당)은 청구인등이 OO공사로부터 취득한 가액(㎡당 28,886원으로 총취득가액 1,046,048,718원 상당)의 59% 수준으로서 3년7개월여 동안 오히려 41%가 감소한 것으로 나타나고 있으며,

셋째, 청구외 OOO은 쟁점토지의 소유권이 자기명의로 이전된 후인 88.4.20 “청구인의 승인도 없이 쟁점토지를 담보로 하여 융자를 받고 소유권을 이전한 데 대하여 책임을 지겠다”는 내용의 각서를 청구인에게 써준 후 그 소유권을 청구인 앞으로 이전하였다가 그 후 쟁점토지의 양도대금을 정산하지 않는다는 이유로 89.11.8 청구인을 고소하였고(이 고소는 91.7.26 무혐의 처리됨), 청구인도 이에 맞서 OOO을 고소하는 등 양자간에 쟁점토지의 소유권이전과 관련하여 많은 다툼이 있었음이 91.7.2 자 서울지방검찰청이 청구인에게 보낸 고소사건 처분결과 통지서에 의해 확인되는 바,

위에서 본 여러사실들을 종합하여 볼 때 처분청이 쟁점토지의 실지취득가액으로 본 매도증서상의 기재금액 615,621,000원은 취득당시의 내무부 과세시가표준액으로서 이를 실지취득가액으로 보아 양도소득세를 과세한 당초처분에는 잘못이 있다고 판단된다.

6. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유있다고 인정되므로

국세기본법 제81조

및 제65조 제1항 제2호 및 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.

[ 별 지 ]

부 동 산 목 록

구 분

소 재 지

면 적

① 토지

② 토지

③ 토지

④ 토지

인천시 남구 OO동 OOOOOOO

인천시 남구 OO동 OOOOOOO

인천시 남구 OO동 OOOOOOO

인천시 남구 OO동 OOOOOOO

584㎡

462㎡

8,623㎡

26,544㎡

계

36,213㎡