이유
1. 처분개요

가. 청구법인과 AAA 주식회사(이하 “주-AAA”이라 한다)는 2015.11.26. OOO 지상에 전용면적 60㎡ 이하의 공동주택 45세대(이하 “쟁점주택”이라 한다)를 신축하여 각각 100분의 90과 100분의 10의 지분을 취득한 후, 2015. 12.11. 그 취득가격 OOO원을 과세표준으로 하고

「지방세법」제11조

제1항 제3호의 세율을 적용하여 산출한 취득세 OOO원, 지방교육세 OOO원 합계 OOO원(이하 “이 건 취득세 등”이라 한다)을 처분청에 신고·납부하였다.

나. 청구법인은 쟁점주택이 전용면적 60㎡ 이하의 공동주택이므로「지방세특례제한법」(2014.12.31. 법률 제12955호로 개정되기 전의 것, 이하 “개정 전 「지방세특례제한법」” 또는 “종전 규정”이라 한다) 제33조 제1항(이하 “쟁점조항”이라 한다) 및 「지방세특례제한법」(2014.12.31. 법률 제12955호로 개정된 것, 이하 “개정 후 「지방세특례제한법」”이라 한다) 부칙 제14조에 따라 취득세 등이 면제되어야 한다는 취지로 2020.9.16. 처분청에 쟁점주택에 대한 취득세 등의 환급을 구하는 경정청구를 하였으나, 처분청은 2020.11.12. 이를 거부하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2021.1.4. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

개정 후「지방세특례제한법」부칙 제14조에서 종전의 규정에 따라 부과 또는 감면하여야 할 조세에는 개정 전 법령의 시행 당시 이미 과세요건이 모두 충족되어 납세의무가 성립한 조세뿐만 아니라 비록 과세요건이 모두 충족되지는 않았더라도 납세의무자가 개정 전 법령에 의한 조세 감면 등을 신뢰하여 개정 전 법령의 시행 당시에 과세요건의 충족과 밀접하게 관련된 원인행위로 나아감으로써 일정한 법적 지위를 취득하거나 법률관계를 형성하는 등 그 신뢰를 마땅히 보호하여야 할 정도에 이른 경우에도 이를 적용하여야 할 것이라고 대법원 및 조세심판원의 결정(조심 2018지1116, 209.6.17., 대법원 2011. 1.27. 선고 2008두15039, 같은 뜻임)에서도 판시하고 있고, 쟁점조항은 1995.1.18. 「OOO 도세감면조례」제12조 제1항에 신설되어 개정 전 「지방세특례제한법」이 2014.12.31. 일몰되기 전까지 약 20년간 계속되었으므로 청구법인으로서는 쟁점주택의 사용승인을 받을 때까지 같은 규정이 유지될 것이라고 기대한 것이 무리가 아니라 할 것이므로 경정청구를 거부한 처분은 부당하다.

나. 처분청 의견

「지방세법 시행령」 제20조

제6항에 따르면 건축물을 건축 또는 개수하여 취득하는 경우에는 사용승인서를 내주는 날과 사실상 사용일 중 빠른 날을 취득의 시기로 보아 납세의무가 성립하는 것으로써, 청구법인의 경우 2015.11.23. 처분청으로부터 쟁점주택에 대해 사용검사확인을 받아 납세의무가 성립한 것으로, 법률불소급 원칙상 납세의무가 성립한 당시의 법령을 적용하는 것이 타당하며,

쟁점조항 부칙규정에 “종전의 규정에 따라 부과 또는 감면해야 할 조세”에 해당하여 개정 전 법령이 적용되기 위해서는 개정 전 법령의 시행 당시 과세요건이 모두 충족되어 납세의무가 성립하였거나, 비록 과세요건이 모두 충족되지는 않았더라도 납세의무자가 개정 전 법령에 의한 조세감면 등을 신뢰하여 개정 전 법령의 시행 당시에 과세요건의 충족과 밀접하게 관련된 원인행위로 나아감으로써 일정한 법적 지위를 취득하거나 법률관계를 형성하는 등 그 신뢰를 마땅히 보호하여야 할 정도에 이른 경우이어야 하고,

이러한 정도에 이르지 않은 경우에는 개정 전 법령이 아니라 납세의무 성립 당시의 법령이 적용된다고 할 것(대법원 2015.12.23. 선고 2015두36645 판결, 같은 뜻임)이며, 종전 규정에서 이미 장래의 한정된 기간 동안 그 원인행위에 기초한 과세요건의 충족이 있는 경우에도 특별히 비과세 내지 면제한다거나 과세를 유예한다는 내용을 명시적으로 규정하고 있지 않는다면, 법률불소급 원칙상 납세의무가 성립한 당시의 법령에 따라 지방세 감면이 적용되어야 할 것(대법원 2010.11.11. 선고 2008두5773 판결, 같은 뜻임)으로 처분청이 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

2014.12.31. 개정 전

「지방세특례제한법」 제33조

제1항을 적용하여 60㎡ 이하 쟁점주택에 대한 취득세 등을 감면하여야 한다는 청구주장의 당부

나. 관련 법령 : ＜별지＞ 기재

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 다음과 같은 사실이 나타난다.

(가) BBB 주식회사(이하 “주-BBB”이라 한다)는 20 06.1.26. OOO 지상에 쟁점주택을 신축하기 위하여 처분청으로부터 착공신고필증을 받았다.

(나) 처분청은 2012.2.28. 쟁점주택 신축과 관련하여 건축주를 주-BBB에서 주식회사 CCC(이하 “주-CCC”라 한다)로 변경하는 주택건설사업계획(변경)을 승인하였다.

(다) 주-CCC는 2012.4.28. 법인명을 주-AAA 주식회사(이하 “주-AAA”이라 한다)로 변경하였고, 처분청은 2014.9.2. 쟁점주택 신축과 관련하여 건축주를 주-CCC에서 주-AAA로 변경하는 주택건설사업계획(변경)을 승인하였다.

(라) 주-CCC는 2012.2.28. OOO 토지 2,911㎡를 매매로 취득하였다가 2014.7.27. 해당토지의 100분의 90을 청구법인에게 매각한 것으로 확인되고, 쟁점주택 중 제101동 제102호 등기부상 소유권보존 당시의 소유권을 보면 해당주택의 100분의 90은 청구법인이, 100분의 10은 주-AAA이 소유하고 있는 것으로 확인된다.

(마) 처분청은 2015.6.17. 쟁점주택 신축과 관련하여 건축주를 주-AAA에서 주-AAA과 청구법인으로 변경하는 주택건설사업계획(변경)을 승인하였다.

(바) 청구법인은 2014.7.1. OOO서장으로부터 업종을 건설업으로, 사업장 소재지를 OOO로 하여 사업자등록증을 발급받았다.

(사) 쟁점주택의 건축물대장을 보면 처분청은 쟁점주택의 신축과 관련하여 2003.9.25. 건축허가를, 2006.1.26. 착공신고 수리통지를, 20 15.11.23. 사용승인을 한 것으로 확인된다.

(아) 청구법인의 쟁점주택은 공동주택 45세대로서 모두 전용면적 60㎡ 이하의 공동주택이고, 모두 분양된 것으로 확인된다

(자) 행정안전부는 2014.9.15. 지방세특례제한법 일부개정법률(안)을 아래와 같이 입법예고하였으며, 이 건 관련 조문인 제33조는 정비조문에 명시되어 있지는 아니하다.

지방세특례제한법 일부개정법률(안) 입법예고

1. 개정이유

2014년 12월 31일자로 일몰이 도래하는 지방세 감면사항들이 일괄 종료됨에 따라, 지방세 감면 지원이 계속 필요한 분야에 대하여 감면을 재설계하기 위한 것임. 취약계층 등 저소득층 및 민생경제 와 관련된 분야는 가급적 기존 수준으로 감면을 재설계하고, 그 외의 경우에는 노인·장애인 등 새로운 복지수요에 대응해야 하는 등 지방재정 여건과 지방세 감면의 비정상적 문제들(100% 면제규정 과다, 관행적 감면 연장 등)을 정상화하는 방향으로 새롭게 재설계함으로써 지방세 감면제도의 효율성을 제고하며, 지방세특례에 대한 기본계획을 국무회의 심의를 거치는 등 지방세 특례의 사전.사후 관리를 강화하고자 함. 아울러, 지방세특례제한법 제정취지 이행 및 체계적인 지방세 관리를 위하여 현재 조세특례제한법에 규정되어 있는 기업 구조조정, 창업중소기업 등 적용기한이 올해로 종료하는 감면규정을 지방세특례제한법으로 이관하고 그 밖에 현행 감면제도의 운영상 나타난 일부 미비점도 개선·보완하려는 것임.

2. 주요내용

가. 농어업을 위한 지원

나. 사회복지를 위한 지원

다. 교육, 과학기술 및 관광 등에 대한 지원

라. 중소기업 지원 등을 위한 감면

마. 수송 및 교통 지원에 대한 감면

바. 국토 및 지역개발에 대한 지원

사. 공공행정 등 분양에 대한 감면

아. 지역자원시설세 및 주민세에 대한 감면 정비

자. 일몰 미설정된 감면에 대한 일몰기한 적용

차. 지방세특례 기본계호기의 국무회의 심의 등 사전사후관리 강화

타. 지방소득세 관련 감면

파. 양도소득분 개인지방세득세액 감면세액 계산식 정부

거. 기업 구조 및 재무조정 등 조세특례제한법 개정안에 규정된 지방세 감면규정을 지방세특례제한법으로 이관

너. 기타 운영상 미비점 보완

(차)

「지방세특례제한법」제33조

제1항에서 규정하는 전용면적 60㎡ 이하의 공동주택에 대한 감면규정은 2014.12.31. 일몰이 도래되어 종료되었다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다.

개정 전

「지방세특례제한법」 제33조

제1항에서 대통령령으로 정하는 주택건설사업자가 분양할 목적으로 건축한 전용면적 60제곱미터 이하인 5세대 이상의 공동주택(해당 공동주택의 부속토지를 제외한다)과 그 공동주택을 건축한 후 미분양 등의 사유로 제31조에 따른 임대용으로 전환하는 경우 그 공동주택에 대해서는 2014년 12월 31일까지 취득세를 면제한다고 규정하고 있고, 개정 후 「지방세특례제한법」 부칙 제14조에서 이 법 시행 전에 종전의 규정에 따라 부과 또는 감면하였거나 부과 또는 감면하여야 할 지방세에 대해서는 종전의 규정에 따른다고 규정하고 있다.

위 부칙 규정에 따른 “종전의 규정에 따라 부과 또는 감면하여야 할 조세”에 해당하여 개정 전 법령이 적용되기 위해서는 개정 전 법령의 시행 당시 과세요건이 모두 충족되어 납세의무가 성립하였거나, 비록 과세요건이 모두 충족되지는 않았더라도 납세의무자가 개정 전 법령에 의한 조세 감면 등을 신뢰하여 개정 전 법령의 시행 당시에 과세요건의 충족과 밀접하게 관련된 원인행위로 나아감으로써 일정한 법적 지위를 취득하거나 법률관계를 형성하는 등 그 신뢰를 마땅히 보호하여야 할 정도에 이른 경우여야 하고, 이러한 정도에 이르지 않은 경우에는 개정 전 법령이 아니라 납세의무성립 당시의 법령이 적용되어야 할 것(대법원 2015.9.24. 선고 2015두42152 판결, 같은 뜻임)이다.

청구법인은 2014.12.31. 개정 전

「지방세특례제한법」 제33조

제1항을 적용하여 60㎡ 이하 쟁점주택에 대한 취득세 등을 감면하여야 한다고 주장하나,

「주택법」 제16조

제1항 등에서 공동주택 30세대 이상의 주택을 건축하기 위하여는 주택건설사업계획승인을 받아야 하나, 청구법인은 종전 규정이 일몰된 이후인 2015.6.17. 쟁점주택 신축과 관련하여 건축주를 청구법인 등으로 변경하는 주택건설사업계획(변경)을 승인받았는바, 종전 규정의 조세 감면 등을 신뢰하여 그 시행 당시에 과세요건의 충족과 밀접하게 관련된 원인행위로 나아감으로써 일정한 법적 지위를 취득하거나 법률관계를 형성하는 등 신뢰를 보호하여야 할 정도에 이른 것으로 보기 어려우므로 개정 전

「지방세특례제한법」 제33조

제1항을 적용하여 취득세를 감면하기 어렵다 할 것이다. 처분청이 청구법인의 이 건 경정청구를 거부한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로

「지방세기본법」 제96조

제6항과

「국세기본법」 제81조

및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

＜별지＞ 관련 법령

(1) 지방세특례제한법(2014.12.31. 법률 제12955호로 개정되기 전의 것)

제33조(주택공급 확대를 위한 감면) ① 대통령령으로 정하는 주택건설사업자가 공동주택(해당 공동주택의 부대시설 및 복리시설을 포함하되, 분양하거나 임대하는 복리시설은 제외한다. 이하 이 조에서 같다)을 분양할 목적으로 건축한 전용면적 60㎡ 이하인 5세대 이상의 공동주택(해당 공동주택의 부속토지를 제외한다. 이하 이항에서 같다)과 그 공동주택을 건축한 후 미분양 등의 사유로 제31조에 따른 임대용으로 전환하는 경우 그 공동주택에 대해서는 2014년 12월 31까지 취득세를 면제한다.

(2) 지방세특례제한법 부칙(2014.12.31. 법률 제12955호로 개정된 것)

제3조(일반적 적용례) ① 이 법은 이 법 시행 후 납세의무가 성립하는 분부터 적용한다.

제14조(일반적 경과 조치) 이 법 시행 전에 종전의 규정에 따라 부과 또는 감면하였거나 부과 또는 감면하여야 할 지방세에 대해서는 종전의 규정에 따른다.

(3) 지방세특례제한법 시행령(2014.8.20. 대통령령 제25556호로 개정되기 전의 것)

제15조(주택건설사업자의 범위 등) ① 법 제33조 제1항에서 "대통령령으로 정하는 주택건설사업자"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자를 말한다.

1. 해당 건축물의 사용승인서를 내주는 날 이전에

「부가가치세법」 제8조

에 따라 건설업 또는 부동산매매업의 사업자등록증을 교부받거나 같은 법 시행령 제8조에 따라 고유번호를 부여받은 자

2.

「주택법」 제9조

제1항 제6호에 따른 고용자

(4) 충청북도 도세 감면조례

제12조(공동주택에 대한 감면) ① 공공단체·주택건설사업자(

부가가치세법 제5조

의 규정에 의하여 건설업 또는 부동산매매업으로 사업자등록증을 당해 건축물의 사용승인서교부일 이전에 교부받거나

동법시행령 제8조

의 규정에 의한 고유번호를 부여받은 자를 말한다. 이 하 이 장에서 같다) 또는

주택법 제10조

제3항의 규정에 의한 고용자가 분양할 목적으로 건축한 60제곱미터 이하인 5세대 이상의 공동주택(아파트·연립주택·다세대주택을 말하며, 당해 공동 주택의 부대시설 및 복리시설을 포함하되 분양 또는 임대하는 복리시 설을 제외한다. 이하 이 조에서 같다)과 당해 공동주택을 건축후 미분양 등의 사유로 제13조의 규정에 의한 임대용으로 전환하는 경우에 그 공동주택에 대하여는 취득세와 등록세를 면제한다. 다만, 당해 공동주택의 사용승인서교부일부터 2월 이내에 보존등기를 하지 아니하는 경우에는 면제된 취득세와 등록세를 추징한다.

(5) 주택법

제16조(사업계획의 승인) ① 대통령령으로 정하는 호수 이상의 주택건설사업을 시행하려는 자 또는 대통령령으로 정하는 면적 이상의 대지조성사업을 시행하려는 자는 사업계획승인신청서에 주택과 그 부대시설 및 복리시설의 배치도, 대지조성공사 설계도서 등 대통령령으로 정하는 서류를 첨부하여 다음 각 호의 사업계획승인권자(이하 “사업계획승인권자”라 한다. 국가 및 한국토지주택공사가 시행하는 경우와 대통령령으로 정하는 경우에는 국토교통부장관을 말하며, 이하 이 조, 제16조의2 및 제17조에서 같다)에게 제출하고 사업계획승인을 받아야 한다. 다만, 주택 외의 시설과 주택을 동일 건축물로 건축하는 경우 등 대통령령으로 정하는 경우에는 그러하지 아니하다.

1. 주택건설사업 또는 대지조성사업으로서 해당 대지면적이 10만 제곱미터 이상인 경우: 시ㆍ도지사 또는

「지방자치법」 제175조

에 따라 서울특별시ㆍ광역시 및 특별자치시를 제외한 인구 50만 이상의 대도시(이하 “대도시”라 한다)의 시장

2. 주택건설사업 또는 대지조성사업으로서 해당 대지면적이 10만 제곱미터 미만인 경우: 특별시장ㆍ광역시장ㆍ특별자치시장ㆍ특별자치도지사 또는 시장ㆍ군수

(6) 주택법 시행령

제15조(사업계획의 승인) ① 법 제16조 제1항 각 호 외의 부분 본문에서 “대통령령으로 정하는 호수”란 다음 각 호의 구분에 따른 호수 및 세대를 말하며, “대통령령으로 정하는 면적”이란 1만제곱미터를 말한다.

1. 단독주택: 30호. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주택인 경우에는 50호로 한다.

가. 법 제2조 제5호 각 목의 어느 하나에 해당하는 공공사업에 따라 조성된 용지를 개별 필지로 구분하지 아니하고 일단(一團)의 토지로 공급받아 해당 토지에 건설하는 단독주택

나.

「건축법 시행령」 제2조

제16호에 따른 한옥

2. 공동주택: 30세대(리모델링의 경우에는 증가하는 세대수가 30세대인 경우를 말한다). 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주택인 경우에는 50세대로 한다.

가. 다음의 요건을 모두 갖춘 제3조 제1항 제1호 및 제1호의2에 따른 단지형 연립주택 또는 단지형 다세대주택

1) 세대별 주거전용 면적이 30제곱미터 이상일 것

2) 해당 주택단지 진입도로의 폭이 6미터 이상일 것

나. 「도시 및 주거환경

정비법」 제2조

제2호 가목에 따른 주거환경개선사업(같은 법 제6조 제1항 제1호에 해당하는 방법으로 시행하는 경우로 한정한다) 또는 같은 법 제2조 제2호 마목에 따른 주거환경관리사업을 시행하기 위한 같은 조 제1호의 정비구역[같은 법 시행령 제13조 제1항 제4호에 따른 정비기반시설의 설치계획대로 정비기반시설 설치가 이루어지지 아니한 지역으로서 특별자치시장, 특별자치도지사, 시장, 군수 또는 구청장(자치구의 구청장을 말한다. 이하 같다)이 지정ㆍ고시하는 지역은 제외한다]에서 건설하는 공동주택