이유
1. 사실 청구인은 제주도 서귀포시 OO동 OOOO에 주소를 두고 있는 사람으로서 등기부상 청구인이 소유하던 제주도 서귀포시 OO동 OOOOOO 대지 370평방미터(이하 “갑토지”라 한다)와 등기부상 청구외 OOO가 소유하던 제주도 서귀포시 OO동 OOOOOO 대지 314평방미터(이하 “을토지”라 한다)를 88.9.30 교환을 원인으로 한 소유권이전등기에 의하여 상호교환하였는데, 처분청에서는 인접하는 갑토지와 을토지가 교환등기된 것을 토지의 교환거래에 해당되는 것으로 보아 90.1.17 양도소득세 2,131,420원 및 동방위세 213,140원을 청구인에게 결정고지하였고, 청구인은 이에 불복하여 90.3.16 심사청구를 거쳐 90.6.29 심판청구를 제기하였다. 2. 청구인 주장 당초에 청구인소유의 토지가 제주도 서귀포시 OO동 OOOOOOOO에 대지 684평방미터가 있었는데 81.4.13 위 토지에서 제주도 서귀포시 OO동 OOOOOOOO의 대지 314평방미터를 분할하여 이토지(을토지)는 청구인이 계속 소유하고 제주도 서귀포시 OO동 OOOOOOOO의 잔여대지 370평방미터(갑토지)는 OOO에게 양도하였는데 소유권이전등기 서류인 양도증서에 매매물건의 표시가 잘못 기재되어 실제 양도한 갑토지는 청구인소유로 등기부상 남아있고 양도하지 아니한 을토지가 양수자인 청구외 OOO에게 소유권 이전등기되었는데 이처럼 등기부상 소유권 이전등기가 사실과 다르게 된 사실을 모르고 지내오던중 88.9월 매수자인 청구외 OOO가 자기소유의 토지 즉 갑토지를 양도하고 소유권 이전등기를 하는 과정에서 당초 자기가 양수한 갑토지가 자기의 명의로 등재되어 있지 아니하고 을토지가 자기의 명의로 등재되어 있음을 알게 되어 청구인과 협의하여 이를 정정하고자 갑토지와 을토지를 등기부상 교환등기한 것이며 이는 잘못된 소유권이전등기를 바로잡은 것이고 실지로 갑토지와 을토지를 교환한 것이 아니므로 이에 대하여 처분청에서 양도소득세를 부과한 처분은 부당하다는 주장이다. 3. 국세청장 의견 청구인은 갑토지의 당초 양도시 작성한 계약서를 증빙자료로 제시하지 않았고 또한 양수인이라는(등기권리자)청구외 OOO는 등기가 잘못되었다는 사실을 시인하지 않았으며 청구인은 갑토지의 소유자로서 청구외 OOO는 을토지의 소유자로서 7년이상 각각 제세공과금을 부담하고 부동산상의 권리를 행사하여 왔음을 볼 때 착오에 의한 소유권 이전등기를 정정하기 위하여 교환등기한 것으로 보기는 어려우므로 처분청의 이 건 양도소득세 과세처분은 정당하다는 의견이다. 4. 쟁점 이 건 심판청구의 다툼은 갑토지와 을토지의 소유권이 교환을 원인으로 하여 이전등기된 사실이 현실적인 교환거래에서 비롯되었는지의 여부를 가리는데 있다 하겠다. 5. 심리 및 판단 청구인은 81.4.13 갑토지를 청구외 OOO에게 양도하였는데 갑토지에 인접하고 있는 을토지가 청구외 OOO에게 양도된 것으로 등기부상 잘못등기된 사실을 88.9월에야 알게되어 이를 바로잡기 위하여 갑토지와 을토지를 교환을 원인으로 하여 소유권 이전등기한 것이므로 토지의 현실적인 교환이 아니며 이에 대하여 양도소득세를 부과한 처분이 부당하다는 주장인 바, 먼저 청구주장의 진실성여부를 살피건대, 청구인 제출한 갑토지지번의 건축물 관리대장과 을토지지번의 건축물관리대장에 의하면 청구인이 청구외 OOO에게 양도하였다는 갑토지의 지상에 청구외 OOO소유의 목조함석주택 2동(연면적 117.26평방미터)이 있고, 청구인 소유라는 을토지의 지상에는 청구인소유의 목조스레트주택 1동(연면적 62.64평방미터)이 있고, 당심에서 청구인과 청구외 OOO의 실제거주지를 확인해 본 바, 갑토지에 소재하는 청구외 OOO소유 주택에는 청구외 OOO가 거주하고 있고 을토지에 소재하는 청구인 소유주택에는 청구인이 거주하고 있는 사실이 확인되었으며, 이와같이 자기의 토지위에는 이웃사람이 주택을 지어서 살게하고 이웃사람의 토지위에는 자기가 주택을 지어서 산다는 것은 특별한 이유가 없는한 사회통념에 비추어 볼 때 납득이 되지 않으므로 청구주장과 같이 당초 청구인이 양도한 토지는 갑토지이었는데 등기과정에서 착오로 인하여 인접한 을토지가 양도된 것으로 잘못 등기되었고 이러한 사실을 뒤늦게 발견하여 이를 시정하는 방법으로 교환을 원인으로 한 소유권이전등기를 하게 되었다는 주장은 위에서 확인된 사실을 기초로 하여 판단하건대, 갑토지와 을토지를 교환등기하게 된 특별한 이유로서 신빙성이 있어 보인다. 다음으로 위와같은 이유로 교환등기를 한 경우에 양도소득세 과세대상이 되는지를 살펴보면, 소득세법 제4조 제1항 제3호에서 “양도소득”이란 “자산의 양도로 인하여 발생하는 소득”이라고 규정하고 있고 동법 제4조 제3항에서는 “양도라 함은 자산에 대한 등기 또는 등록에 관계없이 매도, 교환, 법인에 대한 현물출자등으로 인하여 그 자산이 유상으로 사실상 이전되는 것을 말한다”고 규정하고 있는 바, 이 건 청구와 같이 청구인 소유토지는 타인에게 이전되어있고 청구인이 양도한 바 있는 토지가 청구인 소유로 등기되어있는 사실을 알게되어 등기부상의 기재사항을 실체적인 권리 관계에 맞도록 정정하기 위하여 편의상 당초매매 당사자간 교환을 원인으로 한 소유권 이전등기를 한 것은 실질적으로 교환에 의하여 대가를 취득한 것이 아니므로 자산이 유상으로 사실상 이전된 것으로 볼 수 없다 하겠다. 따라서 이를 자산의 양도로 보아 양도소득세를 부과한 처분은 부당하다고 판단된다. 6. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구인의 주장은 이유있다고 인정되므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.