이유
1. 처분개요 청구인은 1985.4.6. 서울특별시 강남구 ○○동 527 ○○아파트 25동 제408호(이하 "기존주택"이라 한다)를 취득ㆍ소유하던 중 2002.1.14. 위 주택에 대한 재건축승인에 따라 같은구 ○○동 527 외 4필지 ○○동 제1차아파트 210동 702호에 대한 분양권(이하 "쟁점 분양권"이라 한다)을 취득하였다. 청구인은 2005.7.11. 쟁점 분양권을 박○식 외 1인에게 양도하고, 2005.7.20. 쟁점 분양권에 대하여 장기보유특별공제를 배제하여 양도소득세 예정신고한 후 2005.10.12. 쟁점 분양권의 양도도 장기보유특별공제 적용대상임을 이유로 처분청에 경정청구하였다. 청구인은 2006.3.8. 위 경정청구에 대하여 처분청이 아무런 통지를 하지 아니하자 이건 심판청구를 제기하였다. 2. 청구인 주장 및 처분청 의견 가. 청구인 주장 소득세법시행령 제155조 제16항(2005.12.31. 개정 이전의 것)에서 1세대1주택자인 재건축조합원이 기존주택을 제공하고 당해 조합을 통하여 취득한 분양권은 양도일 현재 다른 주택이 없는 경우에는 1세대1주택으로 본다고 규정하고 있는바, 쟁점 분양권도 주택으로 의제하여 보유기간 전체를 합산하여 장기보유특별공제율을 적용함이 타당하다. 분양권을 1세대1주택으로 의제하면서도 장기보유특별공제는 분양권 상태의 기간을 제외하는 것은 논리의 일관성을 결여한 잘못된 것이다. 나. 처분청 의견 소득세법 제95조 제2항에서 장기보유특별공제대상 자산은 동법 제94조 제1항 소정의 자산 중 토지, 건물에 한하여 공제한다고 규정되어 있는바, 청구인이 양도한 부동산을 취득할 수 있는 권리에 대해서는 장기보유특별공제대상 자산에 해당하지 않으므로, 분양권에 대하여 장기보유특별공제를 배제한 이건 처분은 적법하다. 3. 심리 및 판단 가. 쟁점 1세대1주택에 해당하는 부동산 양도소득금액계산시 부동산을 취득할 수 있는 권리를 장기보유특별공제대상 자산에 포함하지 않은 과세처분의 당부 나. 관련법령 소득세법 제94조 (양도소득의 범위) ① 양도소득은 당해연도에 발생한 다음 각호의 소득으로 한다. 1. 토지(지적법에 의하여 지적공부에 등록하여야 할 지목에 해당하는 것을 말한다) 또는 건물(건물에 부속된 시설물과 구축물을 포함한다)의 양도로 인하여 발생하는 소득 2. 다음 각목의 1에 해당하는 부동산에 관한 권리의 양도로 인하여 발생하는 소득 가. 부동산을 취득할 수 있는 권리(건물이 완성되는 때에 그 건물과 이에 부수되는 토지를 취득할 수 있는 권리를 포함한다) 제95조(양도소득금액) ① 양도소득금액은 제94조의 규정에 의한 양도소득의 총수입금액(이하 "양도가액"이라 한다)에서 제97조의 규정에 의한 필요경비를 공제하고, 그 금액(이하 "양도차익"이라 한다)에서 장기보유특별공제액을 공제한 금액으로 한다. ② 제1항에서 "장기보유특별공제액"이라 함은 제94조 제1항 제1호에 규정하는 자산(제104조 제1항 제2호의 3의 규정에 의한 세율을 적용받는 자산 및 동조 제3항에 규정하는 미등기양도자산을 제외한다)으로서 그 자산의 보유기간이 3년 이상인 것에 대하여 다음 각호의 구분에 따라 계산한 금액을 말한다. 1. 당해 자산의 보유기간이 3년 이상 5년 미만인 것 양도차익의 100분의 10 2. 당해 자산의 보유기간이 5년 이상 10년 미만인 것 양도차익의 100분의 15(제89조 제3호의 규정에 의하여 양도소득의 비과세대상에서 제외되는 고가주택(이에 부수되는 토지를 포함한다)으로서 대통령령이 정하는 면적기준 미만인 주택(이하 이 항에서 "기준면적 미만 고가주택"이라 한다)에 해당하는 경우에는 100분의 25) 3. 당해 자산의 보유기간이 10년 이상인 것 양도차익의 100분의 30(기준면적 미만 고가주택에 해당하는 경우에는 100분의 50) ③ 제89조 제3호의 규정에 의하여 양도소득의 비과세대상에서 제외되는 고가주택(이에 부수되는 토지를 포함한다)에 해당하는 자산의 양도차익 및 장기보유특별공제액은 제1항의 규정에 불구하고 대통령령이 정하는 바에 따라 계산한 금액으로 한다. 동법시행령 제155조 (1세대1주택의 특례) <16> "도시 및 주거환경정비법"에 의한 주택재개발사업 또는 주택재건축사업을 시행하는 정비사업조합의 조합원( 동법 제48조 의 규정에 의한 관리처분계획의 인가일 또는 그 전에 기존주택이 철거되는 때에는 기존주택의 철거일 현재 제154조 제1항의 규정에 해당하는 기존주택을 소유하는 자에 한한다)이 당해 조합을 통하여 취득한 입주자로 선정된 지위(이에 부수되는 토지를 포함한다)를 양도하는 경우 양도일 현재 다른 주택이 없는 경우에는 법 제94조 제1항 제2호 가목의 규정에 불구하고 이를 제154조 제1항의 규정에 의한 1세대1주택으로 본다. 제160조(고가주택에 대한 양도차익 등의 계산) ① 법 제95조 제3항의 규정에 의한 고가주택에 해당하는 자산의 양도차익 및 장기보유특별공제액은 다음 각호의 산식에 의하여 계산한 금액으로 한다. 이 경우 당해 주택 또는 이에 부수되는 토지가 그 보유기간이 다르거나 미등기양도자산에 해당하는 때에는 6억원에 당해 주택 또는 이에 부수되는 토지의 양도가액이 그 주택과 이에 부수되는 토지의 양도가액의 합계액에서 차지하는 비율을 곱하여 안분계산한다. 1. 고가주택에 해당하는 자산에 적용할 양도차익 양도가액―6억원 법 제95조 제1항의 규정에 의한 양도차익×──────── 양도가액 2. 고가주택에 해당하는 자산에 적용할 장기보유특별공제액 양도가액―6억원 법 제95조 제2항의 규정에 의한 장기보유특별공제액×──────── 양도가액 다. 사실관계 및 판단 (1) 청구인은 쟁점 분양권 양도일 현재 다른 주택을 소유하고 있지 않으며, 쟁점 분양권은 소득세법시행령 제155조 제16항에 의한 1세대1주택에 해당하고, 양도가액이 6억원을 초과하여 고가주택에 해당한다는 사실에 대하여는 청구인과 처분청간에 다툼이 없다. (2) 기존주택의 등기부등본, 사업계획승인서 및 주택조합원 공급서에 의하면, 청구인은 1985.4.6. 기존주택을 취득한 사실, ○○구청장이 2002.1.14. 주택건설촉진법에 의거 기존주택에 대한 재건축사업을 승인함에 따라 청구인은 기존주택을 제공하고 쟁점 분양권을 취득한 사실, 청구인은 쟁점 분양권을 2005.7.11. 박○식 외 1인에게 양도한 사실이 각 확인된다. (3) 처분청의 양도소득세 결정결의서에 의하면 청구인의 양도소득세 예정신고와 동일하게 쟁점 분양권의 양도에 대하여는 장기보유특별공제를 배제하였다. (4) 관계법령을 종합하여 보면, 소득세법 제94조 (양도소득의 범위) 제1항에서 제1호에 토지 또는 건물, 제2호 가목에 부동산을 취득할 수 있는 권리를 구분하여 규정해 놓고 있으며, 같은법시행령 제155조 제16항에서 1세대1주택자인 재건축조합원이 기존주택을 제공하고 당해 조합을 통하여 취득한 분양권은 양도일 현재 다른 주택이 없는 경우에는 부동산을 취득할 수 있는 권리임에도 불구하고 이를 1세대1주택으로 본다고 규정하고 있고, 분양권을 1세대1주택으로 의제하는 경우에 동 분양권 양도가액을 기준으로 6억원을 초과하면 이를 고가주택으로 판단하여 6억원을 초과하는 부분의 양도차익에 대하여 양도소득세를 과세하고 있는바, 이건과 같이 분양권이 1세대1주택으로 의제되고 고가주택에 해당되어 양도소득세를 과세하는 경우에는 장기보유특별공제를 함에 있어서도 분양권을 주택으로 의제하여 양도소득세 과세대상인 고가주택 부분의 양도차익에 대하여 장기보유특별공제를 적용하는 것이 합당하다고 판단된다( 국심2004중4556 , 2005.3.10.). (5) 따라서, 청구인이 처분청에 대하여 쟁점 분양권 양도에 관하여도 장기보유특별공제를 적용함이 타당하다는 이유로 경정청구하였음에도 아무런 조치를 취하지 않음으로써 이를 사실상 거부한 것은 잘못이 있다고 판단된다. 4. 결론 이건 심판청구는 심리결과 청구인의 주장이 이유있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의거 주문과 같이 결정한다.