청구인이 종합소득세 신고시 「소득세법」제70조 제4항 제3호에 규정된 서류를 제출하지 않아 같은 항에 따라 무신고로 간주됨으로써 조특법 제128조 제2항의 감면배제 요건을 충족하였으나,국세청이 발간한 책자에서 추계시에도 조특법 제7조 의 중소기업특별세액감면을 받을 수 있는 것으로 기재되어 있는 점,2016.7.13. 국세청의 유권해석이 있기 전까지 비과세관행이 성립된 것으로 보이는 점 등에 비추어 이 건 처분은 신의칙을 위반한 것으로 보이므로 청구인에게 종합소득세를 과세한 이 건 처분은 잘못이 있음

이유

1. 처분개요 가. 청구인은 2013.6.25. OOO을 개업하여 OOO업을 영위하고「 소득세법」제160조 제3항에 따른 복식부기의무자인 사람으로서 추계에 의한 방법으로 소득금액을 계산하고, 중소기업에 대한 특별세액감면(이하 “쟁점세액감면”이라 한다)을 적용하여 2014년과 2015년 귀속 종합소득세를 법정기한 내에 각 신고·납부하였다. 나. 처분청은 청구인의 신고내용에 대하여 서면분석한 결과,「 소득세법」 제70조 제4항 및「조세특례제한법 」제128조 제2항에 따라 쟁점세액감면 대상자가 아니라고 판단하여 청구인에게 쟁점세액감면을 배제 하는 수정신고를 권고한바, 이에 따라 청구인은 2016.12.16. 수정신고한 후, 2016.12.30. 2014년 귀속 및 2015년 귀속 종합소득세 OOO원, OOO원을 각 납부하였다. 다. 청구인은 2017.1.5. 추계에 의한 신고가 정당한 신고의 한 방법으로 판단하여 쟁점세액감면을 재적용하여 경정청구하였으나, 처분청은 2017.1.6. 거부처분을 하였다. 라. 청구인은 이에 불복하여 2017.1.17. 심판청구를 제기하였다. 2. 청구인 주장 및 처분청 의견 가. 청구인 주장 종합소득세 추계신고의 한 방법인 기준경비율에 의한 종합소득 과세표준확정신고를 정상적으로 이행한바, 이 건 쟁점세액감면을 배제한 처분은 부당하다. 나. 처분청 의견 2006.12.30. 법률 제8144호로 개정된 「 소득세법」제70조 제4항에서 “ 복식부기의무자가 재무상태표 등 서류를 제출하지 아니한 경우에는 종합소득 과세표준확정신고를 하지 아니한 것으로 본다”고 규정하고 있고「조세특례제한법 」 제128조 제2항에서 “ 「소득세법」제80조 제1항에 따라 결정을 하는 경우에는 중소기업에 대한 특별세액감면을 적용하지 아니한다”고 규정하고 있는바, 이 건 쟁점세액감면을 배제한 처분은 정당하다. 3. 심리 및 판단 가. 쟁점 복식부기의무자가 종합소득세를 법정기한내 추계로 신고한 경우에「조세특례제한법」상 중소기업에 대한 특별세액감면을 적용할 수 있는지 여부 나. 관련 법령 : <별지> 기재 다 . 사실관계 및 판단 (1) 국세청 차세대시스템에 따르면 다음과 같은 사실이 나타난다. (가) 청구인이 추계에 의한 방법으로 2014년 및 2015년 귀속 종합소득 과세표준확정신고를 하면서 무신고가산세 및 쟁점세액감면을 적용하였다. (나) 청구인이 종합소득 과세표준확정신고시 「소득세법」제70조 제4항 제3호에 따른 재무상태표 등 제출해야 할 서류를 제출하지 않았고, 처분청은 제80조 제1항에 따라 종합소득 과세표준 및 세액을 결정하지 않은 것으로 나타난다. (다) 처분청의 수정신고 권고에 따라 청구인은 2016.12.16. 쟁점세액감면을 배제하여 2014년 및 2015년 귀속 종합소득 과세표준 및 세액을 각 수정신고하고, 2016.12.30. OOO원 및 OOO원을 각 납부하였다. (2) 청구인은 OOO에서 발간한 소득세신고 실무책자의 주요내용 및 국세청 질의회신 내용 등을 제출하였다. (가) “2014 소득세실무” 책자 내용(817～825쪽)은 아래와 같다.

3. 중소기업에 대한 특별세액감면 (8) 기타 참고사항 ① 투자세액공제와 중복적용 되지 아니한다. ② 최저한세가 적용된다. ③ 농어촌특별세가 적용된다. ④ 추계의 경우에도 적용된다. ⑤ 다음 중 하나에 해당하는 경우에는 해당 사업장에 대하여 감면적용이 배제된다.

(나) “2015귀속 종합소득세 신고실무” 책자 내용(234쪽～236쪽)은 아래와 같다.

Ⅲ. 조세특례제한법상 세액감면 1. 중소기업특별세액감면( 조특법 제7조 ) ⑧ 주의사항 - 창업중소기업, 벤처기업 세액감면등 다른 세액감면과는 중복공제 불가함 - 감가상각의제가 적용되므로 세법상 한도액까지 감가상각하여야 하며 농어촌특별세 해당없음 - 최저한세 해당되며, 추계신고시에도 적용된다.

(다) 국세청 질의회신문의 내용은 아래와 같다.

○ 소득 46011-526(1993.3.4.) 중소제조업을 영위하는 거주자가 추계조사결정을 받는 경우에는 「조세감면규제법」제15조의3 (중소제조업에 대한 임시특별별세액감면)의 조세특례를 적용받을 수 있는 것임 ○ 소득46011-1158(1997.4.25.) 중소제조업을 영위하는 거주자가 당해 연도의 소득세 과세표준을 추계로 확정신고하는 때에도 당해 제조업소득에 대하여는 「조세감면규제법」제7조 의 중소제조업특별세액감면을 적용받을 수 있는 것임 ○ 소득46210-3666(1998.11.28.) 창업중소기업등에 대한 세액감면은 당해 거주자의 소득금액을 추계조사 결정·경정하는 때에도 적용받을 수 있는 것임 ○ 서일46011-11135(2002.9.2.) 창업중소기업등에 대한 세액감면은 당해 거주자의 소득금액을 추계조사 결정·경정하는 때에도 적용받을 수 있음 ○ 서면인터넷방문상담1팀-1593(2006.11.24.) 「조세특례제한법」 제128조 에 의거 「소득세법」제80조 제3항 단서의 규정 에 의하여 추계를 하는 경우 같은 법 제102조의 산림개발소득에 대한 세액감면규정을 적용할 수 있는 것입니다.

(라) 국세청에서 발간한 “2014년 귀속 전화·인터넷상담을 위한 소득세 확정신고 안내 및 실무” 책자 주요내용은 아래와 같다.

(P295 ～ P300 부분 내용) 나. 중소기업에 대한 특별세액감면 (조특법7) ......<중략>...... 7) 기타 참고사항 ① 추계시에도 적용가능 (P384 부분 내용) 나. 추계과세 시 등의 감면 배제 (조특법128) 내용 배제되는 공제·감면 추계과세시 감면배제 추계과세시 감면배제 (조특법128①) ·중소기업 등 투자 세액공제(조특법5) ·기업의 어음제도개선을 위한 세액공제(조특법7의2) <이하 생략> 무신고 ·기한후 신고시 감면배제 (조특법128②) · 경정 및 결정이 있을 것을 미리 알고 수정신고시 감면배제(조특법128③) ·창업중소기업 등에 대한 세액감면(조특법6) · 중소기업에 대한 특별세액 감면(조특법7) <이하 생략>

※ 2015년 귀속 안내책자에도 동일한 내용 포함 (마) 2016.10.17. OOO(제686호) 기사의 요약내용은 아래와 같다.

제목 : 복식부기의무자 종합소득과세표준 추계신고 ‘중소기업특별세액감면’ 배제 해석 개선추진 내용 : OOO가 종합소득 과세표준 및 세액 추계신고에 대한 중소기업특별세액감면에 관한 유권해석을 추진한다. 국세청 법령해석과는 최근 복식부기의무자가 종합소득 과세표준을 추계해 신고하는 경우 「조세특례제한법」 제128조 제2항에 의해 중소기업에 대한 특별세액감면 적용이 배제된다는 유권해석을 내놓았다. ....<생략>.... 이에 대해 한국세무사회는 지난 11일 개최된 상임이사회에서 국세청의 해석은 2006년 「소득세법」을 개정하는 당초 입법취지와 맞지 않고 이 해석을 따르면 단순한 첨부서류 누락도 신고자체가 부인될 수 있어 문제가 있다고 지적했다. 또한 「조세특례제한법」제128조 제2항은 「소득세법」제80조 제1항의 미신고가 결정된 경우만 감면을 배제하도록 하고 있으므로 미신고 결정이 없는데 소급해 감면배제를 할 수 없는 것으로 해석해야 한다는데 의견이 모아졌다. 이에 따라 세무사회는 이번 국세청 유권해석의 문제점을 연구하고 세법과 관련한 저명한 학계 등 전문가들의 자문을 얻어 빠른 시일 내 기획재정부에 반대 의견서를 제출키로 했다.

(3) 처분청은 복식부기의무자가 종합소득 과세표준을 추계신고하는 경우 쟁점세액감면이 배제된다는 국세청 해석을 제출하였다.

과세기준자문(2016-법령해석 소득-139, 2016.7.13.) 복식부기의무자가 종합소득 과세표준 및 세액을 추계하여 신고한 경우 「소득세법」제70조 제4항에 의해 종합소득 과세표준 확정신고를 하지 아니한 것으로 간주되므로 같은 법 제80조 제1항에 따라 종합소득 과세표준 및 세액을 결정하여야 하고 「조세특례제한법」제128조 제2항에 의하여 같은 법 제7조의 중소기업에 대한 특별세액 감면의 적용은 배제되는 것임 국세청 고객만족센터 상담사례(2015.5.21.) 복식부기의무자가 소득세 확정신고시 복식부기에 의해 소득세를 신고하지 않고 추계신고하는 경우 「소득세법」제70조 의 규정에 따라 소득세를 신고하지 않은 것으로 보아, 같은 법 제80조 제1항을 적용받게 되는 것이며, 「조세특례제한법」제128조 제2항의 규정에 따라 중소기업에 대한 특별세액감면을 적용받을 수 없음

(4) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구인이 종합소득세 과세표준 신고시 「소득세법」제70조 제4항 제3호에 규정된 서류를 제출하지 않아 같은 항에 따라 무신고로 간주되어 「조세특례제한법」제128조 제2항의 감면배제 요건을 충족하는 것으로 보이나, 국세청 등이 발간한 책자에 “추계시 감면적용”이라고 기재되어 있고 2006.12.30.「소득세법」개정 이후에도 복식부기의무자로서 관련서류를 미제출한 납세자가 중소기업특별세액감면을 받아도 관련세액을 추징한 사례가 2016.7.13. 국세청의 유권해석(2016-법령해석 소득-139) 이 있기 전까지는 거의 없어 그 간에 비과세관행이 성립된 것으로 납세자가 신뢰할 만한 점 등을 고려하면 처분청이 청구인의 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.(조심 2016전4308, 2017. 5.23., 조세심판관합동회의, 같은 뜻임). 4. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 「국세기본법」 제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다. <별지> 관련 법령 (1) 소득세법 (2006.12.30. 법률 제8144호로 개정된 것) 제70조【종합소득과세표준 확정신고】④ 종합소득 과세표준확정신고를 할 때에는 그 신고서에 다음 각 호의 서류를 첨부하여 납세지 관할 세무서장에게 제출하여야 한다. 이 경우 제160조제3항에 따른 복식부기의무자가 제3호에 따른 서류를 제출하지 아니한 경우에는 종합소득 과세표준확정신고를 하지 아니한 것으로 본다. 3. 사업소득금액을 제160조 및 제161조에 따라 비치·기록된 장부와 증명서류에 의하여 계산한 경우에는 기업회계기준을 준용하여 작성한 재무상태표·손익계산서와 그 부속서류, 합계잔액시산표(合計殘額試算表) 및 대통령령으로 정하는 바에 따라 작성한 조정계산서. 다만, 제160조 제2항에 따라 기장(記帳)을 한 사업자의 경우에는 기획재정부령으로 정하는 간편장부소득금액 계산서 제80조【결정과 경정】① 납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장은 제70조, 제70조의2, 제71조 및 제74조에 따른 과세표준확정신고를 하여야 할 자가 그 신고를 하지 아니한 경우에는 해당 거주자의 해당 과세기간 과세표준과 세액을 결정한다. ② 납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장은 제70조, 제70조의2, 제71조 및 제74조에 따른 과세표준확정신고를 한 자(제2호 및 제3호의 경우에는 제73조에 따라 과세표준확정신고를 하지 아니한 자를 포함한다)가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 해당 과세기간의 과세표준과 세액을 경정한다. 1. 신고 내용에 탈루 또는 오류가 있는 경우 ③ 납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장은 제1항과 제2항에 따라 해당 과세기간의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하는 경우에는 장부나 그 밖의 증명서류를 근거로 하여야 한다. 다만, 대통령령으로 정하는 사유로 장부나 그 밖의 증명서류에 의하여 소득금액을 계산할 수 없는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 소득금액을 추계조사결정할 수 있다. (2) 소득세법 시행령 제143조【추계결정 및 경정】① 법 제80조 제3항 단서에서 "대통령령으로 정하는 사유"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다. 1. 과세표준을 계산함에 있어서 필요한 장부와 증빙서류가 없거나 중요한 부분이 미비 또는 허위인 경우 2. 기장의 내용이 시설규모·종업원수·원자재·상품 또는 제품의 시가·각종 요금 등에 비추어 허위임이 명백한 경우 3. 기장의 내용이 원자재사용량·전력사용량 기타 조업상황에 비추어 허위임이 명백한 경우 (3) 조세특례제한법 제7조【중소기업에 대한 특별세액감면】① 중소기업 중 다음 제1호의 감면 업종을 경영하는 기업에 대해서는 2017년12월31일 이전에 끝나는 과세연도까지 해당 사업장에서 발생한 소득에 대한 소득세 또는 법인세에 제2호의 감면 비율을 곱하여 계산한 세액상당액을 감면한다. 다만, 내국법인의 본점 또는 주사무소가 수도권에 있는 경우에는 모든 사업장이 수도권에 있는 것으로 보고 제2호에 따른 감면 비율을 적용한다. 제128조 【추계과세 시 등의 감면배제】② 「소득세법」제80조 제1항 또는 「법인세법」제66조 제1항에 따라 결정을 하는 경우 와 「국세기본법」제45조의3 에 따라 기한 후 신고를 하는 경우에는 제6조, 제7조, 제12조 제1항·제3항, 제12조의2, 제31조 제4항·제5항, 제32조 제4항, 제33조의2, 제62조 제4항, 제63조, 제63조의2 제2항, 제64조, 제66조부터 제68조까지, 제85조의6 제1항·제2항, 제96조, 제102조, 제104조의24 제1항, 제121조의8, 제121조의9 제2항, 제121조의17 제2항, 제121조의20 제2항, 제121조의21 제2항, 제121조의22 제2항을 적용하지 아니한다. (4) 국세기본법 제18조【세법 해석의 기준 및 소급과세의 금지】② 국세를 납부할 의무(세법에 징수의무자가 따로 규정되어 있는 국세의 경우에는 이를 징수하여 납부할 의무. 이하 같다)가 성립한 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래에 대해서는 그 성립 후의 새로운 세법에 따라 소급하여 과세하지 아니한다. ③ 세법의 해석이나 국세행정의 관행이 일반적으로 납세자에게 받아 들여진 후에는 그 해석이나 관행에 의한 행위 또는 계산은 정당한 것으로 보며, 새로운 해석이나 관행에 의하여 소급하여 과세되지 아니한다. 제47조의2【무신고가산세】① 납세의무자가 법정신고기한까지 세법에 따른 국세의 과세표준 신고(예정신고 및 중간신고를 포함하며, 「교육세법」제9조 에 따른 신고 중 금융·보험업자가 아닌 자의 신고와「농어촌특별세법」및「종합부동산세법」에 따른 신고는 제외한다)를 하지 아니한 경우에는 그 신고로 납부하여야 할 세액(이 법 및 세법에 따른 가산세와 세법에 따라 가산하여 납부하여야 할 이자 상당 가산액이 있는 경우 그 금액은 제외하며, 이하 "무신고납부세액"이라 한다)에 다음 각 호의 구분에 따른 비율을 곱한 금액을 가산세로 한다.