이유
1. 처분개요

건설업을 영위하는 청구법인은 1997.1.1 ～ 2001.12.31 사업기간중 아래와 같이 회계처리 또는 세무조정하여 법인세를 신고하였다.

(1) 1988.1.1 ～ 1994.12.31.기간중 산업합리화계획에 따라 (주)OOO에 대한 보증채무를 인수하면서 합리화기준에 의한 금액을 초과하여 인수한 보증채무 OOO원(이하 “쟁점보증채무”라 한다)을 특별손실로 비용계상하고, 세무조정으로 손금부인하였다가 각사업연도 소득금액계산시 유보처분한 후 1997사업연도에 OOO원, 1998사업연도에 OOO원을 손금산입하였다.

(2)

1999사업연도중 퇴직한 자에게 명예퇴직금 OOO

원(이하 “쟁점명예퇴직금”이라 한다)을 지급하고 퇴직급여충당금잔액 OOO원(이하 “쟁점퇴직급여충당금”이라 하다)과 상계하지 아니하고 전액 퇴직위로금으로 특별손실처리하였다.

(3) 특수관계법인인 OOO산업(주)에 ①1994.1.31 OOO도 OOO시 OOO소재 토지 2,807.33㎡, 건물 3,382.15㎡의 종합체육시설용 부동산(이하 “OOO스포렉스”라 한다)을 12년분할상환조건으로 OOO원에 양도하고, ②1994.4.1. OOO시 OOO구 OOO 볼링장용부동산(이하 “OOO볼링장”이라 한다)을 9년분할상환조건으로 OOO원에 양도하였으나, 할부금수령기간중인 1998.10.15. OOO스포렉스 및 OOO볼링장이 포함된 OOO산업(주)의 체육시설사업을 OOO원에 포괄양수한 후 OOO스포렉스와 OOO볼링장의 양도계약이 해제된 것으로 하여 ①1994사업연도 내지 1997사업연도에 할부금의 회수기일이 도래하여 이미 익금에 산입한 할부매출이익 OOO원을 잡손실(이하 “쟁점잡손실”이라 한다)로 손금산입하고, ②1998사업연도 내지 2005사업연도에 할부금회수기일이 도래하는 할부매출이익 OOO원(이하 “쟁점할부매출이익”이라 한다)을 소멸시켰다.

(4) 1981년에 OOO칼텍스(주)가 재평가적립금을 자본전입하면서 청구법인에게 교부한 무상주 67,489주(이하 “쟁점주식”이라 한다)를 1995.1.1. 자산재평가법에 따라 OOO원(이하 “쟁점재평가차액”이라 한다)으로 평가하여 장부가액으로 기장하였다가 1998.3.31. ～ 1998.7.31기간중 3회에 걸쳐 전량 OOO그룹에 매각하였다.

(5) 2000.9.1. OOO법인 OOO사와 합작투자계약을 체결하여 각각의 지분을 50: 50으로 하는 내국법인 OOO(주)를 설립하고, 2000.9.22. 합작투자계약상의 조건에 따라 청구법인과 OOO사는 각각 OOO(주)명의의 계좌에 OOO원(이하 “쟁점대여금”이라 한다)을 예치하였으며, OOO(주)는 이를 담보로 대출받아 청구법인의 유화사업부분의 양수대금 OOO원을 변제하였다.

(6) 1995.12.31기준으로 임원에 대하여 연봉제를 도입하면서 퇴직금제도를 폐지하였고, 성OOO외 11명의 임원이 퇴직금정산금의 지급을 요구함에 따라 1996년중 퇴직금정산금 OOO원(이하 “쟁점퇴직금정산금”이라 한다)을 지급하고 이를 임원대여금으로 회계처리하였다가 1997.3.31.퇴직급여충당금과 상계하였다.

(7) 1997사업연도중 외화차입금중 OOO불(이하 “쟁점외화차입금”이라 하다)의 평가를 누락하고 이에 대하여 1998사업연도에 평가하므로써 1997사업연도 귀속분 쟁점외화차입금의 평가손실 OOO원을 1998사업연도의 비용으로 계상하였다.

(8) 1996.8.31～1998.12.31. 기간중 OOO건설(주)에 건물신축공사용역을 제공하고 공사대금을 청구하였으나 동공사대금의 지급이 연체됨에 따라 1999.10.17. 공사대금과 함께 공사대금에 대한 연체이자 OOO원(이하 “쟁점연체이자”라 한다)을 대물변제받고, 이에 대하여 매출세금계산서를 교부하거나 부가가치세를 신고하지 아니하였다.

처분청은 청구법인의 위 (1)의 신고사항과 기타사항에 대하여 아래와 같이 세무조정하여 2002.9.6 청구법인에게 1997사업연도분 법인세 OOO원을 환급하고, 1998사업연도분 법인세 OOO원, 1999사업연도분 법인세 OOO원, 2000사업연도분 법인세 OOO원, 2001사업연도분 법인세 OOO원 합계 OOO원을 경정고지하였다.

(1) 쟁점보증채무를 산업합리화계획에 따라 인수한 보증채무가 아니라고 하여 손금부인하여 기타사외유출처분하였다.

(2) 쟁점명예퇴직금중 OOO원은 쟁점퇴직급여충당금과 상계(환입하여 지급)하여야 할 금액으로 보아 손금부인하였다.

(3) OOO산업(주)의 체육시설사업을 포괄양수하는 형식을 통하여 당초 OOO스포렉스와 OOO볼링장(이하 “쟁점부동산”이라 한다)의 양도차익에 상당하는 이익을 특수관계자인 OOO산업(주)에 분여한 것으로 보아 쟁점잡손실을 손금부인하고 쟁점할부매출이익의 현재가치인 OOO원(이하 “쟁점이익”이라 한다)을 익금에 산입하였다

.

(4) 쟁점재평가차액을 차입금이자가 손금부인되는 타법인주식의 장부가액으로 보아 차입금이자 OOO원(1997사업연도분 OOO원, 1998사업연도분 OOO원)을 손금부인하였다.

(5) 쟁점대여금을 업무와 관련없는 가지급금으로 보아 쟁점대여금에 상당하는 차입금이자 OOO원(2000사업연도분 OOO원, 2001사업연도분 OOO원)을 손금부인하였다.

(6) 1997사업연도중 쟁점퇴직금정산금을 업무와 관련없는 가지급금으로 보아 손금부인하여 유보처분하고, 1998사업연도 내지 2001사업연도중 해당 임원이 퇴직함에 따라 OOO원을 손금추인하였으며, 쟁점퇴직금정산금에 대한 인정이자 OOO원을 익금에 산입하여 해당임원에게 상여처분하였고, 쟁점퇴직금정산금에 상당하는 차입금이자 OOO원을 손금부인하였다.

OOO

(7) 1998사업연도에 손금산입된 쟁점외화차입금의 평가손실 OOO원의 손금귀속시기를 1997사업연도로 보아 1998사업연

도의 손금산입을 부인하고, 이를 1997사업연도의 손금으로 추인하면서,

1997사업연도에 감소된 소득금액에 대한 법인세환급금 OOO원을 결정하면서 환급가산금 OOO원을 가산하지 아니하였고, 1998사업연도 증가된 소득금액에 대하여 과소신고가산세 및 미납부가산세를 부과하였다.

쟁점연체이자를 건설용역의 공급가액으로 보아 1999년제2기분 부가가치세 OOO원을 경정고지하였다.

청구법인은 이에 불복하여 2002.11.28 이 건 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 청구법인은 1988.1.1.～1994.12.31.기간중 채권자인 OOO은행의 일방적인 요구에 따라 합리화기준에 정한 인수대상금액을 초과하여 보증채무는 인수하였으나 이는 합리화기준에 의한 총액한도내에서 인수한 금액이므로 초과인수한 1988사업연도 내지 1994사업연도중에는 선급비용이고, 그 후 미달인수한 사업연도의 손금에 해당되므로 청구법인이 1988.1.1.～1994.12.31.기간 인수대상보증채무보다 초과인수금액을 인수대상쟁점보증채무보다 미달인수한 1997사업연도와 1998사업연도에 인수대상금액한도내에서 쟁점보증채무를 손금에 산입한 것은 정당하므로 이를 손금부인처분은 취소되어야 한다.

(2) 쟁점명예퇴직금은 퇴직급여추계액의 계산대상이 아니므로 퇴직급여충당금을 설정할 수 없는 것이고, 기업회계기준은 이를 일시적·우발적 비용으로 보아 지급일이 속하는 사업연도의 특별손실로 계상하도록 하고 있으므로 쟁점퇴직금은 퇴직급여충당금과의 상계대상이 아니고 지급일이 속하는 사업연도의 손금에 해당한다.

(3) 청구법인은 OOO산업(주)가 쟁점부동산의 할부금을 연체하고, 주거래은행인 (주)OOO은행이 청구법인이 소속된 계열기업 전체의 신속한 구조조정을 요구해옴에 따라 OOO산업(주)의 체육시설사업을 포괄적으로 인수하고 쟁점부동산의 양도계약을 해제하여 물권변동의 효과를 소급적으로 소멸시키고, 쟁점부동산을 제3자에 매각하여 구조조정을 수행하였으므로 처분청이 쟁점부동산에 대한 당초 양도계약이 유효한 것으로 보아 부당행위부인규정을 적용하여 쟁점잡손실을 손금부인하고, 쟁점이익을 익금에 산입한 처분은 존재하지 아니하는 양도거래를 전제로 과세한 처분이므로 취소되어야 한다.

(4) 쟁점주식에 대한 재평가차액은 세무상 익금도 아니고 이를 위하여 자금의 외부유출도 없으므로 쟁점재평가차액에 상당하는 차입금이자를 손금부인한 처분은 취소되어야 한다.

(5) 쟁점대여금은 외자를 유치하여 사업의 구조조정을 추진하는 과정에서 합작투자계약에 따라 담보로 제공한 금액이고, 이를 통하여 그 8배이상의 사업양도대금을 회수함으로써 업무와의 관련성도 인정되므로 쟁점대여금이 업무와 관련없는 가지급금이라고 하여 차입금이자를 손금부인한 처분은 취소되어야 한다.

(6) 쟁점퇴직금정산금은 임원에 대하여 연봉제를 도입하면서 퇴직금제도를 폐지함에 따라 일부 임원이 퇴직금을 정산하여 지급할 것을 요구하여 지급된 금액으로 이는 대여금이 아니며, 퇴직급여충당금과 상계하여 지급함으로써 손금산입한 사실이 없으므로 쟁점퇴직금정산금은 특수관계자에 대한 자금대여액으로 보아 손금부인한 후 인정이자를 계산하여 익금에 산입하고, 동액에 상당하는 차입금이자를 손금부인한 처분은 취소되어야 한다.

(7) 청구법인이 쟁점외화차입금의 1997사업연도분 평가손실을 1997사업연도에 손금산입하지 아니하고 1998사업연도에 손금산입한 것은 착오로 법인세를 미리 납부한 것이므로 그 동안 해석집행의 관행에 따라 1998사업연도분 손금부인된 쟁점외화차입금의 평가손실과 관련된 과소신고가산세 및 미납부가산세는 취소되어야 한다.

(8) 1997사업연도분 법인세 환급금 OOO원은 당초 법정신고기한내에 정상적으로 신고납부한 세액이므로 이를 환급하는 경우에는

국세기본법 제52조

제1호의 규정에 의해 신고납부일의 다음날부터 계산한 환급가산금 OOO원을 가산하여 환급하여야 한다.

(9) 쟁점연체이자는 공사용역과 대가관계에 있지 아니하며 이를 공급가액으로 보아 부가가치세 과세표준에 포함하는 것은 그 동안의 대법원판례 및 심판례에 배치되므로 당초 과세처분은 취소되어야 한다.

나. 처분청 의견

(1) 타인에 대한 보증채무의 인수액은 업무와 관련없는 비용이므로 본질적으로 손금불산입사항이나, 산업합리화대상기업의 보증채무액을 합리화기준에 따라 인수한 금액은 예외적으로

조세감면규제법 제36조

제1항의 규정에 의하여 인수일이 속하는 사업연도에 손금산입되는 것이므로 1988사업연도 내지 1994사업연도중 합리화기준에 의한 인수대상 보증채무액을 초과하여 인수한 쟁점채무는 인수일이 속하는 사업연도가 아닌 1997사업연도와 1998사업연도에 손금산입될 수 없다.

(2) 청구법인은 사업연도중에 직원퇴직금 지급규정을 개정하여 직전사업연도 퇴직급여충당금 설정대상자에게 일반퇴직금에 쟁점명예퇴직금을 가산하여 지급하고, 퇴직소득세를 원천징수하여 납부하였으므로 쟁점명예퇴직금은 일반퇴직금과 차이가 없으므로 이미 손금산입된 퇴직급여충당금과 상계하여야 한다.

(3) 청구법인은 1994년에 쟁점부동산을 특수관계자인 OOO산업(주)에게 장기할부조건으로 유효하게 양도하고 그 후 4년이 경과된 1998.10.15. 사업성이 없는 OOO산업(주)의 체육시설업을 포괄양수하는 형식으로 쟁점부동산을 재매입하여 제3자에게 양도함으로써 쟁점잡손실과 쟁점이익의 손실이 발생되었고 동손실은 특수관계자인 OOO산업(주)에 귀속되었으므로 부당행위부인규정에 의해 이를 익금에 산입한 처분은 정당하다.

(4)

구법인세법 시행령 제43조의2

제8항은 차입금이자손금불산입액을 계산함에 있어서 타법인주식은 장부가액으로 계산하도록 규정하고 있고, 쟁점주식의 재평가차액은 법인세법 및 회계기준에 의한 장부가액에 해당되므로 쟁점재평가차액을 쟁점주식의 장부가액으로 보아 동액에 상당하는 차입금이자를 손금부인한 처분은 정당하다.

(5) 청구법인이 특수관계자인 OOO(주)에게 쟁점대여금을 대여한 것은 투자나 재무활동의 일환이지 매출 또는 매입등 영업활동이 아니어서 업무와의 관련성이 인정되지 아니하므로 쟁점대여금을 업무와 관련없는 가지급금으로 보아 동액에 상당하는 차입금이자를 손금부인한 처분은 정당하다.

(6) 쟁점퇴직금정산금은 실제 퇴직하지 아니한 임원에게 지급한 금액이므로 이는 퇴직금이 아니라 자금대여액이며, 퇴직금이 아닌 금액을 퇴직급여충당금과 상계하여 지급하였으므로 이는 퇴직급여충당금의 임의환입에 해당되므로 쟁점퇴직금정산금을 지급하면서 상계한 퇴직급여충당금을 익금에 산입하고, 동퇴직금정산금을 가지급금으로 보아 인정이자를 계산하고 동액에 상당하는 차입금이자를 손금부인한 처분은 정당하다.

(7) 청구법인은 1997사업연도에 쟁점외화차입금의 평가손실을 손금에 산입하면 회계상 결손이 발생되므로 이를 피하기 위하여 기업회계기준을 위배하여 1998사업연도에 손금에 산입함으로써 분식결산을 하였으므로 1998사업연도에 과다계상한 쟁점외화평가손실에 대하여 과소신고가산세 및 미납부가산세를 부과한 처분은 정당하다.

(8) 청구법인은 1997사업연도분 법인세환급금을 잘못 신고하였으므로

국세기본법 제52조

제6호의 규정에 의하여 환급가산금의 기산일은 경정결정일부터 30일이 경과하는 때이므로 경정결정일로부터 30일내에 법인세환급금을 지급하면서 환급가산금을 가산하여 지급하지 아니한 당초 처분은 정당하다.

(9) 쟁점연체이자는

부가가치세법 제13조

제2항제5호를 개정하여 연체이자를 과세표준에서 제외하기 전인 1998.12.31이전에 공급한 건설용역대가에 대한 연체이자이고, 청구법인은 거래상대방으로부터 쟁점연체이자에 대한 부가가치세를 거래징수하였고, 동연체이자는 부가가치세 과세용역인 공사용역과 대가관계에 있는 금전이므로 이를 부가가치세 과세표준에 포함하여 과세한 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

(1) 합리화기준상의 인수대상금액보다 초과하여 인수한 쟁점보증채무를 동기준에 의한 인수대상금액보다 부족하게 인수한 사업연도에 손금산입할 수 있는지 여부

(2)

쟁점명예퇴직금이 퇴직급여충당금과의 상계대상인지 여부

(3) 청구법인이 OOO산업(주)의 사업을 포괄적으로 양수하여 쟁점부동산의 당초 양도차익에 해당하는 쟁점잡손실과 쟁점이익에 상당하는 이익을 부당하게 OOO산업(주)에게 분여한 것으로 볼 수 있는지 여부

(4) 쟁점주식의 재평가차액이 차입금이자가 손금부인되는 타법인주식의 장부가액에 해당되는지 여부

(5) 쟁점대여금이 차입금이자가 손금부인되는 업무와 관련없는 가지급금에 해당되는지 여부

(6) 쟁점퇴직금정산금이 임원에게 업무와 관련없이 대여한 가지급금인지 여부 및 동정산금과 상계처리된 퇴직급여충당금을 임의환입된 금액으로 보아 손금부인한 처분이 타당한지 여부

(7) 1998사업연도에 쟁점외화차입금에 대한 평가손실액을 손금부인함으로써 증가된 소득금액 및 세액에 대하여 과소신고가산세 및 납부불성실 가산세를 면제할 수 있는지 여부

(8) 1997사업연도에 쟁점외화차입금에 대한 평가손실을 손금추인하므로써 발생된 법인세환급금에 대한 환급가산금의 기산일이 당초 법인세 신고납부일인 1998.3.31.의 다음 날인지 또는 법인세 경정일인 2002.9.1.로부터 30일이 경과한 날인지 여부

(9) 쟁점연체이자가 부가가치세 과세표준에 포함되는지 여부

나. 쟁점 (1)에 대하여 살펴본다

(1) 관련법령

조세감면규제법 제36조

(산업합리화에 따른 소득계산의 특례)

① 내국인이 합리화기준에 따라 합리화대상기업의 채무를 면제하거나 합리화대상기업에 대한 보증채무를 인수 또는 변제한 때에는 채무를 면제한 금액 또는 보증채무를 인수하거나 변제한 금액을 손금에 산입한다.(이하 생략)

같은법 제39조

(합리화대상기업)

① 제35조 내지 제38조의 규정에 의한 합리화대상기업은 다음 각호의 1에 해당하는 산업을 영위하는 기업중에서 산업의 합리화 및 진흥을 위하여 대통령령이 정하는 심의회(이하 이 조에서 “심의회”라 한다)에서 합리화대상으로 지정하는 기업으로 한다.

1. ～ 5. (생략)

② 제35조 내지 제37조의 규정에 의한 합리화기준은 제1항의 규정에 의하여 지정된 합리화대상기업의 합리화 및 진흥을 위하여 대통령령이 정하는 바에 따라 심의회에서 정하는 기준으로 한다.

같은법 시행령 제36조

(산업합리화기준등)

① 법 제39조제1항에서 “대통령령이 정하는 심의회”라 함은 산업정책심의회규정에 의하여 설치된 산업정책심의회(이하 “산업정책심의회”라 한다)를 말한다.

② 법 제39조제2항에서 “합리화기준”이라 함은 산업정책심의회가 당해 산업 또는 기업의 합리화와 진흥을 위하여 다음의 사항에 관하여 정한 구체적인 기준을 말한다.

1. ～ 7. (생략)

8. 채무의 면제, 보증채무의 인수 또는 변제의 방법 (이하 생략)

(2) 사실관계 및 판단

(가) 사실관계

1) 1986.5.31. 제4차 산업정책심의회는 (주)OOO 및 계열사

의 합리화계획을 확정하였는 바, 동합리화계획 제1호에서 「청구법인, (주)OOO, OOO기업(주), OOO개발(주), (주)OOO유통을

조세감면규제법 제47조

(개정된 제39조)의 규정에 의거 합리화대상기업으로 지정」하고, 동합리화계획 제4호 합리화기준중 가목에 「OOO산업(주)는 합리화 지정후 6개월이내에 (주)OOO 주식 41.86%(19,260천주)와 계열사인 OOO기업(주), OOO개발(주) 및 (주)OOO유통의 주식 각 100%를 인수하여 경영권을 인수」하고, 나목에「OOO산업(주)가 (주)OOO 및 계열사의 채무에 대하여 지급보증한 금액중 주식인수시 OOO산업(주)와 주거래은행이 협의하여 확정한 금액을 합리화지정일이 속하는 사업연도부터 20년간 매결산기마다 균등액을 분할인수하되,(주)OOO 및 계열사가 채무의 일부를 변제함에 따라 분할인수할 보증채무액이 감소되는 경우에는 그 감소액을 차감한 잔액을 잔여 인수기간에 균등하게 분할인수한다」는 내용을 정하였다.

2) 1994.9.16. 산업정책심의회는 「산업합리화지원기준개정」을 확정하여 「1994.9.16. 이전에 산업합리화 대상기업으로 지정된 업체에 대하여 산업합리화계획의 합리화기준에 따라 일정기간 균등분할 면제토록 한 채무액을 OOO은행 은행감독원장의 승인을 받아 균등액을 초과하여 조기에 면제하는 경우

조세감면규제법 제36조

규정에 의한 조세감면대상」으로 보도록 하였고, 이와 관련하여 재정경제부장관은 합리화대상기업의 보증채무를 인수하던 기업이 균등액을 초과하여 일시에 인수하는 채무액도 손금산입대상이 된다고 해석하였다(재정경제부 법인 46012-121,2000.8.8)

3) 청구법인은 합리화기준에 따라 1986.7.30 (주)OOO의 채권은행인 OOO은행(주)와 채무인수약정을 체결하여 (주)OOO에 대한 보증채무액 OOO원중 OOO원은 (주)OOO가 상환할 수 있는 것으로 예상하고, 그 잔액 OOO원을 1986사업연도부터 20년간 매년 OOO원씩 인수하기로 하고 1994년까지 이를 이행하였고, 1994년말 현재 (주)OOO가 당초 상환예정액 OOO원보다 OOO원이 많은 OOO원을 상환하였고, 1995.8.25 OOO은행(주)가 동일인에 대한 대출한도초과등을 이유로 인수금액의 하향조정을 요구함에 따라 1995사업연도부터 인수금액을 감액조정하다가 1998.12.28. OOO은행(주)와 채무인수변경약정을 맺어 보증채무잔액 OOO원을 일시에 인수하였다.

4) 청구법인은 1988사업연도 내지 1994사업연도중 합리화기준에 의한 인수대상금액을 초과하여 인수한 보증채무액 OOO원을 특별손실로 비용계상한 후 각 사업연도소득금액 계산시 동금액을 손금불산입하여 유보처분하는 세무조정을 하였다가 1995사업연도 내지 1998사업연도에 합리화기준에 의한 인수대상금액보다 적은 금액을 인수하면서 1995사업연도에 OOO원, 1996사업연도에 OOO원, 1997사업연도에 OOO원, 1998사업연도에 OOO원을 세무조정에 의해 손금산입하였고 처분청은 이중 1997사업연도와 1998사업연도에 손금산입된 쟁점보증채무를 합리화기준에 따라 인수한 금액이 아니라고 하여 손금부인하였다.

5) 이러한 사실은 처분청이 제출한 (주)OOO 및 계열사 합리화계획, (주)OOO 및 계열사 인수약정서, 산업합리화지원기준개정, 보증채무인수등에 대한 추가약정서, 청구법인이 제출한 (주)OOO에 대한 보증채무인수내역 및 손금산입명세에 의해 확인되며 청구법인과 처분청간에 다툼이 없다.

(나) 판 단

1) 법인세법은 타인의 보증채무를 인수하고 구상권을 포기하고 특별손실로 계상한 금액은 업무와 관련없이 증여한 금액으로 보아 손금불산입하고 있으나,

조세감면규제법 제36조

제1항은 산업합리화대상기업에 대한 보증채무액을 합리화기준에 따라 인수한 금액은 법인세법의 규정에 불구하고 손금에 산입할 수 있도록 규정하고 있다.

2) 청구법인은 1988사업연도부터 1994사업연도에 걸쳐 (주)OOO 및 계열사의 합리화계획에 규정된 합리화기준에 따라 매사업연도 인수해야할 보증채무액보다 OOO원을 과다인수하였으므로 동과다인수금액은

조세감면규제법 제36조

제1항의 규정의 손금산입요건을 갖춘 금액으로 보기는 어렵다고 하겠다.

3) 쟁점보증채무의 인수금액은 청구법인이 채무인수형식을 통하여 (주)OOO에 무상증여한 금액으로 향후 반환대상이 아니어서 인수당시에 손실로 확정된 금액이므로 그 귀속시기는 1994.12.31.이전에 시행된

구법인세법 제17조

제1항의 규정에 의해 인수일이 속하는 사업연도라고 하겠다.

4) 따라서, 청구법인이 쟁점보증채무의 인수액을 인수한 사업연도인 1988사업연도 내지 1994사업연도가 아닌 1998사업연도와 1999사업연도의 손금에 산입한 것은 쟁점보증채무의 인수액에 대한 손금산입요건 및 그 귀속시기를 오해한 것이며, 처분청이 쟁점보증채무의 인수액이 손금산입요건을 충족하지 못하였고, 그 귀속시기가 인수일이 속하는 사업연도라고 하여 손금부인한 처분은 손금산입시기를 규정한

구법인세법 제17조

제1항과 보증채무인수액의 손금산입요건을 규정한

조세감면규제법 제36조

제2항에 부합하는 적법한 처분이라고 판단된다.

다. 쟁점 (2)에 대하여 살펴본다

(1) 관련법령

법인세법 제19조

(손금의 범위)

① 손금은 자본 또는 출자의 환급, 잉여금의 처분 및 이 법에서 규정하는 것을 제외하고 당해 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손비의 금액으로 한다.

② 제1항의 규정에 의한 손비는 이 법 및 다른 법률에 달리 정하고 있는 것을 제외하고는 그 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 용인되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련되는 것으로 한다(이하 생략).

같은법 제33조

(퇴직급여충당금의 손금산입)

① 내국법인이 각 사업연도에 임원 또는 사용인의 퇴직급여에 충당하기 위하여 퇴직급여충당금을 손금으로 계상한 경우에는 대통령령이 정하는 바에 따라 계산한 금액의 범위 안에서 당해 사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 손금에 산입한다.

② 제1항의 규정에 의하여 퇴직급여충당금을 손금에 산입한 내국법인이 임원 또는 사용인에게 퇴직금을 지급하는 경우에는 당해 퇴직급여충당금에서 먼저 지급하여야 한다.

같은법 제43조

(기업회계기준과 관행의 적용)

내국법인의 각 사업연도의 소득금액계산에 있어서 당해 법인이 익금과 손금의 귀속사업연도와 자산·부채의 취득 및 평가에 관하여 일반적으로 공정·타당하다고 인정되는 기업회계의 기준을 적용하거나 관행을 계속적으로 적용하여 온 경우에는 이 법 및 조세특례제한법에서 달리 규정하고 있는 경우를 제외하고는 당해 기업회계기준 또는 관행에 따른다.

(2) 사실관계 및 판단

(가) 사실관계

1) 청구법인은 1999.10.15. 직원퇴직금 지급규정 제7조를 개정하여 제1항에서「경영악화를 미연에 방지하기 위한 합병·기업분할, 사업양수도등 긴박한 경영상의 이유로 퇴직이 불가피한 직원에게는 명예퇴직금을 지급할 수 있다」고 규정하고, 제2항에서 「명예퇴직금의 산정 및 지급기준은 별첨 “명예퇴직금지급기준표”에 의함을 원칙으로 하며, 세부시행시기, 방법, 자격등 세부 시행방안은 시행할 때마다 별도로 정할 수 있다」고 규정하였다.

2) 청구법인과 노동조합은 1999.12.28 명예퇴직금을 기본급의 36월한도내에 지급하도록 합의하고, 퇴직자에게 1999.12.28. 과 1999.12.31. 양일에 걸쳐 일반퇴직금과 명예퇴직금 19,543,394,680원을 지급하고 퇴직소득세를 원천징수하여 납부한 후 기업회계기준의 해석(금융감독원 증권관리위원회 기업회계기준 질의응답 1994.10.17 및 1995.10.11)에 따라 퇴직위로금으로 하여 특별손실로 계상하였고,

처분청은 쟁점퇴직금은 1999사업연도말 퇴직급여충당금잔액 OOO

원과 상계하여야 할 금액이며, 특별손실로 손금산입할 금액이 아닌 것으로 보아 손금부인하고 유보처분하였다.

3) 이러한 사실은 처분청과 청구법인이 제출한 직원퇴직금지급규정, 노사합의서, 쟁점퇴직금지급내역, 1999사업연도분 법인세경정결의서등에 의해 확인되며, 청구법인과 처분청간에 다툼이 없다.

(나) 판 단

1) 퇴직급여충당금을 계상하고 있는 법인이 사용인등의 현실적인 퇴직에 따라 퇴직금을 지급하는 경우에는

법인세법 제33조

제2항의 규정에 따라 퇴직급여충당금과 상계하는 것이나, 법인세법상 퇴직급여충당금제도는 퇴직금의 지급기준이 정하여져 있고 이에 따라 퇴직금으로 지급할 퇴직금액을 추산할 수 있음을 전제로 기간손익계산의 적정성과 자금부담을 덜어주기 위하여 인정되고 있는 점을 감안하면, 퇴직급여충당금에서 지급되어야 하는 퇴직금이라 함은 합리적으로 퇴직금상당액을 추계할 수 있는 통상적인 퇴직금을 의미하는 것으로 보아야 한다.

2) 특히, 법인세법이 퇴직급여충당금누적액의 한도액을 퇴직금추계액의 100분의 50에 상당하는 금액등으로 제한함으로써 퇴직금 추계액을 손금산입한도액 계산시 반영하도록 하고 있는 사실과 퇴직급여지급대상에서 제외되는 직전 사업연도 종료일 1년미만 근속한 임원 또는 사용인에게 퇴직금을 지급하는 경우에는 퇴직급여충당금과 상계하지 아니하고 직접 당해연도의 손비로 처리할 수 있으며(법인세법 기본통칙 2-6-8--13 참조), 법원의 판결에 따라 이미 퇴직한 근로자에게 퇴직금을 추가로 지급하는 경우 당해 근로자에 대한 퇴직급여충당금이 장부상 계상되어 있지 아니한 경우에는 동 퇴직금을 퇴직급여충당금과 상계하지 아니하고 판결이 확정된 날이 속하는 사업연도의 손금으로 처리하여야 하는 점(국세청 법인46012-2131,1996.7.27)과 기업회계상 명예퇴직금은 일반퇴직금과 달리 근속기간이외의 요소에 의하여 산정된다하여 퇴직급여충당금과 상계할 수 없고 지급시 특별손실로 처리토록 하고 있는 점(금융감독원 증권관리위원회 기업회계기준 질의응답. 1994.10.17 및 1995.10.11)에서 볼 때도 이와 같은 해석의 타당성이 인정된다.

3) 그런데, 쟁점명예퇴직금은 청구법인의 구조조정과정에서 통상적인 퇴직금과는 별도로 지급된 것으로 산정기준으로 근속기간이외의 요소가 포함되어 있어 퇴직금추계액에 반영하여 퇴직급여충당금으로 손금에 산입할 수 없는 성격의 비용이라 할 것이므로 퇴직급여충당금을 설정할 수 없는 상태에서 우발적으로 추가 지급하게 된 쟁점명예퇴직금은 통상적인 퇴직금과 같이 기 설정된 퇴직급여충당금에서 먼저 지급하여서는 아니되고 도리어 쟁점명예퇴직금을 지급한 사업연도의 손금에 산입하는 것이 퇴직급여충당금 손금산입제도의 취지에 비추어 합리적이므로 청구법인이 쟁점명예퇴직금을 특별손실로 손금에 산입한 처분은 잘못이 없다고 판단된다(국심 2001서 2990, 2002.6.29 같은 뜻).

라. 쟁점 (3)에 대하여 살펴본다

(1) 관련법령

법인세법(1993.12.31법률 제4664호로 개정된 것을 말함)제17조

(손익귀속시기)

① ～ ⑥(생략)

⑦ 내국법인이 대통령령이 정하는 장기할부조건으로 자산을 판매하거나 양도함으로써 생기는 익금과 손금의 귀속사업연도는 그 할부조건에 따라 당해 사업연도 및 그 후의 사업연도에 있어서 각 사업연도에 회수하였거나 회수할 판매 또는 양도금액과 이에 대응하는 비용을 해당 사업연도의 익금과 손금에 산입한다.(이하 생략)

같은법 시행령 제36조

(장기할부조건의 범위)

법 제17조제6항 및 제7항에서 “장기할부조건”이라 함은 상품의 판매·자산의 양도(국외거래에 있어서의 소유권이전조건부약정에 의한 자산의 임대를 포함한다) 또는 건설·제조 및 용역의 제공으로서 판매금액 또는 수입금액을 월부·연부 기타의 부불방법에 따라 수입하는것중 다음 각호의 요건을 갖춘 것을 말한다.

1. 3회 이상으로 분할하여 판매금액 또는 수입금액을 수입하는 것

2. 당해 목적물의 인도기일(부동산의 경우에는 첫회부불금지급일)의 다음 날부터 최종의 부불금의 지급기일까지의 기간이 1년이상인 것

법인세법(1998.12.28 법률 제5580호로 개정되기전의 것을 말함)제20조

(부당행위계산의 부인)

정부는 대통령령이 정하는 바에 의하여 내국법인의 행위 또는 소득금액의 계산이 대통령령이 정하는 특수관계 있는 자와의 거래에 있어서 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 법인의 행위 또는 소득금액의 계산에 불구하고 그 법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 수 있다.

같은법 시행령 제46조

(법인의 부당한 행위 또는 계산)

① 법 제20조에서 “특수관계에 있는 자”라 함은 다음 각호의 관계있는 자를 말한다.

1. 출자자(소액주주를 제외한다. 이하 같다)와 그 친족

2. ～ 7. (생략)

② 법 제20조에서 “조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정되는 경우”라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 경우를 말한다.

1.～3.(생략)

4. 출자자등으로부터 자산의 시가를 초과하여 매입하거나 출자자등에게 자산을 시가에 미달하게 양도한 때

5. ～ 8(생략)

9. 기타 출자자등에게 법인의 이익을 분여하였다고 인정되는 것이 있을 때

(2) 사실관계 및 판단

(가) 사실관계

1) 청구법인은 OOO스포렉스와 OOO볼링장등 쟁점부동산을 청구법인의 대주주인 이OOO회장의 3남인 이OOO이 100%지분을 가지고 있는 OOO산업(주)에게 아래 <표>와 같이 장기할부조건으로 양도하였다

OOO

2) 청구법인은 1998.4. (주)OOO은행에 제출된 그룹구조조정계획에 따라 1998.10.15 OOO스포렉스 및 OOO볼링장이 포함된 OOO산업(주)의 모든 체육시설사업을 OOO원에 포괄적으로 양수하여, OOO스포렉스의 토지와 건물은 1999.3.4. (주)OOO실업에 OOO원에 매각하고, OOO볼링장의 토지와 건물은 1999.5.20 이OOO에게 OOO원에 매각하였다.

3) 청구법인은 OOO산업(주)의 체육시설사업의 포괄적인수에 의하여 OOO스포렉스와 OOO볼링장에 대한 당초의 장기할부매매계약이 해제된 것으로 보아 이미 분양이익으로 계상되었던 1994사업연도 내지 1997사업연도분 분양이익 OOO원을 잡손실로 계상하고, 1998사업연도 내지 2005년분 할부매출액 OOO원과 매출원가 OOO원을 소멸시켰다.

(4) 처분청은 청구법인이 OOO산업(주)의 체육시설사업을 포괄적으로 인수하고 당초 분약계약의 해제형식을 통하여 특수관계자인 OOO산업(주)에게 부당하게 1994사업연도 내지 1997년분 분양이익 OOO원과 1998년귀속분 분양이익 OOO원 및 1999사업연도 내지 2005사업연도분 분양이익의 현재가치 OOO원(명목상 분양이익 OOO원을 당초 할부금계산시 적용한 이자율 13%에 의해 할인함) 합계 OOO원에 상당하는 이익을 분여하였다고 보아 이를 익금에 산입하였다.

5) 이러한 사실은 청구법인과 처분청이 제출한 쟁점부동산분양계약서, OOO계열의 구조조정계획서, OOO산업(주)의 체육시설사업의 포괄양수계약서, 쟁점부동산매각계약서, 분양대금회계처리내역, 1998사업연도분 경정결의서등에 의해 확인되며 청구법인과 처분청간에 다툼이 없다.

(나) 판 단

1) 청구법인이 OOO산업(주)와 체결한 사업양수도계약서를 보면 「OOO산업(주)는 청구법인에게 쟁점부동산을 양도하며, 청구법인이 OOO산업(주)에 기왕에 체결된 장기할부매매계약 및 임대차계약은 그 계약이 해지되는 것으로 한다」고 규정하고 있으므로 청구법인은 OOO산업(주)의 체육시설업을 포괄양수함으로써 쟁점부동산을 재매입하고 당초 쟁점부동산의 양도계약을 해지한 것을 알 수 있으며, 계약의 해지는 해제와 달리 장래에 대하여 그 효력이 소멸되는 것이므로 계약의 효과가 소급하여 소멸되었다고 하는 청구법인의 주장은 받아들일 수 없다.

2) 청구법인은 OOO산업(주)에 유효하게 쟁점부동산을 양도하였고, OOO산업(주)는 쟁점부동산을 4년 8개월동안 수영장, 볼링장 및 임대사업을 영위함으로써 경제적 이익을 향수하였으며, 청구법인이 동기간에 적법하게 쟁점잡손실액에 해당하는 분양이익을 계상하였으므로 동분양이익은 적정하게 계상된 확정된 수익으로 취소나 손금산입대상이 아니라고 판단된다.

3) 청구법인은 그룹전체의 구조조정을 이유로 수익성이 없는 OOO산업(주)의 체육시설사업을 포괄적으로 인수하여 양도하였으나 계열기업의 구조조정이 쟁점부동산양수의 정당한 사유라고 보기 어렵고, OOO산업(주)의 체육시설사업을 포괄적으로 인수함으로써 쟁점부동산의 총분양이익중 1998사업연도 내지 2005사업연도분 분양이익이 소멸되어 손실이 발생하였음에도 당초 양도계약의 합의해제를 이유로 이에 대한 보상을 청구한 사실이 없으므로 청구법인은 동 기간의 분양이익을 부당하게 OOO산업(주)에 분여하였다고 하겠다.

4) 한편, 처분청은 1999사업연도 내지 2005사업연도 귀속분 분양이익을 동기간중 회수하여야 할 할부매출액 OOO원에서 매출원가 OOO원을 차감하여 할부매출이익 OOO원으로 계산하고 이를 당초 할부금계산시 적용한 연리 13%로 할인하여 OOO원으로 계산하였으나, 동 기간중 확정되는 분양이익은 할부매출액총액을 연리 13%로 할인한 현재가치 OOO원에서 분양원가 OOO원을 차감하여 계산한 OOO원이 타당하므로 처분청이 계산한 분양이익 OOO원중 OOO원을 초과하는 OOO원은 분여이익이 아니며, 익금에서 제외되어야 한다.

5) 1)내지 4)에서 살펴본 바와 같이 청구법인은 1998.10.15. OOO산업(주)의 체육시설사업을 포괄적으로 양수하면서 손금산입대상이 아닌 쟁점잡손실을 손금산입하였고, 쟁점부동산의 분양이익중 1998사업연도 내지 2005사업연도분 OOO원을 OOO산업(주)에 부당하게 분여하였으므로 쟁점잡손실을 손금부인하고 분여이익 OOO원을 익금에 산입하여 과세한 처분은 정당하다고 판단된다.

마. 쟁점 (4)에 대하여 살펴본다

(1) 관련법령

법인세법(1998.12.28 법률 제5581호로 개정되기 전의 것을 말함)제18조의3

(지급이자의 손금불산입)

① (생략)

② 대통령령이 정하는 기준을 초과하여 차입금을 보유하고 있는 법인이 다음 각호의 1에 해당하는 자산을 보유하는 경우에 각 사업연도에 지급한 차입금의 이자중 대통령령이 정하는 바에 의하여 계산한 금액은 각사업연도의 소득금액계산상 이를 손금에 산입하지 아니한다.

1. 다른 법인의 주식 또는 출자지분(대통령령이 정하는 주식 또는 출자지분을 제외한다)(이하 생략)

1980.12.13. 개정 법률 제3270호 부칙

제1조(시행일) 이 법은 1981년 1월 1일부터 시행한다.

제2조 ～ 제5조 (생략)

제6조(지급이자의 손금불산입에 관한 적용례) 제18조의 3의 규정은 이 법 시행후 주식을 취득한 법인이 이 법 시행후 최초로 개시하는 사업연도에 지급하는 이자분부터 적용한다.

같은법 시행령 제43조의2

(지급이자의 손금불산입)

①-④(생략)

⑤ 법 제18조의 3 제2항에서 “대통령령이 정하는 기준을 초과하여 차입금을 보유하고 있는 법인”이라 함은 차입금(제13항의 규정에 의하여 지급이자가 이미 부인된 차입금을 제외한다)이 자기자본의 2배(소비성서비스업의 경우에는 자기자본상당액)를 초과하는 법인을 말한다. (후단 생략)

⑥⑦(생략)

⑧ 제4항 내지 제7항·제15항 및 제16항의 규정에 의한 총차입금·자기자본 및 법 제18조의 3제1항 및 제2항 각호에 해당하는 자산의 합계액은 적수로 계산한 금액을 말한다. 이 경우 법 제18조의 3제2항 제1호의 자산은 장부가액으로 하며, 법 제18조의3제1항제1호의 자산 및 동조 제2항제3호의 자산은 취득가액이나 당해 사업연도 종료일(사업연도중 양도한 경우에는 양도일) 현재의 장부가액 또는 법 제59조의2제7항의 규정에 의한 기준시가중 많은 금액으로 하고, 법 제18조의 3의 차입금에는 제19조제3항에 규정된 금융기관등의 재정융자특별회계법에 의한 재정융자특별회계, 한국은행법에 의한 한국은행, 기타 재정경제부령이 정하는 기금등으로부터 차입한 금액과 수신자금을 제외한다

(2) 사실관계 및 판단

(가) 사실관계

1) 청구법인은 OOO칼텍스정유(주)의 주식 OOO주를 취득하여 보유하던중 1981년 OOO칼텍스정유(주)가 자본잉여금인 재평가적립금을 자본전입함에 따라 무상주 OOO주를 교부받았으며, 동무상주를 1995.1.1. 자산재평가법에 따라 OOO원으로 재평가하여 장부가액을 증액하여 보유하다가 1998.3.31 ～ 1998.7.31기간중 보유주식 전량을 3회에 걸쳐 OOO그룹에 양도하였다.

OOO

2) 청구법인은 재평가차액을 지급이자가 손금부인되는 타법인주식의 장부가액에서 제외하였으나 처분청은 1981년유상취득분 OOO주에 대한 무상주 OOO주의 재평가차액 OOO원을 타법인주식의 장부가액에 포함하여 지급이자 OOO(1997사업연도분 OOO원, 1998사업연도분 OOO원)을 손금부인하였다.

3) 이러한 사실은 처분청과 청구법인이 제출한 청구법인의 재평가신고서, 처분청의 경정결의서등에 의해 확인되며, 청구법인과 처분청간에 다툼이 없다.

(나) 판 단

1)

법인세법 제18조의3

제2항제1호는 다른 법인의 주식을 취득하는 그 자체뿐만 아니라 이미 취득한 다른 법인의 주식을 계속 보유하고 있는 것을 규제하려는 것으로서, 법인이 차입금으로 다른 법인의 주식을 취득한 경우나, 자기자본으로 다른 법인의 주식을 취득하였지만 이를 계속 보유하므로 인하여 다른 비용을 차입금으로 충당한 경우 모두를 대상으로 차입금에 대한 지급이자를 손금부인한다(대법원 98두13102, 2000.1.18 같은 뜻).

2)

법인세법 제18조의3

제2항제1호의 규정에 의한 타법인주식가액을 평가함에 있어서

법인세법 시행령 제43조의2

제8항의 규정에 “타법인 주식가액을 장부가액으로 한다”라고 규정하고 있으므로 자본잉여금의 자본전입으로 취득한 무상주로서 실제 동주식의 취득에 자금이 사용되지 아니하였다고 하더라도 차입금이자를 손금부인함에 있어서 타법인주식가액은 세무상 장부가액으로 평가함이 타당하다(재정경제원 법인 46012-121, 1995.10.10 같은 뜻)

3) 따라서, 청구법인은 재평가적립금의 자본전입으로 취득한 무상주를 재평가하여 재평가액을 장부가액으로 계상하였고, 재평가액은 기업회계기준은 물론 세법상의 장부가액에 해당되므로 처분청이 동금액을 타법인주식가액으로 하여 지급이자를 손금불산입한 처분은 정당하다고 판단된다(국심 98서1253, 1999.12.6 같은 뜻).

바. 쟁점 (5)에 대하여 살펴본다

(1) 관련법령

법인세법제28조

(지급이자의 손금불산입)

①다음 각호의 차입금의 이자는 내국법인의 각 사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 손금에 산입하지 아니한다.

1. ～3.(생략)

4. 다음 각목의 1에 해당하는 자산을 취득하거나 보유하고 있는 내국법인이 각 사업연도에 지급한 차입금의 이자중 대통령령이 정하는 바에 따라 계산한 금액(차입금중 당해 자산가액에 상당하는 금액의 이자를 한도로 한다)

가. 제27조제1호의 규정에 해당하는 자산

나. 제52조제1항의 규정에 의한 특수관계자에게 당해 법인의 업무와 관련없이 지급한 가지급금등으로서 대통령령이 정하는 자산(이하 생략)

같은법 시행령 제53조

(업무무관자산등에 대한 지급이자의 손금불산입)

① 법 제28조제1항제4호나목에서 “대통령령이 정하는 것”이라 함은 명칭여하에 불구하고 당해 법인의 업무와 관련이 없는 자금의 대여액(제61조제2항 각호의 1에 해당하는 금융기관등의 경우 주된 수익사업으로 볼 수 없는 자금의 대여액을 포함한다)을 말한다. 다만, 재정경제부령이 정하는 금액을 제외한다.

② 법 제28조제1항제4호에서 “대통령령이 정하는 바에 따라 계산한 금액”이라 함은 다음 산식에 의하여 계산한 금액을 말한다.

제1항 및 제49조제1항의 규정에 의한

지급이자×

자산가액(총차입금을 한도로 한다)

총차입금

(2) 사실관계 및 판단

(가) 사실관계

1) 청구법인은 1999.12.3. OOO법인 OOO사와 합작투자계약을 체결하여 청구법인은 PolyPropylene 생산공장(이하 "쟁점공장"이라 한다)를 현물출자하고, 외국법인 OOO사는 현금을 출자하는 방식으로 지분비율을 50:50으로 하여 내국법인 OOO(주)를 설립하기로 하였다.

2) 합작투자계약서에서 OOO(주)는 쟁점공장을 OOO원으로 평가하여 양수하면서 양수대금중 OOO원은 청구법인의 부채를 인수하고, OOO원은 현금으로 지급하며, 잔액 OOO원을 출자금으로 납입받기로 하였으며, 쟁점공장의 양수대금중 현금상환금액을 위하여 청구법인과 OOO사가 OOO(주)에 Project Financing을 주선하기로 약정하였고, 이에 따라 2000.9.27. 청구법인과 OOO사는 OOO은행, 일본OOO은행, 프랑스 OOO은행등을 채권은행으로 선정하고, 각각 OOO불(원화 OOO원)씩 OOO불을 OOO(주) 명의의 현금유보펀드계좌에 예치하였고, OOO(주)는 이를 담보로 하여 채권은행으로부터 OOO원을 대출받아 청구법인에게 쟁점공장의 현금상환액을 지급하였고, 청구법인은 자신의 예치금인 쟁점대여금을 관계회사에 대한 대여금으로 자산계상하였다.

3) 처분청은 쟁점대여금을 특수관계자에게 대여한 업무와 관련없는 가지급금으로 보아 동액에 상당하는 차입금이자 OOO원(2000사업연도분 OOO원, 2001사업연도분OOO원)을 손금부인하였다.

4) 이러한 사실은 청구법인이 제출한 합작투자계약서, 쟁점공장의 양도대금회수내역 및 쟁점대여금의 회계처리내역, 청구법인의 2000사업연도 및 2001사업연도 경정결의서등에 의해 확인되며, 청구법인과 처분청간에 다툼이 없다.

(나) 판 단

1) 청구법인은 외자유치 및 사업조정을 통하여 재무구조를 개선하기 위하여 외국법인 OOO사와 합작투자계약을 체결하여 쟁점공장을 OOO원에 양도하고, 양도대금중 OOO원을 자본금으로 납입하고, 나머지 OOO원중 OOO원을 현금으로 상환받기로 하면서 신설법인 OOO(주)가 자금을 조달하기 어려운 점을 감안하여 청구법인과 OOO사는 OOO(주)명의의 계좌에 현금을 예치하고, 이를 담보로 OOO(주)가 자금을 차입하여 청구법인의 쟁점공장양도대금중 OOO원을 상환하도록 약정하였음이 확인된다.

2) 청구법인은 쟁점대여금을 관계회사대여금으로 회계처리하였으나, 이는 쟁점공장의 양도대금을 회수하기 위하여 제공된 금액이고, 쟁점대여금 OOO원을 제공하면서 동시에 그의 8.37배에 해당하는 OOO원의 양도대금을 현금으로 변제받음으로써 쟁점대여금을 업무와 관련없이 특수관계자에게 자금을 지원하였다고 보기 어려운 점이 있고, 또한 대여금으로 제공된 금액보다 현금으로 회수한 금액이 더 많아 실질적인 대여금이 있었다고 보기도 어려운 면이 있다.

3) 1)과 2)에서 살펴본 바와 같이 쟁점대여금은 합작투자계약에 따라 사업양도대금을 회수하기 위하여 담보로 제공된 금액이고 쟁점대여금의 제공과 동시에 그의 8.37배에 해당하는 사업양도대금을 회수함으로써 실질적인 대여금이 있었다고 보기 어려운 면이 있고 업무와의 관련성도 인정되며, 처분청도 쟁점대여금에 대하여 인정이자를 계산하지 아니하고 있는 점을 감안하면 쟁점대여금을 차입금에 대한 지급이자가 손금부인되는 업무와 관련없는 가지급금으로 보아 지급이자를 손금부인한 처분은 취소함이 타당하다고 판단된다(국심 2001전 1259, 2002.1.17. 같은 뜻).

사. 쟁점 (6)에 대하여 살펴본다

(1) 관련법령

법인세법(1998.12.28 법률 제5581호로 개정되기 전의 것을 말함)제16조

(손금불산입)

다음 각호에 게기하는 손비는 내국법인의 각 사업연도의 소득금액계산상 이를 손금에 산입하지 아니한다.

1. ～12. (생략)

13. 법인의 임원에게 지급한 퇴직금중 대통령령이 정하는 금액을 초과하는 금액(이하 생략)

같은법 시행령 제34조

(퇴직금의 범위)

① 법인이 사용인 또는 임원에게 지급하는 퇴직금은 사용인 또는 임원이 현실적으로 퇴직함으로 인하여 지급하는 것으로 한다

법인세법 시행령(1998.12.31. 대통령령 제15970호로 개정된 것)제44조

(퇴직금의 손금불산입)

①법인의 임원 또는 사용인에게 지급하는 퇴직금은 임원 또는 사용인이 현실적으로 퇴직(이하 이 조에서 “현실적인 퇴직”이라 한다)하는 경우에 한하여 손금에 산입한다.

② 현실적인 퇴직에는 법인이 실제로 퇴직금을 지급한 경우로서 다음 각호의 1에 해당하는 경우를 포함하는 것으로 한다.

1.2.(생략)

3.

근로기준법 제34조

제3항의 규정에 의하여 퇴직금을 중간정산하여 지급한 때

4. 법인의 임원에 대한 급여를 연봉제로 전환함에 따라 향후 퇴직금을 지급하지 아니하는 조건으로 그 때까지의 퇴직금을 정산하여 지급한 때

1998.12.31. 대통령령 제15970호 부칙 제7조(손금계산에 관한 적용례)

①(생략)

② 제44조제2항제2호 및 제4호의 개정규정은 이 영 시행후(1999.1.1)후 최초로 지급하는 분부터 적용한다(이하 생략)

법인세법 제28조

) 및 동시행령 제53조((종전의

법인세법 제18조의 3

및 동시행령 제43조의 2) : 쟁점5의 관련법령 참조

법인세법 제52조

(종전의 법인세법 20조)(부당행위계산의 부인)

① 납세지관할세무서장 또는 관할지방국세청장은 내국법인의 행위 또는 소득금액의 계산이 대통령령이 정하는 특수관계에 있는 자(이하 “특수관계자”라 한다)와의 거래로 인하여 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 법인의 행위 또는 소득금액의 계산(이하 “부당행위계산”이라 한다)에 관계없이 그 법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 수 있다

② 제1항의 규정을 적용함에 있어서는 건전한 사회통념 및 상관행과 특수관계자가 아닌 자간의 정상적인 거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 가격(요율·이자율·임대료 및 교환비율 기타 이에 준하는 것을 포함하며, 이하 이 조에서 “시가”라 한다)을 기준으로 한다.(이하 생략)

같은법 시행령 제88조

(부당행위계산의 유형등)

① 법 제52조제1항에서 “조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정되는 경우”라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 경우를 말한다.

1. ～ 5.(생략)

6. 금전 기타 자산 또는 용역을 무상 또는 시가보다 낮은 이율·요율이나 임대료로 대부하거나 제공한 경우. 다만, 주주등이나 출연자가 아닌 임원(제87조제2항의 규정에 의한 소액주주인 임원을 포함한다) 및 사용인에게 사택을 제공하는 경우를 제외한다(이하 생략)

같은법 시행령 제89조

(시가의 범위등)

① 법 제52조제2항의 규정을 적용함에 있어서 당해 거래와 유사한 상황에서 당해 법인이 특수관계자외의 불특정다수인과 계속적으로 거래한 가격 또는 특수관계자가 아닌 제3자간에 일반적으로 거래된 가격이 있는 경우에는 그 가격에 의한다.

② (생략)

③ 제88조제1항제6호 및 제7호의 규정에 의한 금전의 대여 또는 차용에 있어서는 제1항 및 제2항의 규정에 불구하고 재정경제부령이 정하는 당좌대월이자율(이하 “당좌대월이자율”이라 한다)을 시가로 한다. 다만, 당해 법인에게 당좌대월이자율보다 높은 이자율의 차입금이 있는 경우 그 차입금에 상당하는 금액의 대여금(법인 또는 사업을 영위하는 개인에게 대여한 경우로서 상환기간을 정하여 당좌대월이자율로 이자를 수수하기로 약정한 경우의 그 대여금을 제외한다)에 대하여는 당해 이자율을 시가로 본다.(이하 생략)

(2) 사실관계 및 판단

(가) 사실관계

1) 청구법인은 1996.3.25. 퇴직금지급규정을 개정하여 1996.1.1.부터 임원들에 대한 연봉제를 실시하기로 하고 1995.12.31기준으로 임원퇴직금제도를 폐지하였는 바, 유화사업부 임원 성OOO외 11명이 퇴직금을 정산하여 지급할 것을 요구함에 따라 이들에게만 1996.5.21과 1996.12.30 퇴직금 OOO원을 지급한 후 이를 임원대여금으로 회계처리하였다가 1997.3.31. 에 퇴직급여충당금과 상계하였다.

2) 처분청은 쟁점퇴직금정산금을 성OOO외 11명의 임원에게 업무와 관련없이 지급한 가지급금으로 보아 손금부인하고, 인정이자 OOO원(1997사업연도분 OOO원, 1998사업연도분 OOO원, 1999사업연도분 OOO원, 2000사업연도분 OOO원, 2001사업연도분 OOO원)을 익금에 산입하여 해당임원에게 상여처분하였으며, 쟁점퇴직금정산금에 상당하는 차입금이자 OOO원(1997사업연도분 OOO원, 1998사업연도분 45,540,345원, 1999사업연도분 27,632,636원, 2000사업연도분 OOO원, 2001사업연도분 OOO원)을 손금부인하였다.

3) 이러한 사실은 처분청과 청구법인이 제출한 쟁점퇴직금정산금지급내역 , 쟁점퇴직금부인 및 추인내역, 인정이자계산명세, 지급이자부인명세, 법인세 경정결의서등에 의해 확인되고 청구법인과 처분청간에 다툼이 없다.

(나) 판 단

1) 현실적으로 퇴직하지 아니한 사용인등에게 지급한 퇴직금은 현실적으로 퇴직할 때까지 당해 사용인 또는 임원에 대한 업무와 관련없는 가지급금으로 보는 것이고(법인세법 기본통칙 2-9-17--16 같은 뜻), 쟁점퇴직금정산금을 지급받은 성OOO외 11명의 임원은 쟁점퇴직금정산금을 지급받을 당시 실제 퇴직하지 아니하였으므로 쟁점퇴직금정산금은 임원인 성OOO외 11명에게 지급된 대여금이며, 이에 대하여는

구법인세법 제16조

제13호의 규정에 의하여 손금부인하여 유보처분한 후

구법인세법 제18조의3

및 제20조(1999.1.1.이후 개시하는 사업연도부터는 현행 제28조 및 제52조)의 규정에 의하여 동액에 상당하는 차입금이자를 손금부인하고, 인정이자를 계산하여 익금에 산입함이 타당하다고 판단된다.

2) 그리고, 1998.12.28. 대통령령 제15970호로

법인세법 시행령 제44조

제2항에 제4호를 신설하여 「법인의 임원에 대한 급여를 연봉제로 전환함에 따라 향후 퇴직금을 지급하지 아니하는 조건으로 그 때까지의 퇴직금을 정산하여 지급하는 때」를 현실적인 퇴직으로 보도록 하여 이때 지급되는 퇴직금정산금을 손금산입(퇴직급여충당금과 상계)하도록 하면서 동시행령 부칙 제7조에서 1999.1.1.이후 최초로 지급하는 퇴직금부터 적용한다고 규정하였으므로 쟁점퇴직금정산금이 1999.1.1.이후 지급된 경우에는 퇴직급여충당금과 상계하는 방식으로 손금에 산입할 수 있는 것이나, 청구법인은 쟁점퇴직금정산금을 1997.3.31.에 지급하였으므로 원칙적으로 개정규정을 적용하는 것은 곤란하다고 하겠다.

3) 그러나, 청구법인이 1997.3.31.에 지급된 쟁점퇴직금정산금을 처분청이 대여금으로 보아 손금부인하여 유보처분하였으므로 쟁점퇴직금정산금은 회계상은 퇴직금으로 지급된 금액이라고 하더라도 세무상은 자금을 대여한 금액으로 쟁점퇴직금정산금을 1998.12.31.이전에 지급된 퇴직금으로 보기는 어려운 면이 있고, 임원가지급금을 회수하여 회수금액으로 퇴직금정산금을 지급하거나 임원에게 신규로 퇴직금정산금을 지급하는 것은 회계처리절차나 경제적 의미에서 실질적 차이가 없는 점을 감안하여 세무상 대여금으로 처리된 쟁점퇴직금정산금을 1999.1.1 회수하여 동시에 퇴직금으로 지급한 것으로 보는 경우 1998.12.31. 대통령령 제15970호로 신설된

법인세법 시행령 제44조

제2항제4호의 규정을 적용하는 것이 가능하고, 동규정의 개정취지에도 반함이 없다고 판단된다. 따라서, 쟁점퇴직금정산금중 1998사업연도말 현재 잔액을 임원대여금으로 보고, 이를 1999.1.1.에 회수하여 퇴직금정산금으로 지급된 것으로 보아 1999사업연도에 손금추인하고, 이에 대하여는 1999.1.1이후에 익금에 산입된 인정이자와 손금부인된 지급이자를 익금에서 제외함이 합리적이라고 판단된다.

4) 한편, 청구법인은 쟁점퇴직금정산금을 퇴직급여충당금과 상계하여 손금에 산입한 일이 없음에도 이를 손금부인한 처분은 부당하다는 주장이나, 쟁점퇴직금정산금을 퇴직급여충당금과 상계하였다는 의미는 퇴직급여충당금을 환입하여 퇴직금으로 지급하였다는 의미이므로 쟁점퇴직금정산금이 퇴직금이 아니라 가지급금에 해당되는 경우 퇴직급여충당금을 임의환입하여 다른 용도에 사용한 것이므로 이를 익금에 산입함이 타당하고, 세무상 손금부인과 익금산입은 그 과세효과가 동일한 점을 감안하면 처분청이 쟁점퇴직금정산금을 각사업연도 소득에 포함하여 과세한 처분은 잘못이 없다고 판단된다.

아. 쟁점 (7) 및 쟁점(8)에 대하여 살펴본다

(1) 관련법령

법인세법(1998.12.28 법률 제5581호로 개정되기 전의 것을 말한다) 제41조(가산세)

① 납세지 관할세무서장은 제38조의 규정에 의하여 각사업연도의 소득에 대한 법인세를 징수함에 있어서 당해 내국법인이 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 당해 각호에 게기하는 금액을 가산한 금액을 법인세로서 징수하여야 한다. 다만, 비영리내국법인에 대해서는 제1호의 상업장부에 관한 가산세의 규정은 이를 적용하지 아니한다.

1.(생략)

2. 제26조의 규정에 의하여 신고하여야 할 과세표준금액에 미달하게 신고한 경우에는 그 미달하는 금액에 해당하는 산출세액(제22조의 2의 규정에 의한 적정유보초과소득에 대한 법인세를 제외한다)의 100분의 10에 상당하는 금액. 다만, 산출세액이 없는 경우에는 이를 적용하지 아니한다.

3. 제30조 또는 제31조의 규정에 의하여 법인세를 납부하지 아니하였거나 납부하여야 할 세액에 미달하게 납부한 경우(제16조제7호 및 제18조의 3제1항제1호의 규정에 의하여 지급이자등을 손금에 산입하지 아니함에 따라 추가로 납부하여야 할 법인세를 포함한다)에는 대통령령이 정하는 바에 의하여 그 납부하지 아니하였거나 미달하게 납부한 세액(이하 “미납부세액”이라 한다)에 대하여 금융기관의 대출이자율과 납부기한의 다음 날부터 자진납부일 전일 또는 고지일까지의 기간을 참작하여 대통령령이 정하는 이자율을 적용하여 계산한 금액. 다만, 그 금액이 미납부세액의 100분의 10에 상당하는 금액으로 한다.

법인세법 시행령(1998.12.31 대통령령 제15970호로 개정되기 전의 것을 말함)제38조의 2

(외화자산·부채의 평가)

① 법 제17조제4항의 규정에 의하여 자산·부채등을 평가함에 있어서 내국법인에게 재정경제부령이 정하는 화폐성 외화자산·부채(이하 이 조에서 “화폐성 외화자산·부채”라 한다)의 원화기장액과 사업연도종료일 현재의 환율에 의하여 평가한 원화금액과의 차손익이 있을 때에는 당해 사업연도의 손금 또는 익금에 이를 산입한다. 다만, 외국환관리법에 의한 외국환은행외의 법인의 경우 화폐성 외화자산·부채중 회수 또는 상환기일(분할회수 또는 분할상환의 경우에는 최종회수기일 또는 최종상환기일)이 당해 사업연도종료일부터 1년후에 도래하는 것에 대한 차손익은 환율조정계정을 설정하여 이를 당해 외화자산·부채의 잔존 회수 또는 상환기간(당해 사업연도중에 이미 경과한 기간을 포함한다)에 따라 균등하게 손금 또는 익금에 산입한다.(이하 생략)

국세기본법 제52조

(국세환급가산금)

세무서장은 국세환급금을 제51조의 규정에 의하여 충당 또는 지급하는 때에는 다음 각호에 게기하는 날의 다음 날부터 충당하는 날 또는 지급결정을 하는 날까지의 기간과 금융기관의 예금이자율등을 참작하여 대통령령이 정하는 이율에 따라 계산한 금액(이하 "국세환급가산금"이라 한다)을 국세환급금에 가산하여야 한다.

(2000.12.29 법률 제6303호로 개정되기 전의 것)

1. 착오납부·이중납부 또는 납부후 그 부과의 취소·경정결정으로 인한 국세환급금에 있어서는 그 납부일. 다만, 그 국세환급금이 2회이상 분할납부된 것인 때에는 그 최후의 납부일로 하되, 국세환급금이 최후에 납부된 금액을 초과하는 경우에는 그 금액에 달할 때까지 납부일의 순서로 소급하여 계산한 국세환급금의 각 납부일로 한다.

2. ～ 5. ( 생략 )

6. 소득세법(양도소득세를 제외한다)·법인세법·부가가치세법·특별소비세법·주세법 또는 교통세법에 의한 환급세액에 있어서는 그 신고를 한 날(신고한 날이 법정신고기일 전인 경우에는 당해 법정신고기일)로부터 30일이 경과하는 때. 다만, 결정 또는 경정결정으로 인하여 발생된 환급세액에 있어서는 결정 또는 경정결정일로부터 30일이 경과하는 때

(2000.12.29 법률 제6303호로 개정된 것)

1. 착오납부·이중납부 또는 납부후 그 납부의 기초가 된 신고 또는 부과를 경정하거나 취소함으로 인한 국세환급금에 있어서는 그 납부일. 다만, 그 국세환급금이 2회이상 분할납부된 것인 때에는 그 최후의 납부일로 하되, 국세환급금이 최후에 납부된 금액을 초과하는 경우에는 그 금액에 달할 때까지 납부일의 순서로 소급하여 계산한 국세환급금의 각 납부일로 한다.

2.～5. (생략)

6. 소득세법·법인세법·부가가치세법·특별소비세법·주세법 또는 교통세법에 의한 환급세액을 신고에 의하여 환급함에 있어서는 그 신고를 한 날(신고한 날이 법정신고기일 전인 경우에는 당해 법정신고기일)로부터 30일이 경과하는 때. 다만, 환급세액을 신고하지 아니하거나 잘못 신고함에 따른 결정 또는 경정결정으로 인하여 발생된 환급세액에 있어서는 결정 또는 경정결정일로부터 30일이 경과하는 때

2000.12.29. 개정된 법률 제6303호 부칙

① (시행일) 이 법은 공포한 날부터 시행한다. (단서 생략)

④(국세환급가산금 기산일에 관한 적용례) 제52조제1호 및 제6호의 개정규정은 이 법 시행후 최초로 국세환급금을 충당 또는 지급하는 분부터 적용한다.

(2) 사실관계 및 판단

(가) 사실관계

1) 청구법인은 1997사업연도 결산시 외화차입금중 국내에서 차입한 OOO불, 말레이시아 지점에서 차입한 외화장기차입금 OOO불 및 외화단기차입금 OOO불, 대만지점에서 차입한 외화단기차입금 OOO불 합계 OOO불에 대한 평가를 누락하여 외화평가손실 OOO원을 과소계상하고, 이로 인하여 1998사업연도중에 외화평가차손 OOO원(미화를 현지화로 평가한 후 다시 원화로 평가하는 과정에서 현지화와 원화의 환율변동이 발생하여 OOO원의 평가차손이 추가로 발생함)이 과다계상하였다.

2) 처분청은 쟁점외화차입금을 평가하여 1997사업연도에 과소계상된 외화평가차손 OOO원을 손금추인하고, 1998사업연도에 과다계상된 외화평가손 OOO원을 손금부인하였으며, 2002.9.6. 1997사업연도분 각사업연도 소득금액이 감소됨에 따라 법인세 과다납부세액을 환급하면서 환급가산금의 기산일을 2000.12.29 개정전 국세기본법(이하 “구국세기본법”이라 한다) 제55조제6호의 규정에 따라 경정결정일로부터 30일이 경과한 날로 보고 환급가산금을 가산하지 아니하였으며, 1998사업연도 손금부인액으로 증가된 소득금액에 대하여 과소신고가산세 및 미납부가산세를 부과하였다.

3) 이러한 사실은 처분청과 청구법인이 제출한 쟁점외화차입금명세 및 평가내역, 1997사업연도 환급금결의서, 1998사업연도 법인세경정결의서등에 의해 확인되며, 청구법인과 처분청간에 다툼이 없다.

(나) 판단

1) 구

국세기본법 제55조

제6호는 「신고납부한 법인세를 경정결정으로 인하여 환급하는 경우 환급가산금의 기산일을 경정결정일로부터 30일이 경과하는 때」로 규정하였고, 1998.12.28. 법률 제5581호로 개정되기 전 법인세법(이하 “구법인세법”이라 한다) 제41조제1항은 「과소신고된 소득금액에 대하여 산출세액의 10%를 신고불성실가산세로 과세하고, 미납세액에 대하여는 1일 1만분의 3내지 1만분의 4의 율을 적용하여 미납부가산세를 부과」하도록 규정하고 있다.

2) 과세관청은 그 동안 2000.12.21. 이전에 손익귀속시기를 잘못 적용하여 특정사업연도의 소득금액을 과다신고함으로써 신고납부된 법인세를 감액경정하여여 환급하는 경우 구

국세기본법 제52조

제6호의 규정에 의하여 경정결정일부터 30일이 경과한 날부터 환급가산금을 계산하도록 해석집행하면서(재정경제부 조세46000-297, 1998.12.5.) 이와 대응하여 과소신고된 사업연도의 소득금액에 대하여도 착오등에 의해 손익귀속시기를 잘못 적용한 경우에는 과소신고가산세 및 미납부가산세를 면제하였는 바(국세청 법인 46012-1512, 1999.4.2.), 대법인인 청구법인이 특별한 이유없이 외화차입금중 일부금액에 대한 평가손실을 계상누락하여 손익귀속시기를 달리 적용하였으므로 이는 그동안의 해석집행에 의한 가산세 면제대상이 아니라고 판단된다.

3) 한편, 2000.12.29 법률 제6303호로

국세기본법 제52조

제1호의 규정이 「신고납부한 국세를 경정하거나 취소함으로 인한 국세환급금에 있어서는 환급가산금의 기산일을 납부일의 다음날」로 하도록 개정되고, 동개정규정은 부칙 제4항에서 「2000.12.29.이후 최초로 국세환급금을 충당하거나 지급하는 분부터 적용」하도록 개정됨에 따라 그 동안 「신고납부한 법인세의 환급가산금의 기산일을 경정결정일부터 30일이 경과한 날」로 적용하도록 한 해석과 착오등으로 손익귀속시기를 잘못 적용하여 과소신고된 소득금액에 대하여 가산세를 면제하였던 종전 해석은 2000.12.29.이후 국세환급금을 충당하거나 지급하는 분 또는 가산세를 부과하는 분부터는 그 효력이 유지된다고 보기도 어려운 면이 있다.

4) 따라서, 처분청이 쟁점외화차입금의 1997사업연도분 평가손실을 손금추인하여 2002.9.16. 청구법인의 1997년귀속분 법인세환급세액 OOO원을 결정하였으므로 동환급세액에 대하여는 2000.12.29. 법률 제6303호에 의해 개정된

국세기본법 제52조

제1호의 규정에 따라 신고납부일의 다음 날을 환급가산금의 기산일로 하는 것이 적법하며, 이에 대응하여 1998사업연도의 손금으로 계상된 쟁점외화차입금의 평가손실을 손금부인함으로써 증가된 1998사업연도분 소득금액에 대하여는 구

법인세법 제41조

제1항의 규정에 의해 신고불성실가산세와 미납부가산세를 부과함이 타당하다고 판단된다.

자. 쟁점 (9)에 대하여 살펴본다

(1) 관련법령

(가) 관련법령

부가가치세법 제9조

(거래시기)

① (생략)

② 용역이 공급되는 시기는 역무가 제공되거나 재화·시설물 또는 권리가 사용되는 때로 한다(이하 생략)

같은법 제16조

(세금계산서)

① 납세의무자로 등록한 사업자가 재화 또는 용역을 공급하는 때에는 제9조에 규정하는 시기에 다음 각호의 사항을 기재한 세금계산서(이하 “세금계산서”라 한다)를 대통령령이 정하는 바에 의하여 공급을 받는 자에게 교부하여야 한다.(이하 생략)

같은법 시행령 제22조

(용역의 공급시기)

법 제9조제2항에 규정하는 용역의 공급시기는 다음 각호의 규정에 의한다. 다만, 폐업전에 공급한 용역의 공급시기가 폐업일이후에 도래하는 경우에는 그 폐업일을 공급시기로 본다.

1. 통상적인 공급의 경우에는 역무의 제공이 완료되는 때

2. 완성도기준지급·중간지급·장기할부 또는 기타 조건부로 용역을 공급하거나 그 공급단위를 구획할 수 없는 용역을 계속적으로 공급하는 경우에는 그 대가의 각부분을 받기로 한 때

3. 제1호 및 제2호의 규정을 적용할 수 없는 경우에는 역무의 제공이 완료되고 그 공급가액이 확정되는 때(이하 생략)

부가가치세법(1998.12.28 법률 제5585호로 개정된 것) 제13조(과세표준)

① (생략)

② 다음 각호의 금액은 과세표준에 포함하지 아니한다.

1.～ 4.(생략)

5. 공급대가의 지연지급으로 인하여 지급받는 연체이자중 대통령령이 정하는 것(1998.12.28 법률 제5585호로 신설)

1998.12.28 개정된 법률 제5585호 부칙

제1조(시행일) 이 법은 1999년 1월 1일부터 시행한다.

제2조(일반적 적용례) 이 법은 이 법 시행후 최초로 공급하거나 공급받은 분 또는 수입신고하는 분부터 적용한다. 다만, 제12조제1항제13호의 개정규정은 이 법 시행후 최초로 용역의 제공이 개시되는 분부터 적용한다.

같은법 시행령 제48조

(과세표준의 계산)

①-⑧ (생략)

⑨ 법 제13조제2항제5호에서 “대통령령이 정하는 것”이라 함은 다음의 산식에 의하여 계산한 금액이내의 것을 말한다.

법 제13조의 규정에 의한 공급가액(법 제25조의 규정에 의한 간이과세자 또는 과세특례자의 경우에는 동조의 규정에 의한 공급대가)×1만분의 5×지연지급일수

(2) 사실관계 및 판단

(가) 사실관계

1) 청구법인은 1995.4.3 OOO시 OOO구 OOO 소재 OOO건설(주)로부터 OOO상가의 신축공사에 대한 공사도급계약을 체결하고 약정에 따라 1996.8.31. ～ 1999.9.30기간중 건설용역을 제공하였으나 OOO건설(주)가 공사대금을 연체함에 따라 1999.10.17. 청구일부터 10일이 경과하는 날까지 변제되지 아니한 공사대금에 대하여 년 17%의 이율을 적용한 연체이자를 계산하여 부가가치세가 포함된 공사대금 OOO원과 연체이자 OOO원을 대물변제받았다.

2) 연체이자 OOO원중 1996.8.31 ～ 1998.12.31기간중 공급된 공사대금에 대한 연체이자는 OOO원이고, 이중 OOO원은 면세분 공사대금에 대한 연체이자이며, OOO원은 과세분 공사대금에 대한 연체이자이었으나, 청구법인은 과세분 공급대금과 관련하여 매출세금계산서를 교부하거나 부가가치세를 신고하지 아니하였다.

3) 처분청은 과세분 공사대금에 대한 연체이자 OOO원을 공급가액 OOO원과 부가가치세 OOO원으로 안분하여 공급가액 OOO원을 1999년제2기분 부가가치세 과세표준에 포함하여 부가가치세 OOO원을 경정고지하였다.

4) 이러한 사실은 처분청과 청구법인이 제출한 청구법인과 OOO건설(주)와 체결한 도급계약서, 연체공사대금 및 연체이자계산서, 부가가치세 경정결의서등에 의해 확인되고, 청구법인과 처분청간에 다툼이 없다.

(나) 판단

1) 처분청은 1998.12.31.이전에 공급된 건설용역대가분 연체이자를 과세표준에 가산하여 부가가치세를 과세하였으나, 그 동안 대법원등이 연체이자는 공급대가와 관련있는 금품이 아니므로 과세표준이 될 수 없다고 판단(대법원 97누15722, 1997.12.9, 국심 98부1727, 1999.3.31등 같은 뜻)함에 따라 1998.12.31. 법률 제5585호로

부가가치세법 제13조

제2항제5호 및

동법 시행령 제48조

제9항이 개정되어 「연체이자중 1일 1만분의 5(연 18.25%)에 해당하는 연체이자는 이자소득으로 보아 과세표준에서 제외」하도록 규정되고, 동부칙 제2조에서 시행일인 1999.1.1.이후 최초로 재화나 용역을 공급하는 분부터 적용되도록 규정되었다.

2) 연체이자와 관련된 용역의 공급시기는 그 지급이 확정되는 때이고(국세청 부가 46015-3635, 2000.10.26), 쟁점연체이자는 1999.10.17. 지급이 확정되었으며, 쟁점연체이자의 이자율은 연리 17%로 1998.12.31. 법률 제5585호로 개정된

부가가치세법 제13조

제2항제5호 및

동법 시행령 제48조

제9항의 규정에 의해 과세표준에서 제외되는 연리 18.25%의 범위내에 해당되므로 쟁점연체이자는 수입이자이며, 부가가치세 과세표준에 포함되지 아니함을 알 수 있다.

3) 따라서, 처분청이 쟁점연체이자를 과세표준에 포함하여 부가가치세를 과세한 처분은 1998.12.31. 법률 제5585호로 개정된

부가가치세법 제13조

제2항제5호 및

동법 시행령 제48조

제9항의 규정의 내용 및 적용시기를 오해한 잘못이 있었으므로 취소함이 타당하다고 판단된다.

다. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구법인의 주장이 일부 이유있으므로

국세기본법 제81조

와 제65조 제1항 제2호 및 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.