이유
1. 원처분 개요 청구인은 1992.7.6 부동산임대사업자로 일반과세자 사업자등록을 하였고, 1993.1.11 부산광역시 동래구 OO동 OOOOO 대지 317.32㎡ 건물 1,027.11㎡(이하 “쟁점부동산”이라 한다)를 준공하고 1993.4.1부터 임대사업을 개시하였으며, 쟁점부동산의 신축과 관련한 매입세액을 환급신고하여 부가가치세 1992년 제2기분 43,457,520원 및 1993년 제1기분 2,133,400원을 환급받았다. 이에 대하여 처분청은 청구인의 1993년도 제1기분 임대사업 과세표준이 년간 환산하여 36,000,000원 미만이고 청구인이 1993.12.20까지 과세특례포기신고를 하지 않자 1994.1.1부터 청구인이 과세특례자로 전환되는 것으로 보고 쟁점부동산의 신축과 관련하여 환급된 부가가치세중 34,649,090원을 재고납부세액으로 가산하여 1995.9.16자로 1994년 제1기분 부가가치세 38,095,320원을 결정·고지하였다. 청구인은 이에 불복하여 1995.11.14 심사청구를 거쳐 1996.2.7 이 건 심판청구를 제기하였다. 2. 청구인주장 및 국세청장 의견 가. 청구인 주장 처분청은 청구인의 일반과세 적용의사표시와 관계없이 과세특례 포기시점이 늦었다는 이유로 1994.1.1자로 청구인이 과세특례자로 전환된 것으로 보아 재고납부세액을 계산하여 이 건 과세처분하였으나 이는 과세특례기준에 해당하게 된 청구인이 과세특례포기신고서를 제출하지 아니한 채 단순히 일반과세자로서의 사업자등록을 유지하고자 한 묵시적 의사표시를 하였다 할 수 있으므로 이 건 과세처분은 부당하며, 원래 과세특례제도는 일정규모이하의 세무능력이 부족한 영세사업자를 위한 입법취지를 가졌으므로 일반적으로 과세특례자가 일반과세자로 전환되는 경우에는 부가가치세법 제74조의2 의 규정에 의하여 통지의무를 강행규정으로 하고 있는 반면 일반과세자가 과세특례자로 되는 경우에는 납세자에게 유리한 법적용을 인정하는 것이므로 통지의무를 의무화시키지 않았으나 법취지로 보아 납세자에게 불리한 처분은 마땅히 신의칙의 원칙에 따라 통지함이 당연한 것으로 사료되며, 그리고 이 건 재고납부세액 결정고지에 대하여 해명자료를 제출하여 1994년 9월에 결정취소 처분을 받았으며, 이 건에 대하여 추징세액이 소멸된 것으로 인정하여 처분청의 처분을 신뢰하였으며, 이 신뢰에 대하여 청구인의 귀책사유는 없었다. 또한 부가가치세법시행령 제74조 제2항 제5호에 의하여 부동산임대업이 재무부령이 정하는 것은 과세특례자가 아니며(1993.12.31 신설), 같은법시행규칙 제23조의2 제3항에서는 국세청장이 정하는 규모이상의 부동산임대업은 과세특례자에 해당하지 아니하도록 되어 있고 위 관련규정에 근거한 국세청고시 제93-21호(1993.7.1 시행) 및 1994.7.1 시행 과세특례 배제기준에서 청구인의 임대사업장이 과세특례대상이 아님이 명백하고 1993.7.1부터 연속적으로 과세특례배제기준이 적용됨에도 청구인을 1994년 제1기분부터 과세특례자로 유형전환된 것으로 보아 이 건 재고납부세액을 추징한 것은 부당하며, 설사 청구인의 주장과 다르게 1994년 제1기분부터 과세특례자로 유형전환되었다면 1994년 제1기분부터는 용역공급대가에 대한 부가가치세율을 일반과세자에게 적용하는 100분의 10이 아닌 과세특례자에게 적용하는 1,000분의 20을 적용함이 타당하다. 나. 국세청장의견 쟁점부동산은 1993.1.11 준공되었고 1993.4.1부터 임대사업을 개시하였으며 1993년 제1기분 확정신고기간의 공급가액은 2,613,108원으로서 1993년도 년간부가가치세 환산과세표준은 10,452,432원밖에 안되어 36,000,000원에 미달하므로 과세특례자로 전환되어야 할 것이고 과세특례자로 전환되는 시기는 관련법령상 1994.1.1부터이다. 따라서 청구인이 1993.12.20까지 과세포기신고를 하지 않았으므로 처분청이 1994.1.1자로 과세특례자로 전환시켜 재고납부세액을 추징한 것은 달리 잘못이 없다고 하겠다. 또한 청구인은 과세특례자로 전환될 때 통지도 없었고 당초에 재고납부세액을 추징하였다가 이를 취소하고 금번 이를 다시 결정하여 과세함은 신의성실의 원칙에 위배된다고 하나 일반사업자에서 과세특례자로 전환되는 경우에는 유형전환통지에 대한 규정이 강제되어 있지 아니하며 세법에 명백히 위배되어 본건과 같이 부가가치세를 과세하여야 하는 경우까지 신의성실의 원칙을 적용하는 것은 아니라 할 것이고, 부가가치세법 제28조 는 부가가치세 신고의 오류나 탈루등이 있는 경우에는 부가가치세를 경정할 수 있도록 규정하고 있는 바 신의성실의 원칙에 의해 부가가치세를 취소하여야 한다는 청구주장은 받아들일 수 없다고 판단된다. 3. 심리 및 판단 가. 쟁점 이 건은 일반과세자로 사업자등록을 한 부동산임대업자가 사업을 개시한 이후 최초과세기간에 대한 확정신고시 공급대가의 년간 환산금액이 과세특례 대상에 해당된 경우 부동산임대업자를 최초과세기간에 대한 확정신고후 개시하는 과세기간부터 과세특례자로 변경하여 변경당시의 재고품 및 감가상각자산에 대하여 재고납부세액을 가산한 처분의 당부를 가리는데 있다. 나. 관련법령 (1) 부가가치세법(1978.12.5 개정) 제25조 제1항에는 「직전 1역년의 재화와 용역의 공급에 대한 부가가치세가 포함된 대가(이하 “공급대가”라 한다)가 대통령령이 정하는 금액에 미달하는 개인사업자(이하 “과세특례자”라 한다)에 대하여는 제4장 내지 제6장의 규정에 불구하고, 이 장의 규정에 의하여 부가가치세를 부과징수한다. 다만, 대통령령이 정하는 사업을 제외한다.」고 되어 있고, 같은조 제2항에는 「직전년 또는 직전 과세기간에 신규로 사업을 개시한 개인사업자에 대하여는 그 사업개시일부터 그 과세기간종료일까지의 공급대가의 합계액을 12월로 환산한 금액을 기준으로 하여 제1항의 규정을 적용한다. 이 경우에 1월미만의 단수가 있는 때에는 이를 1월로 한다.」고 되어 있으며, 같은조 제3항에는 「제30조 제3항의 규정에 의한 신고를 한 개인사업자는 최초의 과세기간에 있어서 과세특례자로 본다. 다만, 지역별·업종별·규모별로 대통령령이 정하는 사업자에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다.」고 되어 있다. 같은법시행령(1990.12.31 개정) 제74조 제1항에는 「개인사업자가 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 법 제25조 제1항의 규정에 의하여 이를 과세특례자로 한다. 1. 대리·중개·주선·위탁매매 및 도급 이외의 경우에는 당해공급대가의 합계액이 3,600만원에 미달하는 때」로 되어 있고, 같은조 제2항에는 「법 제25조 제1항 단서에 규정하는 대통령령이 정하는 사업은 다음 각호에 게기하는 것으로 한다. 1. 광업 2. 제조업(단서생략) 3. 도매업(소매업을 겸영하는 경우에는 소매업을 포함한다) 4. 특별소비세법 제1조 제4항에 해당하는 과세유흥장소를 영위하는 사업으로서 재무부령이 정하는 것」으로 되어 있으며, 같은조 제3항에는 「제1항에 규정하는 금액을 계산함에 있어서 직전 1역년중 휴업하거나 직전년 제1기 과세기간에 신규로 사업을 개시한 사업자에 대하여는 휴업기간 또는 사업개시전의 기간을 제외한 잔여기간에 대한 재화 또는 용역의 공급대가의 합계액을 12월로 환산한 금액을 기준으로 하며 휴업한 개인사업자에 있어서 직전 1역년중 공급대가가 없는 경우에는 신규로 사업을 개시한 것으로 본다. 이 경우에 1월미만의 단수가 있는 때에는 이를 1월로 한다.」고 되어 있고, 같은조 제4항에는 「신규로 사업을 개시하는 개인사업자가 법 제30조 제3항의 규정에 의한 신고를 한 경우에 당해사업자의 사업장소재지역·사업의 종류·규모등을 감안하여 국세청장이 정하는 기준에 해당하는 때에는 과세특례를 적용하지 아니한다.」고 되어 있다. 같은법시행령 제74조의2 제1항에는 「법 제25조의 규정이 적용되거나 적용되지 아니하게 되는 기간은 1역년의 공급대가가 제74조 제1항 각호의 금액에 미달되거나 그 이상이 되는 해의 다음 해의 제2과세기간으로부터 그 다음 해의 제1과세기간까지로 한다. 다만, 신규로 사업을 개시한 경우에는 최초의 과세기간에 대한 확정신고후 개시하는 과세기간부터 기산한다.」고 되어 있고, 같은조 제2항에는 「제1항의 경우에 당해사업자의 소관세무서장은 법 제25조의 규정이 적용되거나 적용되지 아니하게 되는 과세기간개시 20일전까지 그 사실을 통지하여야 하며, 사업자등록증을 정정하여 과세기간개시전일까지 교부하여야 한다.」고 되어 있으며, 같은조 제3항에는 「제1항에 규정한 시기에 법 제25조의 규정이 적용되는 사업자에 대하여는 제2항의 규정에 의한 통지에 관계없이 제1항에 규정한 시기에 법 제25조의 규정을 적용하며 제1항에 규정한 시기에 법 제25조의 규정이 적용되지 아니하는 사업자에 대하여는 제1항의 규정에 불구하고 제2항의 규정에 의한 통지를 받은 날이 속하는 과세기간까지는 법 제25조의 규정을 적용한다.」고 되어 있다. 또한 같은법시행령(1993.12.31 개정) 제74조 제2항에는 「법 제25조 제1항 단서에 규정하는 대통령령이 정하는 사업은 다음 각호에 게기하는 것으로 한다. 1. 광업 2. 제조업(단서생략) 3. 도매업(소매업을 겸영하는 경우에는 소매업을 포함한다) 4. 특별소비세법 제1조 제4항에 해당하는 과세유흥장소를 영위하는 사업으로서 재무부령이 정하는 것 5. 부동산임대업으로서 재무부령이 정하는 것 6. 부동산매매업」으로 되어 있으며, 같은법시행규칙 제23조의2 제3항에는 「영 제74조 제2항 제5호에서 “재무부령이 정하는 것”이라 함은 특별시 및 직할시 지역에 소재하는 부동산임대사업장을 영위하는 사업으로서 국세청장이 정하는 규모이상의 사업을 말한다.」고 되어 있다. (2) 부가가치세법(1993.12.31 개정) 제26조의2에는 「일반과세자가 과세특례자로 변경되는 경우에는 당해 변경당시의 재고품 및 감가상각자산(제17조 제1항 내지 제3항의 규정에 의하여 공제받은 경우에 한한다)에 대하여 대통령령이 정하는 바에 따라 계산한 금액을 제26조 제2항의 규정에 의한 납부세액에 가산하여야 한다.」고 되어 있고, 같은법 제30조 제1항에는 「과세특례자는 이 장의 규정에 불구하고 제4장 내지 제6장의 규정의 적용을 받을 수 있다.」고 되어 있으며, 같은조 제2항(1993.12.31 개정이전)에는 「제1항의 적용을 받고자 하는 자는 그 적용받고자 하는 과세기간개시 10일전에 대통령령이 정하는 바에 의하여 정부에 신고하여야 한다.」고 되어 있다. 같은법시행령(1993.12.31 개정) 제74조의4 제1항에는 「일반과세자가 과세특례자로 변경되는 경우에는 그 변경되는 날 현재의 다음 각호에 규정된 재고품 및 감가상각자산(법 제17조의 규정에 의하여 매입세액을 공제받은 것에 한한다)을 그 변경되는 날의 직전과세기간에 대한 확정신고와 함께 과세특례전환시의 재고품 및 감가상각자산신고서에 의하여 각 사업장소관세무서장에게 신고하여야 한다. 1. ～3. (생략) 4. 감가상각자산(건물 및 구축물의 경우에는 취득·건설 또는 신축후 5년 이내의 것, 기타의 감가상각자산의 경우에는 취득 또는 제작후 2년이내의 것에 한한다)」고 되어 있고, 같은조 제3항에는 「일반과세자가 과세특례자로 변경되는 경우에 당해사업자는 다음 각호의 방법에 의하여 계산한 금액(이하 “재고납부세액”이라 한다)을 납부세액에 가산하여 납부하여야 한다. 이 경우 제2호 및 제3호의 규정에 의한 경과된 과세기간의 수에 관하여는 제49조 제1항 본문후단 및 동조 제4항의 규정을 준용한다. 1. ～2. (생략) 3. 제1항 제4호에 규정된 자산으로서 사업자가 직접 제작·건설 또는 신축한 자산 (가) 건물 또는 구축물 재고납부세액 = 당해자산의 건설 또는 신축과 관련하여 공제받은 매입세액(제2항 단서의 규정이 적용되는 경우에는 시가의 100분의 10에 상당하는 세액) × (1 - 10/100 × 경과된 과세기간의 수) ×(1 - 5/100) (나) (생략)」으로 되어 있으며, 같은조 제5항에는 「당해사업자가 제1항의 규정에 의하여 신고를 하지 아니하거나 과소하게 신고한 경우에는 소관세무서장은 재고금액을 조사하여 당해 재고납부세액을 결정·통지하여야 한다.」고 되어 있고, 같은조 제6항에는 「제3항의 규정에 의하여 결정된 재고납부세액은 과세특례자로 변경된 날부터 6월간의 거래에 대한 납부할 세액에 가산하여 납부한다. (이하 생략)」고 되어 있으며, 같은법시행령 제78조 제1항에는 「법 제30조 제2항의 규정에 의한 신고에 있어서는 다음 각호의 사항을 기재한 과세특례포기신고서를 소관세무서장에게 제출하여야 한다. 1. 사업자의 인적사항 2. 과세특례를 포기하고자 하는 과세기간 3. 기타 참고사항」으로 규정되어 있다. (3) 부가가치세법 부칙(1993.12.31 법률 제4663호) 제1조에는 「이 법은 1994년 1월 1일부터 시행한다. (단서 생략)」고 되어 있고, 같은부칙 제2조에는 「이 법은 이 법 시행후 최초로 공급하거나 공급받는 분부터 적용한다. (단서생략)」고 되어 있으며, 같은법시행령 부칙(1993.12.31 대통령령 제14081호) 제1조에는 「이 영은 1994년 1월1일부터 시행한다. 다만, (중간생략) 제74조 제2항 제5호 및 제6호의 개정규정은 1994년 7월1일부터 시행한다.」고 되어 있고, 같은부칙 제4조에는 「이 영은 이 영 시행후 최초로 공급하거나 공급받는 분 또는 수입신고를 하는 분부터 적용한다. (단서생략)」고 되어 있으며, 같은법시행규칙 부칙(1993.12.31 재무부령 제1957호) 제1조에는 「이 규칙은 1994년 1월 1일부터 시행한다. 다만, ----- 및 제23조의2 제3항의 개정규정은 1994년 7월 1일부터 시행한다.」고 되어 있고, 같은부칙 제3조에는 「이 규칙은 시행후 최초로 공급하거나 공급받는 분 또는 수입신고하는 분부터 적용한다.」고 되어 있다. 다. 사실관계 및 판단 (1) 청구인은 과세특례포기신고서를 제출하지 아니한 것은 일반과세자로 남겠다는 묵시적 의사표시라고 주장하나, 관련규정상 신규로 사업을 개시한 사업자의 경우 사업개시일부터 그 과세기간종료일까지의 공급대가의 합계액을 12월로 환산한 금액을 기준으로 하여 일반과세자 공급대가에 미달할 때는 최초 과세기간에 대한 확정신고후 개시하는 과세기간부터 과세특례자로 변경하도록 되어 있고, 청구인이 일반과세자로 적용받고자 하는 과세기간 개시 10일전까지 관할세무서장에게 과세특례포기신고를 하는 경우에는 일반과세자의 적용을 받도록 되어 있는 바, 처분청의 청구인에 대한 부가가치세 과세표준증명원에 의하면 청구인의 사업개시이후 최초 과세기간인 1993년 제1기분의 매출과세표준이 2,613,108원으로 년간 환산한 금액이 10,452,432원이므로 청구인은 사업개시후 최초과세기간에 대한 공급대가가 일반과세대상에 미달한다 할 것이다. 따라서 청구인은 최초 과세기간에 대한 확정신고후 개시하는 과세기간인 1994년 1월 1일부터는 과세특례대상자로 변경되며, 청구인이 계속하여 일반과세자로 남아 있으려면 관련규정상 1993.12.20까지는 과세특례포기신고를 하여야 하나 청구인은 1994.3.30자로 포기신고를 하였으므로 이에 대한 청구인의 주장은 인정하기 어렵다 할 것이다. (2) 또한 청구인은 과세전환통지없이 이 건 재고납부세액을 가산하여 과세한 처분은 부당하다고 주장하나, 위 관련법령상 일반과세자가 과세특례자로 전환되는 경우에는 관할 세무서장의 통지가 없는 경우에도 가능하도록 되어 있어 그 통지여부가 과세유형전환의 효력에는 영향을 미치는 것으로는 보이지 않는다 할 것이다. (3) 청구인은 부동산임대사업의 경우 일정규모이상은 과세특례대상에서 제외하도록 되어 있으므로 청구인의 부동산임대사업장은 과세특례대상에서 제외하여야 한다고 주장하나, 제외대상 근거법령인 부가가치세법시행령 제74조 제2항 제5호는 1994.7.1부터 시행되어 1994.1.1자의 과세특례변경시에는 적용되지 아니하며, 국세청고시 제93-21호(1993.7.1)는 그 근거법령이 부가가치세법시행령 제74조 제4항(1978.12.30 신설)으로 신규로 사업을 개시하는 사업자에 한하여 과세특례적용을 배제하기 위한 것이므로 청구인의 경우와 같이 사업개시후 1역년의 공급대가가 일반과세대상에 미달하여 과세특례자로 유형전환되는 것과는 별개의 규정이라 할 것이다. (4) 또한 청구인은 청구인이 과세특례자로 유형전환되었다면 1994년 제1기분부터는 과세특례세율을 적용하여야 한다고 주장하나, 처분청의 이 건 과세처분 결정결의서에 의하면 과세특례세율인 20/1,000을 적용하여 과세한 사실이 확인된다. 따라서 이 건 심판청구는 이유없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.