이유
1. 처분 개요 가. 청구법인은 2009.7.27. OOOOO OOO OOO 282-329 토지 195㎡ 및 주거용 건축물 117.84㎡ (이하 “이 건 부동산”이라 한다)를 취득 한데 대하여 「지방세법」 (2010.1.1. 법률 제9924호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제288조 제2항에서 규정하고 있는 사회단체 등이 그 고유업무에 직접 사용하기 위한 부동산의 취득으로 하여 처분청으로 부터 취득세 등을 과세면제 받았다. 나. 처분청은 이 건 부동산에 대한 사용현황을 확인한 결과 청구법인이 이 건 부동산의 1층은 OOOO 관리인 사택으로 사용하고 있고, 지하층은 임차 인이 거주하고 있는 사실을 확인한 후, 과세전적부 심사결정에 따라 청구법인을 「지방세법」 제288조 제2항에서 규정 하고 있는 사회단체 등이 아닌 같은 법 제107조 및 제127조에서 규정하고 있는 종교 및 제사를 목적으로 하는 단체에 해당하는 것으로 보고, 청구 법인이 이 건 부동산을 제사 등의 목적사업에 직접 사용하지 아니하는 것으로 보아 이 건 부동산의 주택가격 311,000,000원을 과세표준 으로 하고 같은 법 제112조 제1항 및 제131조 제1항 제2호 세율에 제138조 제1항에서 규정하고 있는 등록세 중과세율을 적용하여 산출한 취득세 7,549,830원, 농어촌특별세 754,980원, 등록세 9 ,059,800원, 지방교육세 1,662,680원, 합계 19,027,290원(가산세 포함 ) 을 2010.10.11. 청구법인에게 부과고지 하였다. 다. 청구법인은 이에 불복하여 2010.11.10. 심판청구를 제기하였다. 2. 청구법인 주장 및 처분청 등 의견 가. 청구법인 주장 청구법인은 OO OOO 선생님과 OO OOO 선생님의 제사를 연 2회 지속하여 지내왔으며, 1982년도에 OOO이 국립공원으로 지정되어 이를 정비하는 과정에서 OO OO는 공원 안에 유지되었으나 OO 관리집은 공원 안에 유지할 수 없어 철거됨에 따라 받은 그 보상금으로 이 건 부동산을 취득하여 제사에 필요한 제기, 관복, 도포 및 신발 등을 보관 하고 제수용 음식을 만들어 봉향하는 등 서원을 유지하기 위하여 사용하였을 뿐 추호도 다른 목적에 사용하지 아니하였음에도 이 건 부동산을 다른 목적에 사용한 것으로 보아 이 건 취득세 등을 부과고지한 처분은 부당하다. 나. 처분청 의견 (1) 종교단체 등이 취득하는 부동산이라 하더라도 취득세 등의 비과세 대상이 되는 것은 그 목적에 직접 사용하는 부동산에 한하는 것이라 할 것이고, 특히 비영리단체가 구외에 소재하는 주거용부동 산을 취득하는 경우에는 일반인과의 조세형평을 고려하여 목적사업에 중추적인 역할을 수행하는 자가 사용하며 불가피한 사유로 인하여 당해 사업장 외에 숙박시설 등을 설치하는 경우에 한하여 극히 한정적 으로 비과세대상으로 인정하여야 할 것이다. (2) 청구법인의 경우, 2009.7.29. 이 건 부동산을 증여로 취득하여 취득세 등을 감면받았고, OOOOO OOO OOO 512 소재 부동 산은 서원으로 사용하고 있으나 주거용 단독주택인 이 건 부동산은 서원으로부터 멀리 떨어져 있고 그 사용 용도를 보면 지하층은 임대를 주었고 1층은 관리인이 사용하고 있으며 관리인은 청구 법인의 목적사 업을 수행함에 있어 필요 불가결한 중추적 존재라 할 수 없어 청구법인이 이 건 부동 산을 그 사업에 직접 사용한다고 볼 수 없다하겠 으므로 처분청이 청구법인에게 취득세 등을 부과고지 한 처분은 정당 하다. 3. 심리 및 판단 가. 쟁 점 이 건 부동산이 제사 등을 목적으로 하는 비영리사업자가 목적사업에 직접 사용하는 부동산에 해당하는지 여부 나. 관련 법령 (1) 지방세법 (2010.1.1. 법률 제9924호로 개정되기 전의 것) 제107조(용도구분에 의한 비과세) 다음 각 호의 1에 해당하는 것(제112조 제2항의 규정에 의한 과세대상을 제외한다)에 대하여는 취 득세를 부과하지 아니한다. 다만, 대통령령이 정하는 수익사업에 사용하는 경우와 취득일부터 1년(제1호의 경우에는 3년) 이내에 정당한 사유없이 그 용도에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 그 사용일부터 2년 이상 그 용도에 직접 사용하지 아니하고 매각하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여 취득세를 부과한다. 1. 제사·종교·자선·학술·기예 그 밖의 공익사업을 목적으로 하는 대통령령이 정하는 비영리사업자가 그 사업에 사용하기 위한 부동산의 취득 제127조(용도구분에 의한 비과세) ① 다음 각 호의 1에 해당하는 것(제112조 제2항의 규정에 의한 과세대상을 제외한다)에 대하여는 등록세를 부과하지 아니한다. 다만, 대통령령이 정하는 수익사업에 사용하는 경우와 등기·등록일부터 1년(제1호의 경우에는 3년) 이내에 정당한 사유 없이 그 용도에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 그 사용일부터 2년 이상 그 용도에 직접 사용 하지 아니하고 매각하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여 등록세를 부과한다. 1. 제사·종교·자선·학술·기예 그 밖의 공익사업을 목적으로 하는 대통령령이 정하는 비영리사업자가 그 사업에 사용하기 위한 부동산에 대한 등기 제288조(사회단체 등에 대한 감면) ② 정부로부터 허가 또는 인가를 받거나 「민법」 외의 법률에 의하여 설립 또는 그 적용을 받는 학술연구단체·장학단체·기술진흥단체·문화예술단체·체육진흥단체·청소년단체가 그 고유업무에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 취득세와 등록세를 면제하고, 과세기준일 현재 그 고유업무에 직접 사용하는 부동산에 대하여는 재산세·도시계획세 및 공동시설세를 면제(기술진흥단체와 체육진흥단체가 사용하는 부동산에 대하여는 공동시설세를 과세한다)한다. 다만, 그 취득일부터 1년내에 정당한 사유없이 그 고유업무에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 그 사용일부터 2년 이상 고유업무에 직접 사용하지 아니하고 매각하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여는 면제된 취득세와 등록세를 추징한다. (2) 지방세법 시행령(2010.1.1. 대통령령 제21975호로 개정되기 전의 것) 제79조(비영리사업자의 범위) ① 법 제107조 제1호에서 “대통령령으로 정하는 비영리사업자”라 함은 다음 각 호의 자를 말한다. 1. 종교 및 제사를 목적으로 하는 단체 제94조(비영리사업자의 범위 등) ① 법 제127조 제1항 제1호 본문에서 “대통령령으로 정하는 비영리사업자”라 함은 제79조의 규정에 의한 비영리사업자를 말한다. 다. 사실관계 및 판단 (1) 청구인과 처분청이 제출한 자료에 의하면 다음과 같은 사실을 알 수 있다. (가) 청구법인은 2009.7.8. 「민법」 제32조 및 「문화체육관광부 및 문화재청 소관 비영리법인의 설립 및 감독에 관한 규칙」 제4조에 근거하여 설립되었고, 2009.7.16. 법인 설립등기를 하였으며, 2009. 7.27. 이 건 부동 산을 OOOO으로부터 증여 취득하여 처분청으로부터 「지방세법」 제288조 제2항의 규정에 의거 취득세 등을 감면받았다. (나) 처분청 세무담당공무원은 2010.6.1. 이 건 부동산의 사용현황 조사를 하여 이 건 부동산이 OOOO 관리인 사택 등으로 사용되고 있는 사실을 확인하였고, 처분청은 이 건 부동산의 1층에는 OOO (서원 관리인)이 지층에는 OOO(세입자)가 각각 거주하고 있는 사진을 제출하고 있다. (다) 처분청은 2010.7.30. 청구법인에게 이 건 취득세 등의 과세 예고를 하자 청구법인은 2010.8.20. OOOOOO에게 이에 대한 과세전 적부심사청구를 하였고, 2010.9.16. 과세전적부심사결정에서 청구법인이 이 건 부동산을 그 사업에 직접 사용한다고 볼 수 없겠으나, 청구법인은 「지방세법 시행령」제79조 의 종교 및 제사를 목적으로 하는 단체에 해당하므로 등록세 부과시 세율적용에 있어 1000분의 8을 적용하지 아니하고 1000분의 15를 적용한 것은 잘못이라는 결정을 하였다. (라) 이 건 부동산 거주자 주민등록 전출입사항을 보면, OOO은 1991.4.12. 이 건 부동산으로 전입하여 심판청구일 현재까지 주민 등록이 되어 있고, OOO는 2005.5.17. 이 건 부동산으로 전입하였 다가 2010.8.15. 전출하였으며, 2005.5.16. OOO과 OOO간에 이 건 부동산 지하층에 대한 임대차계약을 체결하였다. (마) 한편, 이 건 부동산과 약 1.4㎞ 떨어진 OOOOO OOO OOO 512 토지 에 OOOO(OO OOO OOO OOOO)이 소재하고 있고, 동 토지의 토지이용계획 확인서상의 지역·지구는 도시지역, 자연녹지지역, 개발제한구역 및 국립공원 구역 등이며, OOOO 내에는 제사를 지내는 OO건물 43.74㎡가 있고, 서원에는 OO 외에 별도의 물품보관 장소나 관리시설은 없는 것으로 확인되고 있고, 1980.1.20.부터 1980.3.31.까지의 기간 중에 처분청에서 시행한 OOO 자연공원 보상업무추진계획에 따라 당시 OOOO과 연접한 같은 동 511-3 대지 350㎡에 소재한 관리사택이 멸실된 사실을 OOO 자연공원 보상업무 추진계획서 및 관련공문, OOOOOO이 발급한 항공 사진 및 OOO의 주민등록자료 등에 의하여 미루어 알 수 있다. (2) 「지방세법」 제107조 및 제127조 제1항에서 제사·종교·자선· 학술·기예 그 밖의 공익사업을 목적으로 하는 대통령령이 정하는 비 영리사업자가 그 사업에 사용하기 위한 부동산의 취득 ·등록에 대하여는 취득세 및 등록세를 부과하지 아니하되, 다만, 대통령령이 정하는 수익 사업에 사용하는 경우와 취득일부터 3년 이내에 정당한 사유 없이 그 용도에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 그 사용일부터 2년 이상 고유업무에 직접 사용하지 아니하고 매각하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여 취득세를 부과한다고 규정하고 있다. (3) 이 건 부동산 중 지하층 부분은 OOO이 OOO에 2010.8.15.까지 임대 하여 수익사업에 사용되었으므로 취득세 등의 추징대상에 해당한다고 보이나, 국립공원 구역 내에 위치한 OOOO에는 단순히 제사만을 지내는 OO만 있어 제기 및 의복 등을 보관하고 서원을 유지·관리하는 시설이 필요한 것으로 보이는 점, 당초, OOOO과 연접한 곳에 관리사택이 있다가 OOO 자연 공원 정비사업으로 인하여 수용됨에 따라 OOOO이 불가피하게 이 건 부동 산을 대체 취득 한 것으로 보이는 점, 이 건 부동산에 서원관리인이 거주하면서 외부에는 청구법인의 현판을 걸고 , 내부에는 제기, 의류 및 서적 등을 보관 하면서 OOOO 관리기능을 수행하는 것으로 보이는 점 등을 종합 하여 보면 이 건 부동산 중 임대부분을 제외한 부분은 고유 목적에 직접 사용하는 부동산에 해당한다고 보는 것이 합리적이라고 판단된다. 4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유있으므로 「지방세 기본법」 제123조 제4항과 「국세 기본법」제81조 및 제65조 제1항 제2호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.