이유
1. 처분개요 가. 청구인은 1991.12.12. 취득한 OOO(이하 “쟁점토지”라 한다)를 2014.9.3. 청구외 OOO에게 양도하고, 2014.12.1. 「소득세법」 제95조 제1항에 따른 장기보유특별공제 및 「조세특례제한법」 제69조 에 따른 자경농지 감면을 적용하여 2014년 귀속 양도소득세 OOO원을 신고·납부하였다. 나. 처분청은 쟁점토지 현장조사 결과 쟁점토지는 비사업용토지로서 「소득세법」 제95조 제1항에 따른 장기보유특별공제 대상에 해당하지 않는 것으로 보아 2016.6.7. 청구인에게 2014년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정·고지하였다. 다. 청구인은 이에 불복하여 2016.8.31. 이의신청을 거쳐 2017.1.2. 심판청구를 제기하였다. 2. 청구인 주장 및 처분청 의견 가. 청구인 주장 (1) 청구인은 쟁점토지를 22년 8개월(1991.12.12.～2014.9.3.)간 보유하면서 직접 농사를 지어왔고, 양도 2～3년 전부터 본인 건강 및 배우자(2015년 사망) 간호로 인해 농사에 전념할 수 없어 OOO에게 농사일을 의존하였다. (2) OOO은 쟁점토지의 경작방식 문제 등으로 인해 청구인과 갈등이 있었는데 처분청은 현장확인 당시 청구인을 음해하려는 OOO의 진술만을 근거로 청구인이 쟁점토지 보유기간의 80% 이상을 자경하지 않았다고 판단하였고, 농사 관련 책자에 실린 내용(제초 작업 횟수 등)만을 근거로 청구인의 경작 여부를 판단하였는바 이는 근거과세의 원칙을 위배한 것이다. (3) 청구인은 쟁점토지를 2010년 모내기 시기까지 직접 경작하여 장기보유특별공제의 기간요건을 충족하였음에도 불구하고, 처분청은 OOO의 확인서상 청구인이 쟁점토지를 직접경작한 시기는 2009년까지로 기재되어 있음을 이유로 청구인이 기간요건(전체 보유기간의 100분의 80 이상)을 충족하지 못한다는 의견이나, 2009년이라는 시점은 동 확인서를 수취한 청구인의 아들이 경작기간의 중요성을 간과하여 잘못 기재된 것으로, 확인서 작성자들은 청구인 또는 OOO의 “적극적” 농사행위 여부에 따라 기억에 의존하여 그 기간을 기재하였을 뿐이다. 한편, 처분청은 OOO이 치매가 있어 확인서 내용을 청구인이 자의적으로 작성하였다고 의심하나, OOO은 확인서 작성 당시에는 정상적 판단을 할 수 있었고 자필로 이를 기재하였다. (4) 처분청은 고령(78세)인 청구인을 장시간 조사하는 과정(장소 : 자택 및 사무실, 조사시간 : 2회 합계 4시간 10분)에서 청구인이 잘 모르는 전문용어(자경, 도지, 계약 등)를 사용하고 진술을 녹취하겠다는 등 위압감을 조성하면서 답변 및 조사방향을 유도하였고, 특히 두 번째 조사에서는 세무대리인이 도착하기 전에 조사를 시작하였을 뿐만 아니라, 전문용어를 사용하여 답변을 유도하는 처분청 조사자에게 세무대리인이 이의를 제기하자, 조사를 방해하는 행위를 하지 말라고 위협하는 등 「국세기본법」상 세무조사 시 조력을 받을 권리를 침해하였다. (5) 따라서, 이 건 양도소득세 부과처분은 부당하다. 나. 처분청 의견 (1) 쟁점토지와 인접하여 거주하며 쟁점토지를 대리경작 및 임차경작한 OOO의 진술에 따르면, OOO은 2003년부터 2008년까지 마지기(200평) 당 OOO원을 받고 모내기·탈곡·벼 건조 등 6년간 대리경작하고, 2009년 이후부터는 마지기(200평)당 1년에 쌀 80kg을 임대료(도지)를 주고 쟁점토지를 임차하여 청구인이 쟁점토지를 양도할 때까지 경작하였는바, 청구인이 농지취득 초기에 제초작업 등 일부 농작업을 하였다는 사진증빙만으로 나머지 기간에도 청구인이 쟁점토지를 자경한 것으로 인정하기 어렵다. (2) 청구인은 농지원부, 자경증명원 및 직불금 입금 내역이 포함되어 있는 금융계좌 사본 및 OOO의 확인서를 제출하였으나 동 확인서에 기재된 자경기간은 ‘1991년부터 2008년까지’로 작성되었다가 ‘1991년부터 2009년’으로 수정된 사실이 있고, 2016.2.18. 처분청 담당자의 자택 방문 시 치매를 이유로 요양보호사의 간병을 받던 OOO은 기억이 나지 않아 잘 모르겠다는 요지로 답변하였으나, 청구인은 2016.2.19. 경작기간을 ‘1991년부터 양도 시’까지로 변경한 OOO의 확인서를 제출하였는바 이를 신뢰하기 어렵다. 그러므로, 청구인이 예정신고 시 제출한 수정 전 확인서의 기간(1991년∼2008년)으로 계산할 경우 「소득세법시행령」 제168조의6 에서 규정한 비사업용 토지의 기간기준 요건(토지의 보유기간의 100분의 20)을 초과하여 장기보유특별공제의 대상이 될 수 없다. (3) 세무조사 과정에서 세무대리인이 입회하여 진행된 조사절차가 세무조사 시 조력을 받을 권리를 위배하였다는 주장은 실제 사실에 근거함이 없이 관련 규정을 자의적으로 해석하여 주장하는 것에 불과하다. (4) 따라서, 이 건 양도소득세 부과처분은 적법하다. 3. 심리 및 판단 가. 쟁점 쟁점토지가 비사업용 토지에 해당하는지 여부 나. 관련 법령 (1) 소득세법(2014.1.1. 법률 제12169호로 개정된 것) 제95조(양도소득금액) ① 양도소득금액은 제94조에 따른 양도소득의 총수입금액(이하 "양도가액"이라 한다)에서 제97조에 따른 필요경비를 공제하고, 그 금액(이하 "양도차익"이라 한다)에서 장기보유 특별공제액을 공제한 금액으로 한다. ② 제1항에서 "장기보유 특별공제액"이란 제94조 제1항 제1호에 따른 자산(제104조 제3항에 따른 미등기양도자산 및 제104조의3에 따른 비사업용 토지는 제외한다)으로서 보유기간이 3년 이상인 것 및 제94조 제1항 제2호 가목에 따른 자산 중 조합원입주권(조합원으로부터 취득한 것은 제외한다)에 대하여 그 자산의 양도차익(조합원입주권을 양도하는 경우에는 「도시 및 주거환경정비법」 제48조 에 따른 관리처분계획 인가 전 토지분 또는 건물분의 양도차익으로 한정한다)에 다음 표1에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다. 다만, 대통령령으로 정하는 1세대 1주택(이에 딸린 토지를 포함한다)에 해당하는 자산의 경우에는 그 자산의 양도차익에 다음 표 2에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다. (2) 소득세법 시행령(2014.7.28. 대통령령 제25523호로 개정된 것) 제168조의6(비사업용토지의 기간기준) 법 제104조의3 제1항 각 호 외의 부분에서 "대통령령으로 정하는 기간"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 기간을 말한다. 1. 토지의 소유기간이 5년 이상인 경우에는 다음 각 목의 모두에 해당하는 기간 가. 양도일 직전 5년 중 2년을 초과하는 기간 나. 양도일 직전 3년 중 1년을 초과하는 기간 다. 토지의 소유기간의 100분의 20에 상당하는 기간을 초과하는 기간. 이 경우 기간의 계산은 일수로 한다. 다. 사실관계 및 판단 (1) 청구인과 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 다음의 사실이 나타난다. (가) 처분청 조사복명서에 따르면, 청구인은 1994년부터 2009년까지 OOO에서 OOO으로 근무한 사실이 있고, 쟁점토지는 2016년 2월 현장확인 당시 OOO 부지로 사용 중이었으며 양도되기 전까지는 농지(답)으로 사용된 것으로 나타난다. (나) 농지원부(최초 작성일 : 1991.11.6.)상 나타나는 청구인 농지보유현황은 다음 <표1>과 같고, 1999.4.15. OOO이 발급한 자경증명 발급 신청서에는 쟁점토지를 농지 소유자인 청구인이 자경하고 있음을 증명한다는 내용이 기재되어 있다. (다) 청구인의 지인인 OOO은 청구인이 쟁점토지를 자경하였다는 내용으로 작성한 자경사실확인서(2014.8.30.)를 제출하였으나, 동 확인서의 기재내용 중 자경기간은 당초 ‘1991년부터 2008년까지’로 작성되어 있다가 ‘1991년부터 2009년까지’로 수정된 것으로 나타나고, 이후 2016년 2월 처분청의 현장조사 시 OOO은 청구인의 자경기간을 ‘ 1991년부터 양도 시까지’로 변경한 자경사실확인서를 제출하였다. (라) 청구인이 쟁점토지를 양도하기 전 쟁점토지에서 경작한 사실이 있는 OOO은 처분청에 확인서(2016년 2월)를 제출하였는바, 동 확인서에는 OOO이 쟁점토지를 2003년부터 2008년까지 대리경작하여 대리경작료로 마지기(200평) 당 OOO원을 매년 12월에 지급받았고, 2009년부터 2014년까지는 쟁점토지를 임차·경작하여 임대료(도지)로 마지기 당 쌀 80㎏ 한 가마를 연도 말에 청구인의 자택으로 가져다 주었다는 내용이 기재되어 있다. (마) OOO에서 확인한 직불제 수령필지 확인증에는 쟁점토지의 직불금을 2005년부터 2008년까지는 청구인이, 2009년부터 2014년까지는 OOO이 수령한 것으로 기재되어 있고, 청구인의 OOO계좌OOO상 OOO이 청구인에게 입금된 것으로 나타난다. (바) 청구인은 심판관회의에서 OOO이 2017년 2월에 작성한 확인서를 제출하였는바, 동 확인서에는 청구인이 쟁점토지를 2010년 모내기 할 때까지 경작하였고, 청구인이 직불금을 수령하였다고 기재되어 있다. (사) 청구인은 1992년 5월 청구인이 쟁점토지에서 제초작업을 하는 사진이라고 주장하며 사진 사본 4매를 제출하였다. (2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다. 쟁점토지를 대리경작 및 임차경작한 것으로 보이는 OOO은 2003년부터 쟁점토지 양도시기까지 본인이 쟁점토지를 경작하였다고 확인하였고, OOO에서 확인한 직불제 수령필지 확인증상으로도 청구인이 2008년까지 직불금을 수령하다가 2009년부터는 OOO이 수령한 것으로 나타나며, 청구인은 심판관회의에서 OOO의 확인서(2017년 2월)를 추가 제출하여 2009년 이후에도 OOO이 아닌 청구인이 직불금을 수령하였음을 주장하였으나 확인서의 내용을 입증할 객관적인 증빙은 제출하지 못하고 있다. 또한, 청구인이 OOO의 확인서상 수정기재된 경작시기인 2009년까지 쟁점토지를 직접 경작한 것으로 인정하더라도, 청구인 소유인 쟁점토지의 대리경작기간은 총 56개월(2010년 1월～2014년 8월)이 되어 「소 득세법 시행령」 제168조의6 제1호 다목에서 규정하는 비사업용토지의 기간기준(54.4개월, 쟁점토지 소유기간 272개월의 20%)를 초과한다. 따라서, 쟁점토지를 비사업용토지로 보아 양도소득세를 부과한 이 건 처분은 잘못이 없다고 판단된다. 4. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.