이유
1. 원처분의 요지 처분청은 청구법인이 1992.11.18. 취득한 ㅇㅇ도 ㅇㅇ시 ㅇㅇ구ㅇㅇ동 ㅇㅇ번지외 1필지 토지 456.6㎡(이하 “이건 토지”라 한다)에 대하여 종교를 목적으로 하는 단체가 종교사업에 직접 사용하기 위하여 취득한 부동산으로 보아 취득세를 비과세하였으나, 이건 토지를 취득한 날로부터 1년이내에 정당한 사유없이 목적사업에 직접 사용하지 아니하였으므로 이건 토지를 법인의 비업무용토지로 보아 이건 토지의 취득가액(275,786,400원)에 구지방세법(1994.12.22. 법률 제4794호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제112조제2항의 중과세율을 적용하여 산출한 취득세 49,641,550원과 지방세법 제131조 제1항제3호(2)목의 세율을 적용하여 산출한 등록세 9,928,300원, 교육세 1,820,180원, 합계 61,390,030원(가산세 포함)을 1996.11.18. 부과고지하였으나, 청구법인이 이에 불복하여 이의신청을 제기하자 이의신청 결정기관인 경기도지사는 청구법인이 등록세 및 교육세를 1992.11.16. 이미 신고납부하였음이 입증된다 하여 위 세액중 등록세 9,928,300원, 교육세 1,820,180원을 취소하는 결정을 하였다. 2. 청구의 취지 및 이유 청구법인은 종교를 목적으로 하는 비영리법인으로서 교회 건물이 협소하여 신도 예배 및 교육을 위한 교육관 건축을 목적으로 1992.11.18. 이건 토지를 취득하였으나, 처분청이 관내 주차난 해소를 위해 이건 토지상에 무료주차장을 설치하여 1993.11.13.부터 1996.10.5.(교육관 착공일)까지 사용하였으며, 1995.7.6. 교육관 건축허가를 받아 1996.10.5. 착공하여 현재 건축중에 있으므로 법인의 비업무용토지에서 제외되는 정당한 사유가 있는데도 처분청이 이건 토지를 법인의 비업무용토지로 보아 취득세를 중과세한 처분은 부당하다고 주장하면서 이건 부과처분의 취소를 구하였다. 3. 우리부의 판단 이건 심사청구는 종교를 목적으로 하는 비영리 법인이 토지를 취득한 후 1년 이내에 목적사업에 직접 사용하지 아니한 정당한 사유가 있었는지 여부에 관한 다툼이라 하겠으므로 가. 먼저 관계법령의 규정을 살펴보면 구지방세법 제107조 에서 “다음 각호의 1에 해당하는 것(...)에 대하여는 취득세를 부과하지 아니한다. 다만, 대통령령이 정하는 수익사업에 사용하는 경우와 취득일부터 1년 이내에 정당한 사유없이 취득 물건의 전부 또는 일부를 그 사업에 직접 사용하지 아니한 경우에는 그 부분에 대하여는 취득세를 부과한다”라고 규정한 다음, 그 제1호(1995.12.6. 법률 제4995호로 개정되기 전의 것)에서 “제사·종교·자선·학술·기예 기타 공익사업을 목적으로 하는 대통령령으로 정하는 비영리사업자가 그 사업에 직접 사용하기 위한 부동산의 취득”이라고 규정하고, 지방세법시행령 제79조 제1항에서 “법 제107조제1호에서 「대통령령으로 정하는 비영리사업자」라 함은 다음 각호에 게기하는 자를 말한다”라고 규정한 다음, 그 제1호에서 “종교 및 제사를 목적으로 하는 단체”라고 규정하고 있으며, 구지방세법 제112조 제2항에서 “대통령령으로 정하는...법인의 비업무용토지...을 취득한 경우의 취득세율은 제1항의 세율(1000분의 20)의 100분의 750으로 한다...”라고 규정하고, 구지방세법시행령(1994.12.31. 대통령령 제14481호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제84조의4제1항에서 “법 제112조제2항의 규정에 의한 법인의 비업무용토지는 법인이 토지를 취득한 날로부터 1년(...) 이내에 정당한 사유없이 그 법인의 고유업무에 직접 사용하지 아니하는 토지를 말한다”라고 각각 규정하고 있다. 나. 다음으로 청구법인의 경우에 대하여 살펴보면 처분청은 청구법인이 1992.11.18. 취득한 이건 토지에 대하여 종교사업에 직접 사용하기 위한 부동산으로 보아 취득세를 비과세하였으나, 이건 토지 취득일로부터 1년 이내에 정당한 사유없이 목적사업에 직접 사용하지 아니하였다 하여 법인의 비업무용토지로 보아 취득세를 중과세한 사실은 제출된 관계 증빙자료에서 알 수 있다. 그런데 청구법인은 교회 교육관 건축 목적으로 1992.11.18. 이건 토지를 취득한 후, 처분청이 관내 주차난 해소를 위해 이건 토지상에 무료 주차장을 설치하여 1993.11.13.부터 1996.10.5.까지 사용하였으며, 1996.10.5. 착공하여 현재 건축중에 있으므로 법인의 비업무용토지에서 제외되는 정당한 사유가 있다고 주장하고 있다. 살피건대, 구지방세법 제107조 제1호 및 제112조제2항, 구지방세법시행령 제84조의4 제1항의 규정을 종합하여 보면, 종교를 목적으로 하는 비영리법인이 종교사업에 직접 사용하기 위하여 토지를 취득하는 경우 취득세를 비과세하지만, 토지 취득일로부터 1년 이내에 정당한 사유없이 그 사업에 직접 사용하지 아니한 경우에는 법인의 비업무용토지로 보아 취득세를 중과세한다고 규정하고 있고, 위 규정에서의 정당한 사유라 함은 법령에 의한 금지, 제한 등 그 법인이 마음대로 할 수 없는 외부적인 사유는 물론 고유업무에 사용하기 위한 정상적인 노력을 다하였음에도 시간적인 여유가 없어 유예기간을 넘긴 내부적인 사유도 포함한다 할 것이고, 나아가 그 정당사유의 유무를 판단함에 있어서는 그 중과의 입법취지를 충분히 고려하면서 그 해당법인이 영리법인인지 아니면 비영리법인인지 여부, 토지의 취득목적에 비추어 이를 고유목적에 사용하는데 걸리는 준비기간의 장단, 고유목적에 사용할 수 없는 법령상, 사실상의 장애사유 및 그 장애 정도, 당해 법인이 토지를 고유업무에 사용하기 위한 진지한 노력을 다하였는지 여부, 행정관청의 귀책사유가 가미되었는지 여부 등을 아울러 참작하여 구체적인 사안에 따라 개별적으로 판단하여야 할 것(같은 취지의 대법원 판결 92누8750, 1993.2.26.)인 바, 청구법인은 종교를 목적으로 하는 비영리법인으로서 교회 교육관을 건축하기 위해 1992.9.9. 처분청으로부터 토지거래허가를 받아 1992.11.18. 이건 토지를 취득한 사실과, 1993.8.17. 처분청이 관내 구청장에게 유휴공한지 주차장 시설 추진상황 점검결과를 시달한 공문(교행 91117-2533)에 의하면, 원활한 교통소통과 주차질서 확립 차원에서 유휴 사유지 및 공한지에 주차장 시설 확보를 적극 추진토록 누차 지시한 바 있었는데도 ㅇㅇㅇ의 사업계획은 56개소(사유지 53, 국·공유지 3)인데 사업실적은 17개소(사유지 14, 국·공유지 3)라고 하면서 추진 의지가 부족한 동장에 대하여는 분발을 촉구하여 9월말까지는 목표를 달성할 수 있도록 특단의 조치를 강구하도록 지시한 사실과, 처분청(ㅇㅇ시 ㅇㅇㅇ청장)은 청구외 ㅇㅇ(주)로 하여금 도급금액 14,087,000원에 부천시 ㅇㅇㅇ 관내의 이건 토지를 포함한 22개소(14,305.4㎡)에 대한 무료 주차장 설치공사를 1993.11.13. 착공하여 1993.12.11. 준공한 후 1996.10.5. 청구법인의 교회 교육관 착공전까지 인근 주민들의 주차장으로 사용하여 온 사실과, 청구법인이 1995.7.6. 교육관 건축허가를 받아 1996.10.5. 착공하여 현재 건축중인 사실을 종합하여 보면, 청구법인의 경우 1992.11.18. 이건 토지를 취득한 날로부터 1년의 유예기간이 경과되기 전인 1993.11.13.부터 이건 토지는 처분청이 설치한 무료 주차장으로 사용되었으며, 설령 처분청이 관내 주차난 해소를 위해 청구법인의 이건 토지에 대해 구두로 사용승낙을 받아 무료 주차장을 설치하였다 하더라도, 이는 행정주체가 공권력의 주체로서의 지위에서 행정주체가 의도하는 공익 주차장 시설 설치를 위한 정책 실현을 위하여 상대편의 임의적 협력을 기대하여 행한 행정지도로서 실질적으로는 권력적인 규제 행정의 경우에 못지 않는 강제적 효과를 발생시키는 힘이 있다는 점을 고려하여 볼 때 정당한 사유가 있다고 보아야 할 것인데도 처분청에서 이건 토지를 법인의 비업무용토지로 보아 취득세를 중과세한 처분은 잘못이 있다고 하겠다. 따라서 청구법인의 주장은 이유가 있다고 인정되므로 지방세법 제58조 제5항의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다. 1997. 5. 28. 내 무 부 장 관