이유
1. 원처분 개요 청구법인은 충청북도 중원군 신니면 OO리 O OOOOO 소재 건축자재(욕조설치자재) 생산공장건설과 관련된 부가가치세 매입세액 620,909,000원을 92년2기 부가가치세 확정신고시 매입세액으로 공제하여 신고하고 환급 받았다. 처분청은 청구법인의 공장건설과 관련된 부가가치세 매입세액중 토공사 관련 매입세액 53,930,156원(이하“쟁점 매입세액①”이라 한다), 옹벽공사 관련 매입세액 85,339,087원(이하“쟁점 매입세액②”이라 한다), 진입로공사 관련 매입세액 25,257,870원(이하“쟁점 매입세액③”이라 한다) 합계 164,527,113원을 토지조성을 위한 자본적 지출에 관련된 매입세액으로 보아 매입세액 불공제하고 93.6.16 청구법인에게 92년2기분 부가가치세 180,979,820원을 경정 고지하였다. 청구법인은 이에 불복하여 93.7.30 심사청구를 거쳐 93.10.25 심판청구를 하였다. 2. 청구주장 및 국세청장 의견 가. 청구법인 주장 (1) 부가가치세법 제17조 제2항 제4호는 면세사업에 관한 규정임에도 처분청이 같은법시행령 제60조 제6항을 모법에서 정한 범위를 벗어나 확대해석 하여 쟁점매입세액①～③을 불공제하고 이 건 부가가치세를 과세한 처분은 부당하고 (2) 처분청은 공장부지면적 105,495㎡에 대한 총건물면적을 8,636㎡(건폐율 8.19%)로 보아 쟁점매입세액①～③이 전부 토지조성을 위한 자본적 지출과 관련된 매입세액이라 하였으나 1차년도～3차년도의 건축계획면적은 44,487㎡로 공장건축이 완료되면 쟁점매입세액①～③은 전부 건물의 자본적 지출에 해당하게 되므로 전액 매입세액 공제되어야 하며 (3) 옹벽공사는 3차년도까지 신축할 건물의 지탱과 보호를 위한 것으로 건물의 자본적 지출에 해당하므로 쟁점 매입세액②는 전액 매입세액 공제되어야 하고 (4) 토공사는 건물 건축과 공장부지 조성을 위한 것이므로 쟁점매입세액①은 건물바닥면적(건폐율 41.18%)과 나머지 대지면적 비율에 따라 안분한 22,208,000원은 매입세액공제 되어야 한다는 주장이다. 나. 국세청장 의견 (1) 부가가치세법 제17조 제2항 제4호 및 같은법시행령 제60조 제6항의 규정에 의하면 토지의 조성등을 위한 자본적 지출에 관련된 매입세액은 매입세액 불공제하도록 명시하고 있고, (2) 청구법인의 공장부지면적은 105,495㎡이고 신축될 공장면적이 8,636㎡로 건폐율이 8.19%에 불과해 기성된 공사금액의 대부분은 토지조성 공사로 볼 수있고, 쟁점 매입세액①～③은 공장건물 신축과는 직접적인 연관이 없는 토지조성을 위한 자본적 지출에 관련된 매입세액이므로 매입세액 불공제하고 이 건 부가가치세를 과세한 처분은 정당하다는 의견이다. 3. 심리 및 판단 가. 쟁점 청구법인의 공장건설을 위한 토공사, 옹벽공사, 진입로공사에 관련된 부가가치세 매입세액을 토지의 조성등을 위한 자본적 지출에 관련된 매입세액으로 보아 매입세액 불공제하고 이 건 부가가치세를 과세한 처분의 당부를 가리는데 있다. 나. 이 건 관련법령과 사실관계를 본다. 부가가치세법 제17조 제2항은 “다음 각호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다”고 하고 제4호에서 “제12조의 규정에 의하여 면세되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업에 관련된 매입세액(투자에 관련된 매입세액을 포함한다)”이라고 규정하고 있으며 같은법시행령 제60조 제6항에서 “법 제17조 제2항 제4호에 규정하는 매입세액에는 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출에 관련된 매입세액을 포함한다”고 규정하고 있다. 청구법인은 충북 중원군 신니면 OO리 O OOOOO에 건축자재(욕조설치자재)공장을 건설하면서 시공회사인 청구외 (주)OO개발이 92년 중 기성한 공사금액 6,209,092,000원에 대해 세금계산서를 수취하고 92년 2기분 부가가치세에서 매입세액 공제하였고 기성공사금액은 1차 토목공사가 3,420,092,000원이며 건축공사가 2,789,000,000원이다. 1차 토목공사의 기성내역(3,420,092,000원)을 공사별로 보면 토공사가 539,301,563원, 옹벽공사가 1,489,669,767원, 진입로공사가 252,578,706원, 구거공사, 흄관매설공사, 단지내포장공사 1,138,541,964원인 바, 처분청은 토공사비 539,301,653원에 대한 쟁점매입세액①은 전액 매입세액 불공제하고 옹벽공사비 1,489,669,767원 중 구내옹벽공사비 636,278,891원은 건축물에 관련된 자본적 지출로 보아 이에 대한 매입세액은 공제하였으며 외부옹벽공사비 853,390,876원에 대한 쟁점매입세액②은 매입세액 불공제하고 진입로공사비 252,578,706원에 대한 쟁점매입세액③은 전액 매입세액 불공제 하였다. 공사별로 토지조성을 위한 자본적 지출에 해당여부를 보면 (1) 토공사(539,301,563원)는 임야에 공장부지를 조성하기 위해 “절토”, “흙운반”, “면고르기”, “법면보호공사”등을 한 공사비로 토지조성을 위한 자본적지출에 해당하는 것으로 보이므로 처분청이 부가가치세법시행령 제60조 제6항의 규정에 의해 쟁점매입세액①을 매입세액 불공제하고 이 건 부가가치세를 과세한 처분은 정당한 것으로 판단된다. (2) 외부옹벽공사(853,390,876원)는 평탄한 공장부지 조성을 위해 임야의 절단면 또는 경사면에 옹벽을 구축한 것이고, 진입로공사(252,578,706원)는 도로 확장시 절토부분과 도로보호를 위한 옹벽공사(94,546,339원)와 확장된 도로면에 콘크리트포장을 한 포장공사(158,032,367원)이다. (도로확장을 위한 절토공사비 등은 토공사비에 포함되어 있다) 법인세법시행규칙 [별표 1]의 고정자산 내용 연수표에서 방벽·안벽등 옹벽과 포장도로 및 포장도로 면을 감가상각대상자산인 구축물로 규정하고 있으므로 청구법인의 옹벽공사비와 진입로 옹벽공사비 및 포장공사비는 토지와는 별개의 자산인 구축물의 취득원가로 감가상각대상자산에 해당한다 할 것임에도 처분청이 이를 토지의 조성을 위한 자본적지출로 보아 쟁점매입세액② 및 쟁점매입세액③을 매입세액 불공제하고 이 건 부가가치세를 과세한 처분에는 잘못이 있다고 판단된다.(같은의견: 93부1812, 93.9.28 등 다수) 다. 따라서 이 건 심판청구는 청구주장이 일부 이유있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호 및 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.