이유
1. 사실 청구법인은 87.9.22 청구법인의 주주인 청구외 OOO로부터 안양시 OO동 OOO 대지 13,700평방미터와 동 지상공장 건물 1,903.89평방미터, 같은동 OOOOO 대지 1,360평방미터 및 동 지상공장건물 584.82평방미터를 증여받아, 이를 같은해 11.11 청구외 OOOO상사주식회사에게 2,788,045,000원에 양도한 사실이 있는 바, 처분청은 청구법인의 이 건 부동산의 양도에 대하여 양도가액은 위 실지거래가액으로 하고, 취득가액은 청구법인이 장부에 계상한 수증가액인 2,106,824,600원으로 하여 양도차익을 산정하여 90.9.1 청구법인에게 87.1-12 사업년도분 법인세 특별부가세 296,756,630원 및 동 방위세 40,873,220원을 과세하였다. 2. 청구법인 주장 법인세법 제59조의2 제3항에 의하면 특별부가세의 과세표준인 양도차익을 계산함에 있어서 양도가액과 취득가액이 불분명한 경우에는 대통령령이 정하는 바에 의하여 결정한 양도당시의 기준시가에 의한 금액과 취득당시의 기준시가에 의한 금액을 각각 양도가액과 취득가액으로 하도록 규정되어 있고, 소득세법 시행령 제170조 제1항 단서와 같은 조항(환산가액)이나 소득세법 시행령을 준용한다는 규정이 없으므로 특별부가세 과세표준계산방법을 규정한 위 법인세법 및 동법 시행령의 해석에 있어서는 비록 그 거래유형이 소득세법 시행령 제170조 제4항 제1·2호의 그것과 유사한 것이라 하더라도 조세법률주의의 원칙상 동법시행령 동조 제1항 단서규정을 준용하거나 이를 유추적용할 수 없다 할 것이며, 이러한 취지에서 대법원판례는 물론 최근의 국세심판소의 심판결정례에서도 위 법인세법 제59조의2 제3항에서 양도가액과 취득가액이 불분명한 경우라 함은 양도가액과 취득가액이 모두 불분명한 경우뿐만 아니라 형평상 두 가액중 어느 한 쪽만이 불분명한 경우도 포함된다고 해석되며, 이 건과 같이 양도당시의 실지거래가액만 확인되고 수증으로 인하여 취득가액이 불분명한 경우에는 당연히 양도가액 및 취득가액을 모두 기준시가로 계산하여 산정함이 타당하다(심판결정 90서 986, 90.8.28 동지). 또한 심사청구결정에서 법인세법 기본통칙 7-2-4...59조의2(무상으로 취득한 토지등의 취득가액 계산) 단서를 적용하여 “무상으로 취득한 토지등이 각 사업년도의 소득금액 계산상 익금으로 산입된 경우에는 그 금액으로 한다”는 것은 임의계상한 장부가액을 취득가액으로 할 수 밖에 없기 때문이며, 동 임의계상가액을 실지거래가액으로 볼 수는 없는 것이다. 따라서, 취득가액이 수증으로 인하여 불분명하므로 양도차익계산시 취득 및 양도가액을 모두 기준시가에 의하여 결정하여야 한다고 주장한다. 설사 취득가액을 회사 임의계상한 금액으로 산정한다 하더라도 실지양도가액에 포함된 구축물, 기계장치, 기구비품등 양도가액 합계 152,884,754원은 양도금액에서 제외되어야 하는 바, 동 부동산 매매계약서 제3조(대금의 지급)에 “건물등”이라고 명시되어 있어 기타자산이 포함되어 있으며, 공장포괄양도시에는 대지위의 공장건물은 물론 대지상에 고정 설치되어 있는 구축물, 기계장치, 기구비품의 양도는 상식적이며 필수적인 것이라고 주장한다. 3. 국세청장 의견 부동산을 무상으로 취득한 경우 취득가액을 어떻게 계산할 것인지를 보면, 법인세법 기본통칙 7-2-4-(59의2) 단서에서 “무상으로 취득한 토지등이 각 사업년도의 소득금액계산상 익금으로 산입된 경우에는 그 금액으로 한다”고 하였으므로 이 건의 경우 전기이월결손금에 전보한 713,444,495원과 자산수증익(특별이익) 1,393,380,105원, 합계 2,106,824,600원을 취득가액으로 한 당초처분은 정당하고, 또한 이 건의 부동산 매매계약서에 의하면 제1조에서 대지 4,555.63평(15,060평방미터)과 건물 752.33평(2,488.71평)를 매매물건으로 하고 있고, 다른 자산(기계장치, 기구비품)을 거래물건으로 한 바 없어 양도가액을 동 계약서(제2조)상의 가액인 2,788,045,000원으로 한 처분은 정당하다는 의견이다. 4. 쟁점 청구법인이 장부상 계상한 이 건 수증재산의 취득가액을 정상가액으로 인정할 수 있는지 여부와 예비적청구로서 실지거래가액인 양도가액에 구축물·기계장치·기구비품 등의 가액이 포함되어 있는지 여부를 가리는 데 그 쟁점이 있다. 5. 심리 및 판단 관련 법 규정을 보면, 법인세법 제59조의2 제1항 제3항, 동 법 시행령 제48조 제2항 제3호 및 제124조의2 제2항에서 토지등의 양도로 인하여 발생한 양도차익은 양도가액에서 취득가액 등을 공제한 금액으로 하며, 이 때 당해 토지등을 증여받은 경우에는 취득가액이 불분명하다고 할 수 없으며 정상가액을 취득가액으로 하는 것이다. 따라서, 무상으로 취득한 토지등은 그 장부가액이 이미 각 사업년도의 소득금액계산상 익금으로 산입되었으므로 그 금액을 취득가액으로 하는 것이 법인의 소득계산상 보다 합리적이라 할 것이다. (법인세법 기본통칙 7-2-4...59의2 참조) 한편, 청구법인이 이 건 토지를 주주인 OOO로부터 증여받았고 당해 토지가액을 임의로 평가하여 장부상에 토지로 계상하고 동일한 금액을 수증익으로 처리하여 87.1-12 사업년도의 소득금액계산상 익금으로 회계처리한 사실이 장부 및 법인세 과세표준신고서등에 의하여 인정되고 이에 대하여는 다툼이 없다. 그렇다면, 이 건의 경우 이 건 토지를 청구법인이 증여받았으므로, 취득당시에 각 사업년도의 소득금액계산상 익금으로 산입한 위 2,106,824,600원을 취득시의 정상가액으로 인정한 것은 타당하다 할 것이다. 다음, 예비적 청구에 대하여 보면, 청구법인이 제시한 매매계약서에 의하면, 그 매매대상 목적물이 위에서 본 대지와 건물뿐이며, 기타 구축물·기계장치·기구비품 등이 포함되지 있지 아니한 사실이 분명하므로, 이 건 양도가액 2,788,045,000원에서 구축물·기계장치·기구비품등의 가액을 공제하여야 한다는 청구법인의 주장은 이유 없다 할 것이다. 6. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구법인의 주장이 이유 없다고 인정되므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.