이유
1. 처분 개요 가. 청구인은 2011.2.16. OOO 건축물9,858.45㎡(이하 “이 건 건축물”이라 한다)에 대하여 그 시가표준액 OOO원을 과세표준으로 하고 구 지방세법(2010.3.31. 법률 제10221호로 전문 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제131조 제1항 제3호 (2)의 세율을 적용하여 산출한 구 등록세(이하 “등록세”라 한다) OOO,OOO,OOO원, 지방교육세 OOO원, 합계 OOO원을 처분청에 신고 납부하고 같은 날 이 건 건축물을 청구인 명의로 소유권이전 등기(이하 “이 건 등기”라 한다)하였다. 나. 청구인은 2011.5.27. 이 건 등기는 등기인의 단순한 표시 변경 등기 로서 건 당 3,000원의 등록세액을 적용해야 하므로 동 세액을 차감한 납부세액의 환부를 구하는 경정청구를 처분청에 하였으며, 처분청은 2011.7.22. 청구인의 이 건 등기에 대한 등록세 경정청구를 거부하였다. 다. 청구인은 처분청의 경정청구 거부 처분에 불복하여 2011.10.20. 심판청구를 제기하였다. 2. 청구인 주장 및 처분청 의견 가. 청구인 주장 청구인은 이 건 건축물의 소유권보존등기권자인 주식회사 OOO에게 이 건 건축물의 취득에 따른 매매대금을 지급하지 않았으므로 이 건 등기는 그 형식에 관계없이 사실상 소유권자의 표시를 단순히 변경하는 등기라고 할 것인바, 이 건 등기에 대한 등록세는 구 지방세법 제131조 제1항 제8호에서 규정한 세액(3,000원)을 납부하는 것이 타당 함에도 처분청이 이 건 건축물의 시가표준액에 1,000분의 20의 세율을 적용하여 산출한 등록세 등 OOO원의 납부서를 교부하여 청구 인이 이를 납부하였으므로 처분청은 그 차액 OOO원을 취소하 여야 한다. 나. 경기도지사 의견 청구인을 이 건 건축물의 소유자로 하여 등기한 이 건 등기는 이 건 건축물의 소유권 이전에 따른 등기이므로 소유권자의 표시 변경 등기에 해당한다는 청구인의 주장은 받아들일 수 없으나, 이 건 등기 당시 이 건 건축물은 사용승인을 받지 못한 건축물로서 이 건 등기는 취득을 수반하지 않는 등기이므로 구 지방세법 제131조 제1항 제2호에서 규정한 무상 취득에 대한 세율(1,000분의 15)을 적용하여 산출한 세액 으로 등록세를 납부하면 되는 것이나, 청구인은 유상으로 인한 소유권 이전등기로 보아 구 지방세법 제131조 제1항 제3호 (2)에서 규정한 세율 (1,000분의 20)로 등록세를 납부하였으므로 이는 잘못이라 하겠다. 다. 처분청OOO 의견 등록세는 등기부상 등기·등록행위를 위해 납부하는 조세로서 일단 등기된 경우에는 그 납세의무가 확정되는 것이고 추후 당해 등기의 유·무효에 따라 그 세액이 달라지는 것은 아니므로 청구인은 2010.7.27. 확정된 OOO의 판결OOO을 원인으로 이 건 건축물을 청구인 명의로 소유권이전등기 하고자 2011.2.16. 이 건 건 축물의 시가표준액을 과세표준으로 하고 유상으로 인한 소유권이전 등기에 대한 세율을 적용하여 산출한 등록세 등을 신고 납부한 것은 적법하다. 3. 심리 및 판단 가. 쟁 점 청구인이 이 건 건축물을 청구인 명의로 소유권이전등기를 하면서 과세 표준액의 1,000분의 20의 세율을 적용하여 산출한 등록세를 신고 납부 한 것이 적법한지 여부 나. 관련 법령 (1) 구 지방세법(2010.3.31. 법률 제10221호로 개정되기 전의 것) 제124조【납세의무자】등록세는 재산권 기타 권리의 취득ㆍ이전ㆍ변경 또는 소멸에 관한 사항을 공부에 등기 또는 등록(등재를 포함한다. 이하 같다)하는 경우에 그 등기 또는 등록을 받는 자에게 부과한다. 제131조【부동산 등기의 세율】① 부동산에 대한 등기를 받을 때에는 다음 각호의 표준세율에 의하여 등록세를 납부하여야 한다. 2. 제1호 이외의 무상으로 인한 소유권의 취득 : 부동산 가액의 1 ,000분의 15. 다만, 제127조 제1항 제1호의 규정에 의한 비영리 사업자가 소유권을 취득한 때에는 그 가액의 1,000분의 8로 한다. 3. 제1호 및 제2호 이외의 원인으로 인한 소유권의 취득 (1) 농지 : 부동산가액의 1,000분의 10 (2) 기타 : 부동산가액의 1,000분의 20 8. 제1호 내지 제7호 이외의 등기 : 매1건당 3,000원 (2) 구 지방세법 시행령(2010.9.20. 대통령령 제22395호로 개정되기 전의 것) 제73조【취득의 시기 등】① 유상승계취득의 경우에는 다음 각호에 정하는 날에 취득한 것으로 본다. 1. 법 제111조 제5항 제1호 내지 제4호의 어느 하나에 해당하는 유상승계취득의 경우에는 그 사실상의 잔금지급일 2. 제1호에 해당하지 아니하는 유상승계취득의 경우에는 그 계약상의 잔금지급일(계약상 잔금지급일이 명시되지 아니한 경우에는 계약일부터 30일이 경과되는 날) (3) 지방세법(2010.3.31. 법률 제10221호로 전문 개정된 것) 제7조【납세의무자 등】① 취득세는 부동산, 차량, 기계장비, 항공기, 선박, 입목, 광업권, 어업권, 골프회원권, 승마회원권, 콘도미니엄회원권 또는 종합체육시설 이용회원권(이하 이 장에서 부동산등 이라 한다)을 취득한 자에게 부과한다. 제11조【부동산 취득의 세율】① 부동산에 대한 취득세는 제10조의 과세표준에 다음 각 호에 해당하는 표준세율을 적용하여 계산한 금액을 그 세액으로 한다. 7. 그 밖의 원인으로 인한 취득 가. 농지: 1천분의 30 나. 농지 외의 것: 1천분의 40 제23조【정의】등록면허세에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다. 1. 등록 이란 재산권과 그 밖의 권리의 설정ㆍ변경 또는 소멸에 관한 사항을 공부에 등기하거나 등록하는 것을 말한다. 다만, 제2장에 따른 취득을 원인으로 이루어지는 등기 또는 등록은 제외하되, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 등기나 등록은 포함한다. 가. 광업권 및 어업권의 취득에 따른 등록 나. 제15조 제2항 제4호에 따른 외국인 소유의 취득세 과세대상 물건(차량, 기계장비, 항공기 및 선박만 해당한다)의 연부 취득에 따른 등기 또는 등록 제27조【과세표준】① 부동산, 선박, 항공기, 자동차 및 건설기계의 등록에 대한 등록면허세(이하 이 절에서 등록면허세 라 한다)의 과세 표준은 등록 당시의 가액으로 한다. 제28조【세율】① 등록면허세는 등록에 대하여 제27조의 과세표준에 다음 각 호에서 정하는 세율을 적용하여 계산한 금액을 그 세액으로 한다. 1. 부동산 등기 나. 소유권의 이전 등기 1) 유상으로 인한 소유권 이전 등기: 부동산 가액의 1천분의 20 2) 무상으로 인한 소유권 이전 등기: 부동산 가액의 1천분의 15. 다만, 상속으로 인한 소유권 이전 등기의 경우에는 부동산 가액의 1천분의 8로 한다. 마. 그 밖의 등기: 건당 3천원 (4) 지방세법 부칙(2010.3.31. 법률 제10221호로 개정된 것) 제1조【시행일】이 법은 2011년 1월 1일부터 시행한다. 제2조【일반적 적용례】이 법은 이 법 시행 후 최초로 납세의무가 성립하는 분부터 적용한다. 제6조【등록세 등의 경과조치】이 법 시행 전에 이 법에 규정된 취득세 과세물건을 취득한 자로서 이 법 시행 후에 그 물건을 등기하 거나 등록하는 자는 종전의 규정에 따른 등록세 및 지방교육세의 납세의무를 진다. 다. 사실 관계 및 판단 (1) 사실관계에 대하여 살펴본다. 청구인 및 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 다음과 같은 사실을 알 수 있다. 가) 청구인은 2003년도에 처분청으로부터 OOO OOO OOO OO OOOO-O 대지 1,708.6㎡(청구인 소유이며, 이하 “이 건 토지”라 한다)상에 연면적 10,971,92㎡(지하 2층, 지상 7층 근린생활시설로서 이 건 건축물 이며 이하 이 건 토지를 포함하여 “이 건 부동산”이라 한다)의 건축물을 신축 하는 건축허가OOO를 받았다. 청구인은 2003.6.11. 이 건 건축물 신축을 위하여 OOO (이하 “OOO”이라 한다)로부터 OOO원을 차입하였으며, OOO은 이 건 토지에 대하여 채권최고액 OOO원의 근저당권설정등기와 지상권설정등기(존속기간 30년)를 하였다. 나) 청구인은 2006.6.2. 아래와 같은 조건으로 이 건 토지와 건축 중인 이 건 건축물(지상4층 까지 골조 공사 완료)을 주식회사 OOO( 이하 “ (주)OOO”이라 한다)에게 O,OOO,OOO,OOOO(OO O,OOO,OOO,OOOO O OOO OOO,OOO,OOOO)매각하기로 하는 부동산 매매계약을 체결하였다. < 이 건 부동산 매매에 대한 대금 지급조건> ① 계약금 OOO은 계약 당일 지급한다. ② 청구인의 채무 OOO원과 이 건 건축물 신축을 위하여 청구인이 OOO으로부터 차입한 OOO원을 매수인인 (주)OOO이 인수한다. ③ 잔금 OOO원은 2006.11.30. 지급한다. (주)OOO은 이 건 부동산에 대한 잔금을 지급하기 전인 2006.6.5.에 이 건 토지에 대한 소유권이전등기를 하고 이 건 건축물의 건축주 명의 변경[청구인 ⇒ (주) OOO]을 하였으며, OOO은 2006.7.5. (주)OOO이 청구인의 대출금 OOO원을 면책적으로 인수하는 것을 승낙하고 근저당권 변경 부기 등기를 하였다. 다) (주) OOO은 이 건 건축물의 당초 건축계획을 지상 7층에서 지상 6층으로 축소하고 이 건 건축물 신축공사를 진행하여 지상 6층(1층 1148.67㎡, 2층 1157.20㎡, 3층 1157.20㎡, 4층 1157.20㎡, 5층1157.20㎡, 6층 1157.20㎡, 지하1층 1586.00㎡, 지하2층 1337.78㎡) 까지 골조 및 지붕 공사를 마쳤으나 완공하지 못하고 2008년 5월 경 자금악화 등의 원인으로 이 건 건축물의 신축 공사를 중단하였으며, 청구인은 건축주 명의를 청구인으로 변경하지 아니하고 각종 내부 건축공사를 진행하여 2008.7.31. 현재 이 건 건축물의 공정율은 약 85%에 이르고 있다. 라) 청구인은 (주)OOO이 2006.11.30.까지 이 건 부동산에 대한 잔 금을 지급하지 않음에 따라 2007년 3월 OOO에 소유권 이전등기 말소에 관한 소송 제기OOO하였으며, 2007.10.25. 청구인과 (주)OOO은 아래의 조건으로 화해하였다. <화해조서 주요내용> ① (주)OOO은 청구인에게 OOO원 및 이에 대한 2006.12.1.부터 갚는 날까지 연 25%의 비율로 가산한 금원을 2008.5.31.까지 지급한다. ② 이 건 토지 등에 대한 매매계약에 따라 (주)OOO이 인수하기로 한 채무를 그 내용에 따라 이행하고, (주)OOO이 2008.5.31.까지 위 의무를 일부라도 이행하지 못하는 경우 (주)OOO은 청구인 에게 이 건 토지에 관하여 마친 (주)OOO 명의의 소유권이전등기 말소등기절차 및 이 건 건축물 건축허가 상 건축주명의 변경절차를 각 이행하고, 위 건과 관련된 일체의 권리를 주장하지 아니한다. 청구인은 (주)OOO이 2008.5.31.까지 화해조서 상의 의무를 이행하지 못함에 따라 2008.7.7. 이 건 토지에 대한 (주)OOO 명의의 소유권이전 등기를 말소 등기하였다. 마) OOO은 OOO의 이 건 건축물 처분금지 가처분 등기 신청OOO에 따라 이 건 건축물에 대하여 (주)OOO 명의의 소유권 보존등기와 OOO의 처분금지 가처분등기를 촉탁하여 2008.12.19. 각각 등기되었다 바 ) 청구인은 2009.2.12. (주)OOO을 상대로 OOO에 이 건 건축물 소유권보존등기 말소 등기 청구 소송OOO을 제기하였으며, OOO은 2010.6.24. 청구인의 위 청구소송에 대하여 아래와 같이 판결하였다 < OOO 2010.6.24선고 OOO 판결 요약> ① 주위적 청구에 대한 판단 (주)OOO이 청구인으로부터 지상4층의 골조공사가 마쳐진 미완성의 건물을 매수하여 공사를 진행하였고, 청구인과 (주)OOO 사이의 매매계약이 최종적으로 무효가 된 2008.5.31. 이전에 지상 6층의 골조 및 지붕공사를 완료하여 구조와 형태면에서 변경된 설계 및 건축허가의 내용과 사회통념상 동일하다고 인정될 정도로 건물을 축조하였으므로 , 이 건 건축물의 소유권은 (주)OOO이 원시 취득하였다. ② 예비적 청구에 대한 판단 청구인은 이 건 화해조서상의 합의를 원인으로 한 소유권이전등기청구권을 주장하고 있고, 청구인과 (주)OOO 사이의 2009.11.25.자 매매계약은 이 건 소송결과에 따라 당사자들이 이행하여야 할 채무의 내용이 정해지게 되므로, 위 2009.11.25.자 매매계약의 체결로 인하여 이 사건 화해조서 상의 합의가 무효가 되었다고 볼 수 없다. 따라서 (주)OOO은 청구인에게 이 건 건축물에 관하여 2007.10.25. 합의를 원인으로 한 소유권이전등기절차를 이행할 의무가 있다. 사) (주) OOO은 2010.8.17. 위 판결에 불복해 OOO하였으나, 2011.1.11. 항소 취하간주로 위 판결 내용대로 확정되었다. 아 ) 청구인은 2011.2.9.에 청구인과 (주)OOO간 최초 화해 성립일인 2007.10.25.을 취득일로 보아 처분청에 이 건 건축물 취득 신고를 하고 같은 날 처분청으로부터 취득세와 등록세 등의 납부서를 교부받아 2011.2.16. 등록세 등 OOO원을 납부하고 이 건 건축물을 청구인 명의로 소유권이전 등기하였다. 청구인은 2011.5.27. 처분청에 이 건 건축물에 대한 취득세와 등록세에 대하여 경정청구를 하였으나, 처분청은 청구인의 경정청구에 대하여 2011.6.7. 이 건 건축물의 경우 사용승인 전에 소유권보존등기가 되었을 뿐 청구인은 사실상 이 건 건축물을 취득하지 않았다고 보아 청구인이 신고한 취득세 등 OOO원(본세 기준)은 이를 취소하였으나, 신고 납부한 등록세의 경정청구는 거부하였다. 자) 한편 청구인과 (주)OOO은 이 건 건축물의 소유권보존등기 말소 등기 청구 소송 (OOOOOO OOOO OOOOOOOOOO) 이 진행되는 도중인 2009.11.25.에 이 건 건축물을 청구인이 OOO에 취득하는 매매계약을 체결하고 2009.11.30.에 위 매매계약을 담보하는 합의서를 작성하였다. (2) 본안을 심리하기 이전에 청구인이 이 건 건축물을 소유권이전 등기하면서 신고 납부한 등록세가 적법한 세목인지 여부에 대하여 살펴 본다. 가) 등록면허세를 규정한 지방세법(2010.3.31. 법률 제10221호로 전문 개정된 것, 이하 같다) 제23조 제1호에서 등록 이란 재산권과 그 밖의 권리의 설정ㆍ변경 또는 소멸에 관한 사항을 공부에 등기하거나 등록하는 것을 말하는 것으로서 제2장에 따른 취득을 원인 으로 이루어지는 등기 또는 등록은 제외한다고 규정하고 있고, 지방 세법 부칙(2010.3.31. 법률 제10221호로 개정된 것, 이하 같다) 제6조에서 이 법 시행 전에 이 법에 규정된 취득세 과세물건을 취득한 자로서 이 법 시행 후에 그 물건을 등기하 거나 등록하는 자는 종전의 규정에 따른 등록세 및 지방교육세의 납세의무를 진다고 규정하고 있다. 한편 구 지방세법 시행령(2010.9.20. 대통령령 제22395호로 전문 개정되기 전의 것) 제73조 제4항에서 건축허가를 받아 건축하는 건축물은 사용승인서 교부일(사용승인일)과 그 사실상의 사용일 또는 임시사용 승인일 중 빠른 날을 취득일로 본다고 규정하고 있으므로 그 이전에 소유권이전등기가 있었다고 하더라도 그 취득일은 소유권이전등기일이 아니라 사용승인일 또는 사실상 사용일로 보아야 한다고 할 것이다(조심 2010지780, 2011.11.8. 결정). 나) 처분청은 청구인이 이 건 건축물을 2007.10.25. 취득하였으나 그 소유권 이전등기는 2011.2.16.에 하였다고 보아 지방세법 부칙 제6조 규정에 따라 등록세 납부서를 교부하고 청구인은 이를 납부하였으나, 이 건 건축물은 2007.10.25. 당시 건축중인 건축물로서 사용승인을 받지 않았으므로 청구인이 2007.10.25.에 이 건 건축물을 취득하였다고 볼 수는 없는바 2011.2.16. 경료한 이 건 건축물에 대한 청구인의 소유권 이전 등기는 지방세법 부칙 제6조의 적용 대상이 아니라 지방세법 제28조 제1항 제1호 나목 1)에서 규정한 취득을 수반하지 않는 소유권 이전등기에 해당되어 등록면허세 신고 납부 대상이라 할 것임에도 처분청이 청구인에게 등록세 납부서를 교부하여 청구인이 이를 납부한 한 것은 법률관계를 오인한 것으로 보인다. 다) 다만, 등록세와 등록면허세는 세목의 명칭만 다를 뿐 과세표준 및 세액은 사실상 동일하고, 처분청이 교부한 등록세 납부서는 고지서가 아니므로 청구인이 2011.2.16. 이 건 등기를 하면서 납부한 등록세를 등록면허세의 신고 납부로 보더라도 무리는 아니라 할 것인바 청구인이 등록세를 신고 납부하였다는 사실만으로 처분청의 경정청구 거부 처분의 하자를 탓하기는 어렵다고 판단된다. (3) 쟁점에 대하여 살펴본다. 가) 구 지방세법 제124조에서 등록세는 재산권 기타 권리의 취득ㆍ 이전ㆍ변경 또는 소멸에 관한 사항을 공부에 등기 또는 등록하는 경우에 그 등기 또는 등록을 받는 자에게 부과한다고 규정하고 있다. 나) 여기에서 등록세라 함은 단순한 사실의 존재를 과세물건으로 하여 그 등기 또는 등록을 받는 자에게 부과하는 세금으로서 등기 또는 등록의 유·무효나 실질적인 권리귀속 여부와는 관계가 없는 것이므로 등기 또는 등록명의자와 실질적인 권리귀속 주체가 다르다거나 일단 공부에 등재되었던 등기 또는 등록이 뒤에 원인무효로 말소되었다 하더라도 위와 같은 사유는 그 등기 또는 등록에 따른 등록세 부과처분의 효력에 아무런 영향이 없다 할 것이다.(대법원 2002.6.28. 선고, 2000두7896 판결 같은 뜻) 다) 청구인은 이 건 건축물의 소유권보존등기권자인 (주) OOO에게 이 건 건축물의 취득에 따른 매매대금을 지급하지 않았으므로 이 건 등기는 그 형식에 관계없이 사실상 소유권자의 표시를 단순히 변경하는 등기에 해당된다고 주장하고 있으나, 라) 청구인은 이 건 건축물을 법원의 판결을 원인으로 소유권 이전등기하여 등기부 상 소유자가 (주)OOO에서 청구인으로 변경된 점, 등록세는 단순한 사실의 존재를 과세물건으로 하여 그 등기를 받는 자에게 부과하는 세금으로서 등기의 유·무효나 실질적인 권리귀속 여부와는 관계가 없는 점, 청구인은 2009.11.25. (주)OOO과 이 건 건축물을 청구인이 OOO에 취득하기로 하는 부동산 매매계약을 체결 한 점, 청구인은 이 건 건축물을 소유권이전등기하면서 (주)OOO이 OOO에게 변제하여야 할 채무를 사실상 승계하였다고 볼 수 있는 점 등을 종합하여 볼 때, 마) 청구인이 2011.2.16. 경료한 이 건 건축물의 소유권이전등기는 유상으로 인한 것이라 할 것인바, 청구인이 이 건 건축물의 시가표준액 OOO원을 과세표준으로 하고 소유권이전 등기에 따른 세율(1,000분의 20)을 적용하여 산출한 등록세를 신고 납부한 것은 달리 잘못이 없다고 판단된다. 4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 지방세기본법 제123조 제4항과 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.