이유
1. 원처분 개요 청구법인은 신발류도매업을 영위하는 법인이다. 부산지방국세청장은 청구인의 거래상대방인 신발제조업체 및 청구법인에 대한 조사를 실시하여 청구법인의 매입누락(청구법인의 거래상대방의 매출누락) 사실을 확인하고 청구법인의 관할세무서장인 처분청에 통보하자, 처분청은 당해 매입누락금액이 부가가치세가 제외된 공급가액으로 보고 그 금액에 매매총이익율을 적용하는 추계경정방법으로 매출누락금액을 산정하여 그에 따른 1988년 제2기, 1989년 제1기 및 제2기, 1990년 제1기 및 제2기 부가가치세와 1989.1.1～12.31 사업년도 및 1990.1.1～12.31 사업년도분 법인세를 경정결정하여 1994.1.16 청구법인에게 고지하였다. 부산지방국세청장으로부터 통보된 매입누락금액, 처분청이 산출한 매출누락금액 및 과세액은 다음과 같다. 부가가치세 결정내역 【 단위 : 원 】

과세기간

매입누락금액

매출누락금액

부가가치세 고지세액

1988년 제2기

1989년 제1기

1989년 제2기

1990년 제1기

1990년 제2기

546,622,000

484,707,000

326,603,650

168,943,600

10,412,600

629,966,577

612,777,496

412,899,683

213,582,300

13,163,843

85,483,500

82,973,040

56,389,460

28,694,040

1,842,930

계

1,537,288,850

1,882,389,899

255,382,970

법인세 및 방위세 고지세액 【 단위 : 원 】

사 업 년 도

고 지 세 액

법 인 세

방 위 세

계

1989.1.1～12.31

1990.1.1～12.31

38,196,210

16,326,980

4,956,250

2,112,460

43,152,460

18,439,440

청구법인은 이에 불복하여 1994.3.15 심사청구를 거쳐 1994.6.25 심판청구를 하였다. 2. 청구주장 및 국세청장 의견 가. 청구주장 1) 처분청은 부산지방국세청장이 통보한 과세자료에 따라 이 건 부가가치세를 부과처분 하였으나 사업자가 재화 또는 용역을 공급하고 그 대가로 받은 금액에 공급가액과 세액이 별도로 표시되지 않은 경우와 부가가치세가 포함되어 있는지 불분명한 경우에는 거래금액 또는 영수할 금액의 110분의 100에 해당하는 금액이 과세표준이 된다(기본통칙 5-1-1...13)할 것이므로 당해 통보자료는 부가가치세가 포함된 공급대가이기 때문에 부가가치세 과세표준을 추계경정함에 있어서는 통보된 금액에서 부가가치세 해당금액을 제외하고 매매총이익율을 적용하여 부가가치세 과세표준을 산정하여야 할 것이며, 2) 부가가치세 과세표준을 추계경정함에 있어서 처분청은 매매총이익율을 적용하였으나 청구법인의 경우 기장이 정당하다고 인정되고 신고가 성실하여 경정결정을 받지 않은 동일업황의 다른 동업자와 권형에 의하여 계산하는 방법을 적용함이 합리적이라 할 것이므로 동업자권형에 의하여 추계경정결정 하여야 할 것이고, 법인세 과세표준과 세액을 경정함에 있어서도 위 청구내용에 따라 다시 계산된 금액을 적용하여야 한다는 주장이다. 나. 국세청장 의견 1) 부산지방국세청장의 조사시 (주)OO가 작성 제출한 매출누락 확인서에 의하면 매출누락금액을 확인하면서 매출누락에 대한 부가가치세는 수령하지 아니하였다고 확인하고 있는 점을 볼 때 청구법인의 매입누락으로 통보된 금액은 부가가치세가 포함되지 아니한 금액인 것으로 판단되며, 2) 청구법인은 신발류를 도매하는 법인이고 신발류의 유통과정이 무자료 거래가 많아 기장이 정당하다고 인정되고 신고가 성실하여 경정조사를 받지 아니한 동일업황의 다른 사업자를 선택하는데 어려움이 있어 동업자 권형에 의하여 청구법인의 과세표준을 산정한다는 것이 불가능하므로 처분청이 매매총이익율을 적용하여 경정한 처분은 정당하다는 의견이다. 3. 심리 및 판단 이 건 심판청구는 ①부산지방국세청장이 청구법인의 매입누락으로 통보한 금액이 부가가치세가 포함된 공급대가인지 부가가치세가 제외된 공급가액인지 여부(쟁점1), ②부가가치세를 추계경정결정함에 있어 매매총이익율을 적용할 것인지 동업자권형을 적용할 것인지(쟁점2)와 부가가치세 경정결정에 따라 법인세를 경정결정함에 있어 익금산입액을 얼마로 할 것인지에 다툼이 있다. 가. 쟁점1에 대하여 살펴본다. 부가가치세법 제13조 제1항에서 「재화 또는 용역의 공급에 대한 부가가치세의 과세표준은 다음 각호의 가액의 합계액(이하 “공급가액”이라 한다)으로 한다. 다만, 부가가치세는 포함되지 아니한다.」고 규정하고 제1호에서 「금전으로 대가를 받은 경우에는 그 대가」를 규정하고 있다. 부산지방국세청장이 통보한 청구법인의 매입누락금액에 부가가치가 포함되어 있는지 여부에 대하여 살펴보면, ①부산지방국세청장이 처분청에 통보한 청구법인의 매입누락금액이 기재된 거래처별·월별 집계표에는 상단에 세금계산서가 발행된 공급가액을 기재하고 하단에는 상단의 공급가액과 세금계산서가 발행되지 아니한 금액을 합한 총공급가액을 기재한 사실이 확인되고, ②당심에서 부산지방국세청장에게 위 집계표에 기재된 금액의 산정근거를 조회(국심 46830-8767, 1994.10.14)한데 대한 회신(부산지방국세청 조일 48830-128, 1994.10.19)에 의하면 위 집계표상의 금액은 원시장부(비밀장부)에서 세금계산서 발행분의 공급가액을 따로 집계하고 이와 동일한 단가를 적용한 세금계산서 미발행분의 금액을 공급대가와 구분되는 개념으로 부가가치세가 제외된 공급가액으로 산정하여 관할세무서에 통보하였다고 하면서 계산근거인 비밀장부 사본과 세금계산서 사본 등을 제출하였고, 제출자료에 의하여 검토한 결과 부산지방국세청장이 공급가액으로 계산한데는 잘못이 없음이 확인되며, ③청구법인의 대표이사 OOO은 위 집계표의 매입누락 공급가액 해당금액에 상당하는 신발을 매입하였음을 적시한 확인서를 작성하여 부산지방국세청장에게 제출한 사실이 있고, ④청구법인에게 신발을 공급한 거래처중의 하나인 청구외 (주)OO는 청구법인에 대한 매출액의 일부를 신고누락하였고 그 매출누락금액에 상당하는 부가가치세는 수령하지 아니하였음을 확인하고 있다. 살피건대 사업자가 재화 또는 용역을 공급하고 그 대가로 받은 금액에 공급가액과 세액이 별도표시되어 있지 아니한 경우와 부가가치세가 포함되어 있는지 불분명한 경우에는 거래금액 또는 영수할 금액의 110분의 100에 해당하는 금액이 과세표준이 된다(부가가치세법 기본통칙 5-1-1...13, 부가 22601-1416, 1991.10.30 같은 뜻) 할 것이나, 청구법인의 매입누락으로 통보된 금액은 공급가액과 부가가치세가 구분되어 계산되고 그 중 공급가액 해당만이 통보된 것으로 확인되므로 당해 금액은 공급가액으로 보아야지 공급대가로 볼 수는 없다 할 것이다. 그렇다면 처분청이 통보된 금액을 부가가치세가 포함되지 아니한 공급가액으로 본데는 잘못이 없는 반면, 당해 금액이 공급대가에 해당된다는 청구주장은 받아들일 수 없다고 판단된다. 나. 쟁점2에 대하여 살펴본다. 부가가치세법 제21조 제1항에서 「정부는 제1항의 규정에 의하여 각 과세기간에 대한 과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 경정하는 경우에는 세금계산서·장부 기타의 증빙을 근거로 하여 경정하여야 한다. 다만, 다음 각 호의 1에 해당하는 경우에는 대통령령이 정하는 바에 의하여 추계경정할 수 있다.」고 규정하고 같은 법 시행령 제69조 제1항에서 「법 제21조 제2항 단서에 규정하는 추계경정은 다음 각호에 게기하는 방법중 가장 적당하다고 인정되는 방법에 의한다.」고 규정하면서 제1호에서 「기장이 정당하다고 인정되고 신고가 성실하여 법 제21조 제1항의 규정에 의한 경정을 받지 아니한 동일한 업황의 다른 동업자와의 권형에 의하여 계산하는 방법」, 제4호에서 「국세청장 또는 소관지방국세청장이 업종별로 정한 다음의 기준중의 하나에 의하여 계산하는 방법」을 규정하면서 라목에서 「매매총이익율」을 열거하고 있는 바, 위 법규정은 부가가치세 과세표준의 추계경정에 있어서 추계방법은 가능한 한 진실에 가까운 실액을 반영할 수 있도록 합리적이고 타당성있는 것이어야 하고, 그 방법의 선정은 정부가 가장 적당하다고 인정하는 방법을 선정하며 청구인은 위 선정된 방법이 비합리적이라고 주장하고자 하는 경우에는 그 방법보다 사실에 근접하는 추계방법을 입증하여 주장하여야 하는 것으로 해석된다. 처분청은 전시한 관련법령에 규정된 매매총이익율을 적용하여 매출누락한 과세표준을 산정하였고 이 방법에 의한 추계경정의 위법성을 발견할 수 없는 반면, 청구법인은 동업자권형에 의하여 추계경정결정을 하는 것이 적합한 방법이라고 주장만할 뿐 그 이유와 근거자료를 제시하지 못하고 있다. 그렇다면 부산지방국세청장이 처분청에 통보한 금액에 상당하는 매입과 매출액을 청구법인이 신고누락한 사실과 추계경정사유에 해당된다는 사실에는 다툼이 없으므로 처분청이 부산지방국세청장으로부터 통보된 금액을 공급가액으로 보고 그 금액에 국세청장이 정한 매매총이익율을 적용하여 신고누락한 과세표준을 산정하고 한 이 건 부가가치세 부과처분은 달리 잘못이 없다 할 것이다. 다. 위에서 살펴본 바와 같이 처분청이 부가가치세 과세표준을 경정결정한데는 아무런 잘못이 없다고 판단되므로 그 경정결정에 근거하여 익금산입액을 계산하고 법인세 과세표준 및 세액을 경정한 처분 또한 잘못이 없다고 판단된다. 따라서 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 모두 이유없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.