이유
1. 처분개요 가. 청구법인은 2003.3.11. 설립되어 OOO에서 세정제 제조 및 판매업을 영위하고 있는 법인이며, 청구법인의 대표이사 aaa은 2019.6.11. ㈜bbb(이하 “bbb”라 한다)의 대표이사로 취임하여 청구법인과 bbb의 대표이사로 재직하고 있다. 나. OOO세무서장(이하 “조사청”이라 한다)은 2022.6.13.~2022.7.14. 기간 동안 청구법인에 대한 2020사업연도 법인 정기통합조사(이하 “쟁점세무조사”라고 한다)를 실시한 결과, 청구법인이 2020.5.21. 및 2020.5.25. bbb의 주식 OOO주(액면가 OOO원, 이하 “쟁점주식”이라 한다)을 유상증자로 취득하고 2020년 재무상태표에 투자자산 OOO원으로 계상하였으나, 유상증자 주식을 저가 발행한 것으로 보아 불균등 유상증자 분여이익을 증여재산가액 OOO원으로 익금산입(유보)하고, 토지관련 자본화 이자비용 OOO원은 손금불산입(유보), 업무무관 사적비용 OOO원은 손금불산입(대표자상여) 등을 하여 2022.10.7. 청구법인에게 2020사업연도 법인세 OOO원을 경정·고지하였다. 다. 청구법인은 이에 불복하여 2022.10.12. 심판청구를 제기하였다. 2. 청구법인 주장 및 처분청 의견 가. 청구법인 주장 (1) 쟁점주식을 유상증자로 취득하게 된 경위는 다음과 같다. (가) 청구법인이 bbb를 인수하게 된 경위 1) bbb의 최대 주주는 ccc로 발행 주식 100%인 OOO주를 소유하고 있었고, ccc의 남편 ddd과 함께 회사를 경영하고 있었다. 2018년경 bbb는 경영상 어려움에 처해 있었다. ccc 부부는 bbb 회사 정상화를 위하여 청구법인 대표이사 aaa에게 인수를 적극 제안하였고 청구법인 대표이사 aaa도 사업 시너지를 얻고자 제안을 검토하게 되었다. 2) 2018년 9월경부터 청구법인은 bbb에게 긴급 운전자금을 대여하면서, bbb의 회사 정상화 가능성, 청구법인과의 시너지 창출 효과 등을 검토하였으며, 2018년 11월경부터는 bbb가 제조한 제품을 청구법인이 매입하여 청구법인의 거래처에 납품하는 등 본격적인 영업시너지 창출 단계에 진입하였다. 3) 청구법인과 bbb의 영업시너지 효과를 확인한 청구법인 대표이사 aaa은 2019.2.1. ccc의 제안을 수락하여 ccc 소유 주식 OOO주를 aaa 대표이사가 OOO원에 인수하는 계약을 체결하였다. 4) bbb의 경영 상황이 빠른 속도로 정상화에 근접할 수 있다는 것이 확인되자, aaa 대표이사는 2019.6.11. bbb의 대표이사에 취임하여 청구법인과 bbb 양사 모두의 경영권을 행사하게 되었다. (나) 쟁점주식 유상증자 취득 경위 1) 2019.6.30. 위 주식 OOO주와 관련하여 양도인인 ccc와 양수인 aaa 대표이사는 주식매매계약의 매매대금 OOO원도 정산하면서, 같은 날 청구법인이 bbb에 대여한 OOO원에 대해 액면가로 출자 전환하기로 합의하고 bbb를 청구법인 계열사로 편입시켰다. 그러나 수익성 개선을 위해 경영활동에 전념하다보니 위 출자전환 합의에 따른 증자 등기를 미처 하지 못하였다. 2) 그러다 2020년 5월경 bbb가 금융기관과 여신거래를 진행하는 과정에서 법인 자본금이 최소 OOO원을 초과해야 대출이 가능하다는 말을 듣고 나서야 bbb는 청구법인과의 대여금의 출자전환에 따른 증자 등기가 지연된 사실을 발견하였다. 3) 법무사는 대여금의 출자 전환등기를 위해서는 출자전환 등기신청 시점의 가결산 재무제표 작성을 비롯하여 2018년 9월부터 2020년 5월까지 청구법인과 bbb 양사가 모두 확인한 대여금 원장 구비 등 준비서류가 복잡하고 시간이 소요되는 점 및 출자전환 합의일(2019.6.30.)을 「상법」이 정한 등기 의무 기간인 등기원인일로 본다면 2주 이내에 법인등기를 하여야 하나 이를 위반하여 과태료를 부과받을 수 있다는 점 등을 이유로, bbb가 원하는 대로 빠른시일 내 증자 등기를 마치기 위해서는 일반 유상증자 등기 신청서류로 등기 접수하면 바로 증자 등기가 가능하며 과태료 부과 위험도 면할 수 있다고 자문하였다. 그러면서 bbb가 청구법인으로부터 회수한 제품의 외상 매출 대금을 유상증자 대금으로 납입 받은 것으로 증자 등기 신청서류를 작성하여 증자 등기를 경료한 후, 위 증자 등기에 대해 대여금을 출자 전환한 것으로 회계 처리한다면 애초부터 대여금의 출자전환에 의한 증자 등기신청과 같은 증자 등기 효과가 있다고 자문하였다. 4) 이에 bbb는 2020.5.19. 및 2020.5.21. 청구법인이 bbb에게 외상거래 대금을 결제한 총 6건, OOO원의 거래 내역을 법무사에게 주었고, 법무사 사무실 직원은 동거래 금원에 대하여 청구법인이 아닌 대표이사 aaa이 bbb에게 주금 납입한 금원으로 증자 등기 서류를 잘못 작성하여 OOO원의 증자 등기를 하였다. 5) bbb는 위 일반 유상증자 등기신청은 대여금의 출자전환 절차를 신속하게 진행하기 위한 것이라는 법무사의 조언을 들은바 있었기에 2020.5.19. 및 2020.5.21.에는 영업거래 회계처리 외에는 증자 등기신청과 관련하여 어떠한 회계처리도 한 사실이 없으며, 2020.5.25. 증자 등기를 경료하였다는 법무사 사무실의 통보를 받은 후 비로소 대여금의 출자전환 회계처리만 하였다. 6) 증자 등기 후 bbb는 법무사 사무실의 업무 착오로 증자 등기신청 서류에 오류가 있음을 알게 되었고, 이를 바로잡고자 2020.7.1. 대표이사 aaa이 청구법인에게 위 증자 대상 주식을 양도하는 계약서를 작성하고 양수도에 따른 관련 소득세 등을 신고·납부하였다. (2) (쟁점①) 쟁점세무조사는 중복조사에 해당한다. (가) OOO세무서장의 해명자료 제출 요청 및 그 결과 1) OOO세무서장은 2021년 7월경 청구법인 대표이사 ‘aaa’에게 ‘2020년 7월 비상장주식을 특수관계인 청구법인에게 양도하였으며 그 대가가 시가보다 현저히 낮아 양도소득세 부당행위계산 부인 검토 대상으로 확인되었다’는 안내와 함께 이에 대한 해명자료 제출을 요청하였다. 2) bbb와 청구법인 대표이사 aaa은 출자전환 등기에 대한 이행지체 사실을 2020년 5월 무렵 인지하여 법무사 자문에 기초하여 출자 전환등기를 신속하게 이행하고자 ‘청구법인’과 bbb 간 영업 거래대금을 유상증자 대금으로 전환하여 등기신청 서류를 작성하고자 하였으나, 법무사 사무실 직원의 업무 착오로 2020.5.21. 및 2020.5.25. 청구법인 대표이사 ‘aaa’이 유상증자에 참여한 것으로 증자 등기 신청서류를 작성하여 증자 등기 신청한 경위와 위 증자 등기 후 이를 바로잡고자 2020.7.1. 청구법인 대표이사 aaa이 청구법인에 위 증자 대상 주식을 양도하는 계약서를 작성하고 양수도에 따른 관련 소득세 등을 신고·납부한 경위에 대하여 소명하였다. 3) OOO세무서는 bbb와 청구법인 대표이사 aaa의 소명에 대하여 bbb의 2020사업연도 주식이동상황 수정신고·납부를 통해 2020년 5월 유상증자 등기와 관련된 주주가 청구법인 대표이사 aaa이 아니고 청구법인으로 바로 잡도록 하였다. (나) OOO지방국세청장의 세무조사 및 그 결과 1) OOO지방국세청은 2022년 5월경 청구법인 대표이사 ‘aaa’에게 ‘귀하는 조사대상 과세기간(2020.1.1.~2020.12.31.) 중 bbb 주식변동과 관련하여 증여세 및 양도소득세를 탈루한 혐의가 있어 조사대상자로 선정되었다’라는 사유로 세무조사를 통지하고 관련 조사하였다. 2) 앞서 설명한 청구법인 대표이사 aaa과 ccc 간 2019.2.1. 체결한 주식 양수도 계약에 대하여 전혀 알지 못한 bbb 신입 직원은 2020년 1월 aaa과 ccc 간 주식 양수도 계약한 것으로 계약서를 작성·신고한 후, bbb의 주주명부를 명의개서한 사실이 있었는데, 위 세무조사시 OOO지방국세청은 위 사실에 대하여 집중 조사를 진행하였다. 3) 이에 대하여 bbb와 청구법인 대표이사 aaa은 청구법인이 bbb 인수 과정에서 2019.2.1. 청구법인 대표이사와 ccc 간 주식 양수도 계약 체결 및 계약 이행 경위에 대하여 상세히 소명하였다. 4) 그 결과 OOO지방국세청은 2022.7.21. 청구법인 대표이사 aaa과 ccc 간 주식 양수도 계약 체결 및 동 계약 이행에 대하여 ‘주식변동 조사 결과 관련 제세 결정(혐의없음)’이라고 세무조사 결과를 통지해 주면서 2020년 1월의 주식 양수도에 대한 오류 신고분을 2019년 6월로 법인세 수정 신고할 것을 통보하였다. 5) bbb는 위 세무조사 결과통지를 받자마자 주식양도시기를 2020년 1월로 오류 신고한 것을 2019년 6월로 수정 신고하는 법인세 수정신고서를 작성, 신고·납부하였다. (다) 처분청의 쟁점세무조사 및 그 결과 1) 2022년 5월 조사청은 청구법인에 ‘ 「국세기본법」 제81조의6 제2항 제1호의 규정에 따라 국세청장이 납세자의 신고내용에 대하여 정기적으로 성실도를 분석한 결과 불성실 혐의가 있다고 인정하는 경우에 해당하여 세무조사를 실시한다’는 조사 사유로 조사 대상 과세기간을 OOO지방국세청과 동일한 2020년으로 하여 통합조사(사업과 관련하여 세법에 따라 신고·납부 의무가 있는 모든 세목) 시행을 통지하였다. 2) 처분청은 위 통합조사시 청구법인이 2020년 5월 쟁점주식 취득 경위에 집중하여 세무조사를 시행하였다. 청구법인과 대표이사 aaa은 위 사안에 대하여 이미 2021년 7월경 OOO세무서의 조사를 받은 후에 관련 사안에 대해 법인세 수정신고 완료된 건으로 중복조사에 해당한다고 항변하였으나 조사청은 OOO세무서에서 조사하지 아니한 사항에 대한 조사를 위하여 관련 자료를 조사하는 것이라는 명분으로 위 사안에 대한 조사를 강행하였다. 3) 청구법인측은 어쩔 수 없이 2021년 7월경 OOO세무서의 세무조사시 소명한 자료와 내용에 기초하여 bbb의 인수 과정, bbb의 인수과정에서 체결한 주식양수도 계약 및 출자전환 합의서 등 2건의 계약 체결 경위, 2019년 6월 청구법인과 bbb 간 영업 거래대금을 유상증자 대금으로 전환하여 등기신청 서류를 작성한 사실, 법무사 사무실 직원의 업무 착오에 기인하여 2020.5.21. 및 2020.5.25. 청구법인 대표이사 aaa이 유상증자에 참여한 것으로 증자 등기한 사실, 위 증자 등기 후 이를 바로잡고자 2020.7.1. 청구법인 대표이사 aaa이 청구법인에게 위 증자 대상 주식을 양도하는 계약서를 작성하고 양수도에 따른 관련 소득세 등을 신고·납부한 사실, 이 모든 경위에 대하여 이미 OOO세무서에서 세무조사 한 사실, OOO세무서 세무조사 후 법인세 수정신고, 납부 및 주주명부 수정 사실 등을 상세히 소명하였다. 4) 청구법인과 대표이사 aaa의 소명에도 불구하고, 조사청은 2022.7.15. 통합 세무조사 결과통지에서 청구법인과 bbb 간 체결한 출자전환 합의서의 효력을 부인하고, 쟁점주식에 대하여 불균등 유상증자 증여재산가액 OOO원의 과세표준을 증액하여 2020사업연도 법인세를 경정·고지하였다. (라) 쟁점세무조사는 위법한 세무조사로 이 건 처분은 취소되어야 한다. 1) 「국세기본법」 제81조의4 제2항 각 호 및 같은 법 시행령 제63조의2 각 호에서 정한 예외적인 사유에 해당하지 않는 한 중복세무조사는 허용되지 않고, 과세관청은 세무조사 착수 후라도 중복세무조사 사실이 확인되는 경우에는 즉시 조사를 철회하고 조사반을 철수하는 등 필요한 조치를 취하여야 하며(조사사무처리규정 제12조 제1항), 부분조사가 이루어진 부분에 대하여 전부조사라는 명목으로 다시 조사할 수도 없다고 보아야 한다(조사사무처리규정 제12조 제3항). 2) 법원은 세무공무원이 어느 세목의 특정 과세기간에 대하여 모든 항목에 걸쳐 세무조사를 한 경우는 물론 그 과세기간의 특정 항목에 대하여만 세무조사를 한 경우에도 다시 그 세목의 같은 과세기간에 대하여 세무조사를 하는 것은 「국세기본법」 제81조의4 제2항에서 금지하는 재조사에 해당하고, 세무공무원이 당초 세무조사를 한 특정 항목을 제외한 다른 항목에 대하여만 다시 세무조사를 함으로써 세무조사의 내용이 중첩되지 아니하였다고 하여 달리 볼 것은 아니라고 판시(대법원 2015.9.10. 선고 2013두6206 판결)하고 있다. 3) ① OOO세무서의 해명자료 요청 결과 bbb는 2020사업연도 법인세를 수정신고·납부한 점, ② 「국세기본법」 제81조의11 제1항의 통합조사 원칙에 근거하여 실시된 OOO세무서 세무조사 당시, 이 건 쟁점인 청구법인의 불균등 유상증자 증여재산가액에 의한 부당행위계산의 부인 여부 등을 비롯하여 쟁점주식 변동 관련 모든 세목에 걸쳐 세무조사를 하는 것이 불가능하거나 무리였다는 등의 특별한 사정이 전혀 없었던 점, ③ OOO세무서의 세무조사시 쟁점주식변동과 관련하여 청구법인 대표이사 aaa, 청구법인 및 쟁점주식 발행회사인 bbb 등에 대하여 세법에 따라 신고·납부 의무가 있는 세목(청구법인 대표이사 aaa에 대한 소득세, 청구법인 및 bbb에 대한 법인세 등)을 통합하여 세무조사를 실시하였던 것인 점, ④ 이 건 처분은 이미 OOO세무서와 OOO지방국세청에서 그 관련 사실관계를 조사한 후 혐의없음으로 결정한 내용인 점 등을 고려할 때, 쟁점세무조사는 중복조사로 위법하다. 4) 최근 법원은 국세청이 아파트 양도에 대한 양도소득세 세무조사를 실시하고 2년 뒤 ‘해명자료제출 안내문’을 발송해 납세자가 해명자료 제출과 함께 세무공무원의 질문 및 조사에 응한 것은 2차 조사가 금지되는 재조사에 해당한다고 판시하고 있다(서울행정법원 2021.4.9. 선고 2020구합59468 판결). (3) (쟁점②) 설령 쟁점세무조사가 중복세무조사에 해당하지 않는다고 하더라도 불균등 유상증자 증여재산가액의 평가기준일은 bbb의 증자등기일인 2020.5.21. 및 2020.5.25.이 아닌 청구법인과 bbb 간 ‘대여금 채권의 출자전환 합의서’상 출자전환 합의일인 2019.6.30.로 적용하여 평가하여야 한다. (가) 앞에서 살펴본 바와 같이 2020년 5월 bbb의 증자 등기는 청구법인의 bbb에 대한 금전납입방식의 유상증자 참여가 아니라 2019년 6월말 출자전환 합의에 따라 bbb에 대한 채권을 포기하고 그 대신 bbb의 주식을 취득한 것이다. (나) ① 2018년 9월부터 이미 bbb에 대한 청구법인의 대여금 채권이 존재하고 있음이 객관적으로 확인되고 상황에서 OOO원이 넘는 거금의 재원을 별도로 조달하여 유상증자할 이유가 없었던 점, ② 법무사의 조언에 따라 청구법인 및 bbb는 증자와 관련하여 어떠한 회계처리도 하지 아니하고 법무사 사무실에서만 증자 등기 신청서류 작성시 영업 거래대금을 증자대금으로 하여 유상증자 등기신청 서류로 작성한 점 등을 고려할 때, 증자등기일을 평가기준일로 보아야 한다는 처분청의 의견은 부당하다. (다) 처분청이 청구법인이 2020사업연도 주식등변동상황명세서상 쟁점주식의 취득 원인을 기재하는 “변동상황” 항목에 “(31)출자전환”이 아니라 “(27)유상증자”로 기재한 것을 과세의 근거로 제시하나, 이렇게 기재하게 된 경위는 OOO세무서가 2건의 유상증자의 진정한 주주는 청구법인 대표이사 aaa이 아니고 청구법인이라는 소명을 받아들인 결과에 따라 작성된 것이다. 그런데 OOO세무서의 세무조사 결과에 따른 수정신고를 근거로 이를 다시 쟁점세무조사 결정을 위한 근거자료로 활용하는 것은 부당하다. (라) 대여금 채권의 출자전환 합의서 효력에 대하여 OOO세무서나 OOO지방국세청은 청구법인과 bbb 사이의 합의 효력을 인정하고 세무조사 결과에 반영하였다. 이 합의서에 따른 계약의 효력이 부인되지 아니하는 한 이 합의에 따라 해석을 해야 한다. bbb가 청구법인에게 합의를 해제하고 영업거래 대금으로 유상증자 등기를 하겠다고 해지 조건을 제시한 사실도 없다. 나. 처분청 의견 (1) (쟁점①) 쟁점세무조사는 중복조사에 해당하지 아니한다. (가) 납세자 등이 대답하거나 수인할 의무가 없고 납세자의 영업의 자유 등을 침해하거나 세무조사권이 남용될 우려가 없는 조사행위는 원칙적으로 「국세기본법」 제7장의2 내의 각 규정이 적용되는 세무조사에 해당한다고 볼 것은 아니므로 OOO세무서가 청구법인 대표이사에게 발송한 해명자료 제출 안내문은 납세자 등이 대답하거나 수인 의무가 부여된 세무조사에 해당하지 않는다. 만약 해명자료 제출 안내가 세무조사에 해당했다면 해명자료 제출 안내시 수정신고 안내를 하지 않고 OOO세무서장이 국세의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하였을 것이다. (나) OOO지방국세청은 조사대상자 선정과정에서 특수관계인인 청구법인을 「국세기본법」 제81조의11 제3항 제3호에 따른 거래상대방에 대한 세무조사 중에 거래의 일부 확인이 필요한 경우를 이유로 부분조사대상자로 선정하여 관련인에 대한 동시조사를 실시하려고 했으나, 처분청이 청구법인을 법인통합 조사대상자로 선정되었음을 확인하고, 2022.1.25. 조사사무처리규정 제50조에 따라 청구법인 주식변동조사를 인계하는 공문(OOO지방국세청 조사관리과-126)을 발송하였다. (다) 법인은 OOO이 아닌 자로서 법률에 의하여 권리능력이 인정된 단체 또는 재산, 법적인 독립체를 말하는바 OOO과는 구분이 된다. 따라서 OOO세무서장이 발송한 해명자료 제출 안내와 OOO지방국세청이 실시한 세무조사는 OOO인 청구법인 대표이사 aaa에 대한 것으로 「소득세법」 제170조 (질문·조사)에 따른 aaa에 대한 조사에 해당하는 반면, 청구법인에 대한 세무조사는 「법인세법」 제122조 (질문·조사)에 따른 조사로 조사를 수인한 주체가 다르다. 더욱이 OOO지방국세청이 청구법인 대표이사 aaa을 상대로 세무조사를 할 당시 주식변동조사는 청구법인에게 인계한 사실이 과세전적부심사청구에서 모두 확인됐던 내용이다. (2) (쟁점②) 증여재산가액 계산시 주식평가기준일은 채무의 출자전환 합의일이 아닌 주식대금납입일이다. (가) 「상속세 및 증여세법 시행령」 제29조 제1항 제3호에서 증자에 의한 증여이익의 계산은 주식대금 납입일을 기준으로 계산하도록 규정하고 있는바, 청구법인은 ‘대여금 채권의 출자전환합의서’에 의하여 채무의 출자전환으로 유상증자대금의 납입을 갈음하였다고 주장하나 bbb의 유상증자가 실시된 시기인 2020.5.19. 및 2020.5.21. 청구법인의 계좌에서 인출된 OOO원이 bbb에게 입금된 경위를 묻는 조사공무원의 질문에 대하여 청구법인 대표이사인 aaa은 쟁점주식 취득 관련 주금으로 납입한 것이라고 진술하였고, 청구법인이 신고한 2020사업연도 주식등변동상황명세서의 신고내용에 따르면 쟁점주식의 취득원인을 기재하는 “변동상황” 항목에 “출자전환”이 아닌 “유상증자”로 기재되어 있으며 aaa이 청구법인과 bbb의 대표이사와 지배주주를 겸하는 사실을 볼 때 금전납입방식으로 유상증자에 참여한 것으로 확인된다. (나) 청구법인은 출자전환 합의서가 작성된 2019년에는 출자전환에 대한 증자 등기를 하지 못했고 2020년 5월경 bbb가 금융기관과 신규 여신거래를 진행하는 과정에서 채무의 출자전환이 미등기된 사실을 인지하여 출자전환 등기를 하려 하였으나 구비서류의 복잡함과 출자전환 등기가 상당한 시간 소요되며 등기를 해태하여 과태료 부과 처분을 받을 수 있어 자구책으로 유상증자를 했다고 주장하나, 유상증자가 출자전환 등기와 동일한 효과를 가지고 등기절차 간소화와 과태료 처분의 사정을 해소하기 위한 의도로 유상증자 했다고 하더라도 그 사정은 청구법인만의 사정으로 일반적인 출자전환 등기로 상황을 치유할 수 있었음에도 하지 아니하였다면 이로 인해 주식평가기준일이 주금 납입일이 되는 결과를 받아들여야 한다. (다) 만약 이 건을 인용하게 된다면 출자전환 합의서와 같은 형식의 유사 문서를 작성해놓고 사업자가 이를 악용하여 유상 증자일을 임의로 조정하여 부과제척기간이 도과 등의 이유로 부과권을 행사하지 못해 국세 행정을 저해하는 일이 발생할 것이다. 3. 심리 및 판단 가. 쟁점 ① 쟁점세무조사가 중복조사에 해당한다는 청구주장의 당부 ② 쟁점주식의 평가기준일은 주식대금납입일이 아닌 대여금채권의 출자전환합의서상의 합의일로 보아야 한다는 청구주장의 당부 나. 관련 법령 등 : ＜별지＞ 기재 다. 사실관계 및 판단 (1) 청구법인 대표이사 aaa에 대한 2021년 7월경 OOO세무서의 해명자료 제출 안내 및 2022년 6월경 OOO지방국세처장의 세무조사 관련내역은 아래 ＜표1＞과 같다. ＜표1＞ OOO세무서장의 해명자료 제출 안내 및 OOO지방국세청장의 세무조사 관련 내역 OOO지방국세청장은 2022.1.25. ‘주식변동조사 대상자 이송’ 공문(OOO지방국세청 조사관리과-126)을 OOO지방국세청장에게 발송하였고, 이 공문의 내용은 bbb가 발행한 주식과 관련하여 주주인 청구법인에 대한 2020년 주식변동조사를 인계한다는 내용이다. (2) (조사청의 청구법인에 대한 쟁점세무조사) 조사청은 2022.6.13.∼2022.7.14. 기간 동안 청구법인의 2020사업연도 법인 통합조사를 실시하였으며, 이와 관련된 내용은 다음과 같다. (가) 2022.5.23.자 세무조사 사전 통지서에 따르면 아래 ＜표2＞와 같은 내용이 확인된다. ＜표2＞ 2022.5.23.자 세무조사 사전 통지서 내용 (나) 세무조사종결보고서의 내용은 아래 ＜표3＞과 같다. ＜표3＞ 처분청의 세무조사 종결보고서 일부 발췌 (다) 유상증자 대금 OOO원 관련 계좌거래내역을 아래 ＜표4＞ 및 ＜표5＞와 같다. ＜표4＞ 청구법인의 OOO거래내역 ＜표5＞ 청구법인의 OOO거래내역 (라) 세무조사시 쟁점주식의 유상증자와 관련한 청구법인 대표이사 aaa의 진술내용은 아래 ＜표6＞ 및 ＜표7＞과 같다. ＜표6＞ 2022.6.23. 작성된 1차 진술조서 일부 발췌 ＜표7＞ 2022.6.28. 작성된 2차 진술조서 일부 발췌 (마) 세무조사시 청구법인 대표이사는 해명자료를 제출하였으며 해명자료 중 2020.5.21. 및 2020.5.25.자 대여금 출자 전환 관련 증자 등기 경위에 대한 내용은 아래 ＜표8＞과 같다. ＜표8＞ 청구법인 대표이사 aaa의 해명자료 (3) 청구법인과 bbb가 2019.6.30. 작성한 대여금 채권의 출자전환 합의서는 아래 ＜표9＞와 같다. (표 삽입을 위한 공란) ＜표9＞ 대여금 채권의 출자전환 합의서 (4) bbb의 2020사업연도 주식등변동상황명세서상 쟁점주식 유상증자 내역은 아래 ＜표10＞과 같다. ＜표10＞ bbb의 2020사업연도 주식등변동상황명세서 - 2022.7.14. 수정신고 (5) 처분청의 불균등증자 증여재산가액 계산내역은 아래 ＜표11＞과 같다. ＜표11＞ 불균등증자 증여재산가액 계산내역 (6) 처분청의 세무조사결과통지 내용 중 토지관련 자본화 이자비용, 업무무관사적비용에 대하여 청구법인과 처분청 간의 이견은 없다. (7) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여, (가) 먼저 쟁점①에 대하여 살피건대, OOO세무서가 청구법인의 대표이사 aaa에게 발송한 해명자료 제출 안내문은 세무조사에 해당한다고 보기 어려운 점(대법원 2021.6.10. 선고 2021두34589 판결 및 조심 2019인3153, 2019.10.29. 외 다수, 같은 뜻임), 쟁점세무조사의 조사대상자는 청구법인인 반면 OOO세무서의 해명자료는 청구법인의 대표이사 aaa에게 요청되었으며, 세목에서도 쟁점세무조사의 세목은 법인세인 반면 OOO세무서의 해명대상은 양도소득세로 상이한 점, OOO세무서의 해명자료 제출 요청은 aaa이 2020년 7월 청구법인에게 주식을 양도한 것과 관련된 것이며, OOO지방국세청장의 aaa에 대한 세무조사는 aaa과 ccc 간의 2019년 2월 주식 거래에 대한 것으로 쟁점주식의 유상증자에 대해서는 조사되지 아니하였다고 볼 수 있는 점, OOO지방국세청장은 조사대상자 선정과정에서 aaa의 특수관계인인 청구법인을 「국세기본법」 제81조의11 제3항 제3호에 따른 부분조사대상자로 선정하여 동시조사를 하려고 하였으나, 청구법인이 처분청의 법인통합 조사대상자로 선정되었음을 확인하고, 2022.1.25. 청구법인의 주식변동조사를 처분청에 인계하는 공문(OOO지방국세청 조사관리과-126)을 발송한 것이 확인되는 점 등에 비추어 볼 때, 쟁점세무조사가 중복조사에 해당한다는 청구주장은 받아들이기 어려운 것으로 판단된다. (나) 다음으로 쟁점②에 대하여 살피건대, 「상속세 및 증여세법 시행령」 제29조 제1항 제3호에서 증자에 따른 이익의 계산은 주식대금 납입일을 기준으로 계산하도록 규정하고 있는바, 2022.6.23. 작성된 청구법인 대표이사 aaa의 진술조서에 따르면 aaa은 2020년 5월경 청구법인의 계좌에서 인출된 OOO원은 쟁점주식 취득 관련 대금이라고 답변한 점, 청구법인이 신고한 2020사업연도 주식등변동상황명세서에 따르면 쟁점주식의 취득원인을 기재한 “변동상황” 항목에 “출자전환”이 아닌 “유상증자”로 기재되어 있는 점, 유상증자대금 관련 금융거래내역인 ＜표4＞ 및 ＜표5＞를 살펴보면 출금된 금액과 같은 금액이 출금일 다음날 입금된바, 위 출금된 금액이 외상매출대금을 실제로 변제한 것인지 명확하게 확인된다고 보기 어려운 점 등에 비추어 볼 때, 쟁점주식의 평가기준일은 주식대금납입일이 아닌 대여금채권의 출자전환합의서상의 합의일로 보아야 한다는 청구법인의 주장은 받아들이기 어려운 것으로 판단된다. 4. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」 제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다. ＜별지＞ 관련 법령 등 (1) 국세기본법(2022.12.31. 법률 제19189호로개정되기 전의 것) 제81조의4(세무조사권 남용 금지) ① 세무공무원은 적정하고 공평한 과세를 실현하기 위하여 필요한 최소한의 범위에서 세무조사(「조세범 처벌절차법」에 따른 조세범칙조사를 포함한다. 이하 이 조에서 같다)를 하여야 하며, 다른 목적 등을 위하여 조사권을 남용해서는 아니 된다. ② 세무공무원은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우가 아니면 같은 세목 및 같은 과세기간에 대하여 재조사를 할 수 없다. 1. 조세탈루의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우 2. 거래상대방에 대한 조사가 필요한 경우 6. 제81조의11 제3항에 따른 부분조사를 실시한 후 해당 조사에 포함되지 아니한 부분에 대하여 조사하는 경우 7. 그 밖에 제1호부터 제6호까지와 유사한 경우로서 대통령령으로 정하는 경우 제81조의6(세무조사 관할 및 대상자 선정) ① 세무조사는 납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장이 수행한다. 다만, 납세자의 주된 사업장 등이 납세지와 관할을 달리하거나 납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장이 세무조사를 수행하는 것이 부적절한 경우 등 대통령령으로 정하는 사유에 해당하는 경우에는 국세청장(같은 지방국세청 소관 세무서 관할 조정의 경우에는 지방국세청장)이 그 관할을 조정할 수 있다. ② 세무공무원은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에 정기적으로 신고의 적정성을 검증하기 위하여 대상을 선정(이하 "정기선정"이라 한다)하여 세무조사를 할 수 있다. 이 경우 세무공무원은 객관적 기준에 따라 공정하게 그 대상을 선정하여야 한다. 1. 국세청장이 납세자의 신고 내용에 대하여 과세자료, 세무정보 및 「주식회사의 외부감사에 관한 법률」에 따른 감사의견, 외부감사 실시내용 등 회계성실도 자료 등을 고려하여 정기적으로 성실도를 분석한 결과 불성실 혐의가 있다고 인정하는 경우 ③ 세무공무원은 제2항에 따른 정기선정에 의한 조사 외에 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 세무조사를 할 수 있다. 1. 납세자가 세법에서 정하는 신고, 성실신고확인서의 제출, 세금계산서 또는 계산서의 작성·교부·제출, 지급명세서의 작성·제출 등의 납세협력의무를 이행하지 아니한 경우 2. 무자료거래, 위장·가공거래 등 거래 내용이 사실과 다른 혐의가 있는 경우 3. 납세자에 대한 구체적인 탈세 제보가 있는 경우 4. 신고 내용에 탈루나 오류의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우 5. 납세자가 세무공무원에게 직무와 관련하여 금품을 제공하거나 금품제공을 알선한 경우 ④ 세무공무원은 과세관청의 조사결정에 의하여 과세표준과 세액이 확정되는 세목의 경우 과세표준과 세액을 결정하기 위하여 세무조사를 할 수 있다. 제81조의11(통합조사의 원칙) ① 세무조사는 납세자의 사업과 관련하여 세법에 따라 신고·납부의무가 있는 세목을 통합하여 실시하는 것을 원칙으로 한다. ② 제1항에도 불구하고 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 특정한 세목만을 조사할 수 있다. 1. 세목의 특성, 납세자의 신고유형, 사업규모 또는 세금탈루 혐의 등을 고려하여 특정 세목만을 조사할 필요가 있는 경우 2. 조세채권의 확보 등을 위하여 특정 세목만을 긴급히 조사할 필요가 있는 경우 ③ 제1항 및 제2항에도 불구하고 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 해당 호의 사항에 대한 확인을 위하여 필요한 부분에 한정한 조사(이하 "부분조사"라 한다)를 실시할 수 있다. 3. 거래상대방에 대한 세무조사 중에 거래 일부의 확인이 필요한 경우 (2) 조사사무처리규정(2023.5.15. 국세청훈령 제2567호로 개정되기 전의 것) 제12조(중복조사의 금지 및 방지) ① 조사공무원은 세무조사를 실시하는 경우에는 「국세기본법」 제81조의4 제2항 및 같은 법 시행령 제63조의2에서 정한 바에 따라 재조사를 실시할 수 있는 예외적인 경우를 제외하고는 같은 세목 및 같은 과세기간에 대하여 재조사를 해서는 아니 되며, 조사시작 후에도 중복조사 사실이 확인되는 경우에는 즉시 조사철회 및 조사반(팀) 철수 등 필요한 조치를 하여야 한다. 다만, 제3조 제2호에서 정의한 현장확인은 조사로 보지 아니하며, 「국세기본법」 제81조의4 제2항 제2호의 경우에는 해당 거래상대방과의 거래내용에 대한 부분조사로 한정한다. ② 중복조사를 방지하기 위하여 지방국세청 및 세무서의 조사국ㆍ과장 또는 성실납세지원국장ㆍ부가가치세과장ㆍ소득(재산)세과장ㆍ(재산)법인세과장 등은 조사이력 및 조사대상자 선정명세 등을 전산에 입력하여 관리하여야 한다. ③ 부분조사를 실시한 납세자에 대하여 전부조사를 실시하는 경우 부분조사를 받은 부분에 대해서는 조사한 것으로 본다. 제50조(법인세 등의 통합조사 및 동시조사) ② 법인에 대한 통합조사를 실시함에 있어 조사대상 과세기간에 주식변동사항에 대한 탈루혐의가 있는 경우(조사대상 과세기간이 아닌 사업연도가 주식변동 조사대상으로 선정된 경우를 포함한다) 또는 그 법인의 최대주주(특수관계자를 포함한다)가 자금출처 조사대상으로 이미 선정되어 있는 경우에는 주식변동조사 또는 자금출처조사를 동시에 실시한다. 다만, 효율적인 조사운영 또는 긴급히 조사를 실시하여야 할 필요가 있는 등의 경우에는 주식변동조사를 별도로 실시할 수 있다. (3) 소득세법(2020.12.29. 법률 제17757호로 개정되기 전의 것) 제170조(질문·조사) ① 소득세에 관한 사무에 종사하는 공무원은 그 직무 수행을 위하여 필요한 경우에는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자에 대하여 질문을 하거나 해당 장부·서류 또는 그 밖의 물건을 조사하거나 그 제출을 명할 수 있다. (단서 이하 생략) (4) 법인세법(2020.12.22. 법률 제17652호로 개정되기 전의 것) 제52조(부당행위계산의 부인) ① 납세지 관할 세무서장 또는 관할지방국세청장은 내국법인의 행위 또는 소득금액의 계산이 특수관계인과의 거래로 인하여 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 법인의 행위 또는 소득금액의 계산(이하 "부당행위계산"이라 한다)과 관계없이 그 법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산한다. ② 제1항을 적용할 때에는 건전한 사회 통념 및 상거래 관행과 특수관계인이 아닌 자 간의 정상적인 거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 가격(요율·이자율·임대료 및 교환 비율과 그 밖에 이에 준하는 것을 포함하며, 이하 "시가"라 한다)을 기준으로 한다. ③ 내국법인은 대통령령으로 정하는 바에 따라 각 사업연도에 특수관계인과 거래한 내용에 관한 명세서를 납세지 관할 세무서장에게 제출하여야 한다. ④ 제1항부터 제3항까지의 규정을 적용할 때 부당행위계산의 유형 및 시가의 산정 등에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 제122조(질문ㆍ조사) 법인세에 관한 사무에 종사하는 공무원은 그 직무수행에 필요한 경우에는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자에 대하여 질문하거나 해당 장부·서류 또는 그 밖의 물건을 조사하거나 그 제출을 명할 수 있다. 이 경우 직무상 필요한 범위 외에 다른 목적 등을 위하여 그 권한을 남용해서는 아니 된다. (각 호 생략) (5) 법인세법 시행령(2021.2.17. 대통령령 제31443호로 개정되기 전의 것) 제88조(부당행위계산의 유형 등) ①법 제52조 제1항에서 "조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다. 8. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 자본거래로 인하여 주주등(소액주주등은 제외한다. 이하 이 조에서 같다)인 법인이 특수관계인인 다른 주주등에게 이익을 분여한 경우 가. 특수관계인인 법인간의 합병(분할합병을 포함한다)에 있어서 주식등을 시가보다 높거나 낮게 평가하여 불공정한 비율로 합병한 경우. 다만, 「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」 제165조의4에 따라 합병(분할합병을 포함한다)하는 경우는 제외한다. 나. 법인의 자본(출자액을 포함한다)을 증가시키는 거래에 있어서 신주(전환사채·신주인수권부사채 또는 교환사채 등을 포함한다. 이하 이 목에서 같다)를 배정·인수받을 수 있는 권리의 전부 또는 일부를 포기(그 포기한 신주가 「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」 제9조 제7항에 따른 모집방법으로 배정되는 경우를 제외한다)하거나 신주를 시가보다 높은 가액으로 인수하는 경우 다. 법인의 감자에 있어서 주주등의 소유주식등의 비율에 의하지 아니하고 일부 주주등의 주식등을 소각하는 경우 8의2. 제8호 외의 경우로서 증자·감자, 합병(분할합병을 포함한다)·분할, 「상속세 및 증여세법」 제40조 제1항에 따른 전환사채등에 의한 주식의 전환·인수·교환 등 자본거래를 통해 법인의 이익을 분여하였다고 인정되는 경우. 다만, 제19조 제19호의2 각 목 외의 부분에 해당하는 주식매수선택권등 중 주식매수선택권의 행사에 따라 주식을 발행하는 경우는 제외한다. 제89조(시가의 범위 등) ① 법 제52조 제2항을 적용할 때 해당 거래와 유사한 상황에서 해당 법인이 특수관계인 외의 불특정다수인과 계속적으로 거래한 가격 또는 특수관계인이 아닌 제3자간에 일반적으로 거래된 가격이 있는 경우에는 그 가격(주권상장법인이 발행한 주식을 한국거래소에서 거래한 경우 해당 주식의 시가는 그 거래일의 한국거래소 최종시세가액)에 따른다. ② 법 제52조 제2항을 적용할 때 시가가 불분명한 경우에는 다음 각 호를 차례로 적용하여 계산한 금액에 따른다. 1. 「감정평가 및 감정평가사에 관한 법률」에 따른 감정평가업자가 감정한 가액이 있는 경우 그 가액(감정한 가액이 2 이상인 경우에는 그 감정한 가액의 평균액). 다만, 주식등은 제외한다. 2. 「상속세 및 증여세법」 제38조 ㆍ제39조ㆍ제39조의2ㆍ제39조의3, 제61조부터 제66조까지의 규정 및 「조세특례제한법」 제101조 를 준용하여 평가한 가액. 이 경우 「상속세 및 증여세법」 제63조 제1항 제1호 나목 및 같은 법 시행령 제54조에 따라 비상장주식을 평가함에 있어 해당 비상장주식을 발행한 법인이 보유한 주식(주권상장법인이 발행한 주식으로 한정한다)의 평가금액은 평가기준일의 한국거래소 최종시세가액으로 하며, 「상속세 및 증여세법」 제63조 제2항 제1호ㆍ제2호 및 같은 법 시행령 제57조 제1항ㆍ제2항을 준용할 때 "직전 6개월(증여세가 부과되는 주식등의 경우에는 3개월로 한다)"은 각각 "직전 6개월"로 본다. ⑥ 제88조 제1항 제8호 및 제8호의2의 규정에 의하여 특수관계인에게 이익을 분여한 경우 제5항의 규정에 의하여 익금에 산입할 금액의 계산에 관하여는 그 유형에 따라 「상속세 및 증여세법」 제38조 ㆍ제39조ㆍ제39조의2ㆍ제39조의3ㆍ제40조ㆍ제42조의2와 같은 법 시행령 제28조 제3항부터 제7항까지, 제29조 제2항, 제29조의2 제1항ㆍ제2항, 제29조의3 제1항, 제30조 제5항 및 제32조의2의 규정을 준용한다. 이 경우 "대주주" 및 "특수관계인"은 이 영에 의한 "특수관계인"으로 보고, "이익" 및 "대통령령으로 정하는 이익"은 "특수관계인에게 분여한 이익"으로 본다. (6) 상속세 및 증여세법(2020.12.22. 법률 제17654호로 개정되기 전의 것) 제39조(증자에 따른 이익의 증여) ① 법인이 자본금(출자액을 포함한다. 이하 같다)을 증가시키기 위하여 새로운 주식 또는 지분[이하 이 조에서 "신주"(新株)라 한다]을 발행함으로써 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 이익을 얻은 경우에는 주식대금 납입일 등 대통령령으로 정하는 날을 증여일로 하여 그 이익에 상당하는 금액을 그 이익을 얻은 자의 증여재산가액으로 한다. 1. 신주를 시가(제60조와 제63조에 따라 평가한 가액을 말한다. 이하 이 조, 제39조의2, 제39조의3 및 제40조에서 같다)보다 낮은 가액으로 발행하는 경우: 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 이익 가. 해당 법인의 주주등이 신주를 배정받을 수 있는 권리(이하 이 조에서 "신주인수권"이라 한다)의 전부 또는 일부를 포기한 경우로서 해당 법인이 그 포기한 신주[이하 이 항에서 "실권주"(失權株)라 한다]를 배정(「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」에 따른 주권상장법인이 같은 법 제9조 제7항에 따른 유가증권의 모집방법(대통령령으로 정하는 경우를 제외한다)으로 배정하는 경우는 제외한다. 이하 이 항에서 같다)하는 경우에는 그 실권주를 배정받은 자가 실권주를 배정받음으로써 얻은 이익 나. 해당 법인의 주주등이 신주인수권의 전부 또는 일부를 포기한 경우로서 해당 법인이 실권주를 배정하지 아니한 경우에는 그 신주 인수를 포기한 자의 특수관계인이 신주를 인수함으로써 얻은 이익 다. 해당 법인의 주주등이 아닌 자가 해당 법인으로부터 신주를 직접 배정(「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」 제9조 제12항에 따른 인수인으로부터 인수·취득하는 경우와 그 밖에 대통령령으로 정하는 방법으로 인수·취득하는 경우를 포함한다. 이하 이 항에서 같다)받음으로써 얻은 이익 라. 해당 법인의 주주등이 소유한 주식등의 수에 비례하여 균등한 조건으로 배정받을 수 있는 수를 초과하여 신주를 직접 배정받음으로써 얻은 이익 (7) 상속세 및 증여세법 시행령(2021.2.17. 대통령령 제31446호로 개정되기 전의 것) 제29조(증자에 따른 이익의 계산방법 등) ① 법 제39조 제1항 각 호 외의 부분에서 "주식대금 납입일 등 대통령령으로 정하는 날"이란 다음 각 호의 구분에 따른 날을 말한다. 1. 「자본시장과 금융투자업에 관한 법률 시행령」 제176조의9 제1항에 따른 유가증권시장(이하 "유가증권시장"이라 한다)에 주권이 상장된 법인 또는 대통령령 제24697호 자본시장과 금융투자업에 관한 법률 시행령 일부개정령 부칙 제8조에 따른 코스닥시장(이하 "코스닥시장"이라 한다)에 상장된 주권을 발행한 법인(이하 "코스닥시장상장법인"이라 한다)이 해당 법인의 주주에게 신주를 배정하는 경우: 권리락(權利落)이 있은 날 2. 법 제39조 제1항 제3호에 해당하는 경우: 전환주식을 다른 종류의 주식으로 전환한 날 3. 제1호 및 제2호 외의 경우: 주식대금 납입일(주식대금 납입일 이전에 실권주를 배정받은 자가 신주인수권증서를 교부받은 경우에는 그 교부일을 말한다) ② 법 제39조 제1항에 따른 이익은 다음 각 호의 구분에 따라 계산한 금액으로 한다. 다만, 증자 전ㆍ후의 주식 1주당 가액이 모두 영 이하인 경우에는 이익이 없는 것으로 본다. 1. 법 제39조 제1항 제1호 가목, 다목 및 라목에 따른 이익 : 가목의 규정에 따라 계산한 가액에서 나목에 따른 가액을 차감한 가액에 다목에 따른 실권주수 또는 신주수를 곱하여 계산한 금액 가. 다음 산식에 의하여 계산한 1주당 가액. 다만, 주권상장법인등의 경우로서 증자후의 1주당 평가가액이 다음 산식에 의하여 계산한 1주당 가액보다 적은 경우에는 당해 가액 나. 신주 1주당 인수가액 다. 배정받은 실권주수 또는 신주수(균등한 조건에 의하여 배정받을 신주수를 초과하여 배정받은 자의 경우에는 그 초과부분의 신주수)